View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7727_low_2 (Length: 806)

Name: NF7727_low_2
Description: NF7727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7727_low_2
NF7727_low_2
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (204-792)||(39509924-39510512)
chr4 (204-634)||(39520340-39520770)
chr4 (204-790)||(39574826-39575409)
chr4 (204-792)||(39579357-39579945)
chr4 (248-792)||(39542989-39543530)
chr4 (204-367)||(39524092-39524255)
chr4 (17-140)||(39520834-39520957)
chr4 (40-139)||(39510577-39510676)
chr4 (19-87)||(39580071-39580139)
chr4 (17-80)||(39575536-39575599)
chr4 (41-86)||(39524376-39524421)
chr4 (675-732)||(46271665-46271722)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (675-732)||(35904669-35904726)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (675-732)||(27539427-27539484)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 513; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 204 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 39510512 - 39509924
Alignment:
204 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgttgagaattccgaatggttgcccattccagctgccagaggagggagttctcacagcagattaactgatgcaa 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39510512 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgttgaaaattccgaatggttgccaattccagctgccagaggagggagttctcacagcagattaactgatgcaa 39510413  T
304 caacaattcaaggctcacctttacctaacataaaccttggattgaaaatccctttgcttgatcttcaatttgcaacggataattttgatgcgaagaggat 403  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
39510412 cagcaattcaaggctcccctttacctaacataaacctcggattgaaaatccccttgcttgatcttcaattcgcaacggataactttgatgcaaagaggat 39510313  T
404 tattggaaagggtggttttggaattgtttataagggagtcctcacgaatggagttagtgttgcagtgaaaagaagtgagccaggatcaggtcaaggtctg 503  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||     
39510312 aattggaaagggtggttttggaattgtttataagggagttctcaggaatggagttagtgttgcagtgaaaagaagtgagccagggtcaggtcaaggacta 39510213  T
504 cctgaatttcagactgagataatggttttgtcaaagattcgtcatcggcatcttgtttccttaattgggtattgtgatgaaaggtatgagatgatacttg 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39510212 cctgaatttcagactgagataatggttttgtcaaagattcgtcatcgacaccttgtttccttaattgggtattgtgatgaaaggtatgagatgatacttg 39510113  T
604 tttatgagtacatggaaaaggggacacttagagaaagtttgtacggtgcaaatttgcctagtttcttgacttggaagcaaaggcttgagatttgtattgg 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39510112 tttatgagtacatggaaaaggggacacttaaagaaagtttgtaaggtgcaaatttgcctagtttcttgacttggaagcaaaggcttgagatttgtattgg 39510013  T
704 tgctgctagaggtcttcattaccttcacaaaggagcagctggtggaatcattcaccgcgatgtgaagtccactaacatattgcttgatg 792  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39510012 tgctgctagaggtcttcattaccttcacaaaggagcagctggtggaatcattcaccgcgatgtgaagtccactaacatattgcttgatg 39509924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 204 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 39520770 - 39520340
Alignment:
204 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgttgagaattccgaatggttgcccattccagctgccagaggagggagttctcacagcagattaactgatgcaa 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39520770 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgttgagaattccgaatggttgcccattccagctgccagaggagggagttctcacagcagattaactgatgcaa 39520671  T
304 caacaattcaaggctcacctttacctaacataaaccttggattgaaaatccctttgcttgatcttcaatttgcaacggataattttgatgcgaagaggat 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
39520670 caacaattcaaggctcacctttacctaacataaaccttggattgaaaatccctttgcttgatcttcaatttgcaacggataatttcgatgcaaagaggat 39520571  T
404 tattggaaagggtggttttggaattgtttataagggagtcctcacgaatggagttagtgttgcagtgaaaagaagtgagccaggatcaggtcaaggtctg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39520570 tattggaaagggtggttttggaattgtttataagggagtcctcacgaatggagttagtgttgcagtgaaaagaagtgagccaggatcaggtcaaggtctg 39520471  T
504 cctgaatttcagactgagataatggttttgtcaaagattcgtcatcggcatcttgtttccttaattgggtattgtgatgaaaggtatgagatgatacttg 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39520470 cctgaatttcagactgagataatggttttgtccaagattcgtcatcggcatcttgtttccttaattgggtattgtgatgaaaggtatgagatgatacttg 39520371  T
604 tttatgagtacatggaaaaggggacacttag 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
39520370 tttatgagtacatggaaaaggggacacttag 39520340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 204 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 39575409 - 39574826
Alignment:
204 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgttgagaattccgaatggttgcccattccagctgccagaggagggagttctcacagcagattaactgatgcaa 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||| |||||| ||||   |||||||| |||||| |||| ||||||| ||| ||    
39575409 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgttgagagtttcgatttgttgccgattccaactgctgcaggagggatttctcatagcaaattaacttatggaa 39575310  T
304 caacaattcaaggctcacctttacctaacataaaccttggattgaaaatccctttgcttgatcttcaatttgcaacggataattttgatgcgaagaggat 403  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||| |||||| | || || || ||||||||| | ||||||||    
39575309 aaacaactcaaggctcacctttacctaacataaaccttggcatgaaaatctccttgcttgaccttcaaatcgccaccgagaattttgatacaaagaggat 39575210  T
404 tattggaaagggtggttttggaattgtttataagggagtcctcacgaatggagttagtgttgcagtgaaaagaagtgagccaggatcaggtcaaggtctg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | | ||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |      
39575209 tattggaaagggtggttttggaaatgtttataagggagttctcaagaatggaatgaatgtggcagtgaaaagaagcgtgccaggttcaggtcaaggacgt 39575110  T
504 cctgaatttcagactgagataatggttttgtcaaagattcgtcatcggcatcttgtttccttaattgggtattgtgatgaaaggtatgagatgatacttg 603  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    || ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
39575109 catgaatttcaaactgagataatggttttgtccaagattcgtcacatacaccttgtttccttaattgcatattgtgatgaaaggtgtgagatgatacttg 39575010  T
604 tttatgagtacatggaaaaggggacacttagagaaagtttgtacggtgcaaatttgcctagtttcttgacttggaagcaaaggcttgagatttgtattgg 703  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
39575009 tttacgagtacatggaaaatgggacacttagagataatttgtacgatacaaatttgccttgt---ttgacttggaagcaaaggcttgagatttgcattgg 39574913  T
704 tgctgctagaggtcttcattaccttcacaaaggagcagctggtggaatcattcaccgcgatgtgaagtccactaacatattgcttga 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||    
39574912 tgctgctagaggtcttcattaccttcacaaaggagtagccggtggaataatccaccgtgatgtgaaatccactaatatattgcttga 39574826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 204 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 39579945 - 39579357
Alignment:
204 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgttgagaattccgaatggttgcccattccagctgccagaggagggagttctcacagcagattaactgatgcaa 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |  ||| | | || ||||||   ||||||||  || |  || ||||||||  ||| ||    
39579945 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgtggagaattccggttttttggcgactcaagctgctgcaggagggatatcccttagaagattaacatatggaa 39579846  T
304 caacaattcaaggctcacctttacctaacataaaccttggattgaaaatccctttgcttgatcttcaatttgcaacggataattttgatgcgaagaggat 403  Q
     ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| | |||||    
39579845 aaacaactcaaggctcgcctttacctaacataaaccttggcctgaaaatctccttgcttgatcttcaattcgcaacagagaattttgatgcggataggat 39579746  T
404 tattggaaagggtggttttggaattgtttataagggagtcctcacgaatggagttagtgttgcagtgaaaagaagtgagccaggatcaggtcaaggtctg 503  Q
     || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||| |||||||||||||| | ||| || ||||||||||| ||     
39579745 aatcggaaaaggtggttttggaaatgtttataagggagttctcaagaatggaatgagtgtagcagtgaaaagaagggtgccggggtcaggtcaaggactt 39579646  T
504 cctgaatttcagactgagataatggttttgtcaaagattcgtcatcggcatcttgtttccttaattgggtattgtgatgaaaggtatgagatgatacttg 603  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
39579645 cctgaatttgaagctgagataatggttttgtccaagattcgtcacatacaccttgtttccttaattgggtattgtgatgaagggtatgagatgatacttg 39579546  T
604 tttatgagtacatggaaaaggggacacttagagaaagtttgtacggtgcaaatttgcctagtttcttgacttggaagcaaaggcttgagatttgtattgg 703  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||| ||| | |||||||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39579545 tttatgaatatatggaaaaagggacacttaaagagaatttgtacaataaaagtttgcctagttttttgacttggaagcaaaggcttgagatttgtattgg 39579446  T
704 tgctgctagaggtcttcattaccttcacaaaggagcagctggtggaatcattcaccgcgatgtgaagtccactaacatattgcttgatg 792  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
39579445 tgctgctagaggtcttcattaccttcacaaaggagttgctggtggaataatccaccgtgatgtgaaatccactaatatattgcttgatg 39579357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 248 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 39543530 - 39542989
Alignment:
248 gttgcccattccagctgccagaggagggagttctcacagcagattaactgatgcaacaacaattcaaggctcacctttacctaacataaaccttggattg 347  Q
    |||||| |||||| ||||   ||||| || |||||| |||| ||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
39543530 gttgccgattccaactgctgcaggagagatttctcatagcaaattaacttatggaaaaacaactcaaggctcacctttacctaacataaaccttggcatg 39543431  T
348 aaaatccctttgcttgatcttcaatttgcaacggataattttgatgcgaagaggattattggaaagggtggttttggaattgtttataagggagtcctca 447  Q
    |||||| | |||||||| |||||| | || || || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
39543430 aaaatctccttgcttgaccttcaaatcgccaccgagaattttgatacaaagaggattattggaaagggtggttttggaaatgtttataagggagttctca 39543331  T
448 cgaatggagttagtgttgcagtgaaaagaagtgagccaggatcaggtcaaggtctgcctgaatttcagactgagataatggttttgtcaaagattcgtca 547  Q
     ||||||| | | ||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |  | ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
39543330 agaatggaatgaatgtggcagtgaaaagaagtgtgccgggttcaggtcaaggacaacatgaatttcaaactgagataatggttctgtccaagattcgtca 39543231  T
548 tcggcatcttgtttccttaattgggtattgtgatgaaaggtatgagatgatacttgtttatgagtacatggaaaaggggacacttagagaaagtttgtac 647  Q
        || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || | ||| |||    
39543230 caaacaccttgtttccttaatagggtattgtgatgaaaggtgtgagatgatacttgtttatgagtacatggaaaatggtacacttagggagaatttatac 39543131  T
648 ggtgcaaatttgcctagtttcttgacttggaagcaaaggcttgagatttgtattggtgctgctagaggtcttcattaccttcacaaaggagcagctggtg 747  Q
      | ||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
39543130 aatacaaatttgccttgt---ttgacttggaagcaaaggcttgagatttgcattggtgctgctagaggtcttcattaccttcacaaaggagtagctggtg 39543034  T
748 gaatcattcaccgcgatgtgaagtccactaacatattgcttgatg 792  Q
    |||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||    
39543033 gaataattcaccgtgacgtgaaatccactaatatattgcttgatg 39542989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 204 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 39524255 - 39524092
Alignment:
204 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgttgagaattccgaatggttgcccattccagctgccagaggagggagttctcacagcagattaactgatgcaa 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
39524255 attagtaaaatcaggaaacaaaggcctgttgagaagtccgaatggttgcctattccagctgccagaggaggaagttctcacagcagattaactgatgcaa 39524156  T
304 caacaattcaaggctcacctttacctaacataaaccttggattgaaaatccctttgcttgatct 367  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39524155 caacaattcaaggctcgcctttacctaacataaaccttggattgaaaatccctttgcttgatct 39524092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 39520957 - 39520834
Alignment:
17 acaacctaatgtgtcggattttgtaccgaaagcatttttaaatgggctagaactaatgaaagtgattgaacaatctagtgaaattcccttcgatgatttg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39520957 acaacctaatgtgtcggattttgtaccgaaagcatttttaaatgggctagaactaatgaaagtgattgaacaatctagtgaaattcccttcgatgatttg 39520858  T
117 gattcaaaggttagtcttcctgta 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
39520857 gattcaaaggttagtcttcctgta 39520834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 40 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 39510676 - 39510577
Alignment:
40 taccgaaagcatttttaaatgggctagaactaatgaaagtgattgaacaatctagtgaaattcccttcgatgatttggattcaaaggttagtcttcctgt 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
39510676 taccgaatgcatttttaaatgggctagaactaatggaagtgattgaacaatctagtgaaattcccccggatgatatggattcgaaggttagtcttcctgt 39510577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 39580139 - 39580071
Alignment:
19 aacctaatgtgtcggattttgtaccgaaagcatttttaaatgggctagaactaatgaaagtgattgaac 87  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39580139 aacctaatgtgaccgattttgtaccgaatgcatttttaaatgggctagaactaatgaaagtgattgaac 39580071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 39575599 - 39575536
Alignment:
17 acaacctaatgtgtcggattttgtaccgaaagcatttttaaatgggctagaactaatgaaagtg 80  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
39575599 acaacctaatgtgttggattttgtaccgaacgcatttttaaatggactagaactaatgacagtg 39575536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 39524421 - 39524376
Alignment:
41 accgaaagcatttttaaatgggctagaactaatgaaagtgattgaa 86  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
39524421 accgaatgcttttttaaacgggctagaactaatgaaagtgattgaa 39524376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 675 - 732
Target Start/End: Original strand, 46271665 - 46271722
Alignment:
675 tggaagcaaaggcttgagatttgtattggtgctgctagaggtcttcattaccttcaca 732  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||| || || |||||||    
46271665 tggaagcaaaggcttgagatatgcattggagctgctcgaggtctacactatcttcaca 46271722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 675 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 35904726 - 35904669
Alignment:
675 tggaagcaaaggcttgagatttgtattggtgctgctagaggtcttcattaccttcaca 732  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
35904726 tggaagcaaaggttggagatttgcattggtgctgcaagaggtcttcattaccttcaca 35904669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 675 - 732
Target Start/End: Original strand, 27539427 - 27539484
Alignment:
675 tggaagcaaaggcttgagatttgtattggtgctgctagaggtcttcattaccttcaca 732  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||| || || |||||||    
27539427 tggaagcaaaggcttgagatatgcattggagctgctcgaggtctacactatcttcaca 27539484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University