View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7713_low_2 (Length: 693)

Name: NF7713_low_2
Description: NF7713
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7713_low_2
NF7713_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-674)||(35862119-35862778)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 674
Target Start/End: Original strand, 35862119 - 35862778
Alignment:
Q  18 aacccatttataacaagctaaacggcttccaagccaaagacctcttgaatttcttggaagtgtttgcctctgtttcatttgaatttcttcattcttatga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  35862119 aacccatttataacaagctaaacggcttccgagccaaagacctcttgaatttcttggaagtgtttgcctcagcttcatttgaatttcttcattcttatga 35862218  T
Q  118 ttaatcataagcattacaagtactagccacagatatgttctgtaggaacatgccaaagcttgtacatttacattcaggttaattgattatagtctgaata 217  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35862219 tcaatcataagcattacaagtactagtcacaggtatgttctgtaggagcatgccaaagcttgtacatttacattcaggttaattgattatagtctgaata 35862318  T
Q  218 tataaatgagaaagatatggagggagttaccataataaataaatagcagcattcaaatatcttgtttcaacttccaataattatattgggatgagtgatg 317  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35862319 tataactgagaaagatatggagggagttaccataataaataaatagtagcattcaaatatcttgtttcaacttccaataattatattgggatgagtgatg 35862418  T
Q  318 tttaacaagaaacactaagatatgcatgtccaagtcaatttttaatgctcccaaaatactaagtataacccttaatgtagagatttgaaacattgtcgaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35862419 tttaacaagaaacactaagatatgcatgtccaagtcaatttttaatgctcccaaaatactaagtatagcccttaatgtagagatttgaaacattatcgaa 35862518  T
Q  418 aggaggggtaaactatcaattttagttacaatgcttatgtcgtattagagtggattccatctgtttacttgtatttgcaggattaatatgaactggttgc 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35862519 aggaggggtaaactatcaattttagttacaatgcttatgtcgtattagagtggattccatctgtttacctgtatttgcaggattaatatgaactggttgc 35862618  T
Q  518 gaaccactattaactaaagaagataatttaaatagaaaattaactgatacacacattattattcac---nnnnnnnnnnnnnnnnttatatgaactgtag 614  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||    
T  35862619 gaaccgctattaactaaagaagagaatttaaatagaaaattaactgatacacacattattattcacaaaaaaaaaaaaaaaaaaattatatgaactgtag 35862718  T
Q  615 tcttatgtatggaggtgaatgagacataccatttgtgatatcagaaagtgaaagcatgtg 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35862719 tcttatgtatggaggtgaatgagacataccatttgtgatatcagaaagtgaaagcatgtg 35862778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University