View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7766_low_1 (Length: 905)

Name: NF7766_low_1
Description: NF7766
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7766_low_1
NF7766_low_1
[»] scaffold1051 (1 HSPs)
scaffold1051 (1-892)||(2221-3108)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (794-835)||(13261332-13261373)


Alignment Details
Target: scaffold1051 (Bit Score: 834; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1051
Description:

Target: scaffold1051; HSP #1
Raw Score: 834; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 892
Target Start/End: Original strand, 2221 - 3108
Alignment:
Q  1 atttcattaatcacttcttgaggaagatgttcgctcttcttcgccattttgtggaggcacttatgcgtttgagttggactatctcacactttatttatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2221 atttcattaatcacttcttgaggaagatgttcgctcttcttcgccattttgcggaggcacttatgcgtttgagttggactatctcacactttatttatac 2320  T
Q  101 acaaaaaatctgttaagttgccttgctcacttgattattccttatttgctactatatgatgaactctttcccaatgcactttgtaaaatgcattactcca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321 acaaaaaatctgttaagttgccttgctcacttgattattccttatttgctactatatgatgaactctttcccaatgcactttgtaaaatgcattactcca 2420  T
Q  201 ctcaaacaaagattgtgcaaaaagaatacttatacaagaataacataaaactaaccatgaccagaatacaagaattgcataaaacaagaatagcacaacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2421 ctcaaacaaagattgtgcaaaaagaatacttatacaagaataacataaaactaaccatgaccagaatacaagaattgcataaaacaagaatagcacaacc 2520  T
Q  301 agaatcaaacaatgattgggcctcaaactaaccttcaatttcttgtttccttttcccctttttgtttaagtacaaaatttaacactaactccattttact 400  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2521 agaatcaaacaatgattgggccacaaactaaccttcaatttcttgtttccttttcccctttttgtttaagtacaaaatttaacactaactccattttact 2620  T
Q  401 cactcatgacatcttcatacttctaaactctcattaattatctataggaatatcaaagagaactctcataatatggtgtcaaagaaatattgagaacgag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621 cactcatgacatcttcatacttctaaactctc----attatctataggaatatcaaagaaaactctcataatatggtgtcaaagaaatattgagaacgag 2716  T
Q  501 tcaataaagaagaaaacttacacctagctaacacnnnnnnnaaggaaatatcattatatttattttcttatttatagcatctattcttaccaattatgca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2717 tcaataaagaagaaaacttacacctagctaacactttttttaaggaaatatcattatatttattttcttatttatagcatctattcttaccaattatgca 2816  T
Q  601 aactaataatacctattaagcaaacgatgaaaagggggtgacacatcatgcttctgttaggttgaattcaaataaaggcatacatcaacttaaaacatta 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  2817 aactaataatacctattaagcaaacgatgaaaagggggtgacacatcatgcttctgttaggttgaattcaaataaaggcatacgtcaacttaaaaaatta 2916  T
Q  701 actgacggactgtgtttctgttatgtgactcataaattagggcataactcaattccaaacaaccaaaagcaattgataaatttcacatcttagtatagga 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2917 actgacggactgtgtttctgttatgtgactcataaattagggcataactcaattccaaacaaccaaaagcaattgataaatttcacatcttagtatagga 3016  T
Q  801 aagtgctatagttgattttgttgtaattagtttattagtttataatatctcaaacctttatattataagctctgctgatgtaaatgctgatg 892  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3017 aagtgctatagttgattttgttgtaattagtttattagtttataatatctcaaacctttatattataagctctgctgatgtaaatgctgatg 3108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 794 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 13261373 - 13261332
Alignment:
Q  794 tataggaaagtgctatagttgattttgttgtaattagtttat 835  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  13261373 tataggcaagtgctatagtttattttgttgcaattagtttat 13261332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University