View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7768_low_1 (Length: 754)

Name: NF7768_low_1
Description: NF7768
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7768_low_1
NF7768_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-745)||(8171967-8172716)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 8172716 - 8171967
Alignment:
Q  16 atttccaaataaagttaatctcaagcatctgaaaacaattaaatgcttcattgatagtcatcctaaaaaaggattgatccatgaccatactaaaagttta 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8172716 atttccaaataaagtcaatctcaaacttctcaaaacgattaaatgcttcattgatagtcattctaaaaaaggtttgatccatgaccatactaaaagttta 8172617  T
Q  116 accatgtcgataagattaccgttataac------------------aacatacatatataactaatatatatttttt-catttacaagccaagattgtaa 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||                  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8172616 accatgtcgataagattaccgttataaccaatctttatgaccaaaaaacatgcatatataactaatatatatttttttcatttacaagccaagattgtaa 8172517  T
Q  197 attacagaccacaccaaataacgagtcaatacaaagatacaacagaatat-aaattgctcctgctcaattcttcaagacctgtcaattaaaatttaccat 295  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8172516 attacagaccacaacaaataacgagtcaatacaaagatacaacagaatatcaaattgctcctgctcaattcttcaagacctgtcaattaaaatttaccat 8172417  T
Q  296 aagtgattgaaatatattctcctaagtactacttttaacatacttacattattagataaatttctttaaactccacatgaattttatctaatcatacaaa 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  8172416 aagtgattgaaatatattctcctaagtactacttttaacatacttacattattagataaatttctttaaactccacatgaattttatctaataatacaag 8172317  T
Q  396 atatgttaaagagtatgttgtcagcatcatcgatcaatttacgacttaaacctcgacatgtattttcttattaggagaggtgaccctaaaaatatgttcc 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8172316 atatgttaaagagtatgttgtcagcatcatcgatcaatttacgacttaaacctcgacatgtattttcttattaggagaggtgaccctaaaaatatgttcc 8172217  T
Q  496 tctccggtgcaattatctacttgaacaatccaattactcttattcctttggacaaccatatcataatctttcttcacattaagatcaattttggtcacaa 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8172216 tctccggtgcaattatctacttgaacaatccaattactcttattcctttggacaaccatatcataatctttcttcacattaagatcaattttggtcacaa 8172117  T
Q  596 gcaacccttctcctataggtaaatatgttgccctaaattgtctccatctcaatgccctatgcctaacattataaccaaccacaagtgctccatttttgtt 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  8172116 gcaacccttctcctataggtaaatatgttgccctaaattgtctccatctcaatgccctatgcctaacattataaccaaccacaagtgctccatctttatt 8172017  T
Q  696 ggcacctttaaatgctgctaaaagtacttctcttgcattattcatctcac 745  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  8172016 ggcacctttaaatgctgctagaaaaacttctcttgcattattcatgtcac 8171967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University