View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7765_high_2 (Length: 653)

Name: NF7765_high_2
Description: NF7765
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7765_high_2
NF7765_high_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-639)||(35170817-35171447)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 639
Target Start/End: Original strand, 35170817 - 35171447
Alignment:
Q  9 cattatactaccgagccttcagaaactgggtcctccttaaaaggtttacctttgctctctttttgaattttgatatcaatattacttttggtttgaataa 108  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170817 cattatactaccgagccttcggaaactgggtcctccttaaaaggtttacctttgctctctttttgaattttgatatcaatattacttttggtttgaataa 35170916  T
Q  109 ggatatatacatatgatagtattatacgtcctaattagatagtattcttgtttatattcatcttaattaaccttgagcacatggctaaaatagtaatatg 208  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170917 ggatatatacatatggtagtattatacgtcctaattagatagtattcttgtttatattcatcttaattaaccttgagcacatggctaaaatagtaatatg 35171016  T
Q  209 ctaatatcatcatctgttaggatgaatttgtgacaaaactttctaattgctattcttttatttattggcatggttttaagttgttatgctttctgcagaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35171017 ctaatatcatcatctgttaggatgaatttgtgacaaaactttctaattgctattcttttatttattggcatggttttaagttgttatgctttctgcagaa 35171116  T
Q  309 aatatctgcggaggtgactctgtcgatctcagtagtactactactactgagtccaggcatagagatgttaggctccaaaaagttaatatgaaatcaacta 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35171117 aatatctgcggaggtgactctgtcgatctcagtagtactactactactgagtccaggcatagagatgttaggctccaaaaagttaatatgaaatcaacta 35171216  T
Q  409 cgggaaggattcctttgtctgtaagaaaagcatgtcaaaatgatgttggccatcttcgccatcccaaaacagatgattggcatgttgaagttgcagtccc 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35171217 cgggaaggattcctttgtctgtaagaaaagcatgtcaaaatgatgttggccatcttcgccatcccaaaacagatgattggcacgttgaagttgcagtccc 35171316  T
Q  509 cagaacacattctgtagtggaattccatactgaagaatttgaggctagttctgtcaccaagccactaataacaatgagggctgatgttacaagtatgcag 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35171317 cagaacacattctgtagtggaattccatactgaagaatttgaggccagttctgtcaccaagccactaataacaatgagtgctgatgttacaagtatgcag 35171416  T
Q  609 ggtgtgggttatgaatatgggcctatggatg 639  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35171417 ggtgtgggttatgaatatgggcctatggatg 35171447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University