View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7791_low_23 (Length: 226)

Name: NF7791_low_23
Description: NF7791
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7791_low_23
NF7791_low_23
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (13-214)||(15752475-15752677)
chr3 (13-196)||(15758268-15758452)
chr3 (22-214)||(21883405-21883598)
chr3 (13-198)||(21458331-21458514)
chr3 (13-197)||(21453158-21453340)
chr3 (13-195)||(21473104-21473287)
chr3 (13-214)||(21477473-21477674)
chr3 (20-214)||(49486707-49486902)
chr3 (26-215)||(2978225-2978414)
chr3 (24-195)||(21877164-21877336)
chr3 (20-195)||(49491204-49491380)
chr3 (37-195)||(2982181-2982338)
chr3 (143-217)||(9724730-9724805)
chr3 (126-218)||(3110599-3110692)
chr3 (126-217)||(13990809-13990901)
chr3 (126-217)||(23344353-23344445)
chr3 (126-217)||(40800728-40800820)
chr3 (126-214)||(2168741-2168830)
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (17-214)||(12659171-12659369)
chr4 (13-214)||(16325694-16325896)
chr4 (13-195)||(16334738-16334921)
chr4 (13-214)||(30673677-30673877)
chr4 (13-195)||(30679770-30679951)
chr4 (13-215)||(910827-911025)
chr4 (13-214)||(1873970-1874170)
chr4 (13-195)||(1913709-1913892)
chr4 (13-210)||(25687536-25687732)
chr4 (13-196)||(23187962-23188144)
chr4 (13-214)||(23200507-23200707)
chr4 (46-215)||(12435360-12435525)
chr4 (13-197)||(18890000-18890184)
chr4 (13-193)||(25697304-25697483)
chr4 (46-215)||(42411087-42411252)
chr4 (17-191)||(12665689-12665859)
chr4 (46-215)||(29333617-29333782)
chr4 (13-214)||(12428861-12429061)
chr4 (46-195)||(42404643-42404788)
chr4 (13-193)||(12439270-12439449)
chr4 (46-195)||(917302-917447)
chr4 (13-195)||(33360159-33360341)
chr4 (74-215)||(4393790-4393932)
chr4 (13-195)||(48305320-48305499)
chr4 (13-195)||(55325479-55325663)
chr4 (97-207)||(42119796-42119907)
chr4 (170-217)||(6162225-6162272)
chr4 (126-216)||(53982073-53982164)
chr4 (126-214)||(20192682-20192771)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (13-210)||(43287369-43287567)
chr2 (14-214)||(24053266-24053466)
chr2 (13-214)||(19437515-19437715)
chr2 (13-195)||(43293114-43293297)
chr2 (14-197)||(24056601-24056784)
chr2 (13-214)||(25445037-25445236)
chr2 (13-195)||(19443090-19443271)
chr2 (13-195)||(25454699-25454876)
chr2 (74-195)||(31437151-31437273)
chr2 (74-195)||(31433045-31433167)
chr2 (126-217)||(22430325-22430417)
chr2 (126-217)||(22435919-22436011)
chr2 (126-217)||(43776968-43777060)
chr2 (141-217)||(1525619-1525696)
chr2 (74-147)||(8872289-8872362)
chr2 (173-217)||(636259-636303)
chr2 (173-217)||(7910101-7910145)
chr2 (182-217)||(14898760-14898795)
chr2 (182-215)||(5836224-5836257)
chr2 (96-156)||(5836153-5836213)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (13-214)||(37356709-37356911)
chr1 (13-198)||(37365127-37365313)
chr1 (13-195)||(35625228-35625411)
chr1 (13-214)||(18534957-18535157)
chr1 (13-214)||(31092925-31093125)
chr1 (13-214)||(11660158-11660358)
chr1 (13-195)||(27347143-27347326)
chr1 (13-195)||(18540683-18540864)
chr1 (6-195)||(38736039-38736229)
chr1 (13-195)||(11654020-11654201)
chr1 (13-195)||(31099531-31099712)
chr1 (46-215)||(38991079-38991244)
chr1 (65-215)||(28519255-28519405)
chr1 (13-195)||(7876091-7876271)
chr1 (46-195)||(38984912-38985057)
chr1 (46-197)||(28512810-28512955)
chr1 (13-195)||(39492740-39492921)
chr1 (126-217)||(15716601-15716693)
chr1 (173-217)||(27179108-27179152)
chr1 (125-216)||(33493026-33493118)
chr1 (182-215)||(29547720-29547753)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (13-214)||(111856-112058)
scaffold0014 (13-58)||(106130-106175)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (13-214)||(23053357-23053557)
chr5 (22-215)||(25365378-25365573)
chr5 (13-214)||(35264518-35264718)
chr5 (13-195)||(23058932-23059113)
chr5 (44-214)||(21171196-21171365)
chr5 (13-195)||(35270259-35270440)
chr5 (13-195)||(39653905-39654086)
chr5 (44-214)||(16675545-16675711)
chr5 (13-197)||(21178025-21178211)
chr5 (126-217)||(28367071-28367163)
chr5 (143-217)||(30957704-30957779)
chr5 (77-129)||(2135850-2135902)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (13-214)||(340269-340471)
chr7 (13-215)||(29185506-29185704)
chr7 (13-195)||(29176544-29176725)
chr7 (31-195)||(346521-346686)
chr7 (13-214)||(8248091-8248292)
chr7 (46-197)||(22822535-22822684)
chr7 (46-195)||(22826840-22826987)
chr7 (13-195)||(8242541-8242723)
chr7 (23-215)||(25830376-25830566)
chr7 (111-195)||(2068797-2068882)
chr7 (128-215)||(25499033-25499121)
chr7 (173-217)||(32148454-32148498)
chr7 (143-213)||(42208874-42208945)
chr7 (173-215)||(558010-558052)
chr7 (126-214)||(16648403-16648492)
chr7 (126-214)||(17622764-17622853)
[»] scaffold0079 (1 HSPs)
scaffold0079 (13-195)||(57939-58122)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (13-214)||(30714193-30714393)
chr8 (13-214)||(30721970-30722170)
chr8 (13-195)||(30727578-30727759)
chr8 (46-215)||(37209692-37209859)
chr8 (46-215)||(21247656-21247821)
chr8 (74-215)||(27679662-27679803)
chr8 (46-197)||(37204233-37204382)
chr8 (46-195)||(21241172-21241317)
chr8 (74-195)||(27683444-27683565)
chr8 (90-214)||(26196877-26197002)
chr8 (13-170)||(24042835-24042987)
chr8 (103-195)||(26196996-26197089)
chr8 (173-217)||(12756300-12756344)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (16-214)||(14006-14203)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (22-195)||(9323-9496)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (18-195)||(18738573-18738749)
chr6 (46-215)||(23427462-23427627)
chr6 (22-195)||(33660877-33661052)
chr6 (46-195)||(23421636-23421781)
chr6 (143-217)||(14855914-14855989)
chr6 (182-214)||(19441313-19441345)
[»] scaffold0258 (1 HSPs)
scaffold0258 (13-193)||(6256-6435)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (126-217)||(345761-345853)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 15752475 - 15752677
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15752475 agagagaaggagaagaagagagaattagagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 15752574  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15752575 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacattcccccttggatgtc 15752674  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  15752675 cat 15752677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 196
Target Start/End: Original strand, 15758268 - 15758452
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15758268 agagagaaggagaagaagagagaattagagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 15758367  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacac 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  15758368 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 15758452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 21883598 - 21883405
Alignment:
Q  22 gagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaa 121  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21883598 gagaagaagagagaataggagaaatattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaa 21883499  T
Q  122 ctaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21883498 ctaagcccaataacctagtagtatggctcaataacacatttgctatttggacatccgctattaatatttataacactcccccttggatgtccat 21883405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 21458514 - 21458331
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21458514 agagagaaggagaaga---gagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 21458418  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactc 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  21458417 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactc 21458331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 21453340 - 21453158
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21453340 agagagaaggagaaga---gagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 21453244  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacact 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  21453243 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacact 21453158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 21473287 - 21473104
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21473287 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 21473188  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  21473187 gcttatgaactaagtccaataagctaatagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21473104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 21477674 - 21477473
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  21477674 agagagaagaagaagaagagagaataggagcagtattcttatttaccgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagccctatttataaaaaaataaagta 21477575  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21477574 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacaca-ttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 21477476  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  21477475 cat 21477473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 20 - 214
Target Start/End: Original strand, 49486707 - 49486902
Alignment:
Q  20 aggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatg 119  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||    
T  49486707 aggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagagaaatagagtagcctatg 49486806  T
Q  120 aactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    || ||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49486807 aattaagctcaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 49486902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 26 - 215
Target Start/End: Original strand, 2978225 - 2978414
Alignment:
Q  26 agaatagagaata-ggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaacta 124  Q
    |||| |||||||| |||| | |||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2978225 agaagagagaataaggagaaatattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaacta 2978322  T
Q  125 agcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2978323 agcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgttatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 2978414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 24 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 21877336 - 21877164
Alignment:
Q  24 gaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaact 123  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21877336 gaagaagagagaataggagaaatattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctccatttataagaaaatagagtagcttatgaact 21877237  T
Q  124 aagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  21877236 aagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 21877164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 195
Target Start/End: Original strand, 49491204 - 49491380
Alignment:
Q  20 aggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatg 119  Q
    |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||    
T  49491204 aggagaagaagagagaatatgagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagagaaatagagtagcctatg 49491303  T
Q  120 aactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    || ||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  49491304 aattaagctcaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 49491380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 37 - 195
Target Start/End: Original strand, 2982181 - 2982338
Alignment:
Q  37 taggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacc 136  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2982181 taggagaaatattcttattcacttatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacc 2982278  T
Q  137 tagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  2982279 tagtagtatagcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 2982338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 143 - 217
Target Start/End: Original strand, 9724730 - 9724805
Alignment:
Q  143 tatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9724730 tatgatccaataacccaattgctatatggacatccactagtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 9724805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 218
Target Start/End: Original strand, 3110599 - 3110692
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctca 218  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3110599 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctca 3110692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 13990901 - 13990809
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13990901 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 13990809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 23344445 - 23344353
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23344445 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 23344353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Original strand, 40800728 - 40800820
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40800728 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 40800820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 214
Target Start/End: Original strand, 2168741 - 2168830
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2168741 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccat 2168830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 159; Significance: 8e-85; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 214
Target Start/End: Original strand, 12659171 - 12659369
Alignment:
Q  17 agaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagctt 116  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12659171 agaatgagaagaagagagaatatgagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcagtgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagctt 12659270  T
Q  117 atgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12659271 atgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 12659369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 16325694 - 16325896
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16325694 agagagaaggagaagaagagagaataggaacaatattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagta 16325793  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16325794 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 16325893  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  16325894 cat 16325896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 16334738 - 16334921
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||  | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16334738 agagagaaggagaagaagagataataggaacaatattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagta 16334837  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  16334838 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 16334921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 30673677 - 30673877
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  30673677 agagagaaggagaaggagagagaataagagcagtattcttattcactaatgtatttatc--aatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagagta 30673774  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30673775 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 30673874  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  30673875 cat 30673877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 30679770 - 30679951
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30679770 agagagaaggagaagaagagagaataagagcagtattcttattcactaatgtatttatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 30679867  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  30679868 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 30679951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 215
Target Start/End: Original strand, 910827 - 911025
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    |||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  910827 agagagaaggagaagaa--gaaaataggagcagtattcttattcactgatctgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagta 910922  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  910923 gcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacacttcctcttggatgtc 911021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 1873970 - 1874170
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  1873970 agagagaaggagaagaggagagaataggaaaagtattcttattcactgatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctatatttatagggaaatagagta 1874067  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    || |||||| ||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1874068 gcctatgaattaagcccaataacataatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 1874167  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  1874168 cat 1874170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 1913709 - 1913892
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  1913709 agagagacggagaagaagagagaatatgagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 1913808  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    || |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  1913809 gcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 1913892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 210
Target Start/End: Original strand, 25687536 - 25687732
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| || | | ||||  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  25687536 agagagaaggagaagaagagaaaataggagcagtattcttattcactgatctatatatc--aatgttacaaatgagctctgtttatagggaaatagagta 25687633  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgt 210  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25687634 gcttatgaattaagcccaataaactagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgt 25687732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 23188144 - 23187962
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  23188144 agagagaaggagaagaagtgagaataggaacagtattcttattcacttatctgtctatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 23188047  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacac 196  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  23188046 gcttatgaactaagctcaataaactagtagtatggtccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 23187962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 23200707 - 23200507
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| || || ||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||| | || |||||||    
T  23200707 agagagaaggagaagaagagagaataggaacagtattcgtattcgctgatctgtctatc--aatgttacaaatgagttctatttatagggaagtagagta 23200610  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23200609 acttatgaactaagcccaataaactagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttagatgtc 23200510  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  23200509 cat 23200507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 46 - 215
Target Start/End: Original strand, 12435360 - 12435525
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12435360 tattcttattcacta--gtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 12435454  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12435455 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 12435525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 18890184 - 18890000
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaata-ggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagt 111  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||    
T  18890184 agagagaaagagaagaagagagaataaggagaaatattcttattcactaatgtgtatatc--aatgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagt 18890087  T
Q  112 agcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacact 197  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  18890086 agcttatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacact 18890000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 193
Target Start/End: Original strand, 25697304 - 25697483
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| || | | ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  25697304 agagagaaggagaagaagagaaaataggagcagtattcttattcactgatctatatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 25697401  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataa 193  Q
    ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25697402 gcttatgaattaagtccaataaactagtagtatggcccactaacacatttgctatttggatatccactattaatatttataa 25697483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 42411252 - 42411087
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42411252 tattcttattcacta--gtttgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 42411158  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42411157 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 42411087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 17 - 191
Target Start/End: Original strand, 12665689 - 12665859
Alignment:
Q  17 agaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagctt 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12665689 agaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactaatgtgtgtatct-------acaaatgagctctatttataagaaaatagagtagctt 12665781  T
Q  117 atgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg----atatccactattaatatttat 191  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||    | |||||||||||||||||||    
T  12665782 atgaactaag-ccaataacctagtagtatggcccaataacacatttattatttggacaacatccactattaatatttat 12665859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 46 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 29333782 - 29333617
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29333782 tattcttattcacta--gtgtgtatc--aatgttacaaatgagctttatttatagggaaatagagtaggttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 29333688  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29333687 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 29333617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 12428861 - 12429061
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  || | |   ||  | ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  12428861 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcacggatctctcactc--actgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagta 12428958  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||  ||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12428959 gcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcccataaacctatttgctctttggacatccactattaatatttataacactcctccttggatgtc 12429058  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  12429059 cat 12429061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 46 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 42404788 - 42404643
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42404788 tattcttattcacta--gtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 42404694  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  42404693 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 42404643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 193
Target Start/End: Original strand, 12439270 - 12439449
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||  || | |   ||  | ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  12439270 agagagaaggagaagaagagagaatatgagcagtattcttattcaccgatctctcactc--actgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagta 12439367  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataa 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  12439368 gcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcccataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataa 12439449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 46 - 195
Target Start/End: Original strand, 917302 - 917447
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  917302 tatttttattcacta--gtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccga-aacctagtagtat 917396  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
     | ||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  917397 agcccactaacatatttgctatttagacatccaatattaatatttataaca 917447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 33360159 - 33360341
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaatagg-agtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagt 111  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||| || || ||| ||||||||| |||  |  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33360159 agagagaagttgaagaagagagaatagggagaagcatttttattcacttatgcat--atctcaatgttacgaatgagctctatttataagaaaatagagt 33360256  T
Q  112 agcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| || |||||| ||| | |||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||    
T  33360257 agcttataaactaaactcaataacttaatagtatagtcaactaacacatttgctatttgtacattcactcttaatatttataaca 33360341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 215
Target Start/End: Original strand, 4393790 - 4393932
Alignment:
Q  74 aatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gat 172  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||   |  |||| |||||| ||||| ||     
T  4393790 aatgttacaaatgagctttatttatagggaaataaagtagcttatgaattaaacctaataatctagtagtatgactcgttaacccatttgttatttagac 4393889  T
Q  173 atccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  4393890 atccactattaatatttataacactctccattggatgtccatc 4393932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 48305320 - 48305499
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| | | | |||||||||||||| ||||   || || |||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  48305320 agagagaaagagaagaagagagaataag-gaaatattcttattcactgatgtac-ta-ctgaatgttacaa-tgaactctatttatagggaaatagagta 48305415  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    || ||| |||||||| |||||| ||||| |||||| ||| |||| | |||||||||| || ||||||| |||||||||||||||    
T  48305416 gcatataaactaagctcaataatctagtggtatggcccattaacgcgtttgctatttggacatccacttttaatatttataaca 48305499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 55325663 - 55325479
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaatag-gagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagt 111  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||  ||| |||||| ||||||||| |||| |   ||| ||||| ||||||||||| |||||||| | ||||| |||    
T  55325663 agagagaatgagaagatgagagaataaagagaagtattattattcactgatgttt---tctcaatgtaacaaatgagctttatttatagggaaataaagt 55325567  T
Q  112 agcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggt---ccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    || ||||||||||||  |||||||||| ||||||  |   ||| ||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||    
T  55325566 agtttatgaactaagttcaataacctaatagtattatgacccactaacacatttgctatttggacatctattattaatatttataaca 55325479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 97 - 207
Target Start/End: Original strand, 42119796 - 42119907
Alignment:
Q  97 ataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||| |||||| ||||| ||||| | ||||| |||||| |||||||||||  ||| |||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  42119796 ataaaaaaataaagtagtttatggattaagctcaataatctagtagtatgacccattaatccatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 42119895  T
Q  196 ctcccccttgga 207  Q
     || ||||||||    
T  42119896 ttctcccttgga 42119907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 6162272 - 6162225
Alignment:
Q  170 gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6162272 gatatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 6162225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 53982164 - 53982073
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatct 216  Q
    ||||||||| |||  |||||| || |||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  53982164 gcccaataagctaacagtatgatcaaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatct 53982073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 214
Target Start/End: Original strand, 20192682 - 20192771
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20192682 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccat 20192771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 210
Target Start/End: Original strand, 43287369 - 43287567
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43287369 agagagaagaagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 43287468  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  43287469 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatctactattaatgtttataacacttccccttggatgt 43287567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 214
Target Start/End: Original strand, 24053266 - 24053466
Alignment:
Q  14 gagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtag 113  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24053266 gagagaaggagaagaaaagagaataggagca-tattcttattcactaatgtatgtatctcaatattacaaatgagctctatttataagaaaatagagtag 24053364  T
Q  114 cttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtcc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24053365 cttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttagatgtcc 24053464  T
Q  213 at 214  Q
    ||    
T  24053465 at 24053466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 19437515 - 19437715
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  19437515 agagagaaggagaagaagagagaataagagcagtattcttattcactaatgtgtgtctc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 19437612  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19437613 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 19437712  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  19437713 cat 19437715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 43293114 - 43293297
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43293114 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 43293213  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  43293214 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatgtttataaca 43293297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 14 - 197
Target Start/End: Original strand, 24056601 - 24056784
Alignment:
Q  14 gagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtag 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24056601 gagagaaggagaagaaaagagaatagaagcagtattcttattcactaatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtag 24056700  T
Q  114 cttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctat-ttgatatccactattaatatttataacact 197  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||    
T  24056701 cttatgaactaagtccaataacctagtagtatgg-ccaataacacatttgctatctggacatccactattaatatttataacact 24056784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 25445037 - 25445236
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  25445037 agagagaaggagaagaagagagaataggaggagtattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 25445134  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  25445135 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccattaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacact-ccccttagatgtc 25445233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 19443090 - 19443271
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19443090 agagagaaggagaagaagagagaataagagcagtattcttattcactaatgtgtgtctc--aatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagta 19443187  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  19443188 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 19443271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 25454699 - 25454876
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    |||||||||||||||||    ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  25454699 agagagaaggagaagaa----gaataggagcagtattcttattcaatgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 25454792  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  25454793 gcttatgaattaagctcaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacattcactattaatatttataaca 25454876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 74 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 31437273 - 31437151
Alignment:
Q  74 aatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gat 172  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| ||     
T  31437273 aatgttacaaatgaactttatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacacagtattatggtccattaactcatttgttgtttggac 31437174  T
Q  173 atccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  31437173 atccactattaatatttataaca 31437151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 74 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 31433167 - 31433045
Alignment:
Q  74 aatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gat 172  Q
    |||||||||||||| |  |||||||| | ||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||| ||||  ||||||||||| ||     
T  31433167 aatgttacaaatgaacattatttatagggaaatagaatatcttatgaactaagctcaataaactagttgcatgctccattaactaatttgctatttggac 31433068  T
Q  173 atccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  31433067 atccactattaatatttataaca 31433045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 22430417 - 22430325
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22430417 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 22430325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 22436011 - 22435919
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22436011 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 22435919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 43777060 - 43776968
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43777060 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 43776968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 1525696 - 1525619
Alignment:
Q  141 agtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    |||||| ||||||||| || || |||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1525696 agtatgatccaataacccaatttctatatggacatccacttataatattcataacactcccccttggatgtccatctc 1525619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 8872362 - 8872289
Alignment:
Q  74 aatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatgg 147  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||  |||||||||||||| | | ||||||||    
T  8872362 aatgttacaaatgaactctatttatagggaaatatagtagcctatagactaagcccaataatcaaatagtatgg 8872289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 636303 - 636259
Alignment:
Q  173 atccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  636303 atccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 636259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 7910101 - 7910145
Alignment:
Q  173 atccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7910101 atccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 7910145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 182 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 14898795 - 14898760
Alignment:
Q  182 taatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14898795 taatattcataacactcccccttggatgtccatctc 14898760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 182 - 215
Target Start/End: Original strand, 5836224 - 5836257
Alignment:
Q  182 taatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5836224 taatattcataacactcccccttggatgtccatc 5836257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 96 - 156
Target Start/End: Original strand, 5836153 - 5836213
Alignment:
Q  96 tataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataac 156  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||||||| ||||  |||||| ||||||||| ||||    
T  5836153 tataggaaaatagagtatcttatggactaagcctaatagtctagtaatatggtccattaac 5836213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 37356709 - 37356911
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37356709 agagagaaggagaagaagagagaataggaacggtattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttataaatgagctctatttataagaaaatatagta 37356808  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37356809 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 37356908  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  37356909 cat 37356911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Original strand, 37365127 - 37365313
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37365127 agagagaaggagaagaagagagaataggaacagtattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagta 37365226  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactc 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  37365227 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactc 37365313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 35625228 - 35625411
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35625228 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagta 35625327  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  35625328 gcttatgaactaagcccaataatctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 35625411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 18534957 - 18535157
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18534957 agagagaaggagaagaagagaaaatcggagcagtattcttattcactgatctgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagta 18535054  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18535055 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 18535154  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  18535155 cat 18535157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 31092925 - 31093125
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  31092925 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtatttttattcactgatgtatatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 31093022  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31093023 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 31093122  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  31093123 cat 31093125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 11660358 - 11660158
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  11660358 agagagaaggagaagaagagagaatatgagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 11660261  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgcta-tttgatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11660260 gcttatgaattaagcccaataacatagtagtatggcccactaacacatttgttacttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 11660161  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  11660160 cat 11660158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 27347143 - 27347326
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  27347143 agagagaaggagaagaagagagaataagagatgtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 27347242  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  27347243 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggctcaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 27347326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 18540683 - 18540864
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18540683 agagagaaggagaagaagagaaaataggagcagtattcttattcactgatctgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagta 18540780  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  18540781 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 18540864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 6 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 38736229 - 38736039
Alignment:
Q  6 gagtagcagagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaa 105  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38736229 gagtaacagagagaaggagaagaagagagaatatgagcagtattattattcactgatgtatgtatctgaatgttacaaatgaactctatttataagaaaa 38736130  T
Q  106 tagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  38736129 tagagtagcttatgaactaagcccaataacctaatagtatggcccaataacatattttctatttggacaaccactattaatatttataaca 38736039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 11654201 - 11654020
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||    
T  11654201 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcattgatgtgtatatc--aatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagaata 11654104  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11654103 gcttatgaattaagcccaataacatagtagtatgatccactaacacatttgctatttggatatccactattaatatttataaca 11654020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 31099531 - 31099712
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| |||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  31099531 agagagaaggagaagaagagagaataagagcagtatttttattcactgatgtatatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 31099628  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  31099629 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 31099712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 46 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 38991244 - 38991079
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38991244 tattcttattcacta--gtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 38991150  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38991149 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 38991079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 65 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 28519405 - 28519255
Alignment:
Q  65 gtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgc 164  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  28519405 gtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgc 28519307  T
Q  165 tattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28519306 tatttggacatccaatattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 28519255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 7876271 - 7876091
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| | | | |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  7876271 agagaaaatgagaagaagagagaataag-gaaatattcttattcactaatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatatagta 7876175  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  7876174 gcttacgaactaagcctaataacctagtagtatggtccactaacacatttgttatttggacattcactattaatatttataaca 7876091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 46 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 38985057 - 38984912
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38985057 tattcttattcacta--gtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 38984963  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  38984962 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 38984912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 46 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 28512955 - 28512810
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    ||||||||||||||| |||||    || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28512955 tattcttattcactagtgtgt----ctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 28512861  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctatttgatatccactattaatatttataacact 197  Q
    || ||| ||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  28512860 ggcccactaacacatttgct-ttggacatccaatattaatatttataacact 28512810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 39492921 - 39492740
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| || | |  |||| | | ||||||||||  | ||||||||   ||||||||||    
T  39492921 agagagaaggagaagaagagagaatatgagcagtattcttattcactgatatat--atctcactcttacaaatgaattttatttatagagaaatagagta 39492824  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    | ||||  |||||||||||||| ||| ||||||||  ||  |||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  39492823 gtttatagactaagcccaataatctattagtatggctcataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 39492740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 15716693 - 15716601
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15716693 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgttcatctc 15716601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 27179108 - 27179152
Alignment:
Q  173 atccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27179108 atccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 27179152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 216
Target Start/End: Original strand, 33493026 - 33493118
Alignment:
Q  125 agcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatct 216  Q
    |||||||||| |||  | |||| ||||| ||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33493026 agcccaataagctaacaatatgatccaacaactcaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatct 33493118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 182 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 29547753 - 29547720
Alignment:
Q  182 taatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29547753 taatattcataacactcccccttggatgtccatc 29547720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 112058 - 111856
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  112058 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagagta 111959  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    || |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111958 gcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 111859  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  111858 cat 111856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 106175 - 106130
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcac 58  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  106175 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcac 106130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 23053357 - 23053557
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  23053357 agagagaaggagaagaagagagaataagagcagtattcttattcactaatgtgtgtctc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 23053454  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23053455 gcttatgaattaagctcaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 23053554  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  23053555 cat 23053557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Original strand, 25365378 - 25365573
Alignment:
Q  22 gagaagaatagagaata-ggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatga 120  Q
    |||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25365378 gagaagaagagagaataaggagaaatattcttattcactaatgtgtgttttacaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatga 25365477  T
Q  121 actaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25365478 actaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgaacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 25365573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 35264518 - 35264718
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  35264518 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 35264615  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    || |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35264616 gcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 35264715  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  35264716 cat 35264718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 23058932 - 23059113
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  23058932 agagagaaggagaagaagagagaataagagcagtattcttattcactaatgtgtgtctc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 23059029  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  23059030 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23059113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 44 - 214
Target Start/End: Original strand, 21171196 - 21171365
Alignment:
Q  44 agtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagt 143  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21171196 agtattcttattcacttatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagt 21171293  T
Q  144 atggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    |||| ||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21171294 atggcccactaacacatttgccatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 21171365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 35270259 - 35270440
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  35270259 agagagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 35270356  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    || |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  35270357 gcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 35270440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 39653905 - 39654086
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  39653905 agagagaaggagaagaagagagaataagagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttataaatgagctctatttataaggaaatatagta 39654002  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  39654003 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggtccactaacacatttgttatttggacatccactattaatatttataaca 39654086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 16675711 - 16675545
Alignment:
Q  44 agtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagt 143  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||   |||||||||||    
T  16675711 agtattcttattcacttatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatatagtagcttatgaattaagccc---aacctagtagt 16675617  T
Q  144 atggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16675616 atggcccactaacacatttgctatttggacattcactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 16675545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 197
Target Start/End: Original strand, 21178025 - 21178211
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaatag-gagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaata--ga 109  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||| ||  |||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||    
T  21178025 agagagaaggagaagaagagatactagagaaaagtattcttattcacttatgtgt--atctcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatataga 21178122  T
Q  110 gtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacact 197  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  21178123 gtagcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgccatttgaacatccactattaatatttataacact 21178211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Original strand, 28367071 - 28367163
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctat-ttgatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| |||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28367071 gcccaataagctaacaatatgatccaataactcaattgctatattgacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 28367163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 217
Target Start/End: Original strand, 30957704 - 30957779
Alignment:
Q  143 tatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30957704 tatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 30957779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 129
Target Start/End: Original strand, 2135850 - 2135902
Alignment:
Q  77 gttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagccc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||  |||||||||    
T  2135850 gttacaaatgagctctatttatatggaaatagattaacttatagactaagccc 2135902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 340269 - 340471
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  340269 agagagagagagaagaagagagaataggagaaatattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 340368  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  340369 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggctcaataacacatttgttatttggacatccgctattaatatttataacactcccccttggatgtc 340468  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  340469 cat 340471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 29185704 - 29185506
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  29185704 agagagaaggagaagaagaaagaatagaagcagtattcttattcactaatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 29185607  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| || ||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  29185606 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacattttctatttggacatccaatattaata---ataacactcccccttggatgtc 29185510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 29176725 - 29176544
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  29176725 agagagaaggagaagaagaaagaatagaagcagtattcttattcactaatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 29176628  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  29176627 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatgacccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 29176544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 31 - 195
Target Start/End: Original strand, 346521 - 346686
Alignment:
Q  31 agagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagccca 130  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  346521 agagaataggagaaatattcctattcactgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagctca 346620  T
Q  131 ataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  346621 ataacctagtagtatggctcaataacacatttgctatttggacatccgctattaatatttataaca 346686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8248292 - 8248091
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaatag-gagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagt 111  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||| ||  |||||||||||||||| |  |||  | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8248292 agagagaaggagaagaagagatactagagaaaagtattcttattcacttagatgt--aactcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagt 8248195  T
Q  112 agcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgt 210  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8248194 agcttatgaattaagcctaataatctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgt 8248095  T
Q  211 ccat 214  Q
    ||||    
T  8248094 ccat 8248091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 22822684 - 22822535
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22822684 tattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 22822588  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacact 197  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  22822587 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacact 22822535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 46 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 22826987 - 22826840
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22826987 tattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 22826891  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  22826890 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 22826840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 8242723 - 8242541
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaatag-gagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagt 111  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||| ||  |||||||||||||||| |  |||  | || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  8242723 agagagaaggagaagaagagatactagagaaaagtattcttattcacttagatgt--aactcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagt 8242626  T
Q  112 agcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||  ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  8242625 agcttatgaattaagcctaataatctagtaatatgacccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 8242541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 215
Target Start/End: Original strand, 25830376 - 25830566
Alignment:
Q  23 agaagaatagagaata-ggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaa 121  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||   ||||||  || |||| |||||| |||||||||||||| | ||||| | ||||||||| |    
T  25830376 agaagaagagagaataaggagaagtattcttattcactg--gtgtgtccctcaatgctacaaaggagctctatttatagggaaatataatagcttatgga 25830473  T
Q  122 ctaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    |||||||||| || ||||||| || | ||| ||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  25830474 ctaagcccaacaatctagtag-atagcccattaaccaatttgctatttggacatccactattaatatttataacact-ccccttgaatgtccatc 25830566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 195
Target Start/End: Original strand, 2068797 - 2068882
Alignment:
Q  111 tagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||| |||||| | | | |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  2068797 tagcttatggactaagcccaatcatctattagtatagcctattaactcatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 2068882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 25499121 - 25499033
Alignment:
Q  128 ccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    ||||||| ||| |||||||  ||||||||  | ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25499121 ccaataagctaatagtatgacccaataacctaattgctatatggacatccacttataatattcataacactcccccttggatgtccatc 25499033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 32148498 - 32148454
Alignment:
Q  173 atccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32148498 atccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 32148454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 143 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 42208945 - 42208874
Alignment:
Q  143 tatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtcca 213  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42208945 tatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtcca 42208874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 215
Target Start/End: Original strand, 558010 - 558052
Alignment:
Q  173 atccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  558010 atccacttataatattcataacactcccccttggatgtccatc 558052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 126 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 16648492 - 16648403
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  16648492 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacattcccccttggatgtccat 16648403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 126 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 17622853 - 17622764
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  17622853 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacattcccccttggatgtccat 17622764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 58122 - 57939
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||  | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  58122 agagagaaggagaagaagagataataggaacaatattcttattcaataatgtgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagta 58023  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  58022 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 57939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 30714193 - 30714393
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30714193 agagagaatgagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 30714290  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714291 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacaattgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 30714390  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  30714391 cat 30714393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Original strand, 30721970 - 30722170
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30721970 agagagaatgagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagta 30722067  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 211  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30722068 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacaattgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtc 30722167  T
Q  212 cat 214  Q
    |||    
T  30722168 cat 30722170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 13 - 195
Target Start/End: Original strand, 30727578 - 30727759
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  30727578 agagagaatgagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtatatc--aatgttacaaatgagctctatttttaggaaaatatagta 30727675  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  30727676 gcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 30727759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 46 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 37209859 - 37209692
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37209859 tattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 37209763  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37209762 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 37209692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 46 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 21247821 - 21247656
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21247821 tattcttattcacta--gtctgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 21247727  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21247726 ggtccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 21247656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 74 - 215
Target Start/End: Original strand, 27679662 - 27679803
Alignment:
Q  74 aatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gat 172  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||     
T  27679662 aatgttacaaattagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggac 27679760  T
Q  173 atccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27679761 atccaatattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 27679803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 37204382 - 37204233
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37204382 tattcttattcactgatgtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 37204286  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacact 197  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  37204285 ggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacact 37204233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 46 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 21241317 - 21241172
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21241317 tattcttattcacta--gtctgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 21241223  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  21241222 ggtccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 21241172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 74 - 195
Target Start/End: Original strand, 27683444 - 27683565
Alignment:
Q  74 aatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gat 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||     
T  27683444 aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtaacttatgaactaaacccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggac 27683542  T
Q  173 atccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  27683543 atccaatattaatatttataaca 27683565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 90 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 26197002 - 26196877
Alignment:
Q  90 tctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatt 188  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||  |||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  26197002 tctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcccataaacctatttgctatttgaacatccactattaatatt 26196903  T
Q  189 tataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||    
T  26196902 tataacacccccccttgaatgtccat 26196877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 170
Target Start/End: Original strand, 24042835 - 24042987
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaata-ggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagt 111  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| | |||| | ||||||||||||      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||    
T  24042835 agagagaagaagaagaaaagagaacaaggagaaatattcttattca------tgtgtattttaatgttacatatgagctctatttatagagaaatagagt 24042928  T
Q  112 agcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg 170  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  24042929 agcttatgaactaagcccaataatctaatattatggcccattaacacatttgttatttg 24042987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 103 - 195
Target Start/End: Original strand, 26196996 - 26197089
Alignment:
Q  103 aaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |  |||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  26196996 aaatagaaaagcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcctataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 26197089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 12756300 - 12756344
Alignment:
Q  173 atccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12756300 atccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 12756344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 16 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 14203 - 14006
Alignment:
Q  16 gagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagct 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  14203 gagaaggagaagaagagagaataggagcagtattcttattcactgatgtgtctctc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagct 14106  T
Q  116 tatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14105 tatgaactaagctcaataacctagtagtatggctcactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccat 14006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 22 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 9496 - 9323
Alignment:
Q  22 gagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaa 121  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9496 gagaagaagagagaataggagaaatattcttattca-tgatgtgtgtatcccaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaa 9398  T
Q  122 ctaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  9397 ctaagcccaataacctagtagtatggcccaataatacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 9323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 2e-54; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 18738749 - 18738573
Alignment:
Q  18 gaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagctta 117  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||| | |||| | ||  |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  18738749 gaaggagaagaagagaaaataggagcagtattcttatttactgacgtgtctctc--aatgttacaaatgagctctatttataggtaaatagagtagctta 18738652  T
Q  118 tgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  18738651 tgaactaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 18738573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 23427627 - 23427462
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23427627 tattcttattaacta--gtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 23427533  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23427532 ggtccactaacacatttgctatttggacatcaaatattaatatttataacactcccccttggatgtccatc 23427462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 22 - 195
Target Start/End: Original strand, 33660877 - 33661052
Alignment:
Q  22 gagaagaatagagaata-ggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatga 120  Q
    |||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33660877 gagaagaagagagaataaggagaaatattcttattcaccgatgtgtgtatctcaatgttacaaatgaactctatttataagaaaatagagtagcttatga 33660976  T
Q  121 actaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||  |||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  33660977 actaagcccaataacctagtaatatggcccataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 33661052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 46 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 23421781 - 23421636
Alignment:
Q  46 tattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtat 145  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23421781 tattcttattaacta--gtgtgtatc--aatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtaacttatgaactaagcccaa-aacctagtagtat 23421687  T
Q  146 ggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataaca 195  Q
     ||||| ||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||    
T  23421686 agtccactaacacatttgctatttggacatcaaatattaatatttataaca 23421636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 14855989 - 14855914
Alignment:
Q  143 tatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14855989 tatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 14855914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 182 - 214
Target Start/End: Original strand, 19441313 - 19441345
Alignment:
Q  182 taatatttataacactcccccttggatgtccat 214  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19441313 taatattcataacactcccccttggatgtccat 19441345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0258 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0258
Description:

Target: scaffold0258; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 193
Target Start/End: Original strand, 6256 - 6435
Alignment:
Q  13 agagagaaggagaagaatagagaataggagtagtattcttattcactaatgtgtgtatcttaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagta 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||  |   ||  | |||||||| |||| |||||||| | | ||||||||||    
T  6256 agagagaaggagaagaagagagaataggagcaatattcttattcactgatgcatcactc--actgttacaattgagttctatttacagggaaatagagta 6353  T
Q  113 gcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctattt-gatatccactattaatatttataa 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||| | |||  ||   ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  6354 gcttatgaactaagcccaataacctattcgtatagcccataaatttatttgctatttggacatccactgttaatatttataa 6435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 217
Target Start/End: Original strand, 345761 - 345853
Alignment:
Q  126 gcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttg-atatccactattaatatttataacactcccccttggatgtccatctc 217  Q
    ||||||||| |||  | |||| ||||||||| || ||||||| || | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  345761 gcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacttgtaatattcataacactcccccttggatgtccatctc 345853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University