View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7771_low_3 (Length: 781)

Name: NF7771_low_3
Description: NF7771
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7771_low_3
NF7771_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-770)||(1715879-1716646)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 662; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 662; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 1716646 - 1715879
Alignment:
Q  1 tttgagtttgacactatattcttcaaaaagctcaaatctttgttaagaaactgagaatgagaatgtgaaaaatggttgctttgaaaactttgagccaaat 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716646 tttgagtttgacactat--tcttcaaaaagctcaaatctttgttaagaaactgagaatgagaatgtgaaaaatggttgctttgaaaactttgagccaaat 1716549  T
Q  101 tttgagtagaaaaatagtagcttcacagtaacattgttgtaactaatttgtgacggcctaggtatattttgttttgtcgtttgttggtattgctgtcatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1716548 tttgagtagaaaaatagtagcttcacagaaacattgttgtaactaatttgtgacggcctaggtatattttgttttgtcgtttgttggtattgctatcatt 1716449  T
Q  201 gaggtgaaaaacggccagtactgtactaacattgtttgttcttgcaaatataacccttaaattgtaattactctatttatattttgctacaagattattt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716448 gaggtgaaaaacggccagtactgtactaacattgtttgttcttccaaatataacccttaaattgtaattactctatttatattttgctacaagattattt 1716349  T
Q  301 atcatagtcaatagtcatgttatacagacaaggacaaaagttgaacaatcgaatagactcaaatgtttaacgagctctccttattagtgacgggttcgga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1716348 atcatagtcaatagtcatgttatacagacaaggacaaaagttgaacaatcgaatagactcaaatgtttaacgaactctccttattagtgacgggttcgga 1716249  T
Q  401 aaaactcaagnnnnnnnnnnnactcaaagccataaatgattgaccaaaatttcattgaaaaatattttcatggcatagaaattattctcgtctcaatctg 500  Q
    ||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1716248 aaaactcaagtttttttttttactcaaagccataaatgattgaccaaaatttcattgaaaaatattttcatggcatagaatttattctcgtctcaatctg 1716149  T
Q  501 gtagtagttggatttccaaatttactttaaaaaatgaaaactcatttggttaataatcatgattaattatgtttaaaattttaatagatggctttgtcnn 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  1716148 gtagtagttggatttccaaatttactttaaaaaatgaaaactcatttggttaataatcatgattaattatgtttaaaattttaatagatggctttgtcaa 1716049  T
Q  601 nnnnnnnnnnttgtaatatatggttaatgtgttgcaatactttgttgtattcatcgagcatccaccaaatataattaactattggtttaaattgtgttaa 700  Q
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716048 aaacaaaaaattgtaatatatggttaatgtgttgcaatactttgttgtattcatcgagcatccaccaaatataattaactattggtttaaattgtgttaa 1715949  T
Q  701 cgttaactcgtaaatacagttcaactgatagctaccagagatatatgcaagggtcgagtttatattctct 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  1715948 cgttaactcgtaaatacagttcaactgatagctaccagagatatatgaaatggtcgagtttatattctct 1715879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University