View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7735_low_1 (Length: 933)

Name: NF7735_low_1
Description: NF7735
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7735_low_1
NF7735_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-922)||(54347160-54348075)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (673-737)||(26152414-26152478)
chr4 (676-737)||(26152277-26152338)
chr4 (628-740)||(27318348-27318460)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 922
Target Start/End: Original strand, 54347160 - 54348075
Alignment:
Q  1 gattccatatatctctttcatgataaattctctctttattgtaaaaatttctttgcaaaagtcttaataactagagggactgtatactttcattctcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  54347160 gattccatatatctctttcatgataaattctctcttaattgtaaaaatttctttgcaaaagtcttaataattagagggactatatgctttcattctcaac 54347259  T
Q  101 attaaaatgttaatagttctcaatggtccatcaaacatcaacttggtccattaatcgaccgtcaattggtctcatgaatgagactaataataacctgaac 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54347260 attaaattgttaatagttctcaatggtctatcaaacatcaacttggtccattaatcgaccatcaattggtctcatgaatgagactaataataacctgaac 54347359  T
Q  201 agttttagccaaccccattattataaattattgcaacataatgcatatatattatggaaaatagtcttaagtggacaagagacacagtgataaggacgtt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54347360 agttttagccaaccccattattataaattattgcaacataatgcatatatattatggaaaatagtcttaagtggacaagagacacagtgataaggacgtt 54347459  T
Q  301 tctgagagagagtggatactttacaatgctatataagcacgccagctgcgtctttggttcagcattatatatatttgcaagctgatcaaactccatctat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||| ||||||||    
T  54347460 tctgagagagagtggatactttacaatgctatataagcacgccagctgcgtctttggttcagcattat------ttgcaagctgatcaaaccccatctat 54347553  T
Q  401 ctatttatctatcaaacctgttgtctaattctcattattcatgcatgcacgtatctagctatatatcattatcaaactcaacatttttctatttctctga 500  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54347554 ctatttatctat-aaacctgttgtctaattctcattattcatgcatgcacgtatctagctatatatcaatatcaaactcaacatttttctatttctctga 54347652  T
Q  501 tagagtgttttctattaattgatcagtctctttgtgcagtacgtacgtacttccattgctatattaattcaatctgattgtgttata---ctacttaaga 597  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  54347653 tag--tgttttctattaattgatcagtctctttgtgcagtacgtac----ttccattgctatattaattcaatctgattgtgttatataactacttaaga 54347746  T
Q  598 attatggctgaggagaaaacaccagttcagctgaagtctcttgaggattttgattctcaaaagaaacccgaatcgaacaagtttgctttcgcctgtgcta 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54347747 attatggctgaggagaaaacaccagttcagctgaagtctcttgaggattttgattctcaaaagaaacccgaatcgaacaagtttgctttcgcctgtgcta 54347846  T
Q  698 tattggcttccatgacttccattttacttggttatggtaagtagtgacta----tataatgtatatatttacctccatacatattgatacatagctagat 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54347847 tattggcttccatgacttccattttacttggttatggtaagtagtgactacatatataatgtatatatttacctccatacatattgatacatagctagat 54347946  T
Q  794 agtaaacatgcatggaaatgtatggacattaactaactatatgtatgttattttatgttatgcagatattggggtgatgagtggagcagtgatatacata 893  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54347947 agtaaacatgcatggaaatgtatggacattaactaactatatgtatgttattttatgttatgcagatattggggtgatgagtggagcagtgatatacata 54348046  T
Q  894 aaaagagacctcaaactatctgatgtcca 922  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54348047 aaaagagacctcaaactatctaatgtcca 54348075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 673 - 737
Target Start/End: Original strand, 26152414 - 26152478
Alignment:
Q  673 aacaagtttgctttcgcctgtgctatattggcttccatgacttccattttacttggttatggtaa 737  Q
    ||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26152414 aacaagtatgcttttgcttgtgctatgttggcttccatgacttccattttgcttggatatggtaa 26152478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 676 - 737
Target Start/End: Original strand, 26152277 - 26152338
Alignment:
Q  676 aagtttgctttcgcctgtgctatattggcttccatgacttccattttacttggttatggtaa 737  Q
    |||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26152277 aagtatgcttttgcttgtgctatgttggcttccatgacttccattttgcttggatatggtaa 26152338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 628 - 740
Target Start/End: Original strand, 27318348 - 27318460
Alignment:
Q  628 ctgaagtctcttgaggattttgattctcaaaagaaacccgaatcgaacaagtttgctttcgcctgtgctatattggcttccatgacttccattttacttg 727  Q
    ||||| |||||||| ||||||| | ||||||| || | | ||  ||||||||||||||  || |||||||| |||||||| |||||||| ||  ||||||    
T  27318348 ctgaaatctcttgaagattttggtcctcaaaaaaagctcaaaaggaacaagtttgcttgtgcttgtgctatcttggcttctatgacttctatcctacttg 27318447  T
Q  728 gttatggtaagta 740  Q
    | |||||||||||    
T  27318448 gatatggtaagta 27318460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University