View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7737_low_38 (Length: 366)

Name: NF7737_low_38
Description: NF7737
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7737_low_38
NF7737_low_38
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (75-338)||(26301431-26301706)
chr7 (16-157)||(26186231-26186372)
chr7 (75-339)||(19103798-19104074)
chr7 (75-330)||(26178703-26178970)
chr7 (75-330)||(26082350-26082617)
chr7 (75-330)||(26106137-26106404)
chr7 (75-330)||(26154823-26155090)
chr7 (88-330)||(26128200-26128454)
chr7 (91-329)||(26203530-26203780)
chr7 (105-327)||(26223182-26223416)
chr7 (201-330)||(26240044-26240174)
chr7 (70-326)||(26190880-26191148)
chr7 (209-313)||(26250611-26250715)
chr7 (209-312)||(26242163-26242266)
chr7 (105-191)||(26207085-26207171)
chr7 (92-191)||(26184909-26185008)
chr7 (75-191)||(26250465-26250581)
chr7 (265-329)||(26259721-26259785)
chr7 (209-312)||(26297211-26297314)
chr7 (152-194)||(26259596-26259638)
chr7 (265-322)||(26226792-26226849)
chr7 (154-191)||(26242096-26242133)
chr7 (106-191)||(26297096-26297181)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (75-311)||(44902861-44903109)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 75 - 338
Target Start/End: Original strand, 26301431 - 26301706
Alignment:
Q  75 tcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcat 174  Q
    |||||||||  | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||  |||    
T  26301431 tcaacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggtcatatgaatcctatgatagacacagcaagactatttgccaaacat 26301530  T
Q  175 ggtgttaatgttaccattatga------atgac-----ttcaacat-ccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaac 262  Q
    ||||||||||||||||| || |      ||| |     |||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26301531 ggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgcttcaacattccaaaaatctatagacgatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaac 26301630  T
Q  263 ttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttcacttaaaat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26301631 ttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttcacttgaaat 26301706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 157
Target Start/End: Original strand, 26186231 - 26186372
Alignment:
Q  16 atagctcggtagaaaaacaatctatcttggtcacagaagtaaaaacttaactttaaatatcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  26186231 atagctcggtagaaaaacaatctatcttggtcacagaaatagaaactgaactttaaatatcaacaatctcacaaccaacttcatataatttttcttccat 26186330  T
Q  116 ttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaa 157  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26186331 ttccaactcctggtcatatgattcctaggatagacgcagcaa 26186372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 75 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 19104074 - 19103798
Alignment:
Q  75 tcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcat 174  Q
    ||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||  |||    
T  19104074 tcaacaatcccataaccaacttcatgtaacttttcttccatatccaactccaggccatatgattcctatgatagacacagcaagactatttgccaaacat 19103975  T
Q  175 ggtgttaatgttac---catt-------atg--aatgacttcaacat-ccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaa 261  Q
    ||||||||||||||   ||||       |||  |||| |||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  19103974 ggtgttaatgttacaatcattgctactcatgccaatg-cttccacattccaaaaatccatagacagtgacttcaattcaggatactccatcaaaactcaa 19103876  T
Q  262 cttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttcacttaaaatg 339  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  19103875 cttattcccttcccttcagctcaagttggtcttccagatggtgttgaaaacatcaaagatggaacttcacttgaaatg 19103798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 75 - 330
Target Start/End: Original strand, 26178703 - 26178970
Alignment:
Q  75 tcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcat 174  Q
    ||||||||| || ||| |||||||| |   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  26178703 tcaacaatcccataacaaacttcatgttgtttttcttccatttccaactcctggtcatatgattcctatgatagacacagcaagactattcgccatgcat 26178802  T
Q  175 ggtgttaatgttaccattat------------gaatgacttcaaca-tccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaa 261  Q
    ||||||||||||||||| ||             |||| |||||||| |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||     
T  26178803 ggtgttaatgttaccatcatcgctacacatgccaatg-cttcaacattccaaaaatctatagacagtgacttcaattcaggatactccatcaaaactcat 26178901  T
Q  262 cttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttca 330  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||    
T  26178902 cttatacagttcccttcagctcaggtaggtctccctgatggtgttgaaaacatgaaagatggaatttca 26178970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 75 - 330
Target Start/End: Original strand, 26082350 - 26082617
Alignment:
Q  75 tcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcat 174  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||| |||| |||||| ||||||||| || ||||||| ||  | ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  26082350 tcaacaatctcataaccaacttcagataatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatccaatgatagccacagcaagactatttgccatgcat 26082449  T
Q  175 ggtgttaatgttaccattatga------atgac-----ttcaacatc-caaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaac 262  Q
    ||||||||||||||||| || |      ||| |     ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||| |    
T  26082450 ggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgcttcaacatttcaaaaagccattgacagtgacttcaattcaggatactccatcaaaactcagc 26082549  T
Q  263 ttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttca 330  Q
    ||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  26082550 ttattcagttcccgtcatctcaggtaggtctccctgatggtgttgaaaacctcaaagatggaacttca 26082617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 75 - 330
Target Start/End: Original strand, 26106137 - 26106404
Alignment:
Q  75 tcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcat 174  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||| |||| |||||| ||||||||| || ||||||| ||  | ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  26106137 tcaacaatctcataaccaacttcagataatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatccaatgatagccacagcaagactatttgccatgcat 26106236  T
Q  175 ggtgttaatgttaccattatga------atgac-----ttcaacatc-caaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaac 262  Q
    ||||||||||||||||| || |      ||| |     ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||| |    
T  26106237 ggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaatgcttcaacatttcaaaaagccattgacagtgacttcaattcaggatactccatcaaaactcagc 26106336  T
Q  263 ttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttca 330  Q
    ||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  26106337 ttattcagttcccgtcatctcaggtaggtctccctgatggtgttgaaaacctcaaagatggaacttca 26106404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 75 - 330
Target Start/End: Original strand, 26154823 - 26155090
Alignment:
Q  75 tcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcat 174  Q
    ||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||| || ||||||| || || ||| ||| |||| ||||||||||| | ||||    
T  26154823 tcaacaatcccataaccaacttcatgtaacttttcttccacatccaagtcctggccatatgaatcctatgattgacacagctagactatttgcaaagcat 26154922  T
Q  175 ggtgttaatgttaccattatga------atga-----cttcaacat-ccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaac 262  Q
    ||||||||||| ||||| || |      |||      ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |    
T  26154923 ggtgttaatgtgaccatcatcactacgcatgctaatgcttcaacattccaaaaatccatagacagtgacttcaattcaggataccctatcaaaacacatc 26155022  T
Q  263 ttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttca 330  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  26155023 ttatcaagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacatgaaagatggaacttca 26155090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 88 - 330
Target Start/End: Original strand, 26128200 - 26128454
Alignment:
Q  88 aaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgtta 187  Q
    |||||||||||| |   ||||||| ||| ||||| ||| || ||||||| || || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26128200 aaccaacttcatgttgtttttctttcatatccaagtcctggccatatgaatcctatgattgacacagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgtta 26128299  T
Q  188 ccattatga------atga-----cttcaacat-ccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaacttattcagttccc 275  Q
    |||| || |      |||      | ||||||| ||||||| |||| |||| ||||  || || ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  26128300 ccatcatcactacacatgctaatgcctcaacattccaaaaagccatagacagtgacaccagtttaggatactccattaaaactcaacttattcagttccc 26128399  T
Q  276 ttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttca 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  26128400 ttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacatgaaagatggaacttca 26128454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 91 - 329
Target Start/End: Original strand, 26203530 - 26203780
Alignment:
Q  91 caacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttacca 190  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  26203530 caactgcatgtaacttttcttccatttccaactcctggccatatgattcctatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttacca 26203629  T
Q  191 ttatga------atg-----acttcaa-catccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaacttattcagttcccttc 278  Q
    | || |      |||      |||||| | |||||||| | || |||| ||||||||||||||||||| | || || ||||| |||||||||||||||||    
T  26203630 tcatcactacacatgctaatgcttcaaccttccaaaaagcgatagacagtgacttcaattcaggatactccatcaagactcatcttattcagttcccttc 26203729  T
Q  279 agctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttc 329  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  26203730 agctcaagtttgtcttccagatggtgttgaaaatctcaaagatggaacttc 26203780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 105 - 327
Target Start/End: Original strand, 26223182 - 26223416
Alignment:
Q  105 ttttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttaccattatga------at 198  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||   | ||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |      ||    
T  26223182 ttttcttccatttccaactcctggtcatatgatttcaatgattgacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccatcatcactacacat 26223281  T
Q  199 gac-----ttcaacat-ccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaacttattcagttcccttcagctcaagttggtc 292  Q
    | |     ||| |||| |||||||||  | |||  ||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||    
T  26223282 gccaatgcttccacattccaaaaatctgtagactgtgacttcaattcaggatactccatcaaaactcatcttatacagttcccttcagctcaggtaggtc 26223381  T
Q  293 tccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaact 327  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  26223382 tccctgatggtattgaaaacatcaaagatggaact 26223416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 201 - 330
Target Start/End: Original strand, 26240044 - 26240174
Alignment:
Q  201 cttcaacat-ccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaacttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctga 299  Q
    ||||||||| ||||||| |||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||    
T  26240044 cttcaacattccaaaaagccatagagagtgacttcaattcagcataccctattaaaacccaacttcttcaattcccttcaacttaagttggtctccctga 26240143  T
Q  300 tggtgttgaaaacttcaatgatggaacttca 330  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  26240144 tggtgttgaaaacatgaaagatggaacttca 26240174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 70 - 326
Target Start/End: Original strand, 26190880 - 26191148
Alignment:
Q  70 aaatatcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgcca 169  Q
    |||| ||||||||| || |||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||| || |||||||||| || ||| ||| | ||||||||||| ||||    
T  26190880 aaatctcaacaatcccataacccacttcatgtaacttttcttccatttccatctcctggccatatgattcctatgattgacactgcaagactattagcca 26190979  T
Q  170 tgcatggtgttaatgttaccattatga------atgac-----ttcaacat-ccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaac 257  Q
      |||||||||||||| ||||| || |      ||| |     |||||||| ||||||| |||| |||| |||||||| || ||||||| | || |||||    
T  26190980 aacatggtgttaatgtaaccatcattactacacatgccaatgcttcaacattccaaaaaaccatagacagtgacttcagtttaggatactccatcaaaac 26191079  T
Q  258 tcaacttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaac 326  Q
    ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  26191080 tcatcttattgaattcccttcagctcaagttggtcttccagatggtgttgaaaatctcaaagatggaac 26191148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 209 - 313
Target Start/End: Original strand, 26250611 - 26250715
Alignment:
Q  209 tccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaacttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttga 308  Q
    ||||||||||||| || | |||| ||| || ||||||| | || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26250611 tccaaaaatccatagatagtgacatcagtttaggatactccatcaaaactcaacttcttcagtttccttcagctcaagttggtctacctgacggtgttga 26250710  T
Q  309 aaact 313  Q
    |||||    
T  26250711 aaact 26250715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 209 - 312
Target Start/End: Original strand, 26242163 - 26242266
Alignment:
Q  209 tccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaacttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttga 308  Q
    ||||||||||||| || | |||  ||| || ||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  26242163 tccaaaaatccatagatagtgatgtcagtttaggatactccatcaaaactcaacttcttcagttcccttctgctcaagttggtctccctgaaggtattga 26242262  T
Q  309 aaac 312  Q
    ||||    
T  26242263 aaac 26242266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 191
Target Start/End: Original strand, 26207085 - 26207171
Alignment:
Q  105 ttttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttaccat 191  Q
    |||||| |||| ||||||||| || |||||||  | || ||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26207085 ttttctaccatatccaactcctggccatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttaatgttaccat 26207171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 92 - 191
Target Start/End: Original strand, 26184909 - 26185008
Alignment:
Q  92 aacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttaccat 191  Q
    |||||||| ||| |||| |||||| ||||||||| || ||||||| ||  | ||||| | || ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  26184909 aacttcatgtaatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatcccatgatagccacatcaagactatttgcaaagcatggtgttaatgtcaccat 26185008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 191
Target Start/End: Original strand, 26250465 - 26250581
Alignment:
Q  75 tcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcat 174  Q
    |||||||||  | |||||||||||| |   ||||||||||| |||| || | ||||||||||  | || ||| ||| | |||||||||||||| |  |||    
T  26250465 tcaacaatccaataaccaacttcatgttgtttttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacactgcaagactatttgctaaacat 26250564  T
Q  175 ggtgttaatgttaccat 191  Q
    |||||||||||||||||    
T  26250565 ggtgttaatgttaccat 26250581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 329
Target Start/End: Original strand, 26259721 - 26259785
Alignment:
Q  265 attcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatggaacttc 329  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  26259721 attcaattcccttcagcacaagttggtcttccagaaggtgtcgaaaacatcaaagatggaacttc 26259785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 209 - 312
Target Start/End: Original strand, 26297211 - 26297314
Alignment:
Q  209 tccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaacttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttga 308  Q
    ||||||||||||| || | |||| ||| || ||||||| | || |||||| ||||| ||||||||||| ||  | ||||||||||||| || ||| ||||    
T  26297211 tccaaaaatccatagatagtgacatcagtttaggatactccatcaaaactaaacttcttcagttccctgcaaatgaagttggtctcccagagggtattga 26297310  T
Q  309 aaac 312  Q
    ||||    
T  26297311 aaac 26297314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 194
Target Start/End: Original strand, 26259596 - 26259638
Alignment:
Q  152 cagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttaccattat 194  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||    
T  26259596 cagcaagactatttgcaaagcatggtattaatgttaccattat 26259638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 322
Target Start/End: Original strand, 26226792 - 26226849
Alignment:
Q  265 attcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaacttcaatgatg 322  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  26226792 attcaattccctgcagcccaagttggtcttccagatggtgttgaaaacatcaaagatg 26226849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 191
Target Start/End: Original strand, 26242096 - 26242133
Alignment:
Q  154 gcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttaccat 191  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26242096 gcaagactatttgcaaagcatggtgttaatgttaccat 26242133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 191
Target Start/End: Original strand, 26297096 - 26297181
Alignment:
Q  106 tttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgttaccat 191  Q
    |||||||||| |||| || | ||||||||||  | || ||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||    
T  26297096 tttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccat 26297181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 75 - 311
Target Start/End: Original strand, 44902861 - 44903109
Alignment:
Q  75 tcaacaatctcacaaccaacttcatttaaattttcttccatttccaactcccggtcatatgattcttaggatagacgcagcaagactatttgccatgcat 174  Q
    |||||||||  | |||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||  | | ||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  44902861 tcaacaatccaataaccaacttcatgtagtttttcttccatatccaactcctggccatatgattcccatggtagacacagcaagactatttgcaaagcat 44902960  T
Q  175 ggtgttaatgttaccattatga------atgac-----ttcaacat-ccaaaaatccattgacaatgacttcaattcaggataccctattaaaactcaac 262  Q
    ||||||||||||||||| || |      ||| |     |||||| | |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |    
T  44902961 ggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaacgcttcaactttccaagaatccatagacagtgacttcaattcaggatactctatcaaaactcagc 44903060  T
Q  263 ttattcagttcccttcagctcaagttggtctccctgatggtgttgaaaa 311  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  44903061 ttattcagttcccttcatcccaagttggtcttcctgatggaattgaaaa 44903109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University