View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7739_low_18 (Length: 523)

Name: NF7739_low_18
Description: NF7739
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7739_low_18
NF7739_low_18
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-523)||(2700414-2700936)
chr2 (2-522)||(2692713-2693233)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-523)||(14521789-14522311)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 519; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 2700936 - 2700414
Alignment:
Q  1 aggtgaagttttagtctcagatggctacaacttcgtgatgggtttctttgggtttgaaaattcttcttcacgttacgttggtatttggtactacaacatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2700936 aggtgaagttttagtctcagatggctacaacttcgtgatgggtttctttgggtttgaaaattcttcttcacgttacgttggtatttggtactacaacatt 2700837  T
Q  101 cctggacccgaagttatttgggttgcaaacagaaacaaacccatcaatggaaacggtggttccttcactgtatcaacaaacggaaacttagttatccttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2700836 cctggacccgaagttatttgggttgcaaacagaaacaaacccatcaatggaaacggtggttccttcactgtatcaacaaacggaaacttagttatccttg 2700737  T
Q  201 atggaaacaaaaaccaactttggtcaaccaatgtttctatcattcaaaccaataagaataactcggaagctgttcttcgagatgatggtaatcttgttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2700736 atggaaacaaaaaccaactttggtcaaccaatgtttctatcatccaaaccaataagaataactcggaagctgttcttcgagatgatggtaatcttgttct 2700637  T
Q  301 ttcaaatgagaaagtggtgttatgggaaagctttgagaatccaagcgatacttatgtacctggtatgaaagttcctgttaatgggaagagttttttcttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2700636 ttcaaatgagaaagtggtgttatgggaaagctttgagaatccaagcgatacttatgtacctggtatgaaagttcctgttaatgggaagagttttttcttc 2700537  T
Q  401 acttcatggaaatcaagtacagatccttcattagggaaccatactatgggagttgatcctgcagggttaccaacacagatagtagtttgggagggagaca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2700536 acttcatggaaatcaagtacagatccttcattagggaaccatactatgggagttgatcctgcagggttaccaacacagatagtagtttgggagggagaca 2700437  T
Q  501 gaagaacatggagaagtggttat 523  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  2700436 gaagaacatggagaagtggttat 2700414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 2 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 2693233 - 2692713
Alignment:
Q  2 ggtgaagttttagtctcagatggctacaacttcgtgatgggtttctttgggtttgaaaattcttcttcacgttacgttggtatttggtactacaacattc 101  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||| || | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  2693233 ggtgaagttttattctcagatgggcacaacttcgtaatgggtttctttggttttcaagactcttcttctcgttatgttggaatttggtactacaacattc 2693134  T
Q  102 ctggacccgaagttatttgggttgcaaacagaaacaaacccatcaatggaaacggtggttccttcactgtatcaacaaacggaaacttagttatccttga 201  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || ||| || ||  |||||| || ||||||||||||||    
T  2693133 ctggtccagaagttatttgggttgcaaacagaaacacacccatcaatggcaatggtggttcttttactataacagaaaacggtaatttagttatccttga 2693034  T
Q  202 tggaaacaaaaaccaactttggtcaaccaatgtttctatcattcaaaccaataagaataactcggaagctgttcttcgagatgatggtaatcttgttctt 301  Q
    || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | | ||| || ||||| ||||||| | |||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  2693033 tgaaaacaaaaaccaactatggtctaccaatgtttccagcgttcgaaacaatatgaataacactgaagcttttgttagagatgatggtaatcttgttctt 2692934  T
Q  302 tcaaatgagaaagtggtgttatgggaaagctttgagaatccaagcgatacttatgtacctggtatgaaagttcctgttaatgggaagagttttttcttca 401  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2692933 tcaaatgataatgtggtgttatgggaaagctttaagcatccaagtgatacttatgtacctggtatgaaagttcctgtgaatgggaagagttttttcttca 2692834  T
Q  402 cttcatggaaatcaagtacagatccttcattagggaaccatactatgggagttgatcctgcagggttaccaacacagatagtagtttgggagggagacag 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||| ||    
T  2692833 cttcatggaaatcaagtacagatccttcattagggaatcatactttgggagttgatcctaacgggttaccaccacaggtagtagttagggatggagagag 2692734  T
Q  502 aagaacatggagaagtggtta 522  Q
    || || |||||||||||||||    
T  2692733 aaaaatatggagaagtggtta 2692713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 14522311 - 14521789
Alignment:
Q  1 aggtgaagttttagtctcagatggctacaacttcgtgatgggtttctttgggtttgaaaattcttcttcacgttacgttggtatttggtactacaacatt 100  Q
    |||||| |||||| |||||||||| | |||||| |  |||||||||||||| || |  || |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||     
T  14522311 aggtgatgttttattctcagatggtttcaactttgctatgggtttctttggtttcggcaactcttcttctcgttatgtcggtatttggtactataacata 14522212  T
Q  101 cctggacccgaagttatttgggttgcaaacagaaacaaacccatcaatggaaacggtggttccttcactgtatcaacaaacggaaacttagttatccttg 200  Q
    ||||||||  |  |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||| |   ||| || || || ||||||||||    
T  14522211 cctggaccgcagattatttgggttgcaaatagaaacacacccataaatggcaaccgtggttctttcactgtagcggaaaatggtaatttggttatccttg 14522112  T
Q  201 atggaaacaaaaaccaactttggtcaaccaatgtttctatcattcaaaccaataagaataactcggaagctgttcttcgagatgatggtaatcttgttct 300  Q
    ||| ||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14522111 atgaaaacaaaaaccaaatatggtcgacaaatgtttctatcagtcaaaacaatacggataactatgaagctgttcttagagatgatggtaatcttgttct 14522012  T
Q  301 ttcaaatgagaaagtggtgttatgggaaagctttgagaatccaagcgatacttatgtacctggtatgaaagttcctgttaatgggaagagttttttcttc 400  Q
    | | |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14522011 tgcgaatgagaatgcggtgttatgggaaagctttgagaatccatgtgatacttatgtacctggtatgaaagttcctgtgaatgggaagagttttttcttc 14521912  T
Q  401 acttcatggaaatcaagtacagatccttcattagggaaccatactatgggagttgatcctgcagggttaccaacacagatagtagtttgggagggagaca 500  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| ||| |||||||||| ||||| || | |||||||| || || |    
T  14521911 acatcatggaaatcaagtacagatccttcaatagggaaccataaaatgggaattgatactgtagggttaccaccacaggtatttgtttgggaaggtgaga 14521812  T
Q  501 gaagaacatggagaagtggttat 523  Q
    ||| || ||||||||||||||||    
T  14521811 gaaaaaaatggagaagtggttat 14521789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University