View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7763_low_6 (Length: 439)

Name: NF7763_low_6
Description: NF7763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7763_low_6
NF7763_low_6
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-439)||(4024751-4025189)
chr4 (1-439)||(3801105-3801549)
chr4 (1-436)||(3919908-3920349)
chr4 (1-439)||(4009515-4009959)
chr4 (1-398)||(3955696-3956093)
chr4 (1-435)||(4001823-4002258)
chr4 (1-436)||(3817115-3817556)
chr4 (1-436)||(3933132-3933573)
chr4 (1-434)||(3986514-3986953)
chr4 (100-439)||(4218261-4218606)
chr4 (1-436)||(3809532-3809976)
chr4 (7-192)||(4018242-4018427)
chr4 (7-186)||(3963687-3963866)
chr4 (400-439)||(3954568-3954607)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-439)||(13397466-13397913)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 4024751 - 4025189
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4024751 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 4024850  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4024851 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 4024950  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatatacatgatcaacttcattacaaata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4024951 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatatacatgatcaacttcattacaaata 4025050  T
Q  301 agtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttccttaacgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4025051 agtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttccttaacgt 4025150  T
Q  401 catcaagaacaataaggaccttcatacggccaatccttc 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4025151 catcaagaacaataaggaccttcatacggccaatccttc 4025189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 3801105 - 3801549
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3801105 tctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttcttgaattggcagtcttttaagtttgtctagcagactttcccatacttctt 3801204  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||    
T  3801205 tacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtactccatttc 3801304  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatatacatgatc------aacttcatta 294  Q
    | |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||       |||||||||    
T  3801305 aggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatatagatcatcgtcatacacttcatta 3801404  T
Q  295 caaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttcct 394  Q
      ||||||||||||| | |||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  3801405 ggaataagtacttgcttatctctacttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctagcagaccttcttcct 3801504  T
Q  395 taacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatccttc 439  Q
    |||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3801505 taatatcatcaagatcaataagaaccttcatacggccaatccttc 3801549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 3920349 - 3919908
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3920349 tctaaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 3920250  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||    
T  3920249 tgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtactccatttc 3920150  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatata------catgatcaacttcatta 294  Q
    | |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||      |||||||||||||||||    
T  3920149 aggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctcatatagaccatcatgatcaacttcatta 3920050  T
Q  295 caaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttcct 394  Q
        | ||||||||| | ||||| | ||| | |||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||   ||||    
T  3920049 gtccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatctcgagctgatctgtctcct 3919950  T
Q  395 taacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatcc 436  Q
    | || ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||    
T  3919949 tgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatcc 3919908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 4009515 - 4009959
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||| |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  4009515 tctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaatttttttattcggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattcttcct 4009614  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    | | |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||| || ||||    
T  4009615 tgtcttttccacgaagtagatgagccaaaacttcaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccactttctttgatagatcatagtactccatttc 4009714  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatata------catgatcaacttcatta 294  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      |||  ||||||||||||    
T  4009715 aagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctgatatagatcatcatcttcaacttcatta 4009814  T
Q  295 caaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttcct 394  Q
      ||||||||||||| | ||||||||||| | |||||| |||||||| ||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4009815 gcaataagtacttgcttatctctagttgttaaaattattctactatcggatcgaaaccaatcaagagttctaaataacatctctagctgaccttcttcct 4009914  T
Q  395 taacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatccttc 439  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4009915 taacatcatcaagaacaataagaaccttcatacgaccaatccttc 4009959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 3956093 - 3955696
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  3956093 tctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaaattttttatttggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattcttcct 3955994  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||    
T  3955993 tgtcttttccacgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgaaagctcatagtactccatttc 3955894  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatatacatgatcaacttcattacaaata 300  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||| ||||||| || |||||||||||||  ||||    
T  3955893 aagatgactttgattaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaacttcatatatatcatcaacttcattagtaata 3955794  T
Q  301 agtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttccttaac 398  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||  |||  ||||||||||||    
T  3955793 agtacttgcttgtctctaattgttacaattattctactatcagatcgaaaccaatcaagagttccaaataaaatctctagttgattttcttccttaac 3955696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Original strand, 4001823 - 4002258
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| |    
T  4001823 tctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcataaacttttttacttggaagttttttaagtttatcaagctgactttcccatacttcct 4001922  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    ||  |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||  | | |||| |||||||||||||| ||||| || ||||    
T  4001923 taacttttccacgaagtaaatgagccaaaactttaacacctaatggaattccttttgcatacgcaaccaccctctttgatagctcatagtactccatttc 4002022  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatatacat-gatcaacttcattacaaat 299  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||||  | ||| |||||||| ||||||| ||  |||||||||||||  |||    
T  4002023 aagatgactttgtttaaaggcattcaaatgaaaaagctcaagtgcctcactaggtttcaacaccccaacttcatatatatcaatcaacttcattagtaat 4002122  T
Q  300 aagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttccttaacg 399  Q
    |||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  4002123 aagtacttgcttgtctctagtcgttacaattatcctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctatttgaccttcttccttaaca 4002222  T
Q  400 tcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatc 435  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4002223 tcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatc 4002258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 436
Target Start/End: Original strand, 3817115 - 3817556
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3817115 tctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattgcatcataaactttttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 3817214  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||| || ||||    
T  3817215 tcttttttccacgaagcatatgagctaaaaccttaagaactaacggaatccctttggcataattgaccacactctttgatagctcatagtactccatttc 3817314  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatata------catgatcaacttcatta 294  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||  ||||||||||||    
T  3817315 aagatgactttgtttaaaggcattcgaattgaaaagcacaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatatatatcatcatcttcaacttcatta 3817414  T
Q  295 caaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttcct 394  Q
        | ||||||||| | ||||| | ||| | |||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||   ||||    
T  3817415 ttccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatctcgagctgatctgtctcct 3817514  T
Q  395 taacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatcc 436  Q
    | || ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||    
T  3817515 tgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatcc 3817556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 3933573 - 3933132
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3933573 tctaaacgatcaagatcatcataactaagcctcattacatcatgaacttttggaattggcagtcttttaagtttgtctagcttactttcccatacttctt 3933474  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||| || ||||    
T  3933473 tacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctctgatagctcatagtactccatttc 3933374  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatata------catgatcaacttcatta 294  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||      ||| ||||||||||||     
T  3933373 aagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctcacatagatcatcattatcaacttcattg 3933274  T
Q  295 caaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttcct 394  Q
      || ||| |||||| | | |||| | || |||||||| ||||||||  || ||| ||||||||| | ||||||||||||||||| | || ||  ||| |    
T  3933273 gtaacaagcacttgcttatttctactggttacaattattctactatctaatcgaaaccaatcaagagatccaaataacatctctagcagatctgtttcat 3933174  T
Q  395 taacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatcc 436  Q
    | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||    
T  3933173 tgacatcatcaagaacaataagaactttcatgcggccgatcc 3933132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Original strand, 3986514 - 3986953
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3986514 tctaaacgatcaagatcatcgtaactgagtttcactacatcatgaacttttttaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 3986613  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||  |||    || | |||||    
T  3986614 tgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataattgaccaccctctttgatatttcatcaaactcagtttc 3986713  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatat------acatgatcaacttcatta 294  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       |||  ||||||||||||    
T  3986714 aagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagtgcaagtgcatcactagaatccaataccccaacctcatatcgatcatcatcgtcaacttcatta 3986813  T
Q  295 caaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttcct 394  Q
      || |||||||||| | ||||| | ||| | |||||| |||||||| ||| ||| ||| ||||| ||| | ||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  3986814 tcaaaaagtacttgcttatctctggctgttagaattattctactatctgattgaaaccagtcaagagtttcgaataacatctctagctgatcttcgtcct 3986913  T
Q  395 taacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaat 434  Q
    |||| ||||||||||  ||||| |||||||| || |||||    
T  3986914 taacatcatcaagaatgataagaaccttcatgcgtccaat 3986953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 100 - 439
Target Start/End: Original strand, 4218261 - 4218606
Alignment:
Q  100 ttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgttt 199  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||    |||    
T  4218261 ttatgttttccacgaaacatatgacccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccaccttctttgatagatcgtagtacttaattt 4218360  T
Q  200 caagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatata------catgatcaacttcatt 293  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||      ||| ||||||||||||    
T  4218361 caagatgactttctttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcatcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatcaacttcatt 4218460  T
Q  294 acaaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttcc 393  Q
    |  ||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| || |||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  4218461 agcaataagtacttgcttatctctagatgttacaatgattctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctagcagaccttcttcc 4218560  T
Q  394 ttaacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatccttc 439  Q
    ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  4218561 ttaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggtcaatccttc 4218606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 436
Target Start/End: Original strand, 3809532 - 3809976
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809532 tctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 3809631  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctc---aaagtacaccgt 197  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||  ||   ||| |   |       
T  3809632 tattttttccacgaagcatattagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcatattcggtcaccctctttgatacatcacaaaactgatcaac 3809731  T
Q  198 ttcaagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatata------catgatcaacttca 291  Q
    |||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||| | |      | | ||||||||||    
T  3809732 ttcaagatcactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagttcttcagtaggacccaataccccaacctcaaacagatcatctttatcaacttca 3809831  T
Q  292 ttacaaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttctt 391  Q
    |||  ||||||||||||| | ||||| | ||| | |||||| ||||||||| || ||| |||||||    ||||||||||  | || | |||| ||        
T  3809832 ttagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcatattgaaaccaatcacaacttccaaataatttttccagctgatctgtac 3809931  T
Q  392 ccttaacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatcc 436  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  3809932 ccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatcc 3809976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 7 - 192
Target Start/End: Original strand, 4018242 - 4018427
Alignment:
Q  7 cgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttatttt 106  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||| |  ||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||||   |||| ||    
T  4018242 cgatccagatcatcataactcaatctcgttacatcttgaacttttttacttggcatttttttaagcttgtctagttgactttcccatactagcttatctt 4018341  T
Q  107 ttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtac 192  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||| ||||||| |||||    
T  4018342 ttccgcgaagaagatgagccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattgaccaccctctttgttagctcatagtac 4018427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 7 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 3963866 - 3963687
Alignment:
Q  7 cgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttatttt 106  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |  ||||| | || |||| |||||||| |||||||||||||||   |||| ||    
T  3963866 cgatctagatcatcataactcaatctcattacatcttgaacttttttacttggcatttttctaagcttgtctagttgactttcccatactagcttatctt 3963767  T
Q  107 ttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctca 186  Q
    |||| || |  | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||| ||||||||||||||    
T  3963766 ttccgcggacaagatgcgccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattcaccaccctctttgatagctca 3963687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 400 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 3954607 - 3954568
Alignment:
Q  400 tcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatccttc 439  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3954607 tcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttc 3954568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 13397466 - 13397913
Alignment:
Q  1 tctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13397466 tctaaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaactttttgaattggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatagttctt 13397565  T
Q  101 tattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctcaaagtacaccgtttc 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||| |  || |  ||||    
T  13397566 tattctttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatgggattcctttggcataatcgaccaccctctttgatacatcataaaactcgttttc 13397665  T
Q  201 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatata---------catgatcaacttca 291  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||         ||| | ||||||||    
T  13397666 aagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctcatataaagcatcatcatcaacaacttca 13397765  T
Q  292 ttacaaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttctt 391  Q
    |||  ||||||||||||| | || || ||||| | |||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  13397766 ttagcaataagtacttgcttatccctggttgttataattattctactatcagatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctccagctgaccttctt 13397865  T
Q  392 ccttaacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatccttc 439  Q
    || |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  13397866 ccgtaacatcatcaagaacaataagaaccttcatatggccaatccttc 13397913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University