View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7723_low_1 (Length: 1080)

Name: NF7723_low_1
Description: NF7723
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7723_low_1
NF7723_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-913)||(6703336-6704232)
chr7 (1008-1069)||(6703178-6703239)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 6704232 - 6703336
Alignment:
Q  18 gataggagatgttcttcctttcatcaattcttgaaacatctcagcacaaaaacaatacacaattcaatacactcttttatactatgtctaagcatacata 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6704232 gataggagatgttcttcctttcatcaattcttgaaacatctcagcacacaaacattacacaattcgatacactcttttatactatgtctaagcatacata 6704133  T
Q  118 tatatgtgcatgttttagtcgaaagttaatgatttaaa-gtacatatcaaactatattgttgtatttgcattggttggtgatttatgtgtactttacttt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6704132 tatatgtgcatgttttagtcgaaagttaatgatttaaaagtacatatcaaactatattgttgtatttacattggttggtgatttatgtgtactttacttt 6704033  T
Q  217 tacatacaaattaatcatcatatttatgtgcacgaggccatgcattgagtgatattattatccattagtgtatatgtgccattatggtgtgtccaccatg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6704032 tacatacaaattaatcatcatatttatgtgcacgaggccatgcattgagtgatattattatccattagtgtatatgtgccattatggtgtgtccaccatg 6703933  T
Q  317 aatgaaactttg-aatacttcatgcacacacttcattatcgaattacatcactactacttgttgcctcattattacttaataaaggtttgaatccttaca 415  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6703932 aatgcaactttgaaatacttcatgcacacacttcattatcgaattacaccactactacttgttgcctcataattacttaataaaggtttgaatccttaca 6703833  T
Q  416 agaaacggggtagcatatacattggatctttaaataatcatgcatgctctta---agatatctatagctagatctgacctaggataaaatttctaag-nn 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |       
T  6703832 agaaacggggtagcatatacattggatctttaaataatcatgcatgctcttaattagatatctatagctagatctgacctaggataaaatatctacgttt 6703733  T
Q  512 nnnnnaacaatgattagatgctaacttttcattttcatttagcttatgctaccataggtttagcttttcttgttccatatatctgagatagtttaggtct 611  Q
         ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  6703732 tttttaacaatgattagatgataacttatcatttttatttagatgatgctaccatagatttagcttttcttgttccatatatctgagataagttaggtct 6703633  T
Q  612 tgttctcttgttctccccatttgcacaatcgttcttctcttctacactattgttcatagagatatggattcttaagcaaacaaactaattaaatgaaat- 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||      ||||||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  6703632 tgttctcttgttctccccatttgcaccatccttcttctcttctacaccattgctcataga------gattcttaagcaaacaaactaataaaattaaatg 6703539  T
Q  711 taattattgcttcactttatagactatatacttctcaatcaaccttgtatttttaagaaaatatgacatgtttccactaaaattatttcaactccttaaa 810  Q
     || || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6703538 aaactagtgctttactttatagagtatatacttctcaatcaaccttgtatttttaagaaaatattacatgtttccactaaaattatttcgactccttaaa 6703439  T
Q  811 tgtgaaagaattcgatttcaacatcatcctccaaccatataacactaggtactctatcataatattcttgataaaatgtcctagaaaatcgactataatg 910  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6703438 cgtgaaagaaatcgatttcaacatcatcctccaaccatataacactaggtactctatcataatattcttgataaaatgtcctagaaaatcgactataatg 6703339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1008 - 1069
Target Start/End: Complemental strand, 6703239 - 6703178
Alignment:
Q  1008 ttggaagaatatcataccaaattaatatgatcaatggcataaacacaaattctgatgtccat 1069  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6703239 ttggaagaatatcataccaaattaatatgatcaatggcataaacacaaattctgatgtccat 6703178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University