View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7737_low_1 (Length: 827)

Name: NF7737_low_1
Description: NF7737
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7737_low_1
NF7737_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-809)||(47316007-47316806)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (567-615)||(34868838-34868886)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 760; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 760; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 809
Target Start/End: Original strand, 47316007 - 47316806
Alignment:
Q  10 cgaagaatatttataatgctaccaagaaacttcatttggataagttaattcagatttctaccgcacactcgtttgccgtttttcaaacttcctaccctcc 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47316007 cgaaaaatatttataatgctaccaagaaacttcatttggataagttaattcagatttctaccgcacactcgtttgccgtttttcaaacttcctaccctcc 47316106  T
Q  110 ctcctcttgtaaatttaacgataatattaaacagtatatgaagccgctactagagttcttccaacaaatcggatctcctttctgtgtgaatgcttaccct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47316107 ctcctcttgtaaatttaacgataatattaaacagtatatgaagccgctactagagttcttccaacaaatcggatctcctttctgtgtgaatgcttaccct 47316206  T
Q  210 ttcctagtctatatcggtgatccggagaatattgatataaattatgctctttttcaaccaacaaagggaattgatgatccggtatataaactgcattacg 309  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47316207 ttcctagtctatattggtgatccggagaatattgatataaattatgctctttttcaaccaacaaagggaattgatgatccggtatataaactgcattacg 47316306  T
Q  310 ataacatgcttgatgctaagattgatgcggcttgtactgctttggaggatgctggagttcataaaatggaagtcatagttaccgagacggtgtgggcctc 409  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  47316307 ataacatgcttgatgctcagattgatgcagcttatactgctttggaggatgctggatttcataaaatggaagtcatagttactgagacagggtgggcctc 47316406  T
Q  410 tgcgggagatcaaaatgaagttggagcaaatgtaactaatgcaaggacgtataattataacttgcgtaagaggcttgcaaagaagaaaggaaccccacat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47316407 tgcgggagatcaaaatgaagttggagcaaatgtaactaatgcaaggacgtataattataacttgcgtaagaggcttgcaaagaagaaaggaaccccacat 47316506  T
Q  510 agacctaaagatgttttaaaggcatacatttttgcaattttcaacgaggactcaaagcctggtcctacctctgagaggaattatggattgttcaaggctg 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47316507 agacctaaagatgttttaaaggcatacatttttgcaattttcaacgaggactcaaagcctggtcctacctctgagaggaattatggattgttcaaggctg 47316606  T
Q  610 atgggagtatatcgtacaatgttgggtttcatggacttaatgctggatattcatctcatttgtctctcaaggtataatatatttcatttgatgctatgtt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47316607 atgggagtatatcgtacaatgttgggtttcatggacttaatgctggatattcatctcatttgtctctcaaggtataaaatatttcatttgatgctatgtt 47316706  T
Q  710 gtttaactttaagctcatttacaggttttctagcataagttgtatcaaagtttactatacttataaataagagactaccttattggaaactatgtatcct 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47316707 gtttaactttaagctcatttacaggttttctagcataagttgtatcaaagtttactatacttataaataagagactaccttattggaaactatgtatcct 47316806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 567 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 34868886 - 34868838
Alignment:
Q  567 cctggtcctacctctgagaggaattatggattgttcaaggctgatggga 615  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  34868886 cctggtccaacttctgagaggaattatggattgtttaagcctgatggga 34868838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University