View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7719_low_1 (Length: 909)

Name: NF7719_low_1
Description: NF7719
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7719_low_1
NF7719_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (7-890)||(16422557-16423438)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 733; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 733; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 890
Target Start/End: Original strand, 16422557 - 16423438
Alignment:
Q  7 tatcgagtttggtgttaccggaaaagctaacaacatggttatttacctttgcactcctccaatgttggttctgaagacaactgttcaaccttgaccagct 106  Q
    |||| |||| ||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16422557 tatcaagttgggtgttaccagagaagctaacaacagggttatttacctttgcgctcctccaatgttggttctaaagacaactgttcaaccttgaccagct 16422656  T
Q  107 atagctgaagctgatgttgcttaccgtcttttggagttgttctggaaaaagtgattggtcctcctgatgccttttcttcagttgcacgtgttatgttttg 206  Q
     ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16422657 gtagatgaagctggtgttgcttaccgtcttttagagttgttctgaaaaaagtgattggtcctcctgatgacttttcttcagttgcatgtgttatgttttg 16422756  T
Q  207 gtgtcgttgtagttgttttatattattatgatatgaatattattttaagaaggtgattcatgtgcattttgtttcaactttttgtcatgacttctagatg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422757 gtgtcgttgtagttgttttatattattatgatatgaatattattttaagaaggtgattcatgtgcattttgtttcaactttttgtcatgacttctagatg 16422856  T
Q  307 ctatgttatattatta-ttttaagaatgatatcatatcagtggtaatatgttacctatgtgtaatgattatgtcatgttagtttctaatgtgtaatcttg 405  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16422857 ctatgttatattattatttttaagaatgatatcatatcagtggtaatatgttacctatgtgtaatggttatgtcatgttagtttctaatgtgtaattttg 16422956  T
Q  406 ctgatgcaaatgtcaactaatttcatgaaagtcttgtcaagtccttattaatgtagaagtgttgtgccaactttaaactgtctttcctaaaattgaatca 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422957 ctgatgcaaatgtcaactaatttcatgaaagtcttgtcaagtccttattaatgtagaattgttgtgccaactttaaactgtctttcctaaaattgaatca 16423056  T
Q  506 atgtcctttttattttgcaagagatatggctttctaagcattgggaaaacattaaaaaatgataataagaaatcctttttccttcactgcatttgaagtg 605  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16423057 atgtcctttttattttgca--agatatggctttctaagcattgggaaaacattaaaaaatgataataagaaatcatttttccttcactgcatttgaagtg 16423154  T
Q  606 gtacatgcaaaggttaaacaaattaatgaatggtactttcatcatattccttttaaatccttattaatgatgaagtcttttggcaactttcaaaggtctg 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16423155 gtacatgcaaaggttaaacaaattaatgaatggtactttcatcatattcctttgaaatccttattaatgatgaagtcttttggcaactttcaatggtctg 16423254  T
Q  706 tcctaaaattgaagcattgctctttgtgtttgcgtgttatggctttcctaacattagaaaactattaaaaaatgatttccaagaatcatttttatttaag 805  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  16423255 tcctaaaattgaagcattgc-ctttgtgtttgcgtgttatggctttcctaacattagaaaactattaaaaaatgattacccataatcatttttatttaag 16423353  T
Q  806 tatatatgaaatggtgcatgcacaagttnnnnnnnctacattcaatgcccaaccaaatgttattcaatacggttaacgaagaact 890  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16423354 tatatatcaaatggtgcatgcacaagttaaaaaaactacattcaatgctcaaccaaatgttattcaatacggttaatgaagaact 16423438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University