View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7777_low_9 (Length: 578)

Name: NF7777_low_9
Description: NF7777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7777_low_9
NF7777_low_9
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-562)||(28872969-28873532)
chr5 (41-527)||(9503928-9504419)
chr5 (523-560)||(28872042-28872079)
chr5 (165-209)||(3031645-3031689)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (41-527)||(21793853-21794344)
chr2 (41-546)||(5983690-5984203)
chr2 (41-527)||(45496416-45496907)
chr2 (41-527)||(45504158-45504649)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (41-527)||(7500732-7501223)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (41-476)||(16847231-16847671)
chr4 (268-527)||(53008545-53008809)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (41-490)||(61396-61849)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (307-527)||(11096404-11096625)
chr8 (57-420)||(15141883-15142254)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (484-547)||(9426855-9426918)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (516-562)||(12221455-12221501)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (518-562)||(44968595-44968638)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Original strand, 28872969 - 28873532
Alignment:
Q  1 gtacggatagtatattagtatcatacacgtccccaccccattgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28872969 gtacggatagtatattagtatcatacacgtccacaccccattgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtca 28873068  T
Q  101 atacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctc--atcttcttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtg 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28873069 atacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctctcatcttcttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgcg 28873168  T
Q  199 ctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttacactctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaatatgtgttgtttgt 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28873169 ctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttacactctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaatatgtgttgtttgt 28873268  T
Q  299 tgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctataccttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  28873269 tgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctataccttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctgaagatcgccttcatctttacgatccaat 28873368  T
Q  399 gatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgcaggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccag 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28873369 gatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgcaggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccag 28873468  T
Q  499 gctttgttataccaattttatggaacaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaactg 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28873469 gctttgttataccaattttatggaacaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaactg 28873532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 41 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 9504419 - 9503928
Alignment:
Q  41 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 140  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  9504419 ttgtaagattgatcaccttatcaaagtattgactaacagattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaaggttgaagtctcacctt 9504320  T
Q  141 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 240  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  9504319 cttcaacttaccatcaccataatacaatttctctaatgtatcccatgtctccttcacgctttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 9504220  T
Q  241 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 335  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||     |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||| |    
T  9504219 ctctgatgcatcaagaacagagcttttccatctttcttcttcaattctttatgcgttgcttgttgtacatcagttgcatttgctgccagtgctggtatcc 9504120  T
Q  336 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 435  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||    
T  9504119 cttcattcacaacttcaagtacatcctggaacctgaagatcaccttcatcttcacgatccattaatcaaagttctttccttcaaagattggtagatgcgc 9504020  T
Q  436 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 527  Q
    | ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  9504019 aagaatattgttgttataagttgccattcttcacgaattctctaacaacgatgaacgaaccaggctctgttataccaatttgatggaacaat 9503928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 523 - 560
Target Start/End: Original strand, 28872042 - 28872079
Alignment:
Q  523 acaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaac 560  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28872042 acaatgtgtaaagattaaatgaaaaacaacacaaaaac 28872079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 165 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 3031689 - 3031645
Alignment:
Q  165 caatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||    
T  3031689 caatttctccaatgcatcccatgtctcatttgcactttcataatg 3031645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 41 - 527
Target Start/End: Original strand, 21793853 - 21794344
Alignment:
Q  41 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 140  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21793853 ttgtaagattgatcaccttatcaaagtattgactaacaaattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 21793952  T
Q  141 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 240  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  21793953 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctaatgcatcccatgtctcctacgcgctttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 21794052  T
Q  241 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaat-----atgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 335  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| | ||||     ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |    
T  21794053 ctctgatgcatcaagaacaaagcttttccatctttcttttgcaattctttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgccagtgctggtatcc 21794152  T
Q  336 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 435  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||| |     
T  21794153 cttcattcacaacttcaagtacatcctggaacctgaagatcaccttcatcttcacgatccattgatcaaagttcttgtcttcaaagattggtagatgcgt 21794252  T
Q  436 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 527  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  21794253 aggaatgttgttgttatgagttgccattcttcacgaattctctaacaacaatgaacgaaccaggctctgttataccaatttgatggaacaat 21794344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 41 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 5984203 - 5983690
Alignment:
Q  41 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 140  Q
    |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5984203 ttgtaagattgagcaccttatcaaagtattgactaacagattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 5984104  T
Q  141 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 240  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  5984103 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctattgcatcccatgtctgcttcgcgctttcataatgcatggtcttctcaaagatctcattgcttaca 5984004  T
Q  241 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttca-----atatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 335  Q
    |||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||      |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |    
T  5984003 ctct-atgcatcaagaacaaagcttttccatctttcttcttcatttctttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgccagtgctggtatcc 5983905  T
Q  336 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 435  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  5983904 cttcattcacaacttcaagtacatcctggaatctgaagatcacattcattttcacgatccattgatcaaagttcttgccttcaaagactggtagatgcgc 5983805  T
Q  436 aggaatattgttgttgtgagttacc----attcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaatatgt 531  Q
    | ||||||||||||| |||||| ||    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| | |    
T  5983804 aagaatattgttgttatgagttgccatatattcttcacgaattttctaacaacaatgaacgaaccaggctctgctataccaatttgatggagcaatgtat 5983705  T
Q  532 aaagattgaatgaaa 546  Q
     || |||||||||||    
T  5983704 gaaaattgaatgaaa 5983690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 41 - 527
Target Start/End: Original strand, 45496416 - 45496907
Alignment:
Q  41 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 140  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45496416 ttgttagattgatcaccttatcaaagtattgactaacatattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 45496515  T
Q  141 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 240  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  45496516 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctaatgcatcccatgtcttcttcgcgctttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 45496615  T
Q  241 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 335  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||     |||||| || || ||||| ||||||| |||||||||| |||| || ||| |    
T  45496616 ctctgatgcatcaagaacagagcttttccatctttcttcttcaattctttatgtgctgcttattgtaaatcagttacattcgctgccagtgctggtatcc 45496715  T
Q  336 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 435  Q
     |||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||    
T  45496716 tttcaatcacaacttcaagtacatcttggaacctgaagatcaccttcatattcactatgcattgatcaaagttcttgccttcaaatattggtagatgcgc 45496815  T
Q  436 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 527  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  45496816 aggaatattgttgttatgagttgccattcttcacaaattctctaacaacaatgaacaaaccaggctctactataccaatttgatggaacaat 45496907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 41 - 527
Target Start/End: Original strand, 45504158 - 45504649
Alignment:
Q  41 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 140  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45504158 ttgttagattgatcaccttatcaaagtattgactaacatattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 45504257  T
Q  141 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 240  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  45504258 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctaatgcatcccatgtcttcttcgcgctttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 45504357  T
Q  241 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 335  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||     |||||| || || ||||| ||||||| |||||||||| |||| || ||| |    
T  45504358 ctctgatgcatcaagaacagagcttttccatctttcttcttcaattctttatgtgctgcttattgtaaatcagttacattcgctgccagtgctggtatcc 45504457  T
Q  336 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 435  Q
     |||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||    
T  45504458 tttcaatcacaacttcaagtacatcttggaacctgaagatcaccttcatattcactatgcattgatcaaagttcttgccttcaaatattggtagatgcgc 45504557  T
Q  436 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 527  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  45504558 aggaatattgttgttatgagttgccattcttcacaaattctctaacaacaatgaacaaaccaggctctactataccaatttgatggaacaat 45504649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 41 - 527
Target Start/End: Original strand, 7500732 - 7501223
Alignment:
Q  41 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 140  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7500732 ttgtaagattgatcaccttatcaaagtattgactaacaaattcttcttattccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 7500831  T
Q  141 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 240  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  7500832 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctaatgcatcccatgtctccttcgcactttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 7500931  T
Q  241 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 335  Q
    ||||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||     |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |  || |    
T  7500932 ctctgatgcatcaagaatagagcttttccatctttcttcttcaattctttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgccagtgccggaatcc 7501031  T
Q  336 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 435  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||    
T  7501032 cttcattcacaacttcaagtacatcctggaccctgaagatcaccttcatcttcacgatccattgatcaaagttcttgccttcaaagattggtagatgcgc 7501131  T
Q  436 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 527  Q
    ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  7501132 aggaatattattgttatgagttgccattcttcacgaattctctaacaacaatgaacgaaccaggctctgttataccaatttgatggaacaat 7501223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 41 - 476
Target Start/End: Original strand, 16847231 - 16847671
Alignment:
Q  41 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 140  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  16847231 ttgtaagattgatcaccttatcaaagtattgactaacaaattcttcttcttccattgtcaacacttcataatgtcttctcaaagcttgcagtctcacctt 16847330  T
Q  141 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 240  Q
    |||||| |||||||| |||||||  | |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  16847331 cttcaatttaccatcaccagaatatagtttctctaatgcatccaatgtctccttcgcgctttcataatgcatgatcttcttaaagatctcattgcttaca 16847430  T
Q  241 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 335  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||     |||||| || ||||| ||||||||||||||||||| | |||| || ||| |    
T  16847431 ctctgatgcatcaagaacagagcttttccatttttcttcttcaattctttatgtgctgcttgttatacatcagttgcattcgctaccagtgctggtatcc 16847530  T
Q  336 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 435  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||||||| | ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||||| ||    
T  16847531 cttcattcacaacttcaggtacaacctggaacttgaagatcaccttcatcttcatgatccattgatcaaagttcttgccttcaaagattagtagatgcgc 16847630  T
Q  436 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattct 476  Q
    ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  16847631 aggaatattgttgttatgagttgctattcttcacgaattct 16847671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 268 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 53008809 - 53008545
Alignment:
Q  268 ccatctttcttcttcaat-----atgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctataccttcattcacaacttcaagtatatcct 362  Q
    ||||||||||||||||||     ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||| || |||||    
T  53008809 ccatctttcttcttcaattctttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgccagtgctggtatcccttcattcacaacttcaaatacatcct 53008710  T
Q  363 ggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgcaggaatattgttgttgtgagttaccat 462  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||    
T  53008709 ggaacctgaagatcaccttcatcttcacggtccattgatcaaagttcttgccttcaaagattggtagatgcgcaggaatattgctgttatgagttgacat 53008610  T
Q  463 tcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| ||||||||||    
T  53008609 tcttcacgaattctctaacaacaatgaacgaaccagactctgctataccaatttgatggaacaat 53008545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 41 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 61849 - 61396
Alignment:
Q  41 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 140  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||  ||    
T  61849 ttgtaagattga-caccttatcaaagtattgactaacatattcttcttcttccattgtcaatacttcatattgccttctcagagcttgaagcctcacttt 61751  T
Q  141 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 240  Q
     ||||  ||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||    
T  61750 gttcagtttaccatccgcatcatacaatttctccaatgcatcccatatctcctttgcactttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgctcaca 61651  T
Q  241 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 335  Q
     |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||     |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  61650 ttctgatgcatcaagaacacagctttaccatctttcttcttcaaatatttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttggtatgc 61551  T
Q  336 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 435  Q
    ||||||||| | |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||    
T  61550 cttcattcatagcttcaactacatcctggaaccttaagatcaccttcatctccataatccattgatcaaaattctttccttcaaaaactggtagaagcgc 61451  T
Q  436 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaa 490  Q
    | |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  61450 aagaatattgctgttatgagttaccattcttcacaaattttctaacaacaatgaa 61396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 307 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 11096625 - 11096404
Alignment:
Q  307 agttgcattcgctgctagtgttgctataccttcatt-cacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaa 405  Q
    ||||||||||||||  |||| || ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  11096625 agttgcattcgctgtcagtgctggtatcccttcatttcacaacttcaagtacatcctggaacctgaagatcactttcatcttcacgatccattgatcaaa 11096526  T
Q  406 gttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgcaggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgt 505  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||    
T  11096525 gttcttgccttcaaagattggtagatgcgcaggaatattgttgttatcagttgtcattcttcacgaattctctaacaacaatgaacgaactaggctctgt 11096426  T
Q  506 tataccaattttatggaacaat 527  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  11096425 tataccaatttgatggaacaat 11096404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 57 - 420
Target Start/End: Original strand, 15141883 - 15142254
Alignment:
Q  57 tttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatcttcttcaacttaccatcc 156  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||     
T  15141883 tttatcaaagtattgacttatggtttcttcttcctccatagtcaaaacttcatactgtcttctcaaaacttgaagcctcaccttcttcaatttaccatct 15141982  T
Q  157 ccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtg---ctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttacactctgatgcatca 253  Q
    |||||||  || || |||||||| ||||| ||||||| | |    ||||||||||| | |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |    
T  15141983 ccagaatataacttttccaatgcttcccaagtctcctcctttgcactttcataatgcacgatcttctcaaatatctcattgctcacactctgatgcatga 15142082  T
Q  254 agaacatagttttcccatctttcttct-----tcaatatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctataccttcattcacaac 348  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||     ||  | | || ||||| ||| | ||| || ||||||| |||||||| || || ||  |||||||| ||    
T  15142083 agaacatggctttcccatctttcttctttgcatccctgtttgctgtttattgcatatctgtagcattcgatgctagtgctggtacactatcattcactac 15142182  T
Q  349 ttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaa 420  Q
    |||||| | |||||| |||||  |||| ||||||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||||    
T  15142183 ttcaagaacatcctgaaacctgcagataaccttcatcttcacgatccattgatcgtaattcttgccttcaaa 15142254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 484 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 9426918 - 9426855
Alignment:
Q  484 caatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaatatgtaaagattgaatgaaaa 547  Q
    ||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  9426918 caatgaaggaaccagactctgctataccaatttgatggaacaatgtctaaagattgaatgaaaa 9426855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 516 - 562
Target Start/End: Original strand, 12221455 - 12221501
Alignment:
Q  516 ttatggaacaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaactg 562  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  12221455 ttatagaacaatatgtaaagattgaatgaaaaccaacactaaaactg 12221501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 518 - 562
Target Start/End: Original strand, 44968595 - 44968638
Alignment:
Q  518 atggaacaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaactg 562  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  44968595 atggaacaatgtgtaaaggttgaatg-aaaacaacacaaaaactg 44968638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University