View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7795_low_2 (Length: 577)

Name: NF7795_low_2
Description: NF7795
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7795_low_2
NF7795_low_2
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (8-345)||(15601209-15601546)
chr2 (49-561)||(15654262-15654772)
chr2 (73-557)||(15493474-15493958)
chr2 (64-561)||(15645210-15645707)
chr2 (64-557)||(15533813-15534306)
chr2 (49-551)||(15624595-15625095)
chr2 (64-557)||(15517300-15517793)
chr2 (341-561)||(15591792-15592012)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 8 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 15601546 - 15601209
Alignment:
Q  8 attatactacataaatttaacaccgattccttatatatatctattttacttaacatatataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctg 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601546 attatactatataaatttaacaccgattccttttatatatctattttacttaacatatataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctg 15601447  T
Q  108 ccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggctttactgcacaagaagtcttctcaaaagagcatcaaaatctaagagaaaatgcagagtcatggatga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601446 ccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggccttactgcacaagaagtcttctcaaaagagcatcaaaaactaagagaaaatgcagagtcatggatga 15601347  T
Q  208 agaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcaactgtcattgctactggagtgttcgctgctgcaactactgtaccaggcggtaccaatgacacaggaaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  15601346 agaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcagccgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactgtaccaggcggtatcgatgacacaggaaa 15601247  T
Q  308 accaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttg 345  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15601246 accaaattatttgaagaaaccatcatttttggtgtttg 15601209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 49 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 15654772 - 15654262
Alignment:
Q  49 tattttacttaacatatataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggctttactgc 148  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15654772 tattttacttaacgtatata--cattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgc 15654675  T
Q  149 acaagaagtcttctcaaaagagcatcaaaatctaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcaactgtcatt 248  Q
    ||||||  | |||||||  |||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15654674 acaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcatt 15654575  T
Q  249 gctactggagtgttcgctgctgcaactactgtaccaggcggtaccaatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaa 348  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  15654574 gctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaa 15654475  T
Q  349 tatcagatgcacttgcattcatctcatcttcgacaacgttgttgattttcttgtctattcttgtctcgcggtatggagagtatgacttctataaatcact 448  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15654474 tatcagatgcatctgcattcatctcatctgcgactgcgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcatt 15654375  T
Q  449 gccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataatatactaccatgct 548  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||| |||||||||||| |    
T  15654374 gcctttaaagctaatatgtggattggtcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcatagtatactaccatggt 15654275  T
Q  549 tcggtgtgggttc 561  Q
    | | |||||||||    
T  15654274 ttgatgtgggttc 15654262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 73 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 15493958 - 15493474
Alignment:
Q  73 ttttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggctttactgcacaagaagtcttctcaaaagagca 172  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    | ||||||  ||| | | |||||| ||||| | ||||| || |||||    
T  15493958 ttttcgtatgatagaaagtaaagaagataatgttgccagcacaaattaagtcaaaaaactccaaagacatgactgcagaagaactgttctcgaatgagca 15493859  T
Q  173 tcaaaatctaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcaactgtcattgctactggagtgttcgctgctgca 272  Q
    | |||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15493858 tgaaaaactaagggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgccgagtcttgtatgctaatttcaacagtcattgctactggagtgttcgctgctgca 15493759  T
Q  273 actactgtaccaggcggtaccaatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcacttgcattcatct 372  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||    
T  15493758 actactttaccaggtggtaccgatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcagacacatttgcatttatct 15493659  T
Q  373 catcttcgacaacgttgttgattttcttgtctattcttgtctcgcggtatggagagtatgacttctataaatcactgccttcaaagctaatatttggatt 472  Q
    || |||||||  || | ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15493658 cagcttcgaccgcgatattgatattcttgtctattcttgtatcgcgttatcgagagtatgacttctataaatcactgcctttaaagctaatatttggatt 15493559  T
Q  473 cagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataatatactaccatgcttcggtgtgg 557  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  15493558 gatcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcattaagtacttccttcttcataatatactaccatggttcgatgtgg 15493474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 64 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 15645707 - 15645210
Alignment:
Q  64 atataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggctttactgcacaagaagtcttctc 163  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||    
T  15645707 atatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctc 15645608  T
Q  164 aaaagagcatcaaaatctaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcaactgtcattgctactggagtgttc 263  Q
    ||  |||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  15645607 aattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaacggccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgttt 15645508  T
Q  264 gctgctgcaactactgtaccaggcggtaccaatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcacttg 363  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  15645507 gctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatctg 15645408  T
Q  364 cattcatctcatcttcgacaacgttgttgattttcttgtctattcttgtctcgcggtatggagagtatgacttctataaatcactgccttcaaagctaat 463  Q
    |||||||||||||| ||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  15645407 cattcatctcatctgcgactgcgatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagtatgacttctataaatcattgcctttaaagctaat 15645308  T
Q  464 atttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataatatactaccatgcttcggtgtgggttc 561  Q
    || ||||||   ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  |||||| ||| |||||||||||| ||||  ||||||||    
T  15645307 atgtggattggtcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttctttatagtatactaccatggttcgacgtgggttc 15645210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 64 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 15534306 - 15533813
Alignment:
Q  64 atataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggctttactgcacaagaagtcttctc 163  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||| |||||||||||  | |||||    
T  15534306 atatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgttgccagcacaaataaagttgaaaaactctgaacgcttgactgcacaagagttattctc 15534207  T
Q  164 aaaagagcatcaaaatctaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcaactgtcattgctactggagtgttc 263  Q
    ||| ||||||  ||| ||||| ||  |||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  15534206 aaatgagcatgcaaaactaagggaggatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcatgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggagtgttc 15534107  T
Q  264 gctgctgcaactactgtaccaggcggtaccaatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcacttg 363  Q
    |||||||||  |||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||| |||| || |||||||||| ||||||| ||||||||||  ||    
T  15534106 gctgctgcagttactttaccaggtggtaccgatgacaccggaaaaccaaactagttgacgaaaacaccattcttggtatttgcaacatcagatgcatctg 15534007  T
Q  364 cattcatctcatcttcgacaacgttgttgattttcttgtctattcttgtctcgcggtatggagagtatgacttctataaatcactgccttcaaagctaat 463  Q
    ||||||| |||||||||||  |  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15534006 cattcatttcatcttcgaccgccatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagcgcgatttctataaatcactgcctttaaagctaat 15533907  T
Q  464 atttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataatatactaccatgcttcggtgtgg 557  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  15533906 atttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatgatagcacttagcagttccttcttcataacatactaccatggttcgatgtgg 15533813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 49 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 15625095 - 15624595
Alignment:
Q  49 tattttacttaacatatataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggctttactgc 148  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  15625095 tattttacttaacatatata--cattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctggacagataaagatgagaaactctgaaggctttacagc 15624998  T
Q  149 acaagaagtcttctcaaaagagcatcaaaatctaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcaactgtcatt 248  Q
    ||||||  | |||||||  |||||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15624997 acaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaaacgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcatt 15624898  T
Q  249 gctactggagtgttcgctgctgcaactactgtaccaggcggtaccaatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaa 348  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  | ||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  15624897 gctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgattctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaa 15624798  T
Q  349 tatcagatgcacttgcattcatctcatcttcgacaacgttgttgattttcttgtctattcttgtctcgcggtatggagagtatgacttctataaatcact 448  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  || | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15624797 tatcagatgcatttgcattcatctcatctgcgaccgcgatattgattttcttgtcgattcttgtctcacgttatggagagtacgacttctataaatcact 15624698  T
Q  449 gccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataatatactaccatgct 548  Q
     |||| ||| ||||||| |||||| | |||||||   ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||| ||||| |    
T  15624697 acctttaaaactaatatctggattgatcacattagctatctccgcaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttcataatatacttccatggt 15624598  T
Q  549 tcg 551  Q
    |||    
T  15624597 tcg 15624595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 64 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 15517793 - 15517300
Alignment:
Q  64 atataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggctttactgcacaagaagtcttctc 163  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||   || ||||||  ||||| | |||||| ||||| | |||||    
T  15517793 atatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgcccgcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgttctc 15517694  T
Q  164 aaaagagcatcaaaatctaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcaactgtcattgctactggagtgttc 263  Q
    ||| |||||| |||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  15517693 aaatgagcatgaaaaactaagggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggagtgttc 15517594  T
Q  264 gctgctgcaactactgtaccaggcggtaccaatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcacttg 363  Q
    |||||||||  |||| ||||||| |||| | || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||    
T  15517593 gctgctgcagttactttaccaggtggtatcgataacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggggtttgcaatatcagatgcatctg 15517494  T
Q  364 cattcatctcatcttcgacaacgttgttgattttcttgtctattcttgtctcgcggtatggagagtatgacttctataaatcactgccttcaaagctaat 463  Q
    | ||||| |||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  15517493 cgttcatttcatcttcgacagccatattgattttcttgtctattcttgtctcgcgttatggagagcgtgacttctataaatcactacctttaaagctaat 15517394  T
Q  464 atttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataatatactaccatgcttcggtgtgg 557  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  | |||||||| |||| |||||    
T  15517393 atttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcacttagcagttccttcttcataaccttctaccatggttcgatgtgg 15517300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 341 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 15592012 - 15591792
Alignment:
Q  341 gtttgcaatatcagatgcacttgcattcatctcatcttcgacaacgttgttgattttcttgtctattcttgtctcgcggtatggagagtatgacttctat 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15592012 gtttgcaatatcagatgcacttgcatttatctcatcttcgacaacattgttgatattcttgtctattcttgtctcgcggtatggagagtatgacttctat 15591913  T
Q  441 aaatcactgccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataatatact 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15591912 aaatcactgccttcaaagctaatatttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataatatact 15591813  T
Q  541 accatgcttcggtgtgggttc 561  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  15591812 accatgcttcggtgtgggttc 15591792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University