View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7755_low_6 (Length: 590)

Name: NF7755_low_6
Description: NF7755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7755_low_6
NF7755_low_6
[»] chr6 (34 HSPs)
chr6 (104-569)||(33304287-33304767)
chr6 (122-558)||(33644283-33644734)
chr6 (117-569)||(33262429-33262896)
chr6 (154-569)||(31562596-31563029)
chr6 (1-359)||(33410033-33410409)
chr6 (117-469)||(33398957-33399324)
chr6 (98-364)||(33388183-33388449)
chr6 (118-360)||(9166779-9167021)
chr6 (120-364)||(33285641-33285885)
chr6 (134-356)||(33057600-33057822)
chr6 (148-364)||(33358890-33359106)
chr6 (155-347)||(33271865-33272057)
chr6 (1-190)||(28869825-28870014)
chr6 (223-360)||(28870013-28870150)
chr6 (393-573)||(28870198-28870378)
chr6 (375-569)||(33387957-33388151)
chr6 (385-569)||(33409781-33409959)
chr6 (379-574)||(33271593-33271785)
chr6 (388-573)||(33285393-33285581)
chr6 (385-469)||(33057469-33057553)
chr6 (385-574)||(9166559-9166739)
chr6 (1-49)||(31562449-31562497)
chr6 (1-51)||(33304880-33304930)
chr6 (419-550)||(33358714-33358849)
chr6 (1-54)||(33399348-33399401)
chr6 (1-49)||(9167171-9167219)
chr6 (1-56)||(33644228-33644283)
chr6 (510-568)||(33057382-33057440)
chr6 (1-54)||(33057956-33058009)
chr6 (1-54)||(33272197-33272250)
chr6 (1-50)||(33388467-33388516)
chr6 (6-54)||(33263028-33263076)
chr6 (1-49)||(33359118-33359166)
chr6 (511-559)||(33398885-33398933)
[»] scaffold1408 (1 HSPs)
scaffold1408 (146-573)||(443-888)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (146-573)||(6189-6634)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (137-469)||(17440638-17440985)
chr2 (496-569)||(17441000-17441073)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (224-465)||(31157133-31157380)
chr4 (385-568)||(31479029-31479212)
chr4 (376-574)||(31472559-31472760)
chr4 (204-354)||(31148336-31148486)
chr4 (233-334)||(31504032-31504133)
chr4 (233-351)||(31498902-31499020)
chr4 (393-563)||(31148106-31148267)
chr4 (232-354)||(31478846-31478968)
chr4 (395-488)||(31504224-31504317)
chr4 (5-53)||(31498683-31498731)
chr4 (385-465)||(31526302-31526382)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (228-334)||(6785236-6785342)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 34)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 104 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 33304767 - 33304287
Alignment:
Q  104 gctctcacgagaaacacatatttgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgatt 203  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33304767 gctcccacaagacacacatatttgttgccatccttgcatagcttagtttgtttgcgagacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgatg 33304668  T
Q  204 caattgaatgtttacgctcgctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaa 303  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33304667 caattgaatgtttatactcgctagaaagattaaacttagagggaaacaattttgtgactctacctagcctgaggaagctttccaaacttgtatatttaaa 33304568  T
Q  304 tttggagcattgcaagttgttggaatctttgtctcaacttccttttcctaccactat------tgggaacaac---gattggtggat------taaagga 388  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||      || |||||||    |||  |||||      || ||||    
T  33304567 tttgcagcattgcatgttgttggaatctttgcctcaacttccttctcctaccaatattattcgtgagaacaacaaatatttctggatctggcctacagga 33304468  T
Q  389 ttgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcct 488  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||  ||||||||    
T  33304467 ttgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaatcct 33304368  T
Q  489 accctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtg 569  Q
    ||||||  |  || ||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  33304367 accctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtg 33304287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 122 - 558
Target Start/End: Original strand, 33644283 - 33644734
Alignment:
Q  122 tatttgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacgct 221  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  33644283 tattcgttgccatccttgcatagcttatattgtttgcgtagcattgacattagctattgccgtctaagccatgttcctgattcaattgaatgtttacatt 33644382  T
Q  222 cgctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagtt 321  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  33644383 cgctagaaagattaaatttagggggaaactattttgtgacactacctagcctgaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggaacactgcaagtt 33644482  T
Q  322 gttggaatctttgtctcaacttccttttcctaccactattgg---------------gaacaacgattggtggattaaaggattgttcattttcaactgt 406  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||               |||  |||||   ||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  33644483 gttggaatctttgcctcaacttccttcccctaccactattgggcgggaacgagatgagaatgacgatgtctggatttcaggattggtcattttcaactgt 33644582  T
Q  407 ccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcctaccctaactatttggatg 506  Q
     ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||| |||||||||||| | ||| || |||     
T  33644583 tcaaaattgggtgagagggaacgttgcaggagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaaacctacaatcctacccaacctactttgata 33644682  T
Q  507 ggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatca 558  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33644683 ggactcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatca 33644734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 117 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 33262896 - 33262429
Alignment:
Q  117 acacatatttgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgttt 216  Q
    |||||| | ||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||   |||||||||| ||    
T  33262896 acacatctctgttgccttccttgcgtagtttacattgtttgcgtaatgttgacataagcttttgctatctacgccaagtgcctggcacaattgaatgctt 33262797  T
Q  217 acgctcgctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgc 316  Q
    ||  | ||||||||||||||| ||| |||||||  |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33262796 acattggctagaaagattaaatttagggggaaatgattttgtgacactacctagcctgaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgc 33262697  T
Q  317 aagttgttggaatctttgtctcaacttccttttcctaccactatt----gggaacaacg-----------attggtggattaaaggattgttcattttca 401  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    |||| || ||           ||  || || || ||||||| |||||||||    
T  33262696 aggttgttggaatctttgcctcaacttccttctcctacctctattgggcgggatcatcgtgagaaggagtataagttgaatacaggattggtcattttca 33262597  T
Q  402 actgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcctaccctaactattt 501  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  33262596 actgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggacgacacaattcattcaagcataccaacaatcctaccctacttattt 33262497  T
Q  502 ggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtg 569  Q
    ||||| | |||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33262496 ggatgagtttcaaattgttagtccaggaaatgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtg 33262429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 154 - 569
Target Start/End: Original strand, 31562596 - 31563029
Alignment:
Q  154 tttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacgctcgctagaaagattaaacttacggggaaactat 253  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  31562596 tttgcgtacagttgacattagcttttgccgtctaagccaagtgcctgatgcaattgaatgtttaagctcgctagaaagattaaatttagggggaaactat 31562695  T
Q  254 tttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctttgtctcaacttccttttccta 353  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  31562696 tttgtgacactacctagcttgtggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcgagttgttggaatctttgcctcaacttccttctccta 31562795  T
Q  354 ccactattggg------------aacaacgattggtggattaaaggattgttcattttcaactgtccaagattgg------gtgagagggaacattgcag 435  Q
    |||||||||||             | ||| | ||||||| || ||||||| ||||||| |||||||| | |||||      |||||||||| ||||||||    
T  31562796 ccactattgggcgggatcgtcgtgagaacaaatggtggactacaggattggtcatttttaactgtccgaaattggctgagagtgagagggagcattgcag 31562895  T
Q  436 tagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcctaccctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaa 535  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| | ||| |||||||||  ||||||||||| | |||| |||||   |||||||||||||    
T  31562896 gagcatgacattttcatggatggcacaattcattaaggcatatccacactcctaccctgcctatttggatgagtttcatattgttgttccaggaagtgaa 31562995  T
Q  536 ataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtg 569  Q
    |||||   ||||||||||||||| ||||||||||    
T  31562996 ataccgaattggatcaacaatcatagcatgggtg 31563029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 33410409 - 33410033
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgtttaacaagtcaaggattctg-tcaag-----------------tgaaagtgtc 82  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || || ||                 ||||||| ||    
T  33410409 tcttagctctcttgaagatctatatatgtgtggctgttccaaagtgtttaacaattcaaggaatttgatcgagaagaagcatgatataaatgaaagtttc 33410310  T
Q  83 ctcaaatggatcctattgcctgctctcacgagaaacacatatttgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgcc 182  Q
    | |||||||||| | |||||  ||| |||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  33410309 cacaaatggatcattttgcccactcccacgagaaacacatattgcttgccatcattgcatagcttatattgtttgcgtcaagttgatattagcttttgcc 33410210  T
Q  183 atctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacgctcgctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagct 282  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||| | |||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  33410209 atctaaaccaagttcctgatgcaattgaaggtttacattcgctagaaagattatatttagcgggaaactattttgtgacactacctagcttgaggaagct 33410110  T
Q  283 ttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctttgtctcaacttccttttcctaccacta 359  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33410109 ttccaaacttgaatatttagatttgcagcattgcaagttgttggaatctttgcctcaacttccttttcctaccacta 33410033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 117 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 33399324 - 33398957
Alignment:
Q  117 acacatatttgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgttt 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  33399324 acacatatttgttgccatccttgcatagcttagattgtttgcgtggagttgacattagcttttgcaatctaagccaagttcctgatgcaattgaagattt 33399225  T
Q  217 acgctcgctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgc 316  Q
    ||  | ||||||||||||||| |||  ||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||    
T  33399224 acattggctagaaagattaaatttaaagggaaacaattttgtgacactacctagcctgaggaagctttccgaacttgtatatttaaatttggaacactgc 33399125  T
Q  317 aagttgttggaatctttgtctcaacttccttttcctaccactattgg---------------gaacaacgattggtggattaaaggattgttcattttca 401  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||               |||  |||||   ||||||  ||||||| |||||||||    
T  33399124 aagttgttggaatctttgcctcaacttccttcccctaccactattgggcgggaacgagatgagaatgacgatgactggatttcaggattggtcattttca 33399025  T
Q  402 actgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatt 469  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33399024 actgttcaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggatgatacaattcatt 33398957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 98 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 33388449 - 33388183
Alignment:
Q  98 ttgcctgctctcacgagaaacacatatttgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttc 197  Q
    |||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  33388449 ttgcctactcccatgagaaacacatatttgttgccatccgtgcatagcttaaattgtttgcgtaaagttgacattagcttttgtcatctaaatcaagttc 33388350  T
Q  198 ctgattcaattgaatgtttacgctcgctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtata 297  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33388349 ccgattcaattgaatgtttacactcactagaaaaattaaatttagggggaaacgattttgtgacactacctagcttgaggaagctttccaaacttgtata 33388250  T
Q  298 tttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctttgtctcaacttccttttcctaccactattggg 364  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||| || |||||||||||||    
T  33388249 tttaaatttggagcattgcaagttcttgaaatcttttcctcaacttccttctcttaccactattggg 33388183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 118 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 9167021 - 9166779
Alignment:
Q  118 cacatatttgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgttta 217  Q
    |||||||||||||   ||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  9167021 cacatatttgttgcattccttgcgtagtttatattgtttgcgtgaagttgacattagctattgccatctaagccaattgcctgatacaattgaatgttta 9166922  T
Q  218 cgctcgctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgca 317  Q
    || | ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9166921 cggtggctagaaagattaaacttagggggaatcgattttgcgacactacctagcttgaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgca 9166822  T
Q  318 agttgttggaatctttgtctcaacttccttttcctaccactat 360  Q
     ||||||||| | |||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  9166821 ggttgttggagtttttgcctcaacttcctttttctaacactat 9166779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 120 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 33285885 - 33285641
Alignment:
Q  120 catatttgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacg 219  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |  || ||||||||||||||      
T  33285885 catatgtgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtgaagttaacattagcttttgccgtctaagccaagtgtcatatgcaattgaatgtttata 33285786  T
Q  220 ctcgctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaag 319  Q
     | |||||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33285785 ttggctagaaatattaaacttagggggaaacaattttgtgacactacctagcctgagaaagctgtccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaag 33285686  T
Q  320 ttgttggaatctttgtctcaacttccttttcctaccactattggg 364  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33285685 ttgttggaatctttgcctcaacttccttttcctaccaatattggg 33285641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 134 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 33057822 - 33057600
Alignment:
Q  134 tccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacgctcgctagaaagat 233  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  | |||||||||||    
T  33057822 tccttgcatagtttatgttgtttgcgtaaggttgacataagcttttgctatctaagccatgtgcctgatgcaattgaatgtttacattggctagaaagat 33057723  T
Q  234 taaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatcttt 333  Q
    |||| |||  ||||||| |||||| |||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33057722 taaatttagcgggaaacgattttgtgacattacctagcctgaggaagctatccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaaattgttggaatcttt 33057623  T
Q  334 gtctcaacttccttttcctacca 356  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  33057622 gcctcaacttccttttcctacca 33057600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 148 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 33359106 - 33358890
Alignment:
Q  148 atattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacgctcgctagaaagattaaacttacgggga 247  Q
    |||||||||||||   |||| | |||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||  | |||||||| |||||| ||| |||||    
T  33359106 atattgtttgcgtgttgttgcctttagtttttgccatctaagtcaagttcccgatgcaattgaatgtttacattggctagaaatattaaatttaggggga 33359007  T
Q  248 aactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctttgtctcaacttcctt 347  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33359006 aacgattttgtgacactacctagcctgaggaagctttctaaacttgtatatttaaatttggaacattgcaagttgttggaatctttgcctcaacttcctt 33358907  T
Q  348 ttcctaccactattggg 364  Q
    |||||||||||||||||    
T  33358906 ttcctaccactattggg 33358890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 155 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 33272057 - 33271865
Alignment:
Q  155 ttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacgctcgctagaaagattaaacttacggggaaactatt 254  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||| | ||| |||||||| |||    
T  33272057 ttgcgtagcattgacattagcttttgccatctacgccaagttcctgatgcaattgaatgtttacattggctagaaagattagatttagggggaaacaatt 33271958  T
Q  255 ttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctttgtctcaacttcctt 347  Q
    ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33271957 ttgtgacactacctagcctgaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggaacattgcaagttgttggaatctttgcctcgacttcctt 33271865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Original strand, 28869825 - 28870014
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgtttaacaagtcaaggattctgtcaagtgaaagtgtcctcaaatggatcctattg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||| || ||||||||||||| | |||    
T  28869825 tcttaactctcttgaagatctaaatatgtctggctgttccaaagtgtttaacaattcaaggatcatgttaagtgaaaatgacctcaaatggatcatgttg 28869924  T
Q  101 cctgctctcacgagaaacacatatttgttgtcatccttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagc 190  Q
    ||  ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28869925 cccactcccacgagaaacacatacttgttgccatccttgaatagcttatattgtttgtgtaacgttgacgttagcttttgccatctaagc 28870014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 223 - 360
Target Start/End: Original strand, 28870013 - 28870150
Alignment:
Q  223 gctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttg 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28870013 gctagaaagattaaacttacggggaaactattttgtgacactgcctagcctgaggaagctttccaaacttgaatatttaaatttggagcattgcaagttg 28870112  T
Q  323 ttggaatctttgtctcaacttccttttcctaccactat 360  Q
    || ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  28870113 tttgaatctttgcctcaacttccttctcctacccctat 28870150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 393 - 573
Target Start/End: Original strand, 28870198 - 28870378
Alignment:
Q  393 tcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcctaccc 492  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||     
T  28870198 tcattttcaactgtccaaatttaggtgagagggaacgttgttgtagcatggcattttcatggatgaaacaattcattcgggcataccgacaatcctacct 28870297  T
Q  493 taactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtggttc 573  Q
    |  ||||||||||| | || | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28870298 tgtctatttggatgcgtttaatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcatgggtggttc 28870378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 375 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 33388151 - 33387957
Alignment:
Q  375 ggtggattaaaggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggc 474  Q
    ||||||| | ||||||| || ||||||||||||||| | ||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  33388151 ggtggatcacaggattgatcgttttcaactgtccaaaactgggtgatagggagtgttgcagtagcatgacattttcatggatgacacaatttattaaggc 33388052  T
Q  475 ataccaacaatcctaccctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtg 569  Q
    | ||| |||| ||||||||  |||||| |||  | |||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  33388051 aaaccgacaaacctaccctgcctattttgatacgattcaaattgttactacaggaagtgaaataccgagttggatcaacaatcagagcatgggtg 33387957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 385 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 33409959 - 33409781
Alignment:
Q  385 aggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaa 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||  |||| ||||||||    
T  33409959 aggattgttcattttcaactgtccaaaattggttgagagggaacgttgcagtagcatcacaatttcatggatggcacatttcattcaggcaaaccaacaa 33409860  T
Q  485 tcctaccctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtg 569  Q
          || ||| | |||   | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  33409859 ------cccaacaaattgtcggcgcttcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcgtgggtg 33409781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 379 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 33271785 - 33271593
Alignment:
Q  379 gattaaaggattgttcattttcaactgtccaagattgg------gtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgg 472  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||      |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |    
T  33271785 gattacaggattggtcattttcaactgtccaaaattggctgactgtgagagggaacgttgcagtagcttgacattttcatggatgatacaattcattatg 33271686  T
Q  473 gcataccaacaatcctaccctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtggtt 572  Q
    ||| |||  ||||| ||         |||| ||| | |||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33271685 gcaaacccgcaatctta---------tttgaatgagtttcatattataactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtgatt 33271595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 388 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 33285581 - 33285393
Alignment:
Q  388 attgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcc 487  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||| |      
T  33285581 attggtcattttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttt 33285482  T
Q  488 taccct---aactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtggttc 573  Q
    ||||||     ||  || || ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| ||||    
T  33285481 taccctgcgtccttatttgaagggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaataatcagagcgtgggtagttc 33285393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 385 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 33057553 - 33057469
Alignment:
Q  385 aggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatt 469  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||    
T  33057553 aggattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcatt 33057469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 385 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 9166739 - 9166559
Alignment:
Q  385 aggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaa 484  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||  |||| ||| || |    
T  9166739 aggattggtcattttcaactgtccagaattgagtgataaggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgatgcaatttattcaggcaaacccacca 9166640  T
Q  485 tcctaccctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtggttcg 574  Q
    ||| ||         || ||| || |||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  9166639 tcccac---------tttgataggattcaaattgttacgccaggaattgaaataccaagttggatcaacaatcggagcgtggatggttcg 9166559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Original strand, 31562449 - 31562497
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgttt 49  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31562449 tcttagctctcttgaagatctaaatatgcgtggctgttccaaagtgttt 31562497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 33304930 - 33304880
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgtttaa 51  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  33304930 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtatggatgttccaaagtgtttaa 33304880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 419 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 33358849 - 33358714
Alignment:
Q  419 gagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttg----ggcataccaacaatcctaccctaactatttggatgggcttcaa 514  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||      |||| ||| || |||||||||| |||||||  || |  |||||    
T  33358849 gagagggaacgttgcagtagcatgacactttcatggatgaaacaattcattcattctggcaaacccaccatcctaccctgactattttcatagcattcaa 33358750  T
Q  515 attgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatc 550  Q
    || || ||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  33358749 atagttactccaggaagtgaaatgctaagttggatc 33358714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 33399401 - 33399348
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgtttaacaa 54  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  33399401 tcttagctctcttgaatatctaaatatgaatggctgttccaaagtgtttaacaa 33399348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 9167219 - 9167171
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgttt 49  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9167219 tcttagctctcttaaagatctaaatatgtgtggctgttccaaattgttt 9167171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Original strand, 33644228 - 33644283
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgtttaacaagt 56  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  33644228 tcttagctctcttcaagatctaaatttgggtggttgttccaaagtgtttaacaagt 33644283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 510 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 33057440 - 33057382
Alignment:
Q  510 ttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggt 568  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  33057440 ttcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggt 33057382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 33058009 - 33057956
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgtttaacaa 54  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33058009 tcttagctctcttcaatacctaaatatgtgtggctgttccaaagtatttaacaa 33057956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 33272250 - 33272197
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgtttaacaa 54  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  33272250 tctttgctctcttgaagatctaaatatgcgtggttgttctaaagtgtttaacaa 33272197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 33388516 - 33388467
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgttta 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  33388516 tcttagctctcttgaagatctaaatatatgtggttgttccaaagcgttta 33388467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 33263076 - 33263028
Alignment:
Q  6 gctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgtttaacaa 54  Q
    ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  33263076 gctctcttgaagatctaaatatcagttgctgttccaaagtgtttaacaa 33263028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 33359166 - 33359118
Alignment:
Q  1 tcttagctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgttt 49  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||    
T  33359166 tcttagctctcttgaagatcaaaatatgtgcggttgttccaaagtgttt 33359118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 33398933 - 33398885
Alignment:
Q  511 tcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcag 559  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33398933 tcaaattgttattccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcag 33398885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 146 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 888 - 443
Alignment:
Q  146 ttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacgctcgctagaaagattaaacttacggg 245  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||| ||| |||    
T  888 ttatattgtttgcgtaacattgacattagcttttgccatctaagccatgttcctgatgcaattgaatgtttacatcggctagaaagattaaatttagggg 789  T
Q  246 gaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctttgtctcaacttcc 345  Q
    ||||  |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  788 gaaataattttgtgacactacctagcatgaggaagctttccagacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatcgttgcctcaacttcc 689  T
Q  346 ttttcctaccactattgg---------------gaacaacg---attggtggattaaaggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaa 427  Q
    |||||| | |||||||||               ||||||||   |||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  688 ttttccaagcactattgggccggattatcatgagaacaacgaatattattggactaaaggattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaa 589  T
Q  428 cattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcctaccctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccag 527  Q
      ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||  |   |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  588 tgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaatcctacggtccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccag 489  T
Q  528 gaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtggttc 573  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  488 gaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttc 443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 146 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 6634 - 6189
Alignment:
Q  146 ttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacgctcgctagaaagattaaacttacggg 245  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||| ||| |||    
T  6634 ttatattgtttgcgtaacattgacattagcttttgccatctaagccatgttcctgatgcaattgaatgtttacatcggctagaaagattaaatttagggg 6535  T
Q  246 gaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctttgtctcaacttcc 345  Q
    ||||  |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  6534 gaaataattttgtgacactacctagcatgaggaagctttccagacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatcgttgcctcaacttcc 6435  T
Q  346 ttttcctaccactattgg---------------gaacaacg---attggtggattaaaggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaa 427  Q
    |||||| | |||||||||               ||||||||   |||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6434 ttttccaagcactattgggccggattatcatgagaacaacgaatattattggactaaaggattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaa 6335  T
Q  428 cattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcctaccctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccag 527  Q
      ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||  |   |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  6334 tgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaatcctacggtccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccag 6235  T
Q  528 gaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtggttc 573  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6234 gaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttc 6189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 148; Significance: 8e-78; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 137 - 469
Target Start/End: Original strand, 17440638 - 17440985
Alignment:
Q  137 ttgcatagcttatattgtttgcgtaacgttgacattagcttttgccatctaagccaagttcctgattcaattgaatgtttacgctcgctagaaagattaa 236  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||  | | ||||||||||||    
T  17440638 ttgcatagcttatattgtttgcgtgaagttgacattagtttttgccgtctaagccaagtgccggatacaattgaatgtttacattgggtagaaagattaa 17440737  T
Q  237 acttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctttgtc 336  Q
    | ||| |||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  17440738 atttagggggaaatgattttgcgacactacctagcctgaggaagctttcgaaacttgtatatttaaatttgcagcattgcaagttgttggaatctttgcc 17440837  T
Q  337 tcaacttccttttcctaccactattggg-aacaacgatt----ggtggat----------taaaggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgag 421  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||    ||||| |    || ||||          || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  17440838 tcaacttccttttcctaccgctatcgggcgggaacgagttgagggcggatattaccggcctacaggattgttcatcttcaactgtccaaaattgggtgag 17440937  T
Q  422 agggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatt 469  Q
    ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  17440938 agggaatgttacagtagcatgacattttcatggatgatgcaattcatt 17440985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 496 - 569
Target Start/End: Original strand, 17441000 - 17441073
Alignment:
Q  496 ctatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtg 569  Q
    ||||||| || || |||| ||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  17441000 ctatttgaataggattcatattgttagtccaggaagcgaaataccaagttggatcaacaataagagcgtgggtg 17441073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 76; Significance: 7e-35; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 224 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 31157380 - 31157133
Alignment:
Q  224 ctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgt 323  Q
    ||||||||||||||  || |||| ||| |||||| |||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  31157380 ctagaaagattaaatataggggggaacaattttgtgacactgcctagcctgagggagctttccaaacttgtatatttaaacttggagcattgcaagcttt 31157281  T
Q  324 tggaatctttgtctcaacttccttttcctaccactattggg-----aacaac-gattggtggattaaaggattgttcattttcaactgtccaagattggg 417  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||  || | | |      |||||  ||  | |||    ||||||| |||||||||||||||| | ||||||    
T  31157280 tggaatctttgcctcaacttccttttcctactgctttcgagcatatgacaacatataagaggacagtaggattggtcattttcaactgtcctaaattggg 31157181  T
Q  418 tgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaatt 465  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  31157180 tgagagtgaagattgcaatagcatggcattttcatggatgatacaatt 31157133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 385 - 568
Target Start/End: Original strand, 31479029 - 31479212
Alignment:
Q  385 aggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaa 484  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||| ||||    
T  31479029 aggattgttcattttcaactgtcctaaattgggtgaaacggaacgttggagtagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaaaccgacaa 31479128  T
Q  485 tcctaccctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggt 568  Q
    | || || | |||  |  ||| || |||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  31479129 ttctcccatgactcctctgatagggttcaaattgttactccaggtagtgaaatgccaagttggttcaacaatcagagcaagggt 31479212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 376 - 574
Target Start/End: Original strand, 31472559 - 31472760
Alignment:
Q  376 gtggattaaaggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaaca---ttgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgg 472  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||   ||||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||  |    
T  31472559 gtggcttacaggattgctcattttcaactgtcctaatttgggtgagagggaacattgttgcactaacatgacattttcatggatgatacaactcattcag 31472658  T
Q  473 gcataccaacaatcctaccctaactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagcatgggtggtt 572  Q
    ||| | | |||||||| |||| ||| ||  |||    |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||| ||    
T  31472659 gcaaatccacaatccttccctgactgttatgatataattcagattgttactccaggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagaacaagggtgatt 31472758  T
Q  573 cg 574  Q
    ||    
T  31472759 cg 31472760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 204 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 31148486 - 31148336
Alignment:
Q  204 caattgaatgtttacgctcgctagaaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaa 303  Q
    |||||| | ||||||| | |||||||||||||||  || |||||||| |||||| |||  |||||||| | |||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  31148486 caattggacgtttacgttggctagaaagattaaatctagggggaaacaattttgtgacggtacctagccttaggaagctatccagacttgcatatttaaa 31148387  T
Q  304 tttggagcattgcaagttgttggaatctttgtctcaacttccttttcctac 354  Q
     ||| ||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  31148386 cttgcagcattgtaagttgttgaaatcgttgcctcaacttccttttgctac 31148336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 233 - 334
Target Start/End: Original strand, 31504032 - 31504133
Alignment:
Q  233 ttaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctt 332  Q
    ||||||||| |||||||  |||||| |||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  31504032 ttaaacttagggggaaataattttgtgacagtacctagcctgagggagctttccaaacttgtatatttaaacttggagcattgcaaactgttggaatctt 31504131  T
Q  333 tg 334  Q
    ||    
T  31504132 tg 31504133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 233 - 351
Target Start/End: Original strand, 31498902 - 31499020
Alignment:
Q  233 ttaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatctt 332  Q
    ||||| ||| |||||||| | |||| |||| |||||||| | ||| | |||||||||||||||| |||||| || || |||||||| |||||||||||||    
T  31498902 ttaaatttagggggaaacaagtttgtgacattacctagcctgagggacctttccaaacttgtatgtttaaacttagaacattgcaaattgttggaatctt 31499001  T
Q  333 tgtctcaacttccttttcc 351  Q
    || ||||||||||||||||    
T  31499002 tgcctcaacttccttttcc 31499020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 393 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 31148267 - 31148106
Alignment:
Q  393 tcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcctaccc 492  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||| | |||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||  ||| ||||||||   |    
T  31148267 tcattttcaactgtcctaaattgggtgagagggaatgttggaatagcatgatattttcatggatgatacaactcattcgggcgaacccacaatcctcatc 31148168  T
Q  493 taactatttggatgggcttcaaattgtcactccaggaagtgaaataccaggttggatcaacaatcagagca 563  Q
    |         |||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  31148167 t---------gatgtgattcaaattgttactccgggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagagca 31148106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 232 - 354
Target Start/End: Original strand, 31478846 - 31478968
Alignment:
Q  232 attaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttggaatct 331  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||| |||| |||||||  | ||| ||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||| ||||| |||||    
T  31478846 attaaatttagggggaaacaattttgtgacagtacctagtctgagggagctttcaaaacttgtatatttaagcttagagcattgcaagctgttgaaatct 31478945  T
Q  332 ttgtctcaacttccttttcctac 354  Q
    ||| ||  |||||||| ||||||    
T  31478946 ttgcctgtacttccttctcctac 31478968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 395 - 488
Target Start/End: Original strand, 31504224 - 31504317
Alignment:
Q  395 attttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaattcatttgggcataccaacaatcct 488  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||||||||||   | || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||| ||||||||    
T  31504224 attttcaactgtcctaaattggatgagagggaatgctacattagaatgacattttcatggatgatacaattcattaaggcaaacccacaatcct 31504317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 53
Target Start/End: Original strand, 31498683 - 31498731
Alignment:
Q  5 agctctcttgaagatctaaatatgtgtggctgttccaaagtgtttaaca 53  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  31498683 agctttcttaaagatctaaatatgtgtgggtgttccgaagtgtttaaca 31498731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 385 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 31526382 - 31526302
Alignment:
Q  385 aggattgttcattttcaactgtccaagattgggtgagagggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgacacaatt 465  Q
    ||||||||  ||||||||||||||   ||||||||||| |||| | ||||||  | || ||||||||||||||| ||||||    
T  31526382 aggattgtgtattttcaactgtcctgaattgggtgagatggaaaagtgcagtgacttggcattttcatggatgatacaatt 31526302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 228 - 334
Target Start/End: Original strand, 6785236 - 6785342
Alignment:
Q  228 aaagattaaacttacggggaaactattttgcgacactacctagcttaaggaagctttccaaacttgtatatttaaatttggagcattgcaagttgttgga 327  Q
    |||||||||| ||| |||||||| |||||| |||| | |||||| | | | ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||| |    
T  6785236 aaagattaaatttagggggaaaccattttgtgacattgcctagcctgaaggagctttccaaactcgtatatttaaacttggatcactgcaagttgttgaa 6785335  T
Q  328 atctttg 334  Q
    || ||||    
T  6785336 atatttg 6785342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University