View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF7733_high_3 (Length: 430)
Name: NF7733_high_3
Description: NF7733
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7733_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 16237118 - 16236749
Alignment:
| Q |
16 |
cattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
115 |
Q |
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| T |
16237118 |
cattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
16237019 |
T |
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| Q |
116 |
agcgtgacaagcattggcccaaaagtctctccactccacattgtgattacaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcacct |
215 |
Q |
| |
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| T |
16237018 |
agcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcacct |
16236919 |
T |
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| Q |
216 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacataaccaaggtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcat |
315 |
Q |
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| T |
16236918 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcat |
16236819 |
T |
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| Q |
316 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
385 |
Q |
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| T |
16236818 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
16236749 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 385
Target Start/End: Original strand, 32714234 - 32714603
Alignment:
| Q |
16 |
cattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
115 |
Q |
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| T |
32714234 |
cattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
32714333 |
T |
|
| Q |
116 |
agcgtgacaagcattggcccaaaagtctctccactccacattgtgattacaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcacct |
215 |
Q |
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| T |
32714334 |
agcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcacct |
32714433 |
T |
|
| Q |
216 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacataaccaaggtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcat |
315 |
Q |
| |
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| T |
32714434 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcat |
32714533 |
T |
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| Q |
316 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
385 |
Q |
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| T |
32714534 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
32714603 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 21 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 160947 - 160868
Alignment:
| Q |
21 |
tgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgttt |
101 |
Q |
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| T |
160947 |
tgataatcaccaacacaactcaaaataatatttt-agcatgtaaaggtctttgaaaattatcattatgagtttccttgttt |
160868 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 385
Target Start/End: Original strand, 28575326 - 28575695
Alignment:
| Q |
16 |
cattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
115 |
Q |
| |
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|
| T |
28575326 |
cattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
28575425 |
T |
|
| Q |
116 |
agcgtgacaagcattggcccaaaagtctctccactccacattgtgattacaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcacct |
215 |
Q |
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|
| T |
28575426 |
agcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcacct |
28575525 |
T |
|
| Q |
216 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacataaccaaggtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcat |
315 |
Q |
| |
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| T |
28575526 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagcctcaatctcat |
28575625 |
T |
|
| Q |
316 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
385 |
Q |
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| T |
28575626 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
28575695 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 385
Target Start/End: Original strand, 20633518 - 20633887
Alignment:
| Q |
16 |
cattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
115 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20633518 |
cattgtgataatcattaacataaatcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
20633617 |
T |
|
| Q |
116 |
agcgtgacaagcattggcccaaaagtctctccactccacattgtgattacaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcacct |
215 |
Q |
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|
|
| T |
20633618 |
agtgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattattattccaatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaactagataaatcacct |
20633717 |
T |
|
| Q |
216 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacataaccaaggtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcat |
315 |
Q |
| |
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| T |
20633718 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcat |
20633817 |
T |
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| Q |
316 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
385 |
Q |
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|
| T |
20633818 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttgacaatcttcc |
20633887 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 16 - 385
Target Start/End: Original strand, 38836012 - 38836381
Alignment:
| Q |
16 |
cattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
115 |
Q |
| |
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|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38836012 |
cattgtgataataattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttgtcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
38836111 |
T |
|
| Q |
116 |
agcgtgacaagcattggcccaaaagtctctccactccacattgtgattacaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcacct |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
38836112 |
agcgtgacaagcggtggcccaaaagtctctccactccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaaatataatccaactagataaatcacct |
38836211 |
T |
|
| Q |
216 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacataaccaaggtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcat |
315 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38836212 |
tcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactgcacacaatcaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcat |
38836311 |
T |
|
| Q |
316 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
385 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38836312 |
catgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
38836381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 16 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18568546 - 18568191
Alignment:
| Q |
16 |
cattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatat |
115 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
18568546 |
cattgtgataatcgttaacataactca--ataatatttttagcatgtaaaggtgtttggtaattattattatgagtttccttgtttctccaattccaaat |
18568449 |
T |
|
| Q |
116 |
agcgtgacaagcattggcccaaaagtctctccactccacattgtgattacaa-tagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcacc |
214 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
18568448 |
agcgtg-----------cccaaaagtttctccactctacattatgattcctagtagacattagtaaacaaattaaatttaatccaatgcgataaaccacc |
18568360 |
T |
|
| Q |
215 |
ttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacataaccaaggtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctca |
314 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||| | |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
18568359 |
ttcaaa-aaacttgttcttgcagcaaagtccactacacacaacgaaattgccatcgcttttagacagtccctcagtacataaatttcagactcaatctga |
18568261 |
T |
|
| Q |
315 |
tcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttcc |
385 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18568260 |
tcatgacaaaacctacacatttgattaccaatccacatcttatgcttcctc-aatttgttaacaatcttcc |
18568191 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 270 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 5699049 - 5698934
Alignment:
| Q |
270 |
gcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaat |
369 |
Q |
| |
|
||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
5699049 |
gcttttggacaatctcttaaaacatgaatctcagactcaatcacatcatgacaaaaactacacattggacttccaatccccatcttactcctcctcaaat |
5698950 |
T |
|
| Q |
370 |
ttgttaacaatcttcc |
385 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| |
|
|
| T |
5698949 |
atgttagcaatcttcc |
5698934 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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