View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7741_low_3 (Length: 832)

Name: NF7741_low_3
Description: NF7741
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7741_low_3
NF7741_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-817)||(6994554-6995368)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 721; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 721; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 817
Target Start/End: Original strand, 6994554 - 6995368
Alignment:
Q  1 tggtgctctatttggcattgaaattatagggttggcattggaggacacaaacacaacaaaactagtaaagaatgggcagggttggtaagttttatgtgtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6994554 tggtgctctatttggcattgaaattatagggttggcattggaggacacaaacacaacaaaactagtaaagaatgggcagggttggtaagttttatgtgtg 6994653  T
Q  101 gtgtgaaggaattgtttacagctgtaatgtaacaagtttgtgatggtacggtaattataataattataatgtacaaacgaatcagttcaatttttggctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6994654 gtgtgaaggaattgtttacagctgtaatgtaacaagtttgtgatggtacggtaattataataattataatgtacaaacgaatcagttcaatttttggctt 6994753  T
Q  201 gtaatgtctgagtaacgaatattgtgtgtatgtaatgtatgtaagtatatatgggtcctccacacatcacatcgattgaaattaaccagattgtgtatag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6994754 gtaatgtctgagtaacgaatattgtgtgtatgtaatgtatgtaagtatatatgggtcctccacacatcacatcgattgaaattaaccagattgtgtatag 6994853  T
Q  301 tctttgccagcaagactcaaacagatccacttgannnnnnnngcagttttaggcaaagagggtgttagaattgattaaaaatactatgtattaatattat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6994854 tctttgccagcaagactcaaacagatccacttgattttttttgcagttttaggcaaagagggttttagaattgattaaaaatactatgtattaatattat 6994953  T
Q  401 taaggtgaaggttacttgttggagaaagagtaaggcatggcatattgaaaacatgcaactacgaaatattattatactgttgagattgagctgtgaatag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6994954 taaggtgaaggttacttgttggagaaagagtaaggcatggcatattgaaaacatgcaactacgaaatattattatactgttgagattgagctgtgaatag 6995053  T
Q  501 ctacttgttgtttgttgttcatgacaagacatatgatatggcaaatgtgaccacccaccaattcatgtactatatcactttccaatatgattaatggnnn 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  6995054 ctacttgttgtttgttgttcatgacaagacatatgatatggcaaatgtgaccacccaccaattcatgtactatatcactttccaatatgattaatggttt 6995153  T
Q  601 nnnnnggtatgtcattttgcttttggccaagtggaatgagaaagaggtcagaatgtttggtaaatttggtatgatattaccactcatcaatgtgccttca 700  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6995154 tttttggtatgtcattttgcttttggccaagtggaatgagaaagaggtcagaatgtttggtaaatttggtatgatattactactcatcaatgtgccttca 6995253  T
Q  701 aaccannnnnnnnnaatttagcttgattgaatttggagtctcttttttcttgagggatttattggagtctttataagtttatgctaaaaattactgtaca 800  Q
    |||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6995254 aacca--tttttttaatttagcttgattgaatttggagtctcttttttcttgagggatttattggagtctttacaagtttatgctaaaaattactgtaca 6995351  T
Q  801 ctaacatctatcaaatt 817  Q
    ||||||||||| |||||    
T  6995352 ctaacatctataaaatt 6995368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University