View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7773_low_2 (Length: 487)

Name: NF7773_low_2
Description: NF7773
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7773_low_2
NF7773_low_2
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (18-468)||(26192209-26192659)
chr4 (212-467)||(26176214-26176469)
chr4 (19-448)||(26179931-26180361)
chr4 (18-216)||(26175237-26175435)
chr4 (19-433)||(26162134-26162548)
chr4 (117-407)||(25929249-25929539)
chr4 (74-430)||(25648361-25648717)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (31-401)||(32189237-32189610)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 26192209 - 26192659
Alignment:
Q  18 acatcaatatcatgtgatacttctaaaacggtgtacttttgtagaggggtagttctgggtgaggggttgctcgtggttagaatactatatttgacgtttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192209 acatcaatatcatgtgatacttctaaaacagtgtacttttgtagaggggtagttctgggtgaggggttgctcgtggttagaatactatatttgacgtttg 26192308  T
Q  118 aaccaataattgtgtcaacaaattcgagcatggactctagagaattggcacagatttttgtctcccctgtaacggtttccccttcgcactcttcaagtgc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192309 aaccaataattgtgtcaacaaattcgagcatggactctagagaattggcacagatttttgtctcccctgtaacggtttccccttcgcactcttcaagtgc 26192408  T
Q  218 tcctctcatggatttggcttgaggagatgcttcagggattgaaaagagttgaagaatacttgggagttgtgacatcgagaaaggaatggagtcggcctcn 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26192409 tcctctcatggatttggcttgaggagattcttcagggattgaaaagagttgaagaatacttgggagttgtgacatcgagaaaggaatggagtcggcctct 26192508  T
Q  318 nnnnnngagaggtaaggagaaacttcttggaccggaaattggagggtcattacatttccaatgtgaagatcatccaaactgaaatatcctgtcttgaaag 417  Q
          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26192509 ttttttgagaggtatggagaaacttcttggaccggaaattggagggtcattacatttccaacgtgaagatcatcaaaactgaaatatcctgtcttgaaag 26192608  T
Q  418 cttctgtatgatccaaattaggaattgggagatcttctacggagttggtag 468  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192609 cttctgtatgatccaagttaggaattgggagatcttctacggagttggtag 26192659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 212 - 467
Target Start/End: Original strand, 26176214 - 26176469
Alignment:
Q  212 aagtgctcctctcatggatttggcttgaggagatgcttcagggattgaaaagagttgaagaatacttgggagttgtgacatcgagaaaggaatggagtcg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26176214 aagtgctcctctcatggatttggtttgaagagattctttagggattgaaaagagttgaagaatacttgggagttgtgacatcgagaaaggaatggagttg 26176313  T
Q  312 gcctcnnnnnnngagaggtaaggagaaacttcttggaccggaaattggagggtcattacatttccaatgtgaagatcatccaaactgaaatatcctgtct 411  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26176314 gcctctttttttgagaggtaaggagaaacttcttggaccggaaattggaaggtcattacatttccaacgtgaagatcatccaaactaaaatatcctgtct 26176413  T
Q  412 tgaaagcttctgtatgatccaaattaggaattgggagatcttctacggagttggta 467  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26176414 tgaaagcttctgtatgatccaagttaggaattgggagatcttctgcggagttggta 26176469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Original strand, 26179931 - 26180361
Alignment:
Q  19 catcaatatcatgtgatacttctaaaacggtgtacttttgtagaggggtagttctgggtgaggggttgctcgtggttagaatactatatttgacgtttga 118  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||| ||||  || | | |||||||| ||| | |||||||||||||||  |||| | | |||    
T  26179931 catcaatatcatgggatacttccaaaatggtgtacttctgtaaagggacagctgtcggtgagggtttgttggtggttagaatactaattttggcatctga 26180030  T
Q  119 accaataattgtgtcaacaaattcgagcatggactctagagaattggcacagatttttgtctcccctgtaacggtttccccttcgcactcttcaagtgct 218  Q
    |||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||| |||||||  ||| |||||| ||||||      
T  26180031 accaaagatcgtgttaacaaattcgagcatggactctagagagttggcacaagtctttgtctcccctgtaatggtttccgattcacactctccaagtgaa 26180130  T
Q  219 cctctcatggatttggcttgaggagatgcttcagggattgaaaagagttgaagaatacttgggagttgtgacatcgagaaaggaatggagtcggcctcnn 318  Q
      | |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |  | |||||||||||| |||||      
T  26180131 tttatcatggatttagcttgaggagaatcttcagggattgataagagttgaagaacacttggaagttgtgacattgcaagaggaatggagtcagcctctt 26180230  T
Q  319 nnnnngagaggtaaggagaaacttcttggaccggaaattggagggtcattacatttccaatgtgaagatcatccaaactgaaatatcctgtcttgaaagc 418  Q
         |||||  ||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  26180231 tttttgagagaaaaggagaaaccacttggacgggaaattgaagggtcattacatttccaacataaagatcatccaaattgaaaaatcctaccttgaaagc 26180330  T
Q  419 ttctgtatgatccaaattagga-attgggag 448  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  26180331 ttctgtacgatccaagttaggagattgggag 26180361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 216
Target Start/End: Original strand, 26175237 - 26175435
Alignment:
Q  18 acatcaatatcatgtgatacttctaaaacggtgtacttttgtagaggggtagttctgggtgaggggttgctcgtggttagaatactatatttgacgtttg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||     
T  26175237 acatcaatatcatgtgatacttctaaaatggtgtacttttgtagagggatagttctggttgaggggttgctggtggtcagaatactatatttgacgttta 26175336  T
Q  118 aaccaataattgtgtcaacaaattcgagcatggactctagagaattggcacagatttttgtctcccctgtaacggtttccccttcgcactcttcaagtg 216  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26175337 aactaataattgtgtcaacaaattcaagcatgggctcttaagaattggcacagatctttgtctcccctgtaacggtttccccttcgcactcttcaagtg 26175435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 433
Target Start/End: Original strand, 26162134 - 26162548
Alignment:
Q  19 catcaatatcatgtgatacttctaaaacggtgtacttttgtagaggggtagttctgggtgaggggttgctcgtggttagaatactatatttgacgtttga 118  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||| |||| | | | | | |||||| ||| | || || |||||| ||| |||  ||| |||    
T  26162134 catcaatatcatgtgatacttccaaaatggtgtaattctgtaaagggatggctgtcgatgagggtttggtggtagtgagaatattatgtttcgcgtatga 26162233  T
Q  119 accaataattgtgtcaacaaattcgagcatggactctagagaattggcacagatttttgtctcccctgtaacggtttccccttcgcactcttcaagtgct 218  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||  | |||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |    
T  26162234 accaatgatcgtgtcaacaaattcgagcatggactctagggagtttacacaagtctttgtctcccctgtaatggtttccgcttcacactgttcaagtgat 26162333  T
Q  219 cctctcatggatttggcttgaggagatgcttcagggattgaaaagagttgaagaatacttgggagttgtgacatcgagaaaggaatggagtcggcctcnn 318  Q
    |||  ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||||||| | || |||||| ||||| |||||      
T  26162334 cctaacatggatttagcttgaggagaatcttcagggattgagaaaagttgaaaaacacttgggagttgtgacattgcgagaggaattgagtcagcctctt 26162433  T
Q  319 nnnnngagaggtaaggagaaacttcttggaccggaaattggagggtcattacatttccaatgtgaagatcatccaaactgaaatatcctgtcttgaaagc 418  Q
         |||||| || | ||||  |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  26162434 tttttgagaggaaacgtgaaatctcttggatgggaaattgaagggtcattacatttccaacataaagatcatccaaattgaaaaatcctaccttgaaagc 26162533  T
Q  419 ttctgtatgatccaa 433  Q
    ||||||  |||||||    
T  26162534 ttctgtgcgatccaa 26162548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 117 - 407
Target Start/End: Original strand, 25929249 - 25929539
Alignment:
Q  117 gaaccaataattgtgtcaacaaattcgagcatggactctagagaattggcacagatttttgtctcccctgtaacggtttccccttcgcactcttcaagtg 216  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| | || | ||||||||| |||| |||  |||  || |  |||||||    
T  25929249 gaaccaattattttgtcaacaaattcaagcatggactctatagagttggcacaggtcttggactcccctgtgacgggttctgcttgacattgctcaagtg 25929348  T
Q  217 ctcctctcatggatttggcttgaggagatgcttcagggattgaaaagagttgaagaatacttgggagttgtgacatcgagaaaggaatggagtcggcctc 316  Q
     | ||||||| ||||| |||||||||||  |||| |||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||| || |||| |||||| ||||| |||||    
T  25929349 tttctctcattgattttgcttgaggagagtcttcggggattgaaaggagttcgagaacacttgggagttgtgaaattgagagaggaattgagtcagcctc 25929448  T
Q  317 nnnnnnngagaggtaaggagaaacttcttggaccggaaattggagggtcattacatttccaatgtgaagatcatccaaactgaaatatcct 407  Q
           || ||| ||  |||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  25929449 ttttctcgaaaggaaattagaaatctcttggattggaaattggagggtcattacatttccaacatgaagatcatccaaattgaaaaatcct 25929539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 74 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 25648717 - 25648361
Alignment:
Q  74 gggtgaggggttgctcgtggttagaatactatatttgacgtttgaaccaataattgtgtcaacaaattcgagcatggactctagagaattggcacagatt 173  Q
    |||||| |||||| | || || ||||||  ||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||  || ||| |||| ||     
T  25648717 gggtgatgggttgttggttgtgagaatatcatatttggcttctgaaccaattattgtgtcaacaaatttaagcatagactctacggagttgacacacatc 25648618  T
Q  174 tttgtctcccctgtaacggtttccccttcgcactcttcaagtgctcctctcatggatttggcttgaggagatgcttcagggattgaaaagagttgaagaa 273  Q
     | ||||||||| | ||  | ||  |||| || | |||||||| |  |||||| ||||||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| || ||||    
T  25648617 ctggtctcccctctgactctgtcagcttcacaatgttcaagtgtttttctcatagatttggcttgtggagaatcttgagggattgacaagagatgtagaa 25648518  T
Q  274 tacttgggagttgtgacatcgagaaaggaatggagtcggcctcnnnnnnngagaggtaaggagaaacttcttggaccggaaattggagggtcattacatt 373  Q
      |||| ||||| ||| |  ||||||||||| ||||  |||||       || ||| |  ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25648517 cccttgtgagttatgagagtgagaaaggaattgagttagcctcctttttcgaaaggaattgaggaactttttggaccggaaattggagggccattacatt 25648418  T
Q  374 tccaatgtgaagatcatccaaactgaaatatcctgtcttgaaagcttctgtatgatc 430  Q
    |||||  |||||||||||||||| |||| | |||  ||||||||||||||| |||||    
T  25648417 tccaacatgaagatcatccaaaccgaaaaagcctaacttgaaagcttctgtgtgatc 25648361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 59; Significance: 8e-25; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 31 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 32189610 - 32189237
Alignment:
Q  31 gtgatacttctaaaacggtgtacttttgtagaggggtagttctgggtgaggggttgctcgtggttagaatactatatttgacgtttgaaccaataattgt 130  Q
    |||||||||| |||| |||||| || || |||||||| ||| ||||||| |||||||| || || ||||||  ||||||| | | ||||||||| |||||    
T  32189610 gtgatacttccaaaatggtgtatttctggagaggggtggttgtgggtgatgggttgctggttgtgagaatatcatatttggcttctgaaccaattattgt 32189511  T
Q  131 gtcaacaaattcgagcatggactctagagaattggcacagatttttgtctcccctgtaac---ggtttccccttcgcactcttcaagtgctcctctcatg 227  Q
    | |||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| ||  | ||||||||| | ||   | |  |   ||| |||| |||||||| |  ||||||     
T  32189510 gccaacgaattcaagcatggactctaaagagttgacacacatcctggtctcccctttgactatgatggctttttcacactgttcaagtgtttttctcata 32189411  T
Q  228 gatttggcttgaggagatgcttcagggattgaaaagagttgaagaatacttgggagttgtgacatcgagaaaggaatggagtcggcctcnnnnnnngaga 327  Q
     |||||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| || ||||  |||| ||||||||| |  |||| ||| || |||||||||||       || |    
T  32189410 tatttggcttgtggagaatcttgagggattgacaagagatgtagaactcttgtgagttgtgagagtgagagaggcattgagtcggcctccttttttgaaa 32189311  T
Q  328 ggtaaggagaaacttcttggaccggaaattggagggtcattacatttccaatgtgaagatcatccaaactgaaa 401  Q
    || || ||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||| |||||    
T  32189310 ggaaatgaggaattttttgaaccggaaattggagggtcattacatttccaacacgaagatcattcaaattgaaa 32189237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University