View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7791_high_3 (Length: 596)

Name: NF7791_high_3
Description: NF7791
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7791_high_3
NF7791_high_3
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (9-578)||(7629452-7630021)
chr1 (9-578)||(7636235-7636804)
chr1 (9-578)||(7623143-7623712)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 578
Target Start/End: Original strand, 7629452 - 7630021
Alignment:
Q  9 gagtgagatgaaaagagagtgaatgatcattcatcatttgtaataagatatcaataatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaata 108  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629452 gagtgagatcaaaagagagtgaatgatcattcatcatttgtaataagatatcaataatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaata 7629551  T
Q  109 atccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcctcccaagtgttcctttgattctatcaatccaacca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7629552 atccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcctcccaagtgttcctttgactctatcaatccaacca 7629651  T
Q  209 aacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaatt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629652 aacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaatt 7629751  T
Q  309 caacttcttcttcataatcacaaacatatgttttcccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcacacc 408  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7629752 caactccttcttcataatcacaaacatatgttttcccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcgcacc 7629851  T
Q  409 tttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaactgggccacttcattttctctaacgggcctaaaagaatgggcacgttgagagctaaagagg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629852 tttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaattgggccacttcattttctctaacgggcctaaaagaatgggcacgttgagagctaaagagg 7629951  T
Q  509 tgatgaacacaaagttttctcatctctctccaataaggactataaggtgcacaagccagatctaaaccat 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629952 tgatgaacacaaagttttctcatctctctccaataaggactataaggtgcacaagccagatctaaaccat 7630021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 578
Target Start/End: Original strand, 7636235 - 7636804
Alignment:
Q  9 gagtgagatgaaaagagagtgaatgatcattcatcatttgtaataagatatcaataatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaata 108  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7636235 gagtgagatcaaaagagagtgagtgatcattcatcatctgcaataagatatcaataatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaatt 7636334  T
Q  109 atccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcctcccaagtgttcctttgattctatcaatccaacca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||     
T  7636335 atccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaatgttttatcaagcctcccaagagttcctttgactctatcaatccaaccc 7636434  T
Q  209 aacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaatt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7636435 aacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgcaatctacttctcttttgtccacttcccaatt 7636534  T
Q  309 caacttcttcttcataatcacaaacatatgttttcccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcacacc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7636535 caacttcttcttcataatcacaaacatatgtttttccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcgcacc 7636634  T
Q  409 tttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaactgggccacttcattttctctaacgggcctaaaagaatgggcacgttgagagctaaagagg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  7636635 tttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaattgggccacttcattttctctaacgggcctaaaagaatggacacgttgagagctaaagaga 7636734  T
Q  509 tgatgaacacaaagttttctcatctctctccaataaggactataaggtgcacaagccagatctaaaccat 578  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  7636735 tgttgaacacaaagttttctcatctctctccaataaggactataaggtgcaaaagcaagatctaaaccat 7636804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 9 - 578
Target Start/End: Original strand, 7623143 - 7623712
Alignment:
Q  9 gagtgagatgaaaagagagtgaatgatcattcatcatttgtaataagatatcaataatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaata 108  Q
    |||| |||| |||||||||||| | |||||||||||| || || || |||||||| |||||  | |||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||     
T  7623143 gagtaagatcaaaagagagtgagttatcattcatcatctgcaaaaatatatcaatgatatctgcaacttcttgctccttggttttaggctttgttgaatt 7623242  T
Q  109 atccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcctcccaagtgttcctttgattctatcaatccaacca 208  Q
    |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||     
T  7623243 atccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaactccttgaactttttatcaagcctcccaagagttcctttgattctatcaacccaacct 7623342  T
Q  209 aacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaatt 308  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  7623343 aacaatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaagcctgtgcttcattaagcaaaacttgcaatctacttcttctttctccacttcccaatt 7623442  T
Q  309 caacttcttcttcataatcacaaacatatgttttcccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcacacc 408  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  7623443 caacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagctatcttacatataattgcatttgtgaaagatatcaatatttcactcaagtttacacc 7623542  T
Q  409 tttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaactgggccacttcattttctctaacgggcctaaaagaatgggcacgttgagagctaaagagg 508  Q
    ||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||   || || || ||||||||||    
T  7623543 tttttcatcaccatcatactgtgacagcttttgaatcaattcagccacttcattttctctaataggcctaaaagaatgtagacttttagggctaaagagg 7623642  T
Q  509 tgatgaacacaaagttttctcatctctctccaataaggactataaggtgcacaagccagatctaaaccat 578  Q
    ||| || ||||||| ||| |||| |||||||||||||  |||||||||||| || ||| |||||||||||    
T  7623643 tgaagagcacaaagctttttcatatctctccaataagagctataaggtgcaaaacccaaatctaaaccat 7623712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University