View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7737_low_2 (Length: 776)

Name: NF7737_low_2
Description: NF7737
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7737_low_2
NF7737_low_2
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (301-761)||(1163360-1163817)
chr5 (301-761)||(3299487-3299965)
chr5 (301-761)||(3392380-3392858)
chr5 (378-761)||(1849919-1850287)
chr5 (12-243)||(1163071-1163302)
chr5 (11-218)||(40418824-40419031)
chr5 (630-761)||(39879768-39879899)
chr5 (630-761)||(40418237-40418368)
chr5 (630-761)||(38987659-38987790)
chr5 (630-761)||(39726372-39726503)
chr5 (101-229)||(3300024-3300147)
chr5 (101-229)||(3392917-3393040)
chr5 (316-617)||(40418417-40418712)
chr5 (621-761)||(39399813-39399953)
chr5 (630-761)||(39168800-39168931)
chr5 (310-580)||(38987873-38988140)
chr5 (310-580)||(39726592-39726863)
chr5 (333-580)||(39879988-39880232)
chr5 (175-229)||(1850390-1850444)
chr5 (137-218)||(38988246-38988336)
chr5 (101-218)||(39880369-39880495)
chr5 (505-562)||(39169041-39169098)
chr5 (637-738)||(40102213-40102314)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (631-761)||(25912292-25912422)
chr4 (12-218)||(25911592-25911821)
chr4 (497-617)||(25912122-25912239)
chr4 (637-703)||(44444772-44444838)
chr4 (310-417)||(25911942-25912046)
chr4 (310-421)||(44444435-44444543)
chr4 (116-181)||(44444207-44444272)
chr4 (637-671)||(43996488-43996522)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 301 - 761
Target Start/End: Original strand, 1163360 - 1163817
Alignment:
Q  301 gcatcttccttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctcc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163360 gcatcttccttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaatagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctcc 1163459  T
Q  401 aatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 500  Q
    |||||| ||||||||||   ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1163460 aatggaaaaaaaggtctataaaagggggatctgaagagtgggccagatggatggcagtaggttggatttcggtagattgctctttggtcgaagaggagtt 1163559  T
Q  501 tagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaat 600  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163560 tagggtcttgttgtagatcttttaagaagagttgataaccagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaat 1163659  T
Q  601 cttggtaatcaaaatgggacctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaa 700  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1163660 cttggtaatcaaaatgggatctcct---tcaggcaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaagatgagtcctgatttgaaaa 1163756  T
Q  701 gttgtg-cgattatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    | ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163757 g-tgtgattattatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 1163817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 301 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 3299965 - 3299487
Alignment:
Q  301 gcatcttccttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctcc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  3299965 gcatcttccttgttttggttattggaagtaacaaaacatcaatagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtggatcatc---catcaagcaaatcctcc 3299869  T
Q  401 aatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299868 aatggataaaaaggtcttctaaagggggatttgatggttgtgtcaaatggatggcagttggttcgatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 3299769  T
Q  501 tagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaat 600  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  3299768 tagtgtcttgttgtagatcttttaagaagagttgataatcagattcccacttatcctgaacagcaacaactctaccattctcctcttcggcataactaat 3299669  T
Q  601 cttggtaatcaaaatggga------------------cctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaaga 682  Q
     ||||| |||||||||| |                   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3299668 tttggtgatcaaaatggcagcaggaaggtttgtatctactcctccagaagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaaga 3299569  T
Q  683 tgagtcttgatttgaaaagttgtgcg---attatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    |||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3299568 tgagtcttgatttgaaaagttgtgtgattattatttccaatatctttcacacgagcaaccatggcatcagctaaacgatatt 3299487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 301 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 3392858 - 3392380
Alignment:
Q  301 gcatcttccttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctcc 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  3392858 gcatcttccttgttttggttattggaagtaacaaaacatcaatagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtggatcatc---catcaagcaaatcctcc 3392762  T
Q  401 aatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392761 aatggataaaaaggtcttctaaagggggatttgatggttgtgtcaaatggatggcagttggttcgatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 3392662  T
Q  501 tagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaat 600  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  3392661 tagtgtcttgttgtagatcttttaagaagagttgataatcagattcccacttatcctgaacagcaacaactctaccattctcctcttcggcataactaat 3392562  T
Q  601 cttggtaatcaaaatggga------------------cctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaaga 682  Q
     ||||| |||||||||| |                   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3392561 tttggtgatcaaaatggcagcaggaaggtttgtatctactcctccagaagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaaga 3392462  T
Q  683 tgagtcttgatttgaaaagttgtgcg---attatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    |||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3392461 tgagtcttgatttgaaaagttgtgtgattattatttccaatatctttcacacgagcaaccatggcatcagctaaacgatatt 3392380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 378 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 1850287 - 1849919
Alignment:
Q  378 atcatccatcaagcaaatcctccaatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagat 477  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  1850287 atcatccatcaagcaaatcctccaatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggt---- 1850192  T
Q  478 tgctcttcggtcgaagaggagtttagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctacca 577  Q
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1850191 -----------cgaagaggagtttagggtcttgttgtaaatcttttaagaagagttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaataactctacca 1850103  T
Q  578 ttctcctctttagcaaaactaatcttggtaatcaaaatgggacctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgac 677  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1850102 ttctcctctttagcaaaactaatcttggtaatcaaaatgggatctcct---tcaggcaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgac 1850006  T
Q  678 caagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcg---attatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1850005 taagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtgattattatttccaatatctttcacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 1849919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 1163071 - 1163302
Alignment:
Q  12 tagcagagaagatcaaaccaatgcatattagctgcttacctgcatctgtaagattcctagtgtaacacatgcatggaagacaggaaagtaaatggtgaaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163071 tagcagagaagatcaaaccaatgcatattagctgcttacctgcatctgtaagattcctagtgtaacacatgcatggaagacaggaaagtaaatggtgaaa 1163170  T
Q  112 ggaactttatatgccgaatataatgacaggcatggtttgggaagcacgatcaacacacataacttgttctaataaacataaatatcaaacagaaattgca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163171 ggaactttatatgccgaatataatgacaggcatggtttgggaagcacgatcaacacacataacttgttctaataaacataaatatcaaacagaaattgca 1163270  T
Q  212 aattgcaacaaagtaagttgttcttgttatcg 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163271 aattgcaacaaagtaagttgttcttgttatcg 1163302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 40419031 - 40418824
Alignment:
Q  11 gtagcagagaagatcaaaccaatgcatattagctgcttacctgcatctgtaagattcctagtgtaacacatgcatggaagacaggaaagtaaatggtgaa 110  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||||| || |||||||| ||||||    ||||||| ||||     |||||||    
T  40419031 gtagcagagaagatcgaaccaatgcatattagctgcttaattgtatctgtaagctttctagtgtaccacatg----gaagacatgaaa-----tggtgaa 40418941  T
Q  111 aggaactttatatgccgaatataatgacaggcatggtttgggaagcacgatcaacacacataacttgttct---------aataaacataaatatcaaac 201  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||         ||||||||||||||||||||    
T  40418940 aggaactttttatgccgaatataatgacaggcatggtttgtgaagcacgatcaacacacgtaacttgttcttgtaatcggaataaacataaatatcaaac 40418841  T
Q  202 agaaattgcaaattgca 218  Q
    |||||||||||| ||||    
T  40418840 agaaattgcaaactgca 40418824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 630 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 39879899 - 39879768
Alignment:
Q  630 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 729  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||    
T  39879899 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccagtatctttcac 39879800  T
Q  730 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  39879799 acgagcaaccacagcatcagctaaacgatatt 39879768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 630 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 40418368 - 40418237
Alignment:
Q  630 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 729  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  40418368 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccaatatctttcac 40418269  T
Q  730 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    ||||||||| |  |||| |||||||| |||||    
T  40418268 acgagcaaccacagcatcagctaaacaatatt 40418237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 630 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 38987790 - 38987659
Alignment:
Q  630 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 729  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||    
T  38987790 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaagatacgaccgagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccagtatctttcac 38987691  T
Q  730 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  38987690 acgagcaaccacagcatcagctaaacgatatt 38987659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 630 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 39726503 - 39726372
Alignment:
Q  630 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 729  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||    
T  39726503 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaagatacgaccgagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccagtatctttcac 39726404  T
Q  730 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  39726403 acgagcaaccacagcatcagctaaacgatatt 39726372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 101 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 3300147 - 3300024
Alignment:
Q  101 aaatggtgaaaggaactttatatgccgaatataat----gacaggcatggtttgggaagcacgatcaacacacataacttgttctaataaacataaatat 196  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |||| ||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300147 aaatggtgaaaggtactttatatgccgaatataattaatgacatgcatggtttgggaagcac---------acataacttgttctaataaacataaatat 3300057  T
Q  197 caaacagaaattgcaaattgcaacaaagtaagt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3300056 caaacagaaattgcaaattgcaacagagtaagt 3300024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 101 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 3393040 - 3392917
Alignment:
Q  101 aaatggtgaaaggaactttatatgccgaatataat----gacaggcatggtttgggaagcacgatcaacacacataacttgttctaataaacataaatat 196  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |||| ||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3393040 aaatggtgaaaggtactttatatgccgaatataattaatgacatgcatggtttgggaagcac---------acataacttgttctaataaacataaatat 3392950  T
Q  197 caaacagaaattgcaaattgcaacaaagtaagt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3392949 caaacagaaattgcaaattgcaacagagtaagt 3392917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 316 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 40418712 - 40418417
Alignment:
Q  316 ttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataaaaaggt 415  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||| |||   ||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  40418712 ttgttattggaacaaacaaaacattaacaaaagtgatttttgtttaagctagtaactag---atcatccgtcaagcaagtcctccaatggaacaaaaggt 40418616  T
Q  416 cttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtttagggtcttgttgta 515  Q
    ||  ||   |||  |  || |||     || |||  | ||  |||||| ||| |||||||  |||||||  || |||||||||||||| |||||||||||    
T  40418615 ctggtaggggggattacgaagggcccatcatatgtgtagcttttggtttgatctcggtaggctgctcttacgttgaagaggagtttagtgtcttgttgta 40418516  T
Q  516 aatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaatcttggtaatcaaaat 615  Q
     ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||   |||||  ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  40418515 gatcattgaagaagagttgataatcagattcccacttatcatgaagagcaacaactctaccatt---ctcttcggcataactaatcttggtgatcaaaat 40418419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 621 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 39399953 - 39399813
Alignment:
Q  621 ctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaat 720  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||     
T  39399953 ctcctcctccagacaagtcataaccaagagcatagtcaccggattttaaaatatgaccaagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccaaa 39399854  T
Q  721 atctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    || ||  ||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  39399853 attttccacacgagcaaccacggcatcagctaaacggtatt 39399813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 630 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 39168931 - 39168800
Alignment:
Q  630 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 729  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||    
T  39168931 cagacaagtcataaccaagagcatagtcaccggattttaaaatatgacctagatgagttttgatttgaaaagttgtgtcattatttccaaaatcttccac 39168832  T
Q  730 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    ||||||||| | ||||| |||||| |||||||    
T  39168831 acgagcaaccacggcatcagctaaccgatatt 39168800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 310 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 38988140 - 38987873
Alignment:
Q  310 ttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataa 409  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || | |||||||||   | |||||||| ||||||||||||| |    
T  38988140 ttgttgttgttattggaacaaacaaaacatcaacaaaagtgatttttgtttaagctagtgactagatcatc---cgtcaagcaagtcctccaatggatca 38988044  T
Q  410 aaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtttagggtctt 509  Q
    ||||||||  ||   |||  |  || |||   | || |||  | |  |||| ||||||||||||||  |||| ||   | |||||| |||| ||||||||    
T  38988043 aaaggtctggtaggggggtctacgaagggcccgtcatatgtgtagtggttgtttggatttcggtaggctgctgttatcttgaagagtagttgagggtctt 38987944  T
Q  510 gttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattc 580  Q
    |||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  38987943 gttgtagatcattgaagaagagttgataatcagattcccacttatccttgacagcaacaactctaccattc 38987873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 310 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 39726863 - 39726592
Alignment:
Q  310 ttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatc-atcatccatcaagcaaatcctccaatggata 408  Q
    ||||| || |||||||||  ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||| ||| |  ||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  39726863 ttgttgttattattggaacaaacaaaacatcaacaaaggtgatttttgtttaagctagtaactagctagatcatccgtcaagcaagtcctccaatggatc 39726764  T
Q  409 aaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtttagggtct 508  Q
    |||||||||  ||   |||  |  || |||   | || |||  | |  |||| ||||||||||||||  |||| ||   | |||||| |||| |||||||    
T  39726763 aaaaggtctgataggggggtctacgaagggcccgtcatatgtgtagtggttgtttggatttcggtagggtgctgttatcttgaagagtagttgagggtct 39726664  T
Q  509 tgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattc 580  Q
    ||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  39726663 tgttgtagatcattgaagaagagttgataatcagattcccacttatccttgacagcaacaactctaccattc 39726592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 333 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 39880232 - 39879988
Alignment:
Q  333 aaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataaaaaggtcttctaaaaggggatct 432  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||   | |||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||   |||  |||    
T  39880232 aaaacatcaacaaaagtgatttttgtttaagctagtaactagatcatc---cgtcaagcaagtcctccaatggaaaaaaaggtctggtaggggggattct 39880136  T
Q  433 gatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtttagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggt 532  Q
    || |||     || |||  | ||  |||||| ||| |||||||  |||||||  |  ||||| |||||||| || |||||||| ||| || |||||| ||    
T  39880135 gaagggcccatcatatgtgtagcttttggtttgatctcggtaggctgctcttacgctgaagatgagtttagtgttttgttgtagatcattgaagaagagt 39880036  T
Q  533 tgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattc 580  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  39880035 tgataatcagattcccacttatccttgacagcaacaactctaccattc 39879988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1850444 - 1850390
Alignment:
Q  175 ttgttctaataaacataaatatcaaacagaaattgcaaattgcaacaaagtaagt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1850444 ttgttctaataaacataaatatcaaacagaaattgtaaattgcaacaaagtaagt 1850390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 137 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 38988336 - 38988246
Alignment:
Q  137 acaggcatggtttgggaagcacgatcaacacacataacttgttct---------aataaacataaatatcaaacagaaattgcaaattgca 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38988336 acaggcatggtttgggaagcaagatcaacacacataacttgttcttgtaatcggaataaacataaatatcaaacagaaattgcaaactgca 38988246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 101 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 39880495 - 39880369
Alignment:
Q  101 aaatggtgaaaggaactttatatgccgaatataatgacaggcatggtttgggaagcacgatcaacacacataacttgttct---------aataaacata 191  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  ||| | ||||         ||||||||||    
T  39880495 aaatggtgaaagtaactttttatgccgaatatattgacagacatgttttgggaagcaagatcaacacacggaacatattcttgtgatcggaataaacata 39880396  T
Q  192 aatatcaaacagaaattgcaaattgca 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||    
T  39880395 aatatcaaacagaaattgcaaactgca 39880369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 505 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 39169098 - 39169041
Alignment:
Q  505 gtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaaca 562  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  39169098 gtcttgttgtagatcttttaaaaagagttgataatcagattcccacttaccctcaaca 39169041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 637 - 738
Target Start/End: Original strand, 40102213 - 40102314
Alignment:
Q  637 gtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgacacgagca 736  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| |  ||| |||||||||||||| | |||  | |||  ||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  40102213 gtcataaccaaaagcatggtcaccaaatttcaaaagataacccagatgagtcttgatattaaatctcgtgtcattctttccaaaatctttcacacgagca 40102312  T
Q  737 ac 738  Q
    ||    
T  40102313 ac 40102314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 83; Significance: 7e-39; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 631 - 761
Target Start/End: Original strand, 25912292 - 25912422
Alignment:
Q  631 agacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgaca 730  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||    
T  25912292 agacaggtcataaccaagagcatggtcatcgggttttagaatacgaccaagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccaatatctttcaca 25912391  T
Q  731 cgagcaactatggcattagctaaacgatatt 761  Q
    |||||||| |   ||| ||||||||||||||    
T  25912392 cgagcaaccacatcatcagctaaacgatatt 25912422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 218
Target Start/End: Original strand, 25911592 - 25911821
Alignment:
Q  12 tagcagagaagatcaaaccaatgcatattagctgcttacctgcatctgtaagattcctagtgtaacacatgcatggaagacaggaaagtaaatggt---- 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||| ||||||    |||||||||||||||||||||        
T  25911592 tagcagagaagatcaaaccaatgtatattagctgcttaactgtgtctgtaagatttctagtgtaccacatg----gaagacaggaaagtaaatggtaggg 25911687  T
Q  108 --------------gaaaggaactttatatgccgaatataatgacaggcatggtttgggaagcacgatcaacacacataacttgttct---------aat 184  Q
                  |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||         |||    
T  25911688 tgaggtgaaatagtgaaaggaattttttatgccgaatataatgacagacatggtttgggaagcatgatcaacacacgtaacttgttcttgtaatcggaat 25911787  T
Q  185 aaacataaatatcaaacagaaattgcaaattgca 218  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  25911788 aaacataagtatcaaacagaaattgcaaactgca 25911821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 497 - 617
Target Start/End: Original strand, 25912122 - 25912239
Alignment:
Q  497 agtttagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaac 596  Q
    |||||||||||||| |||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||  ||| |||    
T  25912122 agtttagggtcttgctgtagataatttaagaagagttgataatcagattcccacttatcctgaacagcaacaactctaccatt---ctcttcggcataac 25912218  T
Q  597 taatcttggtaatcaaaatgg 617  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  25912219 taatcttggtgatcaaaatgg 25912239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 637 - 703
Target Start/End: Original strand, 44444772 - 44444838
Alignment:
Q  637 gtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagtt 703  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44444772 gtcataaccaagagcatagtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagtt 44444838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 310 - 417
Target Start/End: Original strand, 25911942 - 25912046
Alignment:
Q  310 ttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataa 409  Q
    ||||| || |||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||   ||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  25911942 ttgttgttattattggaacaaacaaaacatcaacaaaagtgatttttgtttaagctagtaactag---atcatccgtcaagcaagtcctccaatggaaca 25912038  T
Q  410 aaaggtct 417  Q
    ||||||||    
T  25912039 aaaggtct 25912046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 310 - 421
Target Start/End: Original strand, 44444435 - 44444543
Alignment:
Q  310 ttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataa 409  Q
    ||||||| |||||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||   ||||||| |||||||| ||||| ||||||  |    
T  44444435 ttgttttcgttattggagtaaacaaaacatcaacaaaagtgatttttgtttaagcttgtaactag---atcatccgtcaagcaagtcctctaatggaaca 44444531  T
Q  410 aaaggtcttcta 421  Q
    |||| |||||||    
T  44444532 aaagatcttcta 44444543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 181
Target Start/End: Original strand, 44444207 - 44444272
Alignment:
Q  116 ctttatatgccgaatataatgacaggcatggtttgggaagcacgatcaacacacataacttgttct 181  Q
    ||||||||  ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  44444207 ctttatatttcgaatattatgactcgcatggtttgggaagcacgagtaacacacgtaacttgttct 44444272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 637 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 43996522 - 43996488
Alignment:
Q  637 gtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaa 671  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43996522 gtcataaccaagagcatggtcaccaggctttaaaa 43996488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University