View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7741_low_36 (Length: 362)

Name: NF7741_low_36
Description: NF7741
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7741_low_36
NF7741_low_36
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (17-362)||(30056747-30057092)
chr2 (17-362)||(30134268-30134612)
chr2 (17-362)||(30022208-30022553)
chr2 (17-362)||(30038142-30038487)
chr2 (17-362)||(30080614-30080959)
chr2 (17-362)||(30107620-30107965)
chr2 (17-362)||(30119569-30119914)
chr2 (17-362)||(30232280-30232625)
chr2 (35-362)||(30789551-30789878)
chr2 (26-362)||(30185134-30185470)
chr2 (92-362)||(30091565-30091835)
chr2 (92-362)||(30128170-30128440)
chr2 (25-362)||(30251207-30251532)
chr2 (104-362)||(30278807-30279065)
chr2 (31-362)||(30067493-30067824)
chr2 (92-362)||(30101883-30102153)
chr2 (92-362)||(30113418-30113688)
chr2 (92-362)||(30028884-30029154)
chr2 (92-362)||(30223022-30223292)
chr2 (60-362)||(30170482-30170784)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30057092 - 30056747
Alignment:
Q  17 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30057092 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttcctgaccagtccaaagaccatttc 30056993  T
Q  117 cacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 216  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30056992 cacatatcaccaatatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 30056893  T
Q  217 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30056892 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 30056793  T
Q  317 cccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30056792 ctcttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 30056747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Original strand, 30134268 - 30134612
Alignment:
Q  17 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30134268 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 30134367  T
Q  117 cacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30134368 cacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttt-caaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 30134466  T
Q  217 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 316  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30134467 ttagatgagacaaactcnttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 30134566  T
Q  317 cccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30134567 ctcttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 30134612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30022553 - 30022208
Alignment:
Q  17 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30022553 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctggcaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 30022454  T
Q  117 cacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30022453 cacatatcaccaacaaatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 30022354  T
Q  217 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30022353 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 30022254  T
Q  317 cccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30022253 ctcttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 30022208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Original strand, 30038142 - 30038487
Alignment:
Q  17 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30038142 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctggcaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 30038241  T
Q  117 cacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30038242 cacatatcaccaacaaatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 30038341  T
Q  217 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30038342 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 30038441  T
Q  317 cccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30038442 ctcttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 30038487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30080959 - 30080614
Alignment:
Q  17 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30080959 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctggcaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 30080860  T
Q  117 cacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30080859 cacatatcaccaacaaatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 30080760  T
Q  217 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30080759 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 30080660  T
Q  317 cccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30080659 ctcttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 30080614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Original strand, 30107620 - 30107965
Alignment:
Q  17 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30107620 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctggcaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 30107719  T
Q  117 cacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30107720 cacatatcaccaacaaatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 30107819  T
Q  217 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30107820 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 30107919  T
Q  317 cccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30107920 ctcttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 30107965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Original strand, 30119569 - 30119914
Alignment:
Q  17 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30119569 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctggcaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 30119668  T
Q  117 cacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30119669 cacatatcaccaacaaatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 30119768  T
Q  217 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30119769 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 30119868  T
Q  317 cccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30119869 ctcttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 30119914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Original strand, 30232280 - 30232625
Alignment:
Q  17 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30232280 aaatccacgatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctggcaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttc 30232379  T
Q  117 cacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30232380 cacatatcaccaacaaatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcgg 30232479  T
Q  217 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30232480 ttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaa 30232579  T
Q  317 cccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30232580 ctcttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 30232625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 35 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30789878 - 30789551
Alignment:
Q  35 aatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttccacatatcaccaacatat 134  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||   || |||||| |||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  30789878 aatgcttgaactcctactgtccctgagcttaagtattcttgaagattcagaagcacctccagaccattccaaagaccatctccacatatcaccaacaaat 30789779  T
Q  135 atgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgagacaaactcc 234  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||  || |  ||||||||| |||    
T  30789778 atgttgtatctttcaagctttgcaaaaacctgcaagtccttgggcaaaactgaagcatcttgaatcattatgtctaaagtagtcaattgagacaaattcc 30789679  T
Q  235 ttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaacccttccaagcacgttaa 334  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30789678 ttagctcttctagacttgcattcctgctttgatctttgctttccttgacatcccattggataaagcaattccccatgtacaactcttccaagcacgttaa 30789579  T
Q  335 gctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  30789578 gcttgaaataagattcgcaggaatgaat 30789551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 26 - 362
Target Start/End: Original strand, 30185134 - 30185470
Alignment:
Q  26 atccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttccacatatca 125  Q
    ||||||| |||| ||||||| || | ||||   |||||||||||| ||   ||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30185134 atccaaatgaatacttgaacacccattgtctgcgagcttaagtattcttgaaggttcagaagcacctccagaccaatccaaagaccatttccacatatca 30185233  T
Q  126 ccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgag 225  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||  ||||||||||    
T  30185234 ccaacaaatatgttgtatctttcaagctttccaaagacctgcaagtcccttggcaaaactgaagcatctcgaatcattatgtctaaagtagttagatgag 30185333  T
Q  226 acaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaacccttccaa 325  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| |||| | |||||||| || ||||||||||| |||| ||| |  ||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  30185334 acaaattccttagctcatctagacatgcactgttgctttgttctttgcttccctttacattccactcgataaaacaattccccaagtacaactcttccaa 30185433  T
Q  326 gcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30185434 gcaagttaggcttgaaataagatttgcaggaatgaat 30185470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 92 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30091835 - 30091565
Alignment:
Q  92 tccagaccagtccaaagaccatttccacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagca 191  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||| |||| ||  | |||||||| ||||||||||||| |    
T  30091835 tccagcccattccaaagaccatttccacatatcaccaataaatatattgtatctctcaagctttgcaaatacatgtaagtcccttggccaaactgaagaa 30091736  T
Q  192 tcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccatt 291  Q
    |||||| |||||||||||||||   |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||| ||||||||||||||    
T  30091735 tcttgaatcattatgtccaaagtttttagatgagacagattacttagctcttctagacttgcattgttgctttcgtctttgcttctcttgacatcccatt 30091636  T
Q  292 gaataaagcaattccccatgtacaacccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30091635 ggataaagcaatttcccatgtacaactcttctaagcatgttaagcttgaaataagatttgcaggaatgaat 30091565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 92 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30128440 - 30128170
Alignment:
Q  92 tccagaccagtccaaagaccatttccacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagca 191  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||| |||| ||  | |||||||| ||||||||||||| |    
T  30128440 tccagcccattccaaagaccatttccacatatcaccaataaatatattgtatctctcaagctttgcaaatacatgtaagtcccttggccaaactgaagaa 30128341  T
Q  192 tcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccatt 291  Q
    |||||| |||||||||||||||   |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||| ||||||||||||||    
T  30128340 tcttgaatcattatgtccaaagtttttagatgagacagattacttagctcttctagacttgcattgttgctttcgtctttgcttctcttgacatcccatt 30128241  T
Q  292 gaataaagcaattccccatgtacaacccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30128240 ggataaagcaatttcccatgtacaactcttctaagcatgttaagcttgaaataagatttgcaggaatgaat 30128170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30251532 - 30251207
Alignment:
Q  25 gatccaaaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttccacatatc 124  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||  ||||||||||||| ||   || |||||| |||   |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  30251532 gatccaaaagaatgcttgaattcctattgtccgtgagcttaagtattcttgaagattcagaagcacccccagaccattccaaagaccatttccacctatc 30251433  T
Q  125 accaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcggttagatga 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||    
T  30251432 accaacaaatatgttgtatctttcaagcttttcaaaaacctgcaagtcccttggcaaaacagaagcatcttgaatcattatgtctaaagtagttagatga 30251333  T
Q  225 gacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaacccttcca 324  Q
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||            ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30251332 agcaaattccttagctcttctagacttgcattttt------------gcttccactgacatcccatggaataaagcaattccccatgtacaactcttcca 30251245  T
Q  325 agcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    |||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  30251244 agcgtgttaagcttgaaataagatatgcaggaatgaat 30251207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 104 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30279065 - 30278807
Alignment:
Q  104 caaagaccatttccacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcatt 203  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  30279065 caaagaccatttccatatatcaccaacaaagatgttgtatctttcaagtttttcaaagacctgcaagtccattggccaaactgaagcatcttgaatcatt 30278966  T
Q  204 atgtccaaagcggttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaat 303  Q
    ||||| ||||  ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||||| | |||||| ||||| ||||    
T  30278965 atgtctaaagtagttagatgagacaaattacttagctcctctagacttgcattgttgctttcatcattgtttcccttgacgttccattggataaaacaat 30278866  T
Q  304 tccccatgtacaacccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | |||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30278865 ttcccatgtacaactcttccaggcacttcaagcttgaaataagatttgcaggaatgaat 30278807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 31 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30067824 - 30067493
Alignment:
Q  31 aaagaatgcttgaacccctactgtcgttgagcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttccacatatcaccaac 130  Q
    |||||||| |||||| |||||||||   |||||||||||| ||   || |||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  30067824 aaagaatgtttgaactcctactgtccgcgagcttaagtattcttgaagattcagaagcacatccagaccattccaaagaccatttccacatatcaccaat 30067725  T
Q  131 atatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgagacaaa 230  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||| || |  |||||||| ||||||    
T  30067724 aaatatgttgtatctatcaagcttttcaaagacctgcaaatccctcggccaaattgaagcatcctgaatcattatgtctaatgatgttagatgtgacaaa 30067625  T
Q  231 ctccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaacccttccaagcacg 330  Q
     |||  | |||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| | || ||| |  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  30067624 ttccaaatctcttctagacttgcatgattactttgatctttgcttccctttatattccacttgataaagcaattccccatgtataactcttccaagcatg 30067525  T
Q  331 ttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  30067524 ttaagctcgaaataaggtttgcaggaatgaat 30067493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 92 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30102153 - 30101883
Alignment:
Q  92 tccagaccagtccaaagaccatttccacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagca 191  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||| |||| ||  | |||||||| ||||||||||||| |    
T  30102153 tccagcccattccaaagaccatttccacatatcaccaataaatatattgtatctctcaagctttgcaaatacatgtaagtcccttggccaaactgaagaa 30102054  T
Q  192 tcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccatt 291  Q
    |||||| |||| ||||||||||  |||||||| |||| | | | ||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  30102053 tcttgaatcatgatgtccaaagttgttagatgtgacagattacctagctcttccagacttgcattgttgctttggtctttgcttctcttgacatcccatt 30101954  T
Q  292 gaataaagcaattccccatgtacaacccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30101953 ggataaagcaatttcccatgtacaactcttctaagcatgttaagcttgaaataagatttgcaggaatgaat 30101883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 92 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30113688 - 30113418
Alignment:
Q  92 tccagaccagtccaaagaccatttccacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagca 191  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||| | |||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||| |    
T  30113688 tccagcccattccaaagaccatttccatacatcaccaataaatatattgtatctctcaagctttgcaaagacttgcaagtccattggccaaactgaagaa 30113589  T
Q  192 tcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccatt 291  Q
    |||||| |||| ||||||||||  |||||||| |||| | | | ||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  30113588 tcttgaatcatgatgtccaaagttgttagatgtgacagattacctagctcttccagacttgcattgttgctttggtctttgcttctcttgacatcccatt 30113489  T
Q  292 gaataaagcaattccccatgtacaacccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30113488 ggataaagcaatttcccatgtacaactcttctaagcatgttaagcttgaaataagatttgcaggaatgaat 30113418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 92 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30029154 - 30028884
Alignment:
Q  92 tccagaccagtccaaagaccatttccacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagca 191  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||| | |||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||| | ||||||||||||| |    
T  30029154 tccagcccattccaaagaccatttccatacatcaccaataaatatattgtatctctcaagctttgcaaagacttgcaactccattggccaaactgaagaa 30029055  T
Q  192 tcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccatt 291  Q
    |||||| |||| ||||||||||  |||||||| |||| | | | ||||||||| ||||||||| | |||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  30029054 tcttgaatcatgatgtccaaagttgttagatgtgacagattacctagctcttccagacttgcactgttgctttggtctttgcttctcttgacatcccatt 30028955  T
Q  292 gaataaagcaattccccatgtacaacccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30028954 ggataaagcaatttcccatgtacaactcttctaagcatgttaagcttgaaataagatttgcaggaatgaat 30028884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 92 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30223292 - 30223022
Alignment:
Q  92 tccagaccagtccaaagaccatttccacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaaagactagcaagtccctaggccaaactgaagca 191  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||| | |||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||| | ||||||||||||| |    
T  30223292 tccagcccattccaaagaccatttccatacatcaccaataaatatattgtatctctcaagctttgcaaagacttgcaactccattggccaaactgaagaa 30223193  T
Q  192 tcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcatttttgctttgatcgttgcttcccttgacatcccatt 291  Q
    |||||| |||| ||||||||||  |||||||| |||| | | | ||||||||| ||||||||| | |||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  30223192 tcttgaatcatgatgtccaaagttgttagatgtgacagattacctagctcttccagacttgcactgttgctttggtctttgcttctcttgacatcccatt 30223093  T
Q  292 gaataaagcaattccccatgtacaacccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatgaat 362  Q
    | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30223092 ggataaagcaatttcccatgtacaactcttctaagcatgttaagcttgaaataagatttgcaggaatgaat 30223022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 60 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 30170784 - 30170482
Alignment:
Q  60 agcttaagtatcctgttaggttcagatgcatttccagaccagtccaaagaccatttccacatatcaccaacatatatgttgtatctttcaagcttttcaa 159  Q
    ||||||||||| ||   || |||||| |||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||| |||    
T  30170784 agcttaagtattcttgaagattcagaagcacctccagaccattccaaagtccatttccacatatcaccaataaatatattgtatctctcaagctttgcaa 30170685  T
Q  160 agactagcaagtccctaggccaaactgaagcatcttgagtcattatgtccaaagcggttagatgagacaaactccttagctcttctagacttgcattttt 259  Q
    ||||  |||||| ||  |||||  | ||| |||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||| | | | | ||||||||||||||||||| ||||    
T  30170684 agacctgcaagttccgtggccatgccgaaacatcttgaatcattatgtccaaagtagttagttgagaaagattacatagctcttctagacttgcactttt 30170585  T
Q  260 gctttgatcgttgcttcccttgacatcccattgaataaagcaattccccatgtacaacccttccaagcacgttaagctggaaataagatttgcaggaatg 359  Q
     |||||||| ||||||| |  | ||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  30170584 cctttgatctttgcttctcacgtcattccattggataaaacaattgcccatgtacaattcttccaagcatgtcaagcttgaaataagatttgcaggaatg 30170485  T
Q  360 aat 362  Q
    |||    
T  30170484 aat 30170482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University