View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7780_high_3 (Length: 467)

Name: NF7780_high_3
Description: NF7780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7780_high_3
NF7780_high_3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (15-458)||(4178843-4179286)
chr2 (23-435)||(4167924-4168339)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (15-199)||(34944370-34944554)
chr4 (21-130)||(34947771-34947880)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Original strand, 4178843 - 4179286
Alignment:
Q  15 gacatcattgcatgcatgaaatctataaactttatgcgatattttgcagcaacttgaggtggaagtttggttgatccatcaataacccacaagcccttga 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4178843 gacatcatcgcatgcatgaaatctataaactttatgcgatattttgcagcaacttgaggtggaagtttggttgatccatcaataacccacaagcccttga 4178942  T
Q  115 aggtggcaaacccataacaaatattccccttgctgtctcttatgctatctgtaaagtttagcaggaagcatgatgcaccacatagagtcacaagtacaga 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4178943 aggtggcaaacccataacaaatattccccttgctgtctcttatgctatctgtaaagtttagcaggaagcatgatgcaccacatagagtcacaagtacaga 4179042  T
Q  215 agtcatggacttgctgacagagtcacagttgccaacatttgtaaaaattggtgacaaaagttggaaagccagaacagtgcctgtaggtagaaggtttgcc 314  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4179043 agtcatggacttgcagacagagtcacagttgccaacatttgtaaaaattggtgacaaaagttggaaagccagaacagtgcctgtaggtagaaggtttgcc 4179142  T
Q  315 aaatgcgccgtgctttgaaatgtcgaacttatagctttctgtatcaggctcctctctgcttctggaacctccgcattccgcaggagtggaaccttttgtt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4179143 aaatgcgccgtgctttgaaatgtcgaacttatagctttctgtaccaggctcctctctgcttctggaacctccgcattccgcaggagtggaaccttttgtt 4179242  T
Q  415 catcgttcttagaatcatcatcgatttctaaattgatgtccatc 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4179243 catcgttcttagaatcatcatcgatttctaaattgatgtccatc 4179286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 23 - 435
Target Start/End: Original strand, 4167924 - 4168339
Alignment:
Q  23 tgcatgcatgaaatctataaactttatgcgatattttgcagcaacttgaggtggaagtttggttgatccatcaataacccacaagcccttgaaggtggca 122  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4167924 tgcatgcataaaatctataaaccgtatgcggtatttagcagcaacttgaggtggaagtttggttgatccatcaataacccacaagcccttaaaggtggca 4168023  T
Q  123 aacccataacaaatattccccttgctgtctcttatgctatctgtaaagtttagcaggaagcatgatgcaccacatagagtcacaagtacagaagtcatgg 222  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||      
T  4168024 aacccataaataatattacccttgctgtctctaaagctatcagtaaagcttagcagaaagcatgatgcaccacagagagtcacaagtgcagcagtcatcc 4168123  T
Q  223 acttgctgacagagtcacagttgccaacatttgtaaaaattggtgacaaaagttggaaagccagaacagtgcctgtaggtagaaggtttgccaaatgcgc 322  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4168124 acttgctgacagagtcacagctgccaatatttgtaaagattggtgataaaagttgtaatgcaaggacagtgcctgtaggtagaaggtttgctaaatgtgc 4168223  T
Q  323 cgtgctttgaaatgtcgaacttatagctttctgtatcaggctcctctctgcttctggaacctccgcattccgcaggagtggaaccttttgttcatc---g 419  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||| | | |||| ||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| ||||||||   |    
T  4168224 cgtgctctgaaatgtcaaacttatagctgtttgtatcaagtttctctttgcttctggaacctctgcatttagcagtagtggaaccttgtgttcatccttg 4168323  T
Q  420 ttcttagaatcatcat 435  Q
    ||||||||||||||||    
T  4168324 ttcttagaatcatcat 4168339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 15 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 34944554 - 34944370
Alignment:
Q  15 gacatcattgcatgcatgaaatctataaactttatgcgatattttgcagcaacttgaggtggaagtttggttgatccatcaataacccacaagcccttga 114  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||| |||   ||||||||||| ||| || | |||||||| | | |||||||||||| | ||| ||||| || |    
T  34944554 gacataattgcatgcatgaaatcaatgaaccttagttgatattttgcatcaagttcatgtggaagtgtagctgatccatcaatgatccataagcctttaa 34944455  T
Q  115 aggtggcaaacccataacaaatattccccttgctgtctcttatgctatctgtaaagtttagcaggaagcatgatgcaccacatag 199  Q
    | |||||||| |||||||| || ||||| ||  ||||| | | |||||| || |||  ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  34944454 atgtggcaaatccataacatatgttccctttattgtctttgaagctatcagtgaagcatagtaggaagcatgaggcaccacatag 34944370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 34947880 - 34947771
Alignment:
Q  21 attgcatgcatgaaatctataaactttatgcgatattttgcagcaacttgaggtggaagtttggttgatccatcaataacccacaagcccttgaaggtgg 120  Q
    ||||||||||||||||| || ||| |||   ||||||||||| ||| || | |||||||| | | |||||||||||| | ||| ||||| || || ||||    
T  34947880 attgcatgcatgaaatcaatcaaccttagttgatattttgcatcaagttcatgtggaagtgtagctgatccatcaatgatccataagcctttaaatgtgg 34947781  T
Q  121 caaacccata 130  Q
    |||| |||||    
T  34947780 caaatccata 34947771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University