View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7793_high_4 (Length: 507)

Name: NF7793_high_4
Description: NF7793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7793_high_4
NF7793_high_4
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (10-507)||(5725119-5725616)
chr6 (10-438)||(4365754-4366188)
chr6 (11-504)||(4370088-4370581)
chr6 (33-220)||(4414164-4414352)
chr6 (369-507)||(4414493-4414630)
chr6 (80-257)||(4360539-4360716)
chr6 (17-189)||(4390245-4390417)
chr6 (374-507)||(4377241-4377374)
chr6 (285-507)||(4360289-4360514)
chr6 (374-507)||(4384814-4384947)
chr6 (374-507)||(4389924-4390057)
chr6 (17-189)||(4377562-4377734)
chr6 (17-189)||(4385132-4385304)
chr6 (380-432)||(21031588-21031640)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (374-426)||(15658701-15658753)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 507
Target Start/End: Original strand, 5725119 - 5725616
Alignment:
Q  10 gagagaagaagcatgtcgagctattgcaaggtttttctacaacaatgtcatacggcttgatgcggtaaagagtgatgaatttattactatgtgtgatatg 109  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5725119 gagagaagaagcatgtcaagctattgcaaggtttttctacaacaatgtcatacggcttgatgcggtaaagagtgatgaatttattactatgtgtgatatg 5725218  T
Q  110 gtttcaaaacatggtgtagggtttaagccaccgtctttcgatgagattaaagggaaatatttgacggatgaagttgagtttacaatggaagctttggcag 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5725219 gtttcaaaacatggtgtagggtttaagccaccgtctttcgatgagattaaagggaaatatttgacggatgaagttgagtttacaatggaagctttggcag 5725318  T
Q  210 aacatagagctgtgtggaagataacaggttgcaccataatggtcgatgactggtatgatgagaaggagtttagggacatactaaacttcttcgtaaacag 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5725319 aacatagagctgtgtggaagataacaggttgcaccataatggtcgatgactggtatgatgagaaggagtttagggacatactaaacttcttcgtaaacag 5725418  T
Q  310 tccaaagggaacattctttttgaagtctgttgaatcagctgatataagttcacctgaagaactatttaagatgatggatgacattgttgaagaagttggg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5725419 tccaaagggaacattctttttgaagtctgttgaatcagctgatataagttcacctgaagaactatttaagatgatggatgacattgttgaagaagttggg 5725518  T
Q  410 gaagaaaatgttgtccaaattgtgacggacagtgcaacatgctatgaaaaggctggtgagatgttgatgaagaaaaggactaggttgtattggacacc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5725519 gaagaaaatgttgtccaaattgtgacggacagtgcaacatactatgaaaaggctggtgagatgttgatgaagaaaaggactaggttgtattggacacc 5725616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 4366188 - 4365754
Alignment:
Q  10 gagagaagaagcatgtcgagctattgcaaggtttttctacaacaatgtcatacggcttgatgcggtaaagagtgatgaatttattactatgtgtgatatg 109  Q
    |||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||   |||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| ||    
T  4366188 gagagaggaagcatgtcaagtgattgcaaggtttttctacaacaatgccataccgtttacagcggcaaagagtgatgaatttaaaactatgtttgatttg 4366089  T
Q  110 gtttcaaaacatggtgtagggtttaagccaccgtctttcgatgagattaaagggaaatatttgacggatgaagttgagtttacaatggaagctttggcag 209  Q
    ||||||| ||| || ||||| ||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||  |    
T  4366088 gtttcaagacaaggcgtaggatttaatccaccgtcttatgatgagattagagggaaatatttgacggatgaagttaagttgacaaatgaagctttggagg 4365989  T
Q  210 aacatagagctgtgtggaagataacaggttgcaccataatggtcgatgactggtatga---tgagaaggagtttagggacatactaaacttcttcgtaaa 306  Q
    ||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||||| ||||  | |  |||   ||| | ||||  ||||  |||||||||||  || || ||    
T  4365988 aacatagagctatatggaaagtaacaggttgcaccataatggttgatggatcggctgacagtgacacggagagtaggaccatactaaactggttagtgaa 4365889  T
Q  307 cagtccaaagggaacattctttttgaagtctgttgaatcagctgatat-----aagttcacctgaagaactatttaagatgatggatgacattgttgaag 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |  |||||||     ||  || |||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  4365888 cagtccaaagggaacattctttttgaagtctattgatgcgtctgatatgttggaa--tcgcctgagaaactctttaagatgatggatgacgttgttgaag 4365791  T
Q  402 aagttggggaagaaaatgttgtccaaattgtgacgga 438  Q
    | |||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  4365790 aggttggggaagaaaatgctgtccacattgtgacgga 4365754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 4370581 - 4370088
Alignment:
Q  11 agagaagaagcatgtcgagctattgcaaggtttttctacaacaatgtcatacggcttgatgcggtaaagagtgatgaatttattactatgtgtgatatgg 110  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||  |||| | |||||||||||||||  ||||||| |||| |||    
T  4370581 agagaggaagcatgtcaagcgattgcaaggtttttctacaacaatgccataccgtttgcagcggcacagagtgatgaatttaaaactatgtttgatttgg 4370482  T
Q  111 tttcaaaacatggtgtagggtttaagccaccgtctttcgatgagattaaagggaaatatttgacggatgaagttgagtttacaatggaagctttggcaga 210  Q
    |||||| ||| || | ||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| |||    
T  4370481 tttcaagacaaggcgaaggatttaagccaccgtcttatgatgagattagagggaaatatttgacggatgaagttaagttgacaaatgaagctttggaaga 4370382  T
Q  211 acatagagctgtgtggaagataacaggttgcaccataatggtcgatgactggtatgatg-agaaggagtttagggacatactaaacttcttcgtaaacag 309  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  | |  ||| | |||  |||  ||||  |||| ||||||| || || |||||    
T  4370381 acatagagctatgtggaaggtaacaggttgcaccataatggttgatggatcggttgacgcaga--gag--taggaccataataaacttgttagtgaacag 4370286  T
Q  310 tccaaagggaacattctttttgaagtctgttgaatcagctgatat-----aagttcacctgaagaactatttaagatgatggatgacattgttgaagaag 404  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||     ||  || |||||  |||| |||  |||  ||||  ||||||||||||| |    
T  4370285 tccaaacggaacattctttttgaagtctattgatgcaactgatatgttggaa--tcgcctgacaaactctttcggattttggacaacattgttgaagagg 4370188  T
Q  405 ttggggaagaaaatgttgtccaaattgtgacggacagtgcaacatgctatgaaaaggctggtgagatgttgatgaagaaaaggactaggttgtattggac 504  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||    |   | |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  4370187 ttggagaagaaaatgttgtccaaattgtgacggacaatacaccattctgcagagctgttggtgagatgttgatggagaaaagaactaggctgtattggac 4370088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 33 - 220
Target Start/End: Original strand, 4414164 - 4414352
Alignment:
Q  33 ttgcaaggtttttctacaacaatgtcatacggcttgatgcggtaaagagtgatgaatttattactatgtgtgatatggtttcaaaacatggtgtagggtt 132  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||  |||| ||    
T  4414164 ttgcaaggtttttctacaacaatgacataccgcttgatgcggtaaagagtgatgagtttattactatgtgtcagttggtttcaagacatgggttaggatt 4414263  T
Q  133 taagccaccgtctttcgatgagatt-aaagggaaatatttgacggatgaagttgagtttacaatggaagctttggcagaacatagagct 220  Q
    |  |||||| ||||| |||||  || ||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4414264 tgtgccaccttcttttgatgaccttaaaagggaaatatttggcggaagaagttaagttgacaaaggaagctttggtagaacatagagct 4414352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 369 - 507
Target Start/End: Original strand, 4414493 - 4414630
Alignment:
Q  369 aactatttaagatgatggatgacattgttgaagaagttggggaagaaaatgttgtccaaattgtgacggacagtgcaacatgctatgaaaaggctggtga 468  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| | |||  ||   ||||||||    
T  4414493 aactctttaagatgatggatgaaattgtagaagaggttggg-aagaaaatgttgtccaaattgtgacagacaatacaacctactacaaagttgctggtga 4414591  T
Q  469 gatgttgatgaagaaaaggactaggttgtattggacacc 507  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  4414592 gatgtagatggtgaaaaggactaggttgtattggacacc 4414630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 80 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 4360716 - 4360539
Alignment:
Q  80 agtgatgaatttattactatgtgtgatatggtttcaaaacatggtgtagggtttaagccaccgtctttcgatgagattaaagggaaatatttgacggatg 179  Q
    |||||||||||||  || ||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||   |||  ||| |||  | ||||||||||  |||| |    
T  4360716 agtgatgaatttaagacaatgtgtgatttggtttcaagacatggcgtaggatttaagccaccggggttctttgatattggatggaaatattttccggaag 4360617  T
Q  180 aagttgagtttacaatggaagctttggcagaacatagagctgtgtggaagataacaggttgcaccataatggtcgatg 257  Q
    || || |||| || |  |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  4360616 aaattaagttgacgaatgaagttttggaagaacatagagctatgtggaagatcacaggttgcagcataatggtcgatg 4360539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4390417 - 4390245
Alignment:
Q  17 gaagcatgtcgagctattgcaaggtttttctacaacaatgtcatacggcttgatgcggtaaagagtgatgaatttattactatgtgtgatatggtttcaa 116  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||| | |  | ||||| |||||| | || ||| |||  ||||||||||||||||| |    
T  4390417 gaagcgtgtcgagcgattgcgaggtttttctacaacaatgcaataccgatgaaggcggtgaagagtaaggagtttgttagaatgtgtgatatggtttcga 4390318  T
Q  117 aacatggtgtagggtttaagccaccgtctttcgatgagattaaagggaaatatttgacggatgaagttgagtt 189  Q
     |  |||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||    
T  4390317 gatgtggtgtagggtttgtgccgccgtcttttgatgagattaaagggaagtatttgagggaagaagttaagtt 4390245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 374 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 4377374 - 4377241
Alignment:
Q  374 tttaagatgatggatgacattgttgaagaagttggggaagaaaatgttgtccaaattgtgacggacagtgcaacatgctatgaaaaggctggtgagatgt 473  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | | | || |  |   ||   |||||||||||||    
T  4377374 tttaagatgatggatgatgttgttgaagaggttggggaagaaaatgttgttcaagttgtaacggataatacgacttatttcaaagctgctggtgagatgt 4377275  T
Q  474 tgatgaagaaaaggactaggttgtattggacacc 507  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  4377274 tgatggagaagaggactaggttgtattggacacc 4377241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 285 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 4360514 - 4360289
Alignment:
Q  285 acatactaaacttcttcgtaaacagtccaaagggaacattctttttgaagtctgttgaatcagctgatataagtt-----cacctgaagaactatttaag 379  Q
    ||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |  |||||||  |||     |  ||||  |||| |||||     
T  4360514 acatactaaacttgttactgaacagtccaaagggaacattctttttgaagactattgatgcgtctgatat--gttggaatcgtctgagaaactctttaaa 4360417  T
Q  380 atgatggatgacattgttgaagaagttggggaagaaaatgttgtccaaattgtgacggacagtgcaacatgctatgaaaaggctggtgagatgttgatga 479  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||||   | || ||| ||||| |   || | || ||||||||||     
T  4360416 atgatggatgacgttgttgaagaggttggggaagaaaatgttgtccacgttgtaacggaatatacaccatactatgtagctgccgctgggatgttgatgg 4360317  T
Q  480 agaaaaggactaggttgtattggacacc 507  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||    
T  4360316 cgaaaaggactaggctgtattggacacc 4360289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 374 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 4384947 - 4384814
Alignment:
Q  374 tttaagatgatggatgacattgttgaagaagttggggaagaaaatgttgtccaaattgtgacggacagtgcaacatgctatgaaaaggctggtgagatgt 473  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | | |  | |  |   ||   |||||||||||||    
T  4384947 tttaagatgatggatgatgttgttgaagaggttggggaagaaaatgttgttcaagttgtcacggataatacggcttatttcaaagctgctggtgagatgt 4384848  T
Q  474 tgatgaagaaaaggactaggttgtattggacacc 507  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  4384847 tgatggagaagaggactaggttgtattggacacc 4384814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 374 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 4390057 - 4389924
Alignment:
Q  374 tttaagatgatggatgacattgttgaagaagttggggaagaaaatgttgtccaaattgtgacggacagtgcaacatgctatgaaaaggctggtgagatgt 473  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| | | |  |||  |    |   |||||||||||||    
T  4390057 tttaagatgatggatgatgttgttgaagaggttggtgaagaaaatgttgttcaagttgtgacggataatacggcatatttcagagctgctggtgagatgt 4389958  T
Q  474 tgatgaagaaaaggactaggttgtattggacacc 507  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  4389957 tgatggagaagaggactaggttgtattggacacc 4389924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4377734 - 4377562
Alignment:
Q  17 gaagcatgtcgagctattgcaaggtttttctacaacaatgtcatacggcttgatgcggtaaagagtgatgaatttattactatgtgtgatatggtttcaa 116  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||   |  | ||||| ||||||   || ||| ||   ||||||||||||||||| |    
T  4377734 gaagcgtgtcgagcgattgcgaggtttttctacaacaatttaataccaatgaaggcggtgaagagtatggagtttgttcgaatgtgtgatatggtttcga 4377635  T
Q  117 aacatggtgtagggtttaagccaccgtctttcgatgagattaaagggaaatatttgacggatgaagttgagtt 189  Q
     |  |||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||    
T  4377634 gatgtggtgtagggtttgtgccgccgtcttttgatgagattaaagggaagtatttgagggaagaagttaagtt 4377562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4385304 - 4385132
Alignment:
Q  17 gaagcatgtcgagctattgcaaggtttttctacaacaatgtcatacggcttgatgcggtaaagagtgatgaatttattactatgtgtgatatggtttcaa 116  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||| | |  | ||||| ||||||   || ||| ||   ||||||| ||||||||| |    
T  4385304 gaagcgtgtcgagcgattgcgaggtttttctacaacaatgcaataccgatgaaggcggtgaagagtatggagtttgttcaaatgtgtgctatggtttcga 4385205  T
Q  117 aacatggtgtagggtttaagccaccgtctttcgatgagattaaagggaaatatttgacggatgaagttgagtt 189  Q
     |  |||||||||||||  ||| || ||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||| ||||    
T  4385204 gatgtggtgtagggtttgtgccgccatcttttgatgagattagagggaagtatttgagggaagaagttaagtt 4385132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 380 - 432
Target Start/End: Original strand, 21031588 - 21031640
Alignment:
Q  380 atgatggatgacattgttgaagaagttggggaagaaaatgttgtccaaattgt 432  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||  |||||||||||||||| |||||    
T  21031588 atgatggatgacaatgttgaggaagtgggtcaagaaaatgttgtccacattgt 21031640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 374 - 426
Target Start/End: Original strand, 15658701 - 15658753
Alignment:
Q  374 tttaagatgatggatgacattgttgaagaagttggggaagaaaatgttgtcca 426  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||  |||| |||||||||||||||||    
T  15658701 tttaagatgattgatgatgttgttgaagagattggagaagaaaatgttgtcca 15658753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University