View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7745_low_4 (Length: 668)

Name: NF7745_low_4
Description: NF7745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7745_low_4
NF7745_low_4
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (19-651)||(49201800-49202432)
chr3 (50-641)||(49186830-49187418)
chr3 (94-629)||(49206777-49207312)
chr3 (104-627)||(49211365-49211876)
chr3 (75-641)||(49190534-49191087)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (104-641)||(51823527-51824064)
chr1 (115-641)||(31526646-31527163)
chr1 (106-641)||(32593229-32593752)
chr1 (87-470)||(37030147-37030530)
chr1 (508-629)||(37030012-37030133)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (82-583)||(26755869-26756367)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (549-651)||(52267388-52267489)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 49202432 - 49201800
Alignment:
Q  19 ctttaatattggatgaatgttttcaatatttagtgttggctataatataactatactactgaatcactttttcggtgattaaaactctggatggtgtagg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49202432 ctttaatattggatgaatgttttcaatatttagcgttggctataatataactatactactgaatcactttttcggtgattcaaactctggatggtgtagg 49202333  T
Q  119 tacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcgtcagcaga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49202332 tacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcgtcagcaga 49202233  T
Q  219 tgcaacattttatgctcgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaaggagcg 318  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49202232 tgcaacattttatgcttgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaaggagcg 49202133  T
Q  319 tatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagattgctaagatta 418  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49202132 tatgtaagtacacttctgaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagattgctaagatta 49202033  T
Q  419 atgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtagtgatagtggtggtgaaaaaactgaaggttccatgggtatgaaaga 518  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49202032 atgccgaggcagtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtagtgatagtggtggtgaaaaaactgaaggtgccatgggtatgaaaga 49201933  T
Q  519 agttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatgggagccttatctgagaaa 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49201932 agttgctggtgtctacaagatgttgccacctctgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatgggagccttatctgagaaa 49201833  T
Q  619 agcccttaattaggatgatgcaatgcaagtatt 651  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49201832 agcccttaattaggatgatgcaatgcaagtatt 49201800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 49187418 - 49186830
Alignment:
Q  50 agtgttggctataatataactatactactgaatcactttttcggtgattaaaactctggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaa 149  Q
    |||||||||||| |||||||||||||   | || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187418 agtgttggctattatataactatact---gtattacttttttggtgattaaaactttggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaa 49187322  T
Q  150 gcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcgtcagcagatgcaacattttatgctcgcaagcaagaagcc 249  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| |||     
T  49187321 acagaaagagactgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcgtcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagct 49187222  T
Q  250 gaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaa 349  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187221 gaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacacttggacaagctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaa 49187122  T
Q  350 acaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaa 449  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  49187121 acgactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtgacatgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcaatacgcggacttgagcctaa 49187022  T
Q  450 gattagtatttggactaatggtagtgatagtggtggtgaaaaaactgaaggttccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacct 549  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| | |||| | || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187021 gattagtatttggactaatggtggtgataatagtgggggaataactgatggtgccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacct 49186922  T
Q  550 ttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatgggagccttatctgagaaaagcccttaattaggatgatgcaa 641  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  49186921 ctgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatgggagccttatctgagaaaagctcttgattaggatgatgcaa 49186830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 94 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 49207312 - 49206777
Alignment:
Q  94 tgattaaaactctggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagagg 193  Q
    ||||| ||| |||||||| | ||||||||||| || ||||||||  | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207312 tgattgaaattctggatgctctaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagagg 49207213  T
Q  194 cagaagcacagaaagcgtcagcagatgcaacattttatgctcgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgt 293  Q
    ||||||| || ||||| |  |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49207212 cagaagcgcaaaaagcattggcagattccacattttatgctcgcaagcaagaagctgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattat 49207113  T
Q  294 gacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggc 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207112 gacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggc 49207013  T
Q  394 atgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtagtgatagtggtggtgaaaaaa 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||| | || ||    
T  49207012 atgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtggtgataataatgggggaataa 49206913  T
Q  494 ctgaaggttccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgc 593  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  49206912 ctgaaggtgccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccgcctctgtttaagactgtccatgagcaaacaggcatgtttcctccggc 49206813  T
Q  594 ttggatgggagccttatctgagaaaagcccttaatt 629  Q
    |||||||||| | ||| |||| |||| | |||||||    
T  49206812 ttggatgggatctttacctgacaaaaactcttaatt 49206777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 104 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 49211876 - 49211365
Alignment:
Q  104 tctggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcaca 203  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||||||||  | |||||||| || || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49211876 tctggatgctgtaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaggaggcagaagcaattctgtttgagaagaaggcagaggcagaagcaca 49211777  T
Q  204 gaaagcgtcagcagatgcaacattttatgctcgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttggg 303  Q
     ||||| |  |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49211776 aaaagcattggcagattccacattttatgctcgcaagcaagaagctgaagcagagctgtacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttggg 49211677  T
Q  304 aatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaag 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49211676 aatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctgaatgcacttggaaacaactatacagcagtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaag 49211577  T
Q  404 agattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtagtgatagtggtggtgaaaaaactgaaggttc 503  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| |       |||||||      
T  49211576 agattgctaagattaatgctgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtggtgataatagtgggg------gtgaaggt-- 49211485  T
Q  504 catgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatggga 603  Q
        |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49211484 ----gcgatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctctgtttaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggatggga 49211389  T
Q  604 gccttatctgagaaaagcccttaa 627  Q
     |||||||||| |||||| |||||    
T  49211388 tccttatctgacaaaagctcttaa 49211365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 75 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 49191087 - 49190534
Alignment:
Q  75 tactgaatcactttttcggtgattaaaactctggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctg 174  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  49191087 tactggatcacttttttggtgattgaaattctggatggtataggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaaacaaaaggaggcagaagcaattctg 49190988  T
Q  175 tatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcgtcagcagatgcaacattttatgctcgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  49190987 tatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagcagctgaagcagagctatatgcaaagaaaa 49190888  T
Q  275 aagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggatta 374  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  49190887 aggaggcagagggaattgtgacacttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtgcacttctcaatgcacttggaaacaactacactgctgtaagggattt 49190788  T
Q  375 cttgatgataaatggtggcatgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtagt 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49190787 cttgatgataaatggtggcatgtttcaagagatcgctaagattaatgctgaggcagtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtggt 49190688  T
Q  475 gatagtggtggtgaaaaaactgaaggttccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaa 574  Q
    |||| | |||| |       |||||||      |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49190687 gataatagtgggg------gtgaaggt------gcgatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgttcatgagcaaa 49190600  T
Q  575 cgggcatgttgcctcctgcttggatgggagccttatctgagaaaagcccttaattaggatgatgcaa 641  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||||| |||  |||| ||||  | | ||||||||||||||||    
T  49190599 cgggaatgttaccacctgcttggatgggagtcttgcctgacaaaa-acttgaattaggatgatgcaa 49190534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 104 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 51824064 - 51823527
Alignment:
Q  104 tctggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcaca 203  Q
    |||| ||||| || |||||||| || ||||||||  | |||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  51824064 tctgaatggtttatgtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaagcagaagcaattctgtacgagaagaaggcagaggcagaagcaca 51823965  T
Q  204 gaaagcgtcagcagatgcaacattttatgctcgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttggg 303  Q
    |||||| |  ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  51823964 gaaagcattggcagatgcaacattttatgcgtgcaagcaagcagctgaagcagatctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgga 51823865  T
Q  304 aatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaag 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51823864 aatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaag 51823765  T
Q  404 agattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtagtgatagtggtggtgaaaaaactgaaggttc 503  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | || | ||| || | || | | ||||||||    
T  51823764 agatggctaagattaatgctgaggcagtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaatggaggggacaatggaggcggaatagccgaaggttc 51823665  T
Q  504 catgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatggga 603  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51823664 tatgggtatgaaagaggttgctggtgtctacaagatgctgccacctctgttcaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggatggga 51823565  T
Q  604 gccttatctgagaaaagcccttaattaggatgatgcaa 641  Q
     ||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||    
T  51823564 accttatccgacaaaagctcttaattaggaggatgcaa 51823527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 115 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 31527163 - 31526646
Alignment:
Q  115 taggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcgtcag 214  Q
    ||||||||||| || ||||||||  | |||| ||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |       
T  31527163 taggtacaagaggctaactgggaattatacaggaaacaaaaagaagcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcattgt 31527064  T
Q  215 cagatgcaacattttatgctcgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaagg 314  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527063 cagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaagg 31526964  T
Q  315 agcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagattgctaag 414  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31526963 agtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagagatggctaag 31526864  T
Q  415 attaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtagtgatagtggtggtgaaaaaactgaaggttccatgggtatga 514  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||| ||          |||||||| ||||||||||    
T  31526863 attaatgctgaggcggtacgtggacttgaacctaagattagtatttggactaatggaggtgacaatggagg---------cgaaggttctatgggtatga 31526773  T
Q  515 aagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatgggagccttatctga 614  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||    
T  31526772 aagaggttgctggtgtttacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggataggaaccttatcaga 31526673  T
Q  615 gaaaagcccttaattaggatgatgcaa 641  Q
     |||||| ||||||||||| |||||||    
T  31526672 caaaagctcttaattaggaggatgcaa 31526646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 106 - 641
Target Start/End: Original strand, 32593229 - 32593752
Alignment:
Q  106 tggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacaga 205  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||  | |||||||| || |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593229 tggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacaga 32593328  T
Q  206 aagcgtcagcagatgcaacattttatgctcgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaa 305  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32593329 aagcattggcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagctgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgacacttgggaa 32593428  T
Q  306 tgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagag 405  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593429 tgctcaaggagtgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacgactacacagctctaagggattacttgatgataaatggtggcatgtttcaagag 32593528  T
Q  406 attgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtagtgatagtggtggtgaaaaaactgaaggttcca 505  Q
    || |||||||| ||||| ||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||            ||| || | || ||| |||||||| |    
T  32593529 atggctaagatcaatgctgaggcagtacatggacttgaacctaagattagtatttggactaa------------tggaggcggaataacggaaggttcta 32593616  T
Q  506 tgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatgggagc 605  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32593617 tgggcatgaaagaggttgctggtgtttacaagatgctgccacctctgtttaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggatgggaac 32593716  T
Q  606 cttatctgagaaaagcccttaattaggatgatgcaa 641  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||| |||||||    
T  32593717 cttatccgacaaaagctcttaattaggaggatgcaa 32593752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 87 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 37030530 - 37030147
Alignment:
Q  87 ttttcggtgattaaaactctggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaag 186  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37030530 tttttggtgattaaaactttggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaag 37030431  T
Q  187 gcagaggcagaagcacagaaagcgtcagcagatgcaacattttatgctcgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagagg 286  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  37030430 gcagaggcagaagcacagaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagg 37030331  T
Q  287 ggattgtgacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatgataaa 386  Q
    | ||||||||| ||||  | |||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37030330 gaattgtgacagttggacaagctcaaggggtgtatgtaagtaaacttcttaatgcacttggaaacgactacacagctgtgagggattacttgatgataaa 37030231  T
Q  387 tggtggcatgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatgg 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030230 tggtggcatgtttcaagagattgctaagattaacgccgaggcaatacgaggacttgagcctaagattagtatttggactaatgg 37030147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 508 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 37030133 - 37030012
Alignment:
Q  508 ggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatgggagcct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||    
T  37030133 ggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggaatgttaccacctgcttggatgggagtct 37030034  T
Q  608 tatctgagaaaagcccttaatt 629  Q
    |  |||| |||| | |||||||    
T  37030033 tgcctgacaaaaactcttaatt 37030012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 82 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 26756367 - 26755869
Alignment:
Q  82 tcactttttcggtgattaaaactctggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgaga 181  Q
    ||||| ||| ||||||| ||| ||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  26756367 tcactattttggtgattcaaattctggatagtgcaggcacaagaggcaaactgggagctgtacaagaaacaaaaagaggcagaagcaattctgtatgaga 26756268  T
Q  182 agaaggcagaggcagaagcacagaaagcgtcagcagatgcaacattttatgctcgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggc 281  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  26756267 agaagacagaggcagaagcacagatagcattggcaaatgcaacattttatgctcgtaaacaagcagccgaagcagagctatatgcaaagaagaaggaggc 26756168  T
Q  282 agaggggattgtgacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagtacacttctcaatgcacttggaaacaactacacagctgtaagggattacttgatg 381  Q
     |||||||| |||||||||||||||| |||||| | || ||||||||| |||||||| |||||||||    | || |||||||||||||| |||||||||    
T  26756167 ggaggggatcgtgacacttgggaatggtcaaggggtgtgtgtaagtacccttctcaacgcacttggaggtgattatacagctgtaagggactacttgatg 26756068  T
Q  382 ataaatggtggcatgtttcaagagattgctaagattaatgccgaggcggtacgcggacttgagcctaagattagtatttggactaatggtagtgatagtg 481  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||  |    
T  26756067 ataaatggtggcatgtttcgagatattgcgaagattaatgctgaggctatacgcggacttgaacctaagattagtatttggactaatg---gtgataacg 26755971  T
Q  482 gtggtgaaaaaactgaaggttccatgggtatgaaagaagttgctggtgtctacaagatgttgccacctttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcat 581  Q
    |||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26755970 gtggcgaaaaaactgacggtggcataggtatgaaagaagttgctggtgtgtacaagatgttgccacctctgtttaagacagtccatgagcaaacaggcat 26755871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 71; Significance: 8e-32; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 549 - 651
Target Start/End: Original strand, 52267388 - 52267489
Alignment:
Q  549 tttgtttaagactgtccatgagcaaacgggcatgttgcctcctgcttggatgggagccttatctgagaaaagcccttaattaggatgatgcaatgcaagt 648  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||    
T  52267388 tttgtttaagactgtccatgagcaaacaggcatgttgcctcctgcttggatgggaaccttatccgacaaaagctcttaattaggaggatgcaa-gcaagt 52267486  T
Q  649 att 651  Q
    |||    
T  52267487 att 52267489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University