View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7771_low_2 (Length: 898)

Name: NF7771_low_2
Description: NF7771
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7771_low_2
NF7771_low_2
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (33-881)||(5068759-5069611)
chr2 (1-70)||(5068687-5068756)
chr2 (141-459)||(25943678-25943997)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (141-464)||(17873378-17873702)
chr5 (204-283)||(19354394-19354473)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (141-331)||(38453210-38453401)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (141-499)||(31022321-31022680)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (158-423)||(22629808-22630074)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 881
Target Start/End: Original strand, 5068759 - 5069611
Alignment:
Q  33 ctaaacaacaaccggcattgtgtcttatacattacacagttgaggccaaatcattttcagcgtcaaggagttgtccgtccaataagcggctgaccaacgg 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  5068759 ctaaacaacaaccggcattgtgtcttatacattacacaattgaggacaaatcattttcagcgtcaaggagttgtccatccaataagcggctgaccaactg 5068858  T
Q  133 ggacataaggtagacctcgacatacaatggcatgattgcggtgaatttcagacatttcactatccatatttacatgtcatagccgcttgtttgactattc 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5068859 ggacataaggtagacctcgacatacaatggcatgattgcggtgaatttcagacatttcactatccatatttacatgtcatagccgcttgtttgactattc 5068958  T
Q  233 accacaatttcatgatgtacatgtctcctcattatacattacaatatgttttagcacttatagagaggagttccaagcaattcctctttaatcatactaa 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  5068959 accacaatttcatgatgtacatgtctcctcattatacattacaatatgttttagcacttatagagaggagtgccaagcaatttctctttaatcatactaa 5069058  T
Q  333 cccaagtatgatggaatgaaattgcgccacaatacaaccatgcaaagagatctaaaaggtcatctacattctactcgcattcatactgaaaccgattaaa 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5069059 cccaagtatgatggaatgaaattgcgccacaataaaaccatgcaaagagatctaaaaggtcatctacattctactcgcattcatactgaaaccgattaaa 5069158  T
Q  433 gacaatgtagtagacacccaaagagatatagtcttcatcgaaacgagggacatgacatgaaaaaatgaccttataatactagtgctcatgggaaaactaa 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5069159 gacaatgtagtagacacccaaagagatgtagtcttcgtcaaaatgagggacatggcatgaaaaaatgaccttataatactagtgctcatgggaaaattaa 5069258  T
Q  533 ttcattgttaagtatcaaaatatcaggtccattgaaatcccatgtaaaatatgaatttccaccttgtaggaagcgtaatcaagacagtaatacattctat 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5069259 ttcattgttaagtatcaaaatatcaggtccattgaaatcccatgtaaaatatgaatttccaccctgtaggaagcgtaatcaagacagtaatacattctat 5069358  T
Q  633 atgcctagattgaaagaagagttacatcttgatattttacagaagatacattcatttacttcaattgcactttttagaatgttccttgtaccttttcgct 732  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5069359 atgcctagattgaaagaagagttacatcttgatattttacagaagatacattcatttacttcaattgcactttttagaatgttccttgcaccttttcgct 5069458  T
Q  733 gtggag----tactaatcttgatttggaataataacttttgccctttatttatttgtaacaacttcttaattaggtacgtagagctcacgtaagcttatt 828  Q
    ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5069459 gtggagtacttactaatcttgatttggaataataactttttccctttatttatttgtaacaacttcttaattaggtacgtagagctcacgtaagcttatt 5069558  T
Q  829 aatttccaattaaaggatcgatagcttgcctaaaaagacttaattacaaatca 881  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5069559 aatttccaattaaaggatcgatagcttgcctaaaaagacttaattacaaatca 5069611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 70
Target Start/End: Original strand, 5068687 - 5068756
Alignment:
Q  1 ttggtcacaccccaacccaacctcttattcacctaaacaacaaccggcattgtgtcttatacattacaca 70  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  5068687 ttggtcacaccccaacccaacctcttattcacctaaacaacaattggcattgtgtcttatacattacaca 5068756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 141 - 459
Target Start/End: Original strand, 25943678 - 25943997
Alignment:
Q  141 ggtagacctcgacatacaatggcatgattgcggtgaatttcagacatttcactatccatatttacatgtcatagccgcttgtttgactattcaccacaat 240  Q
    ||||||||| |||| | |||||  |||||| |||||||||||| |||| || ||||| |  | |||||| |||| ||||||||  |  ||||||||  |     
T  25943678 ggtagaccttgacaaaaaatggtgtgattgtggtgaatttcaggcattacattatccttgctcacatgttataggcgcttgttcaaaaattcaccatgac 25943777  T
Q  241 ttcatgatgtacatgtctcctcattatacattacaatatgttt-tagcacttatagagaggagttccaagcaattcctctttaatcatactaacccaagt 339  Q
    |||||||||||  |||||||   ||| ||||||||||||||||  | |  |||   | ||||||| ||| || |||||| | |||| ||||  ||  |||    
T  25943778 ttcatgatgtatgtgtctccctgttacacattacaatatgtttacaacgtttaccaaaaggagtttcaaccagttcctcgtcaatcctactggccagagt 25943877  T
Q  340 atgatggaatgaaattgcgccacaatacaaccatgcaaagagatctaaaaggtcatctacattctactcgcattcatactgaaaccgattaaagacaatg 439  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||| ||| |||||  || ||||  ||||||| || ||| ||  |||| |||||||||||||  ||| ||||  |  |    
T  25943878 atgatggaattgaattgtgccacaatccaatcatgcggagggatccgaaaggtcgtccacagtcggctcgaattcatactgaaatggatcaaagggatag 25943977  T
Q  440 tagtagacacccaaagagat 459  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  25943978 tagtagacacccaaagagat 25943997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 61; Significance: 1e-25; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 141 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 17873702 - 17873378
Alignment:
Q  141 ggtagacctcgacatacaatggcatgattgcggtgaatttcagacatttcactatccatatttacatgtcatagccgcttgtttgactattcaccacaat 240  Q
    ||||||||| |||| | |||||  |||||| | |||||||||| |||| || || || | || |||||||||||| |||||||| |  ||||||||  |     
T  17873702 ggtagaccttgacaaagaatggtgtgattgtgttgaatttcaggcattacattacccttgttcacatgtcatagctgcttgtttaaaaattcaccatgac 17873603  T
Q  241 ttcatgatgtacatgtctcctcattatacattacaatatgtttt-agcacttatagagaggagttccaagcaattcctctttaatcatactaacccaagt 339  Q
    |||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||  ||  | |    
T  17873602 ttcatgatgtatgtgtctccccgttacacattacaatatgttttcaacacttacaaagaggagttccaaccaattcctcttcaatcctactggccggaat 17873503  T
Q  340 atgatggaatgaaattgcgccacaatacaaccatgcaaagagatctaaaaggtcatctacattctactcgcattcatactgaaaccgattaaagacaatg 439  Q
    |||| ||| |  ||||| |||||||| || ||||||  || |||| |||||| | || ||| ||| |||  |||||||||||||  |||  |||  |  |    
T  17873502 atgacggagttgaattgtgccacaatccagccatgcggagggatccaaaaggccgtccacaatctgctctaattcatactgaaatggatctaagggagag 17873403  T
Q  440 tagtagacacccaaagagatatagt 464  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  17873402 tagtagacacccaaagagatgtagt 17873378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 204 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 19354473 - 19354394
Alignment:
Q  204 acatgtcatagccgcttgtttgactattcaccacaatttcatgatgtacatgtctcctcattatacattacaatatgttt 283  Q
    |||||| |||||||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||  |||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  19354473 acatgttatagccgcttgtttaaaaattcaccatgatttcatgatgtatgtgtctccctattacacattacaatatgttt 19354394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 141 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 38453401 - 38453210
Alignment:
Q  141 ggtagacctcgacatacaatggcatgattgcggtgaatttcagacatttcactatccatatttacatgtcatagccgcttgtttgactattcaccacaat 240  Q
    ||||||||| |||| |||||||  |||||| ||||| |||||| |||| || || || | || |||||||||||| |||||||  |  ||||||||  |     
T  38453401 ggtagaccttgacaaacaatggtgtgattgtggtgattttcaggcattacattacccttgttcacatgtcatagctgcttgttcaaaaattcaccatgac 38453302  T
Q  241 ttcatgatgtacatgtctcctcattatacattacaatatgtttt-agcacttatagagaggagttccaagcaattcctctttaatcatacta 331  Q
    |||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||    
T  38453301 ttcatgatgtatgtgtctccccgttacacattacaatatgttttcaacacttacaaagaggagttccaaccaattcatcttcaatcctacta 38453210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 48; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 141 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 31022680 - 31022321
Alignment:
Q  141 ggtagacctcgacatacaatggcatgattgcggtgaatttcagacatttcactatccatatttacatgtcatagccgcttgtttgactattcaccacaat 240  Q
    |||| |||| |||| |||||||  |||||| ||| |||||||| |||| || || || | || | |||||||||| |||||||  |  ||||||||  |     
T  31022680 ggtacaccttgacaaacaatggtgtgattgtggtaaatttcaggcattacattacccttgttcagatgtcatagctgcttgttcaaaaattcaccatgac 31022581  T
Q  241 ttcatgatgtacatgtctcctcattatacattacaatatgtttt-agcacttatagagaggagttccaagcaattcctctttaatcatactaacccaagt 339  Q
    |||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||||| |||| | |||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||  ||  | |    
T  31022580 ttcatgatgtatgtgtctccccgttacacattacaatatattttcaacacttacaaagaggagttccaaccaattcctcttcaatcctactggccggaat 31022481  T
Q  340 atgatggaatgaaattgcgccacaatacaaccatgcaaagagatctaaaaggtcatctacattctactcgcattcatactgaaaccgattaaagacaatg 439  Q
    |||| |||||  |||||| ||| ||| || |||||   || |||| |||||||  || ||| | | |||| |||||||||||||  |||  |||  |  |    
T  31022480 atgacggaattgaattgcaccataatccagccatgtggagggatccaaaaggttgtccacaatatgctcgaattcatactgaaatggatctaagggagag 31022381  T
Q  440 tagtagacacccaaagagatatagtcttcatcgaaacgagggacatgacatgaaaaaatg 499  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||   || |||||||||||  ||| |||||||||    
T  31022380 tagtagacacccaaagagatgtagtatttgccggaacgagggacacaacaagaaaaaatg 31022321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 423
Target Start/End: Original strand, 22629808 - 22630074
Alignment:
Q  158 aatggcatgattgcggtgaatttcagacatttcactatccatatttacatgtcatagccgcttgtttgactattcaccacaatttcatgatgtacatgtc 257  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| |||| || ||||| |  | |||||| ||||||||||||| ||  ||||||||  | |||||||||||  ||||    
T  22629808 aatggtatgattgtggtgaatttcaggcattacattatccttgctcacatgttatagccgcttgttcgaaaattcaccatgacttcatgatgtatgtgtc 22629907  T
Q  258 tcctcattatacattacaatatgttt-tagcacttatagagaggagttccaagcaattcctctttaatcatactaacccaagtatgatggaatgaaattg 356  Q
    |||   ||| ||||||||||||||||  | |  |||   ||||||||| ||| || |||||| | |||| ||||  ||  |||||||||||||  |||||    
T  22629908 tccctgttacacattacaatatgtttacaacgtttaccaagaggagtttcaaccagttcctcatcaatcctactggccagagtatgatggaattgaattg 22630007  T
Q  357 cgccacaatacaaccatgcaaagagatctaaaaggtcatctacattctactcgcattcatactgaaa 423  Q
     |||||||| ||| |||||  || |||| |||||||| || ||| ||  |||| ||| |||||||||    
T  22630008 tgccacaattcaatcatgcggagggatccaaaaggtcgtccacagtcggctcgaatttatactgaaa 22630074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University