View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7737_low_5 (Length: 619)

Name: NF7737_low_5
Description: NF7737
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7737_low_5
NF7737_low_5
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (144-604)||(1163360-1163817)
chr5 (144-604)||(3299487-3299965)
chr5 (144-604)||(3392380-3392858)
chr5 (221-604)||(1849919-1850287)
chr5 (473-604)||(39879768-39879899)
chr5 (473-604)||(40418237-40418368)
chr5 (473-604)||(38987659-38987790)
chr5 (473-604)||(39726372-39726503)
chr5 (159-460)||(40418417-40418712)
chr5 (464-604)||(39399813-39399953)
chr5 (473-604)||(39168800-39168931)
chr5 (153-423)||(38987873-38988140)
chr5 (153-423)||(39726592-39726863)
chr5 (176-423)||(39879988-39880232)
chr5 (348-405)||(39169041-39169098)
chr5 (54-86)||(1163270-1163302)
chr5 (18-55)||(1163215-1163252)
chr5 (480-581)||(40102213-40102314)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (474-604)||(25912292-25912422)
chr4 (340-460)||(25912122-25912239)
chr4 (480-546)||(44444772-44444838)
chr4 (153-260)||(25911942-25912046)
chr4 (153-264)||(44444435-44444543)
chr4 (480-514)||(43996488-43996522)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 144 - 604
Target Start/End: Original strand, 1163360 - 1163817
Alignment:
Q  144 gcatcttccttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctcc 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163360 gcatcttccttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaatagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctcc 1163459  T
Q  244 aatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 343  Q
    |||||| ||||||||||   ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1163460 aatggaaaaaaaggtctataaaagggggatctgaagagtgggccagatggatggcagtaggttggatttcggtagattgctctttggtcgaagaggagtt 1163559  T
Q  344 tagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaat 443  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163560 tagggtcttgttgtagatcttttaagaagagttgataaccagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaat 1163659  T
Q  444 cttggtaatcaaaatgggacctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaa 543  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1163660 cttggtaatcaaaatgggatctcct---tcaggcaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaagatgagtcctgatttgaaaa 1163756  T
Q  544 gttgtg-cgattatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    | ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163757 g-tgtgattattatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 1163817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 144 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 3299965 - 3299487
Alignment:
Q  144 gcatcttccttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctcc 243  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  3299965 gcatcttccttgttttggttattggaagtaacaaaacatcaatagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtggatcatc---catcaagcaaatcctcc 3299869  T
Q  244 aatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 343  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299868 aatggataaaaaggtcttctaaagggggatttgatggttgtgtcaaatggatggcagttggttcgatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 3299769  T
Q  344 tagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaat 443  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  3299768 tagtgtcttgttgtagatcttttaagaagagttgataatcagattcccacttatcctgaacagcaacaactctaccattctcctcttcggcataactaat 3299669  T
Q  444 cttggtaatcaaaatggga------------------cctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaaga 525  Q
     ||||| |||||||||| |                   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3299668 tttggtgatcaaaatggcagcaggaaggtttgtatctactcctccagaagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaaga 3299569  T
Q  526 tgagtcttgatttgaaaagttgtgcg---attatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    |||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3299568 tgagtcttgatttgaaaagttgtgtgattattatttccaatatctttcacacgagcaaccatggcatcagctaaacgatatt 3299487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 144 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 3392858 - 3392380
Alignment:
Q  144 gcatcttccttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctcc 243  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  3392858 gcatcttccttgttttggttattggaagtaacaaaacatcaatagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtggatcatc---catcaagcaaatcctcc 3392762  T
Q  244 aatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 343  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392761 aatggataaaaaggtcttctaaagggggatttgatggttgtgtcaaatggatggcagttggttcgatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtt 3392662  T
Q  344 tagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaat 443  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  3392661 tagtgtcttgttgtagatcttttaagaagagttgataatcagattcccacttatcctgaacagcaacaactctaccattctcctcttcggcataactaat 3392562  T
Q  444 cttggtaatcaaaatggga------------------cctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaaga 525  Q
     ||||| |||||||||| |                   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3392561 tttggtgatcaaaatggcagcaggaaggtttgtatctactcctccagaagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaaga 3392462  T
Q  526 tgagtcttgatttgaaaagttgtgcg---attatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    |||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3392461 tgagtcttgatttgaaaagttgtgtgattattatttccaatatctttcacacgagcaaccatggcatcagctaaacgatatt 3392380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 221 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 1850287 - 1849919
Alignment:
Q  221 atcatccatcaagcaaatcctccaatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  1850287 atcatccatcaagcaaatcctccaatggataaaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggt---- 1850192  T
Q  321 tgctcttcggtcgaagaggagtttagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctacca 420  Q
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1850191 -----------cgaagaggagtttagggtcttgttgtaaatcttttaagaagagttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaataactctacca 1850103  T
Q  421 ttctcctctttagcaaaactaatcttggtaatcaaaatgggacctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgac 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1850102 ttctcctctttagcaaaactaatcttggtaatcaaaatgggatctcct---tcaggcaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgac 1850006  T
Q  521 caagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcg---attatttccaatatctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1850005 taagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtgattattatttccaatatctttcacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 1849919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 473 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 39879899 - 39879768
Alignment:
Q  473 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||    
T  39879899 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccagtatctttcac 39879800  T
Q  573 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  39879799 acgagcaaccacagcatcagctaaacgatatt 39879768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 473 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 40418368 - 40418237
Alignment:
Q  473 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  40418368 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaaaatacgaccaagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccaatatctttcac 40418269  T
Q  573 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    ||||||||| |  |||| |||||||| |||||    
T  40418268 acgagcaaccacagcatcagctaaacaatatt 40418237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 473 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 38987790 - 38987659
Alignment:
Q  473 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||    
T  38987790 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaagatacgaccgagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccagtatctttcac 38987691  T
Q  573 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  38987690 acgagcaaccacagcatcagctaaacgatatt 38987659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 473 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 39726503 - 39726372
Alignment:
Q  473 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||    
T  39726503 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccgggttttaagatacgaccgagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccagtatctttcac 39726404  T
Q  573 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    ||||||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  39726403 acgagcaaccacagcatcagctaaacgatatt 39726372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 159 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 40418712 - 40418417
Alignment:
Q  159 ttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataaaaaggt 258  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||| |||   ||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  40418712 ttgttattggaacaaacaaaacattaacaaaagtgatttttgtttaagctagtaactag---atcatccgtcaagcaagtcctccaatggaacaaaaggt 40418616  T
Q  259 cttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtttagggtcttgttgta 358  Q
    ||  ||   |||  |  || |||     || |||  | ||  |||||| ||| |||||||  |||||||  || |||||||||||||| |||||||||||    
T  40418615 ctggtaggggggattacgaagggcccatcatatgtgtagcttttggtttgatctcggtaggctgctcttacgttgaagaggagtttagtgtcttgttgta 40418516  T
Q  359 aatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaactaatcttggtaatcaaaat 458  Q
     ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||   |||||  ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  40418515 gatcattgaagaagagttgataatcagattcccacttatcatgaagagcaacaactctaccatt---ctcttcggcataactaatcttggtgatcaaaat 40418419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 464 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 39399953 - 39399813
Alignment:
Q  464 ctcctccagcagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaat 563  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||     
T  39399953 ctcctcctccagacaagtcataaccaagagcatagtcaccggattttaaaatatgaccaagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccaaa 39399854  T
Q  564 atctttgacacgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    || ||  ||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||    
T  39399853 attttccacacgagcaaccacggcatcagctaaacggtatt 39399813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 473 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 39168931 - 39168800
Alignment:
Q  473 cagacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgac 572  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||    
T  39168931 cagacaagtcataaccaagagcatagtcaccggattttaaaatatgacctagatgagttttgatttgaaaagttgtgtcattatttccaaaatcttccac 39168832  T
Q  573 acgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    ||||||||| | ||||| |||||| |||||||    
T  39168831 acgagcaaccacggcatcagctaaccgatatt 39168800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 153 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 38988140 - 38987873
Alignment:
Q  153 ttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataa 252  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || | |||||||||   | |||||||| ||||||||||||| |    
T  38988140 ttgttgttgttattggaacaaacaaaacatcaacaaaagtgatttttgtttaagctagtgactagatcatc---cgtcaagcaagtcctccaatggatca 38988044  T
Q  253 aaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtttagggtctt 352  Q
    ||||||||  ||   |||  |  || |||   | || |||  | |  |||| ||||||||||||||  |||| ||   | |||||| |||| ||||||||    
T  38988043 aaaggtctggtaggggggtctacgaagggcccgtcatatgtgtagtggttgtttggatttcggtaggctgctgttatcttgaagagtagttgagggtctt 38987944  T
Q  353 gttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattc 423  Q
    |||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  38987943 gttgtagatcattgaagaagagttgataatcagattcccacttatccttgacagcaacaactctaccattc 38987873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 153 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 39726863 - 39726592
Alignment:
Q  153 ttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatc-atcatccatcaagcaaatcctccaatggata 251  Q
    ||||| || |||||||||  ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||| ||| |  ||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  39726863 ttgttgttattattggaacaaacaaaacatcaacaaaggtgatttttgtttaagctagtaactagctagatcatccgtcaagcaagtcctccaatggatc 39726764  T
Q  252 aaaaggtcttctaaaaggggatctgatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtttagggtct 351  Q
    |||||||||  ||   |||  |  || |||   | || |||  | |  |||| ||||||||||||||  |||| ||   | |||||| |||| |||||||    
T  39726763 aaaaggtctgataggggggtctacgaagggcccgtcatatgtgtagtggttgtttggatttcggtagggtgctgttatcttgaagagtagttgagggtct 39726664  T
Q  352 tgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattc 423  Q
    ||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  39726663 tgttgtagatcattgaagaagagttgataatcagattcccacttatccttgacagcaacaactctaccattc 39726592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 176 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 39880232 - 39879988
Alignment:
Q  176 aaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataaaaaggtcttctaaaaggggatct 275  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||   | |||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||   |||  |||    
T  39880232 aaaacatcaacaaaagtgatttttgtttaagctagtaactagatcatc---cgtcaagcaagtcctccaatggaaaaaaaggtctggtaggggggattct 39880136  T
Q  276 gatgggtgggccagatggatggcagttggttggatttcggtagattgctcttcggtcgaagaggagtttagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggt 375  Q
    || |||     || |||  | ||  |||||| ||| |||||||  |||||||  |  ||||| |||||||| || |||||||| ||| || |||||| ||    
T  39880135 gaagggcccatcatatgtgtagcttttggtttgatctcggtaggctgctcttacgctgaagatgagtttagtgttttgttgtagatcattgaagaagagt 39880036  T
Q  376 tgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattc 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  39880035 tgataatcagattcccacttatccttgacagcaacaactctaccattc 39879988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 348 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 39169098 - 39169041
Alignment:
Q  348 gtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaaca 405  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  39169098 gtcttgttgtagatcttttaaaaagagttgataatcagattcccacttaccctcaaca 39169041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 54 - 86
Target Start/End: Original strand, 1163270 - 1163302
Alignment:
Q  54 aaattgcaacaaagtaagttgttcttgttatcg 86  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163270 aaattgcaacaaagtaagttgttcttgttatcg 1163302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 55
Target Start/End: Original strand, 1163215 - 1163252
Alignment:
Q  18 cacgataaacacacataacttgttctgataaacataaa 55  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1163215 cacgatcaacacacataacttgttctaataaacataaa 1163252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 480 - 581
Target Start/End: Original strand, 40102213 - 40102314
Alignment:
Q  480 gtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgacacgagca 579  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| |  ||| |||||||||||||| | |||  | |||  ||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  40102213 gtcataaccaaaagcatggtcaccaaatttcaaaagataacccagatgagtcttgatattaaatctcgtgtcattctttccaaaatctttcacacgagca 40102312  T
Q  580 ac 581  Q
    ||    
T  40102313 ac 40102314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 474 - 604
Target Start/End: Original strand, 25912292 - 25912422
Alignment:
Q  474 agacaggtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagttgtgcgattatttccaatatctttgaca 573  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||    
T  25912292 agacaggtcataaccaagagcatggtcatcgggttttagaatacgaccaagatgagtcctgatttgaaaagttgtgtcattatttccaatatctttcaca 25912391  T
Q  574 cgagcaactatggcattagctaaacgatatt 604  Q
    |||||||| |   ||| ||||||||||||||    
T  25912392 cgagcaaccacatcatcagctaaacgatatt 25912422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 340 - 460
Target Start/End: Original strand, 25912122 - 25912239
Alignment:
Q  340 agtttagggtcttgttgtaaatcttttaagaagggttgataatcagattcccacttatcctgaacaggaacaactctaccattctcctctttagcaaaac 439  Q
    |||||||||||||| |||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||  ||| |||    
T  25912122 agtttagggtcttgctgtagataatttaagaagagttgataatcagattcccacttatcctgaacagcaacaactctaccatt---ctcttcggcataac 25912218  T
Q  440 taatcttggtaatcaaaatgg 460  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  25912219 taatcttggtgatcaaaatgg 25912239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 480 - 546
Target Start/End: Original strand, 44444772 - 44444838
Alignment:
Q  480 gtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagtt 546  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44444772 gtcataaccaagagcatagtcaccaggttttaaaatacgaccaagatgagtcttgatttgaaaagtt 44444838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 153 - 260
Target Start/End: Original strand, 25911942 - 25912046
Alignment:
Q  153 ttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataa 252  Q
    ||||| || |||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||   ||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  25911942 ttgttgttattattggaacaaacaaaacatcaacaaaagtgatttttgtttaagctagtaactag---atcatccgtcaagcaagtcctccaatggaaca 25912038  T
Q  253 aaaggtct 260  Q
    ||||||||    
T  25912039 aaaggtct 25912046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 153 - 264
Target Start/End: Original strand, 44444435 - 44444543
Alignment:
Q  153 ttgtttttgttattggaagtaacaaaacatcaacagaagtgatgtttgtttaagcttgtaagtagatcatcatccatcaagcaaatcctccaatggataa 252  Q
    ||||||| |||||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||   ||||||| |||||||| ||||| ||||||  |    
T  44444435 ttgttttcgttattggagtaaacaaaacatcaacaaaagtgatttttgtttaagcttgtaactag---atcatccgtcaagcaagtcctctaatggaaca 44444531  T
Q  253 aaaggtcttcta 264  Q
    |||| |||||||    
T  44444532 aaagatcttcta 44444543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 480 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 43996522 - 43996488
Alignment:
Q  480 gtcataaccaagagcatggtcaccaggttttaaaa 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43996522 gtcataaccaagagcatggtcaccaggctttaaaa 43996488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University