View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7777_low_3 (Length: 914)

Name: NF7777_low_3
Description: NF7777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7777_low_3
NF7777_low_3
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (524-908)||(11118672-11119057)
chr4 (135-433)||(11119079-11119377)
chr4 (20-137)||(11119640-11119757)
chr4 (135-200)||(11119456-11119521)
chr4 (139-173)||(11119411-11119445)
chr4 (139-173)||(11119555-11119589)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (135-908)||(42124033-42124807)
chr5 (139-632)||(34239357-34239850)
chr5 (135-632)||(34231601-34232098)
chr5 (267-618)||(42129699-42130050)
chr5 (351-621)||(41712563-41712833)
chr5 (456-635)||(41571127-41571306)
chr5 (135-199)||(42118314-42118378)
chr5 (169-270)||(41712465-41712565)
chr5 (20-78)||(42130147-42130205)
chr5 (529-640)||(41432340-41432451)
chr5 (20-77)||(42124914-42124971)
chr5 (596-643)||(41445148-41445195)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (139-647)||(12249269-12249777)
chr2 (403-507)||(32681107-32681211)
chr2 (667-741)||(32681369-32681443)
chr2 (261-384)||(32680976-32681103)
chr2 (528-578)||(32681216-32681266)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (135-714)||(25521818-25522397)
chr6 (816-858)||(25522500-25522542)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (273-631)||(8523841-8524199)
chr3 (20-72)||(8524377-8524429)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 262; Significance: 1e-145; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 524 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 11119057 - 11118672
Alignment:
Q  524 tctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgct 623  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11119057 tctaagcaacaaccggctacaaggcaatattccagaatgcattttcagcctaacaaagctagatgaactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgtt 11118958  T
Q  624 gtcaattttaaactcttctccaaatttgatgtactggaaattttatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaatgacacttata 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11118957 gtcaattttaaactcttctccaaatttgctgacctggaaattttatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaatgtcacttata 11118858  T
Q  724 gttttactaacctacaaatactgaaattat-ttctgtcatattgattgagtttcacaacttacaaggagatttcccacgtttgcaacatctgcatctttc 822  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||| || ||| |||||  ||||||| |||||||    
T  11118857 gttttactaacctacaaatactcaaattatcttctgtcaacttgatcgaatttcacaacttacaaggagaatttccaagtttgtcacatctggatctttc 11118758  T
Q  823 caataacaaacttaatggaagaatgcccaattggtttcttggaaataatttttggcaatctgtggacctctctcaaaacttgttca 908  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11118757 caaaaacaaacttaatggaagaatgcccaattggtttcttggaaatatttattggcaatctgtggacctctctcataacttgttca 11118672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 135 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 11119377 - 11119079
Alignment:
Q  135 tcactttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctttcttccaactcatttagcggtcaaatatcagatgtgtttggtcggatgactaaactgcaag 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11119377 tcactttcaaaccttcaacaacttattcacttggatatttcttccaatgcatttagcggtccaataccagatgtgtttggtgggatgacaaaactgcaag 11119278  T
Q  235 aactgaaactatattcaaacaatttagaaggacaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattaga 334  Q
    ||||  |  || |||  ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  11119277 aactcgacttagattataacaagttagaaggacaaattccatcatcattatttaacttgactcaacttgttgcattaggttgttctaataataaattaga 11119178  T
Q  335 tggccccctacccaagaaaattacaggattccaaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatc 433  Q
    ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||   |||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119177 tggtcccctgcccaacaaaattacagggttccaaaagctaacaaatttgagattaaatgacaacttgataaatggaacaattccttcctccttgttatc 11119079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 11119757 - 11119640
Alignment:
Q  20 taaacggttcaatcccaccctcacttttaacacttccacatctaactttcttgtatcttgatcagaatgaactcagtagtcaaattccaaatgtttttaa 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | | | ||  |||||||| ||| |||||||||||  ||| |    
T  11119757 taaacggttcaatcccatcctcacttttaacacttccacgtctaactttcttggatctcggttacaaccaactcagtggtcgaattccaaatgcatttca 11119658  T
Q  120 cctgtcaaacaaatttca 137  Q
      ||||||||||||||||    
T  11119657 gatgtcaaacaaatttca 11119640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 135 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 11119521 - 11119456
Alignment:
Q  135 tcactttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctttcttccaactcatttagcggtcaaata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   || || |||||||| |||||||||    
T  11119521 tcactttcaaatcttcaacaacttattcacttggatcttggatcgaattcatttagtggtcaaata 11119456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 11119445 - 11119411
Alignment:
Q  139 tttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctt 173  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11119445 tttcaaaccttcaacaactcattcacttggatctt 11119411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 11119589 - 11119555
Alignment:
Q  139 tttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctt 173  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11119589 tttcaaaccttcaacaactcattcacttggatctt 11119555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 135 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 42124807 - 42124033
Alignment:
Q  135 tcactttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctttcttccaactcatttagcggtcaaatatcagatgtgtttggtcggatgactaaactgcaag 234  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||   |  || |||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  42124807 tcactttcaaaccttcgacaactcattcacttggatcttgggtggaattcatttagtggtcaaatcccagatgtgtttggtgggatgaccaaactgcaag 42124708  T
Q  235 aactgaaactatattcaaacaatttagaaggacaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattaga 334  Q
    ||||  |  ||  ||| ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||  | | ||||  ||||  |  ||| ||||||||    
T  42124707 aactcgatttaacttccaacaatttagaaggacaaattccatcttcactatttaacttgactcagcttttcacattagattgtagaggtaacaaattaga 42124608  T
Q  335 tggccccctacccaagaaaattacaggattccaaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatct 434  Q
     || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    |||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42124607 gggtcccctacccaacaaaattacaggactccaaaagctaatgtatttgaatttaaaagacaacttgctaaatggaacagttccttcctccttgttatct 42124508  T
Q  435 ttgccttctttggaaggtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaaca 534  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||      ||||||||||||||||    
T  42124507 ttgccttctttggcaattttagatctatcatataatcgacttacagggcatatcagtgaaatatcatcatattctttaaacatgctaactctaagcaaca 42124408  T
Q  535 acatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacac-tagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaatttta 633  Q
    ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||  | ||| ||  |||||| || ||| |||||||||||  ||||||||||     
T  42124407 acaggctacaaggcaatattcctgagtccattttcaacctaacaaaactatct-cacttaattctatcttcgaacgacttgagtggtcttgtcaattttc 42124309  T
Q  634 aactcttctccaaa-tttgatgtactggaaattttatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaatgacacttatagttttacta 732  Q
    |||||||||||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||| |||||||||| || || ||||| || |||||||||| || |||||||||| |||    
T  42124308 aactcttctccaaacttacatgt-ctagaaatgttatccctttcatggaatagtcaattatctctaaattttgaatccaatgtcaattatagtttttcta 42124210  T
Q  733 acctacaaatactgaaattat-ttctgtcatattgattgagtttcacaacttacaaggagatttcccacgtttgcaacatctgcatctttccaataacaa 831  Q
     ||||||| || || |||| | ||||||||  |||||  | || || || ||||||||||| |||  |  ||||  |   ||  || ||||  |||||||    
T  42124209 gcctacaagtattggaattgtcttctgtcaatttgatcaaattccataatttacaaggagaattcttagatttgatatcacttgatatttctgataacaa 42124110  T
Q  832 acttaatggaagaatgcccaattggtttcttggaaataatttttggcaatctgtggacctctctcaaaacttgttca 908  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||  | || || | || |||||||||||||||||||||    
T  42124109 acttcatggaagaatgcccaattggttacttgaaaaaaattcattgctatttttgaacctctctcaaaacttgttca 42124033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 139 - 632
Target Start/End: Original strand, 34239357 - 34239850
Alignment:
Q  139 tttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctttcttccaactcatttagcggtcaaatatcagatgtgtttggtcggatgactaaactgcaagaact 238  Q
    |||||||||||||| | || || |||||| |||||||   ||| ||| |||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||| |||||||||| | |    
T  34239357 tttcaaaccttcaaaatctcatccacttgtatctttcaggcaattcacttagcggtcaaatcccagatgtatttggtaggatgaccaaactgcaagtatt 34239456  T
Q  239 gaaactatattcaaacaatttagaaggacaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggc 338  Q
      | |||  ||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||   |||  |||| |  ||||||||||||| ||     
T  34239457 ctatctagcttctaacaaattagaaggacaaattccatcttcattatttaacttgaatcaacttgttgatttagattgtgcttataataaattagagggt 34239556  T
Q  339 cccctacccaagaaaattacaggattccaaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgc 438  Q
    || ||||  || |||||| |||| || |||||||||| |  |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34239557 ccactacataataaaattgcaggttttcaaaagctaatttatttgaggttaaatgacaacttgctaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgc 34239656  T
Q  439 cttctttggaaggtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacat 538  Q
    ||||||||| |  | |  |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||| ||||| |||||||||     
T  34239657 cttctttggtacttctgtatctatcaaacaatcgacttacagggcctatcagtgaaatctcatcatattccttagagtatctatctctatgcaacaacaa 34239756  T
Q  539 gctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaatttt 632  Q
    |||||||||  |||||||| | || |||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34239757 gctacaaggtgatattccaaattcaattttcaaccttgcaaacctaattacactatgtctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttt 34239850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 135 - 632
Target Start/End: Original strand, 34231601 - 34232098
Alignment:
Q  135 tcactttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctttcttccaactcatttagcggtcaaatatcagatgtgtttggtcggatgactaaactgcaag 234  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||    
T  34231601 tcactttcaaaccttcgacatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcggtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaag 34231700  T
Q  235 aactgaaactatattcaaacaatttagaaggacaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattaga 334  Q
    ||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| |||| |||   ||||||| |||||||||||      
T  34231701 aactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagttgactcaacttgttagattcgattgttcatataataaattaag 34231800  T
Q  335 tggccccctacccaagaaaattacaggattccaaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatct 434  Q
     || ||  | || || ||||||||||| || ||| |||||  |  |||    ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  34231801 aggtccattgccaaataaaattacaggttttcaacagctagttcgttttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatct 34231900  T
Q  435 ttgccttctttggaaggtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaaca 534  Q
    ||||||  ||||  |  |||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||| || |||||  ||  | | |||| |||| ||   |    
T  34231901 ttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaacttacagggcatatcagtgcaatctcgtcctattcgttagaggctctaaatctaggcggta 34232000  T
Q  535 acatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaatttt 632  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  ||  |  | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34232001 acaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttt 34232098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 267 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 42130050 - 42129699
Alignment:
Q  267 caaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattcc 366  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||   || ||||  |||||| || ||||||||||| || ||| ||||||| |||| |||||| ||||    
T  42130050 caaattccatcttcattatttaacttgaatcaactttatacattagattgttctaaaaataaattagagggtcccatacccaacaaaactacagggttcc 42129951  T
Q  367 aaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaaa 466  Q
    || |||||| || |||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    ||||| |||||||||    
T  42129950 aagagctaaatgatttgagattaaatgacaacttgttaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccgtctttggttcatttagttctatcaaa 42129851  T
Q  467 taatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccatt 566  Q
    |||||| |||||| || |||||| || |||||||||||||||| ||  |   |||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||    
T  42129850 taatcgtcttacaaggcatatcactgcaatctcatcatattccttaaagaagctagatctaagcggcaacaagctacaaggcaatattccaaaatctatt 42129751  T
Q  567 ttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtg 618  Q
    ||||||||| ||||| ||| |   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42129750 ttcaaccttgcaaacttaactttgctagatctatcatcaaacaacttgagtg 42129699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 351 - 621
Target Start/End: Original strand, 41712563 - 41712833
Alignment:
Q  351 aaaattacaggattccaaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaag 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||   ||||||| ||||||  |||||||| |||||||| |||||||||| || || |||||||||||||    
T  41712563 aaaattacagggttccaaaagctaactaatttgtatttaaatggcaacttgttaaatggagcaattcctccctccttgttttcctttccttctttggaag 41712662  T
Q  451 gtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaa 550  Q
     |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||| ||  |   |||  ||||  |  |||||  ||| |||||||    
T  41712663 atttagatctatcaaataaccgacttatagggcatatcattgcaatctcatcatattccttagaggagctatatctattcggcaacaaactagaaggcaa 41712762  T
Q  551 tattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtg 621  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| |||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  41712763 tattccagaatcaattttcaaacttataaacctaactagactagacctatcatcaaacaacttcagtggtg 41712833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 456 - 635
Target Start/End: Original strand, 41571127 - 41571306
Alignment:
Q  456 gatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattc 555  Q
    ||||||||||||||||   |||| ||  |||| |||| | |||||||||||||  | ||||  ||||  ||| ||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  41571127 gatctatcaaataatcagtttactggaaatataagtgcagtctcatcatattctttgtggtatctaaaactatgcagcaacaagctacaaggcgatattc 41571226  T
Q  556 cagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattttaaa 635  Q
    | ||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||   || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  41571227 ctgaatctattttcaaccttgtaaacctaactacactatgcctgtcatcaaacaacttgagtggtattgtcaattttaaa 41571306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 135 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 42118378 - 42118314
Alignment:
Q  135 tcactttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctttcttccaactcatttagcggtcaaat 199  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  42118378 tcactttcaaaccttcaacaactcattcacttggatctttcttccaattcatttagtggtcaaat 42118314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 169 - 270
Target Start/End: Original strand, 41712465 - 41712565
Alignment:
Q  169 atctttcttccaactcatttagcggtcaaatatcagatgtgtttggtcggatgactaaactgcaagaactgaaactatattcaaacaatttagaaggaca 268  Q
    ||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| | ||| | || ||||||||| |||||||    
T  41712465 atctttcattcaattcatttagcggtcaaataccagatgtgtttggtgggatgaccaaa-tgcaagaactgtatctagagtctaacaatttaaaaggaca 41712563  T
Q  269 aa 270  Q
    ||    
T  41712564 aa 41712565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 42130205 - 42130147
Alignment:
Q  20 taaacggttcaatcccaccctcacttttaacacttccacatctaactttcttgtatctt 78  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  42130205 taaacggttcaatcccatcatcacttttaacacttccacgtctaactttcttgcatctt 42130147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 529 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 41432451 - 41432340
Alignment:
Q  529 gcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactag-atctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtca 627  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  |||||| | || ||| |  |||||| ||||| ||||||||||||  |||||    
T  41432451 gcaacaacatgttacaaggaaatattccagaatcacttttcaaccttgtaaaccttacta-acttgtgtctatcttcaaataacttgagtggttttgtca 41432353  T
Q  628 attttaaactctt 640  Q
    |||||||||||||    
T  41432352 attttaaactctt 41432340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 42124971 - 42124914
Alignment:
Q  20 taaacggttcaatcccaccctcacttttaacacttccacatctaactttcttgtatct 77  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||    
T  42124971 taaatggttcaatcccatcctcacttttaaaacttccaactctaactttcttggatct 42124914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 596 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 41445195 - 41445148
Alignment:
Q  596 tctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattttaaactcttctc 643  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  41445195 tctatcttcaaataacttgagtggttttgtcaattttaaactcttctc 41445148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 173; Significance: 2e-92; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 139 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 12249777 - 12249269
Alignment:
Q  139 tttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctttcttccaactcatttagcggtcaaatatcagatgtgtttggtcggatgactaaactgcaagaact 238  Q
    |||||||||||||||  || |||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||    
T  12249777 tttcaaaccttcaacgtctcattcacgtggatctttcattcaattcatttagcggtcaaataccagatgtgtttagtgcgatgaccaaactgcaagaact 12249678  T
Q  239 gaaactatattcaaacaatttagaaggacaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggc 338  Q
     || |||  ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||  |||| |||||||| ||     
T  12249677 caatctagcttcaaacaaattacaaggacaaattccgttttcattatttaacttgactcaacttgttacattagattgttcgcataacaaattagaaggt 12249578  T
Q  339 cccctacccaagaaaattacaggattccaaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgc 438  Q
    |||||   ||| ||||| ||||| || |||||| |||||  ||| |  |||| ||| ||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  12249577 ccccttggcaacaaaatcacagggtttcaaaagttaacttatttcagtttaagtgataactttctaaacggaacaattcctcccaccttgttatctttgc 12249478  T
Q  439 cttctttggaaggtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacat 538  Q
    |||||||||||  | |||| || ||||| |||||| |||||||  ||||||||| ||||||||| |||||  ||    | |||  ||||      ||||     
T  12249477 cttctttggaacatctagagctgtcaaacaatcgatttacaggacatatcagtgcaatctcatcgtattcgttagatacgctatatctatctggtaacaa 12249378  T
Q  539 gctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattttaaactc 638  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||    
T  12249377 gctacaaggcaatattccaaaatccattttcaaccttacaaccctaactagactagatttatcatcaaacaacttgagtggtgttgttgattttcaactc 12249278  T
Q  639 ttctccaaa 647  Q
    || ||||||    
T  12249277 ttttccaaa 12249269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 403 - 507
Target Start/End: Original strand, 32681107 - 32681211
Alignment:
Q  403 taaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatc 502  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  32681107 taaatggaacgattccttccttcttgttatctttgccttatttggaatatttggatctatcaaataacctacttagagggtatatcaatgcaatctcatc 32681206  T
Q  503 atatt 507  Q
    |||||    
T  32681207 atatt 32681211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 667 - 741
Target Start/End: Original strand, 32681369 - 32681443
Alignment:
Q  667 tatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaatgacacttatagttttactaacctacaaa 741  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||| || ||||| |||| || |||||||||    
T  32681369 tatctctttcatggaatagtcaattgtcactaaactttgaatccaatgtcagttatacttttccttacctacaaa 32681443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 261 - 384
Target Start/End: Original strand, 32680976 - 32681103
Alignment:
Q  261 gaaggacaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccc----cctacccaagaaaatt 356  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||  ||||  ||||||  ||||||||||||| || ||    | |||  || ||||||    
T  32680976 gaaggagaaattccatattcattatttaacttgactcatcttgttgcattagattgttctcataataaattagagggtcctatacatacagaacaaaatt 32681075  T
Q  357 acaggattccaaaagctaactgctttga 384  Q
     |||| |||||||||||||||| |||||    
T  32681076 gcagggttccaaaagctaactgatttga 32681103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 528 - 578
Target Start/End: Original strand, 32681216 - 32681266
Alignment:
Q  528 agcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttaca 578  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||    
T  32681216 agcaacaacaagctacaaggcaatatttcagaatctgtttttaaccttaca 32681266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 135 - 714
Target Start/End: Original strand, 25521818 - 25522397
Alignment:
Q  135 tcactttcaaaccttcaacaacttattcacttggatctttcttccaactcatttagcggtcaaatatcagatgtgtttggtcggatgactaaactgcaag 234  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||  |||| ||||| ||| ||||||| ||| ||||||    
T  25521818 tcactttcaaaccttcaacatctcattcgcttggatctttcatacaattcatttagaggtcaaatcccagacgtgttcggtgggatgaccaaattgcaag 25521917  T
Q  235 aactgaaactatattcaaacaatttagaaggacaaattcctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattaga 334  Q
    ||||  | |||||||  ||||| ||||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||   ||     | |||  |||||| ||||||||||||||    
T  25521918 aactcgatctatattttaacaaattagaaggacagattccatcttcgttatttaaattgactggtcttaagttgttatattgttctaataataaattaga 25522017  T
Q  335 tggccccctacccaagaaaattacaggattccaaaagctaactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatct 434  Q
     || ||  |||| || ||||||| ||| |||||||||||||||| ||| |  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25522018 gggtcctttacctaacaaaattatagggttccaaaagctaactgatttaagtttacatgacaacttgttaaatggaacaattccttcctctttgttatct 25522117  T
Q  435 ttgccttctttggaaggtttagatctatcaaataatcgacttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaaca 534  Q
    ||||||||||||| |  |||| ||||||| || |||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||| ||  |    ||| ||||  |||||    
T  25522118 ttgccttctttggtatatttatatctatctaacaatcgacttacaggatctatcagtgcaacctcatcatattccttagagagtttaaatctatacaaca 25522217  T
Q  535 acatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattttaa 634  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||  |||||| | |||| |||||||||||  |||||||||| |    
T  25522218 acaagctacaaggcaatattccagaatccattttcaatcttacaaacctaactaatctaattctatctttaaacgacttgagtggttttgtcaattttca 25522317  T
Q  635 actcttctccaaatttgatgtactggaaattttatccctttcaaggaatagtcagttgtcactaaaattcgaatccaatg 714  Q
    || ||| |||||| ||      ||   | |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  25522318 acacttttccaaacttacaaatcttcgatttttatccctttcatggaatactcaattgtcactaaacttcgaatccaatg 25522397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 816 - 858
Target Start/End: Original strand, 25522500 - 25522542
Alignment:
Q  816 atctttccaataacaaacttaatggaagaatgcccaattggtt 858  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25522500 atctttccaataacaaacttgatggaagaatgcccaattggtt 25522542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 6e-89; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 273 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 8524199 - 8523841
Alignment:
Q  273 cctttttcattatttaacttgactcaactagttatattaagttgttcaaataataaattagatggccccctacccaagaaaattacaggattccaaaagc 372  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||  |||  ||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||  | |||||||    
T  8524199 ccttcttcattatttaacttgactcatcttgttactttagattgttctcataataaattagatggtcccttacccaacaaaactacaggtcttcaaaagc 8524100  T
Q  373 taactgctttgaccttaaatgacaacttactaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggaaggtttagatctatcaaataatcg 472  Q
    |||||  ||||   |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||  ||  |||||| ||||||||||||     
T  8524099 taactaatttgcgattaaatgacaacttgctaaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttgctagtattagatttatcaaataatca 8524000  T
Q  473 acttacagggtatatcagtgaaatctcatcatattccatatggtcactaactctaagcaacaacatgctacaaggcaatattccagaatccattttcaac 572  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||  ||  ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8523999 acttacagggaatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatctctaagtaacaacaggctacaaggcaatattccagaatccattttcaac 8523900  T
Q  573 cttacaaacctaaatacactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgctgtcaattt 631  Q
    ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8523899 cttgcaaacctaagtagactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattt 8523841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 8524429 - 8524377
Alignment:
Q  20 taaacggttcaatcccaccctcacttttaacacttccacatctaactttcttg 72  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  8524429 taaatggttcaatcccatcctcacttttaacacttccacgtctaacttacttg 8524377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University