View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7744_low_1 (Length: 849)

Name: NF7744_low_1
Description: NF7744
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7744_low_1
NF7744_low_1
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (16-849)||(37704626-37705459)
chr5 (657-845)||(37699152-37699349)
chr5 (61-263)||(37437914-37438116)
chr5 (717-845)||(37437696-37437823)
chr5 (63-170)||(37700646-37700753)
chr5 (773-831)||(37698806-37698864)
chr5 (389-531)||(34599459-34599603)
chr5 (389-537)||(2143247-2143394)
chr5 (286-509)||(13953394-13953616)
chr5 (282-359)||(1629760-1629837)
chr5 (265-381)||(1629683-1629799)
chr5 (265-381)||(29532047-29532161)
chr5 (434-537)||(26325678-26325781)
chr5 (338-379)||(2143379-2143420)
chr5 (286-371)||(30384213-30384297)
chr5 (486-534)||(38458771-38458819)
chr5 (284-371)||(37704830-37704917)
chr5 (317-380)||(41232901-41232964)
chr5 (557-599)||(30384256-30384298)
chr5 (456-516)||(29531914-29531975)
chr5 (285-381)||(38458805-38458899)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (286-522)||(4558769-4559007)
chr2 (267-518)||(8198509-8198759)
chr2 (267-518)||(8203269-8203519)
chr2 (267-350)||(45385838-45385921)
chr2 (267-381)||(4923428-4923542)
chr2 (179-246)||(8265959-8266027)
chr2 (286-381)||(42053964-42054059)
chr2 (441-522)||(6739472-6739554)
chr2 (286-375)||(3289442-3289531)
chr2 (477-537)||(42054042-42054102)
chr2 (269-335)||(4558680-4558745)
chr2 (456-509)||(4923553-4923607)
chr2 (286-344)||(8198419-8198477)
chr2 (286-344)||(8203179-8203237)
chr2 (265-340)||(32546464-32546538)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (280-522)||(16419591-16419837)
chr6 (394-521)||(196111-196238)
chr6 (267-378)||(12458392-12458504)
chr6 (286-424)||(33547750-33547889)
chr6 (389-537)||(17411121-17411270)
chr6 (395-519)||(28477384-28477509)
chr6 (395-519)||(29789836-29789961)
chr6 (348-537)||(7004200-7004390)
chr6 (555-597)||(17411089-17411131)
chr6 (285-381)||(10544282-10544376)
chr6 (407-503)||(32548138-32548235)
chr6 (317-373)||(7202300-7202356)
chr6 (433-516)||(33547849-33547933)
chr6 (389-494)||(7202313-7202419)
chr6 (441-514)||(10544136-10544210)
chr6 (395-495)||(29693282-29693383)
chr6 (284-381)||(31314513-31314609)
chr6 (555-598)||(196244-196287)
chr6 (412-506)||(9405267-9405362)
chr6 (286-359)||(196063-196135)
chr6 (340-381)||(33547744-33547785)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (657-845)||(16840857-16841060)
chr4 (71-244)||(16840622-16840796)
chr4 (406-537)||(22519386-22519518)
chr4 (286-537)||(31095124-31095377)
chr4 (267-381)||(22519807-22519921)
chr4 (286-375)||(48194394-48194483)
chr4 (407-537)||(49291205-49291335)
chr4 (267-359)||(33617920-33618010)
chr4 (286-522)||(20141745-20141983)
chr4 (286-374)||(22889586-22889674)
chr4 (286-374)||(22941250-22941338)
chr4 (557-597)||(31095092-31095132)
chr4 (286-361)||(53769786-53769861)
chr4 (265-371)||(2323266-2323372)
chr4 (280-354)||(42676809-42676883)
chr4 (472-537)||(51580077-51580140)
chr4 (288-371)||(34013780-34013861)
chr4 (291-366)||(22519373-22519448)
chr4 (285-380)||(34717567-34717660)
chr4 (330-381)||(40070309-40070360)
chr4 (317-371)||(31095078-31095131)
chr4 (480-522)||(53769786-53769828)
chr4 (340-381)||(22519313-22519354)
chr4 (317-378)||(48194179-48194239)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (267-537)||(41331168-41331439)
chr7 (267-522)||(18128375-18128632)
chr7 (285-378)||(30551947-30552040)
chr7 (285-378)||(6589558-6589651)
chr7 (282-361)||(12422044-12422123)
chr7 (265-372)||(32804629-32804736)
chr7 (286-374)||(1532197-1532285)
chr7 (275-463)||(20389633-20389822)
chr7 (286-381)||(28003341-28003434)
chr7 (436-522)||(48447315-48447402)
chr7 (286-379)||(5755594-5755685)
chr7 (433-522)||(12264801-12264890)
chr7 (443-522)||(12422262-12422342)
chr7 (265-369)||(12422352-12422455)
chr7 (265-465)||(21920965-21921164)
chr7 (471-522)||(28002279-28002330)
chr7 (300-365)||(32918529-32918595)
chr7 (317-378)||(1532441-1532501)
chr7 (285-361)||(6586862-6586938)
chr7 (476-516)||(32857850-32857890)
chr7 (179-214)||(21595127-21595162)
chr7 (287-366)||(48447283-48447362)
chr7 (560-598)||(12422352-12422390)
chr7 (323-380)||(5762696-5762753)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (265-403)||(3866-4003)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (286-372)||(2277209-2277295)
chr8 (285-365)||(27532989-27533069)
chr8 (302-381)||(37064689-37064768)
chr8 (267-369)||(15907689-15907790)
chr8 (267-381)||(15907944-15908058)
chr8 (285-537)||(2510015-2510263)
chr8 (267-349)||(12807666-12807748)
chr8 (407-537)||(3806871-3807000)
chr8 (552-597)||(18080600-18080645)
chr8 (282-378)||(32566875-32566969)
chr8 (284-372)||(2967707-2967794)
chr8 (286-381)||(3806998-3807091)
chr8 (390-522)||(12189869-12190002)
chr8 (390-522)||(12434297-12434430)
chr8 (302-372)||(45445141-45445210)
chr8 (263-355)||(41123-41216)
chr8 (472-536)||(8453098-8453163)
chr8 (314-359)||(32566724-32566769)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (286-522)||(363615-363853)
chr1 (287-522)||(47726457-47726693)
chr1 (287-522)||(47747763-47747999)
chr1 (285-378)||(16554303-16554396)
chr1 (391-521)||(29954870-29955000)
chr1 (286-375)||(18470189-18470279)
chr1 (286-381)||(802251-802346)
chr1 (267-374)||(12656368-12656474)
chr1 (286-372)||(16026108-16026194)
chr1 (265-461)||(11016877-11017075)
chr1 (456-522)||(26706207-26706274)
chr1 (286-381)||(46530163-46530258)
chr1 (317-374)||(48130213-48130268)
chr1 (280-369)||(48130428-48130516)
chr1 (267-366)||(363806-363906)
chr1 (302-381)||(26706353-26706432)
chr1 (267-369)||(46530411-46530517)
chr1 (179-245)||(2125101-2125168)
chr1 (476-522)||(18470384-18470430)
chr1 (317-378)||(16026346-16026406)
chr1 (317-374)||(18470439-18470495)
chr1 (389-537)||(47600499-47600648)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (290-525)||(30534432-30534666)
chr3 (286-522)||(51265744-51265984)
chr3 (317-474)||(44291025-44291182)
chr3 (285-381)||(44291413-44291509)
chr3 (267-371)||(48200367-48200471)
chr3 (317-378)||(51265679-51265739)
chr3 (555-598)||(44291420-44291463)
chr3 (456-522)||(50898882-50898948)
chr3 (267-368)||(1662257-1662357)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 37705459 - 37704626
Alignment:
Q  16 acatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  37705459 acatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtat 37705360  T
Q  116 cgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt 215  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37705359 cgatatccgatggcatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatt 37705260  T
Q  216 tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37705259 tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtc 37705160  T
Q  316 atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 415  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  37705159 atttaagatttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaatttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatt 37705060  T
Q  416 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaa 515  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37705059 taactgtaacaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttacgaaaa 37704960  T
Q  516 atacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacgnnnnnnnnnnnnnnnn 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                    
T  37704959 atacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgcaagtgatacgaaaaaatcttaaaaaa 37704860  T
Q  616 ccgatttgttataattaaataacttaaaagtatcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaat 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704859 ccgatttgttataattaaataacttaaaagtctcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaat 37704760  T
Q  716 gttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattcca 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704759 gttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattcca 37704660  T
Q  816 actttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtc 849  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704659 actttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtc 37704626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 657 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 37699349 - 37699152
Alignment:
Q  657 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtatttttaagcac 750  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  37699349 gctctttaaagtctgttcagttgaagaagtctaagtctccgttgctaaatacaattaatgttgttattattttcttcattttaggtgtatttttaagcaa 37699250  T
Q  751 attactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatc---ttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaaagtct 845  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  37699249 attactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattacgttcgaaaagtct 37699152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 61 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  61 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 160  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  161 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 260  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  261 aaa 263  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 717 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 37437823 - 37437696
Alignment:
Q  717 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatc---ttatcacaacttgaaataagattc 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||    
T  37437823 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcaaattactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattc 37437724  T
Q  814 caactttcgtgctaattacgttcaaaaagtct 845  Q
    |||||    |||||||||||||| ||||||||    
T  37437723 caact----tgctaattacgttcgaaaagtct 37437696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  63 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 162  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  163 attttctt 170  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 773 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 37698864 - 37698806
Alignment:
Q  773 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaatta 831  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37698864 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaatta 37698806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 389 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 34599603 - 34599459
Alignment:
Q  389 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaa 486  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  34599603 cgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctggacctaaaagttacaattaaa 34599504  T
Q  487 taacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaa 531  Q
     |||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  34599503 caacttaaaggacttaagcattaagaaaaatacttaaataactaa 34599459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 389 - 537
Target Start/End: Original strand, 2143247 - 2143394
Alignment:
Q  389 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 487  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  || || ||  ||||||| | ||||||||  || |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  2143247 cgtactaattaggtcctttaagttatttaact--aacaatttaggggattttatatcttaaacatgtaagttattcggggcctcaaagtttcaattaaat 2143344  T
Q  488 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    ||||||||  |||||| ||||| |||||||||| | |  |||||||||||    
T  2143345 aacttaaaaaacctaaatgttacgaaaaatactgaaaggactaacttgtt 2143394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 286 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953394
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnn 385  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||        
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttt 13953518  T
Q  386 nnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaatta 484  Q
       ||||||||||| ||| | |||| |||||||  |||| || || |||||||||||| | ||||| || |||||||||  || |  ||||||||| |||    
T  13953517 ttccgtaccaattacgtcttttaagttatttaatcgtaaaaatttaagggatttcaga-cctaaaaatgtaagttattcaaggtctaaaagttacagtta 13953419  T
Q  485 aataacttaaacgacctaagtgtta 509  Q
    ||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  13953418 aataatttaaaggacttaaatgtta 13953394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 282 - 359
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  282 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 359  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 381
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629799
Alignment:
Q  265 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 364  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  365 acaagttggtcctttaa 381  Q
    |||| | | ||||||||    
T  1629783 acaaatcgatcctttaa 1629799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532047
Alignment:
Q  265 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 364  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  365 acaagttggtcctttaa 381  Q
    | ||||||||| |||||    
T  29532063 aaaagttggtcatttaa 29532047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 434 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 26325781 - 26325678
Alignment:
Q  434 ggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaact 533  Q
    |||||||| || |||||| |  ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||  | ||||||||| || |||||||    
T  26325781 ggatttcaaatattaaaaatataagttattcaggatctaaagttataattaaataatttaaaggatttaagtgttacaataaatacttaaatgactaact 26325682  T
Q  534 tgtt 537  Q
    ||||    
T  26325681 tgtt 26325678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 338 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  338 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 379  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 371
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 371  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 486 - 534
Target Start/End: Original strand, 38458771 - 38458819
Alignment:
Q  486 ataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaactt 534  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38458771 ataacttaaaggacccaagtgttatgaaaaatacttaaatgactaactt 38458819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 371
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  284 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 371  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 317 - 380
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 380  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 557 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 30384298 - 30384256
Alignment:
Q  557 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacg 599  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  30384298 taacttgttacaattaaataacttaaaagacgtaagtaatacg 30384256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 456 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 29531975 - 29531914
Alignment:
Q  456 aagttattcgggacctaaag-ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 516  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||| || || ||||||    
T  29531975 aagttattcgggacctaaaaattacaattaaataacttaaatgacgtaaatgatacgaaaaa 29531914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 285 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458805
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| |||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcatttaa 38458805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 286 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558769
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 384  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||       
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagtt 4558909  T
Q  385 nnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 482  Q
        | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  4558908 ttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatttaaccgtaactatttgaggtattttagatcttaaaaatgcaagttattcatggcctaaaagttacaat 4558809  T
Q  483 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4558808 taaataaattaaaagacctaagtgttacgaaaaatactta 4558769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 267 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198509
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  367 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 465  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8198660 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8198561  T
Q  466 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 518  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8198560 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8198509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 267 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203269
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  367 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 465  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8203420 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8203321  T
Q  466 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 518  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8203320 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8203269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 267 - 350
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 350  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 381
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923542
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  367 aagttggtcctttaa 381  Q
    |||||  ||||||||    
T  4923528 aagttaatcctttaa 4923542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 246
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  179 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 246  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 286 - 381
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054059
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaa 42054059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 441 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 6739554 - 6739472
Alignment:
Q  441 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagtt-acaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    ||||||||||| || |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||    
T  6739554 agatcttaaaaatgtaagttattagaggcttaaagtttacaattaaataacttaaatgacctaaatgttacaaaaaatactta 6739472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 375  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 477 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 42054102 - 42054042
Alignment:
Q  477 tacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||| |  |||||||||||    
T  42054102 tacaattaaataacttaaagaacctaagtgataggaaaaatacttaaaggactaacttgtt 42054042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 269 - 335
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  269 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 335  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 456 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 4923607 - 4923553
Alignment:
Q  456 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgtta 509  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4923607 aagttattcggaacctaaaagttgcaattaaataacttaaagtacctaagtgtta 4923553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 286 - 344
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 344  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 286 - 344
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 344  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  265 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 340  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 280 - 522
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419837
Alignment:
Q  280 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 376  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  377 tttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-g 475  Q
    |||||       |||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| |||||| |    
T  16419691 tttaagttttttcgtaccaatttgatcctttaagttatttaaccgtaacaatttgagggattttagatcttagaaatgtaagttatttggggcctaaaag 16419790  T
Q  476 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  16419791 tttcaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgacaaatactta 16419837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 394 - 521
Target Start/End: Original strand, 196111 - 196238
Alignment:
Q  394 caattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactt 492  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||| || | | |||||||||||||||||||||    
T  196111 caattaggtcctttaagttacttaaccgtaacaatttgaggtatttcatatcttaaaaatgtaagttattcagggcttaaaagttacaattaaataactt 196210  T
Q  493 aaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 521  Q
    ||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  196211 aaa-gacctaagtgtttcgaaatatactt 196238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 267 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 365  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  366 caagttggtcctt 378  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 286 - 424
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547889
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 384  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||       
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtt 33547849  T
Q  385 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 424  Q
        | ||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  33547850 ttttcataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaa 33547889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 389 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 17411270 - 17411121
Alignment:
Q  389 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgg-gacctaaagttacaattaaat 487  Q
    ||||||||||| || || |||| |||||||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||||||    
T  17411270 cgtaccaattatgtactttaagttatttaatcgtaataatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcggagactaaacgttacaattaaat 17411171  T
Q  488 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    |||| ||| ||| || || ||| |||||||| ||| |  |||||||||||    
T  17411170 aactcaaaagacttatgtattacgaaaaatatttaaaagactaacttgtt 17411121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 395 - 519
Target Start/End: Original strand, 28477384 - 28477509
Alignment:
Q  395 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 493  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  28477384 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 28477483  T
Q  494 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 519  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  28477484 aagaacctaactgttatgaaaaatac 28477509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 395 - 519
Target Start/End: Original strand, 29789836 - 29789961
Alignment:
Q  395 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 493  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  29789836 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaattgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 29789935  T
Q  494 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 519  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  29789936 aagaacctaactgttatgaaaaatac 29789961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 7004390 - 7004200
Alignment:
Q  348 taagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatct 446  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||        | ||||||||||||| || |||| |||||||| |||| || |||||  |||| ||||||    
T  7004390 taagtttattaattataacaagttgatcctttatgttttctctgtaccaattaggttctttaagttatttaaccgtaacaatttgagaaattttagatct 7004291  T
Q  447 taaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    ||||| |  ||||||||| ||   |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||| |  |||||||||||    
T  7004290 taaaagtataagttattcagggtttaaatgttgcaattaaataacttaaa-gacataagtgatacaaaaaatacttaaaggactaacttgtt 7004200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 555 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 17411131 - 17411089
Alignment:
Q  555 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 597  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17411131 actaacttgttacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 17411089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 285 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544282
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaa 10544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 407 - 503
Target Start/End: Original strand, 32548138 - 32548235
Alignment:
Q  407 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaa 503  Q
    |||| |||||||| |||| || ||| || |||| | ||||||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32548138 taagttatttaaccgtaacaatttgcggtattttaaatcttaaaaatgtaagctattcgggatctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaa 32548235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 317 - 373
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 373  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 433 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 33547933 - 33547849
Alignment:
Q  433 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 516  Q
    ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  33547933 gggatttcagaccttaaaaatttaagttattcgaaacttaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaaatggtatgaaaaa 33547849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 389 - 494
Target Start/End: Original strand, 7202313 - 7202419
Alignment:
Q  389 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 487  Q
    ||||||| ||||||||| || | || |||| ||||| |  ||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7202313 cgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgggagattttagatcttaaaaatttaagttattcggggcctaaaagttacaattaaat 7202412  T
Q  488 aacttaa 494  Q
    |||||||    
T  7202413 aacttaa 7202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 441 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 10544210 - 10544136
Alignment:
Q  441 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaa 514  Q
    ||||||||||| || || ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  10544210 agatcttaaaaatgtaaattattcaagacctaaaagttacaattaactaacttaaatgacctaagtgttacgaaa 10544136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 395 - 495
Target Start/End: Original strand, 29693282 - 29693383
Alignment:
Q  395 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 493  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||    
T  29693282 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggtcctaaaagttacgattaaataattta 29693381  T
Q  494 aa 495  Q
    ||    
T  29693382 aa 29693383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 284 - 381
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314609
Alignment:
Q  284 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaaattagtcatttaa 31314609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 555 - 598
Target Start/End: Original strand, 196244 - 196287
Alignment:
Q  555 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 598  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196244 actaaattattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 196287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 412 - 506
Target Start/End: Original strand, 9405267 - 9405362
Alignment:
Q  412 tatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 506  Q
    |||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||| |   |||||||||| |  || || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  9405267 tatttaaccgtaacaatttgaggaatttcagatcttaaaaattttagttattcggcatttataaattacaattaaataacttaaaggatctaagtg 9405362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 286 - 359
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 359  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 340 - 381
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547785
Alignment:
Q  340 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaa 33547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 657 - 845
Target Start/End: Original strand, 16840857 - 16841060
Alignment:
Q  657 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtat----ttttaa 746  Q
    ||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  16840857 gctctttaaagtatggatagttgacgaagtctaagtctccgcttctaaatacatttaatgttgttattattttcttcatttcaggtgtatatatttttaa 16840956  T
Q  747 gcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatct------tatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaa 840  Q
    ||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||      |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  16840957 gcaaattattcattgtgattggtacttaaatgaatttgttatcttattaatatcacaacttgcaataagattccaac-ttagtgctaattacgttcaaaa 16841055  T
Q  841 agtct 845  Q
    |||||    
T  16841056 agtct 16841060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 71 - 244
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  71 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 169  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  170 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 244  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 406 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 22519518 - 22519386
Alignment:
Q  406 ctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaag 504  Q
    ||||| |||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22519518 ctaagttatttaaccgtagcaatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttatttgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaag 22519419  T
Q  505 tgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    ||||| |||||||||||| |  |||||||||||    
T  22519418 tgttacgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 22519386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 286 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095124
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 384  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||  |||| |||       
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagtt 31095278  T
Q  385 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatt 483  Q
        | ||||||| ||||| | |||||||||| ||  ||  || ||   |||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31095277 ttttcctaccaataaggtcatttaagctattttaccatatcaatttttaggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcaagacctaaaagttacaatt 31095178  T
Q  484 aaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||| || | |||||||||    
T  31095177 aaataacttaaagaacctaagtgttacaaacaatacttaaatgattaacttgtt 31095124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 267 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 365  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  366 caagttggtcctttaa 381  Q
    ||||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 286 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 375  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 407 - 537
Target Start/End: Original strand, 49291205 - 49291335
Alignment:
Q  407 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 506  Q
    |||| |||||||  |||| || || ||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  49291205 taagttatttaatcgtaacaatttcaggaatttcagatcttcaaaatgtaagttactcgggtttaaaagttacaattaaataacttaaaagacttaaatg 49291304  T
Q  507 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  49291305 ttataaaaaatacttaaatgactaacttgtt 49291335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 267 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 359  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 522
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141983
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 384  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |        
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtctttaagttt 20141844  T
Q  385 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 482  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||  || ||| ||| |||||||    
T  20141845 tattcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaataatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattatgggcctaaaaattacaat 20141944  T
Q  483 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  20141945 taaacaacttaaa-gacttaagcattacgaaaaatactta 20141983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 374
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 374  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 374
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 374  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 557 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 31095132 - 31095092
Alignment:
Q  557 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31095132 taacttgttataattaaataacttaaaggacgtaagtgata 31095092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 286 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 361  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 371
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  265 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 364  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  365 acaagtt 371  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 280 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  280 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 354  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 472 - 537
Target Start/End: Original strand, 51580077 - 51580140
Alignment:
Q  472 aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  51580077 aaagttacaattaaataacgtaaa-gacctaaatgttacgaaaaatactta-agaactaacttgtt 51580140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 288 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  288 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 371  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 366
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  291 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 380  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 330 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070309
Alignment:
Q  330 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatcctttaa 40070309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 317 - 371
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 371  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 480 - 522
Target Start/End: Original strand, 53769786 - 53769828
Alignment:
Q  480 aattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  53769786 aattaaataatttaaaagacctaagtggtatgaaaaatactta 53769828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 340 - 381
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519354
Alignment:
Q  340 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtcctttaa 22519354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 378
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 378  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 267 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331168
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  367 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 465  Q
    |||||||| ||||||         |||||||| ||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||    
T  41331339 aagttggttctttaagtttttcatgtaccaatgaggtcatttaagttatttaaccgtaacaattttggggattctagatcctaaaaattgaagttattcg 41331240  T
Q  466 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
      |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  41331239 atacctaaaagttataattaaataacttaaa-gacctaagtgctatgaaaaatatttaaactactaacttgtt 41331168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 267 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128375
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 365  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  366 caagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc 464  Q
     |||||||| ||||||        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||  ||| || |||  | |||||||||||||||| || |||||||||    
T  18128533 taagttggtgctttaattttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaaccataacaatttggcgaatttcagatcttaaaaatgtaagttattc 18128434  T
Q  465 -gggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
      ||    ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  18128433 aaggtttaaaagttacaattaaaaaatttaaaggatctaagtgttacgaagaatactta 18128375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 285 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 378  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 285 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 378  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 282 - 361
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  282 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 361  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 265 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  265 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 364  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  365 acaagttg 372  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 286 - 374
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 374  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 275 - 463
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389822
Alignment:
Q  275 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 373  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  374 tcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 463  Q
    || || |        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||  | |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  20389733 tctttaagtttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaactgtaacaatttggcgaattttagatcttaaaaatgtaagttatt 20389822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 436 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 48447402 - 48447315
Alignment:
Q  436 atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||  || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  48447402 attttagatcttaaaaatgtaagttattttgggcataaaagttacaattaaataacttaaaggacctaagcgttacgaaaaatactta 48447315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 379
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 379  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 433 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 12264890 - 12264801
Alignment:
Q  433 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    ||||||||| ||||| ||| || |||||||||  | || ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||    
T  12264890 gggatttcaaatctttaaaatgtaagttattcatggccaaaagttacacttaaataacttgaaagacctaagtggtacgaaaaatactta 12264801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 443 - 522
Target Start/End: Original strand, 12422262 - 12422342
Alignment:
Q  443 atcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||  || ||||||||    
T  12422262 atcttaaaagtataagttattcgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggatttaagtgttacaaacaatactta 12422342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  265 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 364  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  365 acaag 369  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21920965
Alignment:
Q  265 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 364  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  365 acaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 463  Q
    |||||||| |  |||||        ||||| ||||||||||| |||| ||||||||  ||| || ||| || |||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  21921066 acaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaaccataaaaatttggggaattttagaccttaaaaatgtaagttatt 21920967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 471 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 28002330 - 28002279
Alignment:
Q  471 taaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  28002330 taaagttacaattaaacaacttaaaggacctaagtggtatgaaaagtactta 28002279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 300 - 365
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  300 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 365  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 317 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 378  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 285 - 361
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 361  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 476 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 32857890 - 32857850
Alignment:
Q  476 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 516  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  32857890 ttacaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgaaaaa 32857850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 214
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  179 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 214  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 287 - 366
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  287 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 560 - 598
Target Start/End: Original strand, 12422352 - 12422390
Alignment:
Q  560 cttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 598  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12422352 cttgttaaaattaaataacttaaaagacgtaagtgatac 12422390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 323 - 380
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  323 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 380  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 66; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 265 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3866
Alignment:
Q  265 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 364  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  365 acaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtc 403  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaagttttttcgtaccaattaggtc 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 6e-27; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 286 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 372  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 285 - 365
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 365  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 302 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  302 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 267 - 369
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  367 aag 369  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 267 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  367 aagttggtcctttaa 381  Q
    |||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 285 - 537
Target Start/End: Original strand, 2510015 - 2510263
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaann 383  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |  |||| | |||||| | |||||||||||||    |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||      
T  2510015 ttttaagttatttaattgtaataaattggt--tttatgttttttttcataccacttaggtc----aagttaattaattgcaacaaattgttcctttaagt 2510108  T
Q  384 nnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg-ggacctaaagttacaat 482  Q
         ||||| |||||| |||| |||| || |||| || || || ||||| ||||||| || |||||| || |||||||||| || |  ||| ||||| |    
T  2510109 ttttccgtacaaattagatcctttaagttacttaattgcaacaatttgagagatttcatattttaaaaatgtaagttattcgtggtctaaaaattacact 2510208  T
Q  483 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  2510209 taaataacttaaaggagctaagtgttacaaaaaataattaaagaactaacttgtt 2510263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 267 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 349  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 407 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 3807000 - 3806871
Alignment:
Q  407 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 506  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||  |||||| ||||||||| || |||||| || || |  ||| ||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3807000 taagttatttaactgtaacaa-ttgagatatttcatatcttaaaaatgtaagttactcagggctaaaaattataattaaataattaaaaggacctaagtg 3806902  T
Q  507 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
     || |||||||||||| || |||||||||||    
T  3806901 ctacgaaaaatacttaaatgactaacttgtt 3806871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 552 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 18080645 - 18080600
Alignment:
Q  552 ataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 597  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18080645 ataactaacttattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 18080600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  282 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 378  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 284 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  284 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 372  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 286 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806998
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtactttaa 3806998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 390 - 522
Target Start/End: Original strand, 12189869 - 12190002
Alignment:
Q  390 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 487  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12189869 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12189967  T
Q  488 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12189968 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12190002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 390 - 522
Target Start/End: Original strand, 12434297 - 12434430
Alignment:
Q  390 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 487  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12434297 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12434395  T
Q  488 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12434396 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12434430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 302 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  302 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 372  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 263 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  263 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 355  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 472 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 8453163 - 8453098
Alignment:
Q  472 aaagttacaattaaataacttaaacg-acctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgt 536  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  8453163 aaagttacaatcaaataacttaaaaggatgtaagtgttatgagaaatacttaaatgactaacttgt 8453098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 359
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  314 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 359  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 2e-24; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 286 - 522
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363853
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 384  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||       
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtt 363713  T
Q  385 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaat 482  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  363714 ttttcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctgggcctaaaagttacaat 363813  T
Q  483 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  363814 taaacaacttaaatgacttaagcattacgaaaaatactta 363853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 287 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726457
Alignment:
Q  287 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 386  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47726595  T
Q  387 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 484  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47726594 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47726495  T
Q  485 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47726494 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47726457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 287 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747763
Alignment:
Q  287 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 386  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47747901  T
Q  387 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 484  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47747900 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47747801  T
Q  485 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47747800 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47747763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 285 - 378
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 378  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 391 - 521
Target Start/End: Original strand, 29954870 - 29955000
Alignment:
Q  391 taccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaattaaataa 489  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || |||  | |||||| ||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  29954870 taccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaataatttggagaatttcatatcttaaaaatgtaagttattctgggactaaaagttacaattaaataa 29954969  T
Q  490 cttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 521  Q
    |||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  29954970 cttaaa-gacctaagtggtacggaaaatactt 29955000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 286 - 375
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 375  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  367 aagttggt 374  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 372
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 372  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 265 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016877
Alignment:
Q  265 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 363  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  364 aacaagttggtcctttaa--nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagtta 461  Q
    ||||||||| | ||||||         ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  11016975 aacaagttgat-ctttaagttgtttttcgttccaattaggtcctttaaactatttaaccgtaacaatttgagagatttaaaatcttaaaaatgtaagtta 11016877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 456 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 26706274 - 26706207
Alignment:
Q  456 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  26706274 aagttattcgaggcctaaaagttacaattaaataacttaaagaacctaagtgttacgaaaactactta 26706207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 286 - 381
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530258
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaa 46530258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 374
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 374  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 280 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  280 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 369  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 267 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 365  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  366 c 366  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 302 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706353
Alignment:
Q  302 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtcctttaa 26706353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 267 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 362  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  363 taacaag 369  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  179 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 245  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 476 - 522
Target Start/End: Original strand, 18470384 - 18470430
Alignment:
Q  476 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  18470384 ttacaattaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 18470430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 378  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 374  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 389 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 47600648 - 47600499
Alignment:
Q  389 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 487  Q
    |||||||||| |||| | |||| |||||||  |||| |  ||| || ||||||||| |||||| |  |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||     
T  47600648 cgtaccaatttggtcatttaagttatttaatcgtaaaagtttgtggtatttcagatgttaaaaattgaagtaatttgggtcctaaaagttacaattaaac 47600549  T
Q  488 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 537  Q
    ||||  || ||||||||  ||| |||||||||||| || ||||| |||||    
T  47600548 aactcgaaagacctaagcattacgaaaaatacttaaatgactaatttgtt 47600499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 6e-21; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 290 - 525
Target Start/End: Original strand, 30534432 - 30534666
Alignment:
Q  290 agttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnn 388  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| || || |            
T  30534432 agttatttaattgtaa-aaattggtcttttaagtttttttttgtaccgcttaggtc-tttatgttaattaattgtaaaaagttgctctttaagttttttc 30534529  T
Q  389 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaat 487  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  30534530 cgtaccaactagctctt-taagttatttaactgtaacaatttgagatgttttagatcttaaaaatgtaagttatttggggcctacaagttacaattaaat 30534628  T
Q  488 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacat 525  Q
    || ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  30534629 aatttaaaagacctaagtcttacgaaaaatacttacat 30534666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 286 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265744
Alignment:
Q  286 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa--- 381  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||       
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtctgttaagtt 51265885  T
Q  382 nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttaca 480  Q
           |||| || ||| ||| | |||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||  | | | ||| |||||    
T  51265884 tttttcccgtatcactta-gtcttttaagttatttaaccgtaacaatttgagagatttcagatcttaaaaatttaagtttttcaaggcttgaaatttaca 51265786  T
Q  481 attaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  51265785 attaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 51265744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 317 - 474
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291182
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 415  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| | |||||        ||||||||  |||| || |||| ||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaagttttttccgtaccaacaaggt-ctttaagttatt 44291123  T
Q  416 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa 474  Q
    |||| |||| || ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  44291124 taaccgtaacaattttggggattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggacctaaa 44291182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 285 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  285 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 381  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 267 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  367 aagtt 371  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 317 - 378
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  317 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 378  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 555 - 598
Target Start/End: Original strand, 44291420 - 44291463
Alignment:
Q  555 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 598  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44291420 actaacttgttacaattaaataacttaaaggacataagtgatac 44291463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 456 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 50898948 - 50898882
Alignment:
Q  456 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 522  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  50898948 aagttattcgagacgtaaaagttacaattaaacaacttaaat-acctaagtgttacgaaaaatactta 50898882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  267 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 366  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  367 aa 368  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University