View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7800_high_28 (Length: 250)

Name: NF7800_high_28
Description: NF7800
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7800_high_28
NF7800_high_28
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (16-250)||(2887222-2887456)
chr6 (16-250)||(2888944-2889178)
chr6 (24-242)||(24509439-24509661)
chr6 (24-250)||(24509066-24509296)
chr6 (53-250)||(21275538-21275739)
chr6 (24-242)||(21937306-21937528)
chr6 (86-250)||(20752356-20752524)
chr6 (25-242)||(21936926-21937147)
chr6 (84-183)||(12909425-12909524)
chr6 (84-183)||(12934532-12934631)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (24-250)||(32429521-32429752)
chr4 (24-250)||(18716222-18716453)
chr4 (24-250)||(18736895-18737126)
chr4 (24-250)||(30020088-30020318)
chr4 (24-244)||(18670577-18670802)
chr4 (46-250)||(35095786-35095994)
chr4 (24-235)||(3415405-3415620)
chr4 (83-250)||(35090710-35090881)
chr4 (28-235)||(3424953-3425164)
chr4 (53-242)||(14646514-14646707)
chr4 (84-250)||(34279729-34279900)
chr4 (58-242)||(47071178-47071366)
chr4 (53-148)||(34128560-34128655)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (24-250)||(2022695-2022930)
chr5 (24-183)||(43378173-43378332)
chr5 (46-250)||(39908716-39908924)
chr5 (53-250)||(39903610-39903811)
chr5 (46-250)||(9872662-9872870)
chr5 (52-250)||(9877777-9877979)
chr5 (53-250)||(13556543-13556744)
chr5 (19-183)||(35369211-35369375)
chr5 (85-247)||(25183891-25184061)
chr5 (83-152)||(4553658-4553727)
chr5 (186-242)||(35369137-35369192)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (24-250)||(25953397-25953627)
chr8 (46-250)||(26982114-26982322)
chr8 (52-250)||(14318853-14319055)
chr8 (46-250)||(14315149-14315357)
chr8 (46-250)||(34107987-34108195)
chr8 (83-250)||(26987227-26987398)
chr8 (83-250)||(43957087-43957258)
chr8 (58-242)||(18608874-18609062)
chr8 (52-250)||(10341195-10341396)
chr8 (53-184)||(18884829-18884960)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (55-250)||(42779950-42780150)
chr2 (63-250)||(16284211-16284403)
chr2 (52-250)||(17720764-17720966)
chr2 (50-235)||(39196125-39196314)
chr2 (83-250)||(45120181-45120352)
chr2 (53-250)||(14917620-14917821)
chr2 (24-156)||(716097-716229)
chr2 (125-250)||(30283679-30283808)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (24-250)||(48366289-48366519)
chr1 (46-250)||(28598067-28598275)
chr1 (24-242)||(44524265-44524486)
chr1 (26-235)||(21431918-21432131)
chr1 (27-242)||(35624756-35624975)
chr1 (51-233)||(43358514-43358700)
chr1 (53-250)||(28574062-28574263)
chr1 (87-250)||(3465272-3465439)
chr1 (83-250)||(13654130-13654301)
chr1 (24-183)||(10186885-10187044)
chr1 (24-250)||(29681327-29681556)
chr1 (89-250)||(19310626-19310790)
chr1 (58-183)||(16050976-16051101)
chr1 (83-242)||(1187622-1187786)
chr1 (67-233)||(17415440-17415610)
chr1 (149-248)||(49053893-49053996)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (49-250)||(8458072-8458277)
chr3 (46-250)||(5458250-5458458)
chr3 (53-250)||(5481726-5481927)
chr3 (46-250)||(8464508-8464716)
chr3 (46-250)||(10586420-10586628)
chr3 (46-250)||(10673176-10673384)
chr3 (46-250)||(31076640-31076848)
chr3 (83-250)||(6853190-6853361)
chr3 (51-250)||(10591533-10591736)
chr3 (83-250)||(10678291-10678462)
chr3 (24-250)||(29827164-29827395)
chr3 (52-250)||(1302483-1302685)
chr3 (52-250)||(31081745-31081947)
chr3 (53-250)||(4049572-4049773)
chr3 (49-250)||(6858293-6858498)
chr3 (46-250)||(4054699-4054907)
chr3 (46-250)||(33702838-33703046)
chr3 (58-250)||(33703070-33703265)
chr3 (28-230)||(49784233-49784440)
chr3 (83-173)||(20890856-20890946)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (46-250)||(12856547-12856755)
chr7 (52-250)||(26050785-26050987)
chr7 (52-250)||(26060144-26060346)
chr7 (46-250)||(26055892-26056100)
chr7 (46-250)||(26065251-26065459)
chr7 (24-250)||(5436768-5436998)
chr7 (53-250)||(14610129-14610330)
chr7 (53-242)||(4181627-4181820)
chr7 (53-249)||(11056390-11056590)
chr7 (76-240)||(35352539-35352707)
chr7 (46-224)||(14615188-14615370)
chr7 (53-250)||(12851439-12851640)
chr7 (89-242)||(37460087-37460243)
[»] scaffold0391 (2 HSPs)
scaffold0391 (50-247)||(16369-16570)
scaffold0391 (52-142)||(16276-16366)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (83-250)||(143891-144062)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (53-242)||(170583-170776)
[»] scaffold0223 (2 HSPs)
scaffold0223 (53-218)||(7247-7416)
scaffold0223 (186-250)||(2257-2320)
[»] scaffold0756 (1 HSPs)
scaffold0756 (53-154)||(3910-4011)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Original strand, 2887222 - 2887456
Alignment:
Q  16 atgatgaagatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggtt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2887222 atgatgaagatgaagtgtgcacatatattctaaatattgttgtatatcttgattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggtt 2887321  T
Q  116 atgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaattttattggatgcaataaggaatgaccggcgaa 215  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2887322 atgtatgtaaaactcaaagcgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaattttattggatgcaataaggaatgaccgacgaa 2887421  T
Q  216 tcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2887422 tcctcttcacgatactatgaattccttcacgtgta 2887456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Original strand, 2888944 - 2889178
Alignment:
Q  16 atgatgaagatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggtt 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2888944 atgatgaagatgaaatgtgcacatatattctaaatattgttgtatatcttgattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaatctggaaagtttaatggtt 2889043  T
Q  116 atgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaattttattggatgcaataaggaatgaccggcgaa 215  Q
    ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2889044 atgaatgtaaaactcaaagcgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaattttattggatgcaataaggaatgaccggcgaa 2889143  T
Q  216 tcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2889144 tcctcttcacgatactatgaattccttcacgtgta 2889178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 24 - 242
Target Start/End: Original strand, 24509439 - 24509661
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  24509439 gatgaagagtgcacaaaaatttcaaatattgttgtatatcttgattgttgggaagaggttgttgcacttgaaaccttaaaagtttaatggttatgcatgt 24509538  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     ||||||||| |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  24509539 aaaactcaaatcgcatggggttgccatactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataactatatattggatgcaat-aggaatgatcggcgaatcc 24509637  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
     |||||  ||||||||| ||||||    
T  24509638 ccttcataatactatgagttcctt 24509661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 24509296 - 24509066
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    |||||||| |||| ||| |||| ||| |||||| |||||||| |||||||  |||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  24509296 gatgaagtttgcaaataaatttcaaagattgttatatatcttgattgttgggaagaggctgctgcacttgaaacttcaaaagtttaatggttatgcatgt 24509197  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  24509196 aaaactcaaaacgcatggggttgccatactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataactatatattggatgcaat-aggaatgatcggcgaatcc 24509098  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
     |||||  ||||||||| |||||| |||||||    
T  24509097 ccttcataatactatgagttccttgacgtgta 24509066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Original strand, 21275538 - 21275739
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  21275538 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 21275637  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  21275638 taacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 21275736  T
Q  248 gta 250  Q
    |||    
T  21275737 gta 21275739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 242
Target Start/End: Original strand, 21937306 - 21937528
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||| ||||||||||| |||||||  ||||   || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |    
T  21937306 gatgaagtgtgcacataaattacaaagatttttgtatatcttgattgttgggaagagactgttgcacttgaaacctgaaaagtttaatggtaatgcatat 21937405  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     ||||||||| |||||||||||  || |||||| |||||| |||||||||||||||||||     | ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21937406 aaaactcaaagcgcatggggtttccatactaacctttaggctcgattcgcccccaccaataaccatatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatcc 21937504  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
     ||| |||||||||||| ||||||    
T  21937505 cctttaggatactatgagttcctt 21937528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 86 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 20752524 - 20752356
Alignment:
Q  86 tgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-- 183  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||| | |||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |||      
T  20752524 tgcacttgaaacctgaaatgtttaatgattatgcatgtaaaactcaaagcacatggggttgccatactaacctttaggttcgattcgcccccacaaataa 20752425  T
Q  184 ---tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
       | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  20752424 ctgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactacgagttccttgacgtgta 20752356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 25 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 21937147 - 21936926
Alignment:
Q  25 atgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgtt 124  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||| |||||| |||||||| |||||||  || | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||     
T  21937147 atgaagtgtacacataaatttcaaagattgttttatatcttgattgttgggaacaggttgctgcacttgaaactcgaaaagtttaatggttatgcatgta 21937048  T
Q  125 aaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcct 219  Q
    |||||||||  |||| |||||  || |||||| |||||| |||||||| ||||||||||     | |||| |||||||| |||||||  ||| ||||||     
T  21937047 aaactcaaagtgcatagggtttccatactaacctttaggctcgattcgtccccaccaataattgtatattagatgcaat-aggaatggtcggagaatccc 21936949  T
Q  220 cttcaggatactatgaattcctt 242  Q
    |||||| ||||||||| ||||||    
T  21936948 cttcagaatactatgagttcctt 21936926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 84 - 183
Target Start/End: Original strand, 12909425 - 12909524
Alignment:
Q  84 gctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat 183  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||||| |||||| |||| ||  ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12909425 gctgcacttaaaacctgaaaaaattaatcgttatgcatgtaaacttcaaagcgcatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaat 12909524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 84 - 183
Target Start/End: Original strand, 12934532 - 12934631
Alignment:
Q  84 gctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat 183  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| |||| ||  ||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12934532 gctgcacttaaaacctgaaaaaattaatcattatgcatgtaaacttcaaagcgcatggggttgccacactaacctttatgttcgattcgcccccaccaat 12934631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 32429752 - 32429521
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||| |||||||  |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32429752 gatgaagtgtgcacataaattctaaagattgtagtatatcttgattgttgggaagatgtggctgcacttgaaacctgaaaattttaatggttatgcatgt 32429653  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32429652 aaaactcaaagcgcatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 32429553  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
     |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  32429552 ccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 32429521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Original strand, 18716222 - 18716453
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||| ||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  18716222 gatgaagtgtgtacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggtaatgcatgt 18716321  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18716322 aaaactcaaagcgcatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataactatatattggatgcaataaagaatgaccggcgaatcc 18716421  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
     ||||||||||||| || ||| || |||||||    
T  18716422 ccttcaggatactaagagttctttgacgtgta 18716453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Original strand, 18736895 - 18737126
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||  |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  18736895 gatgaagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacttgaaaagtttaatggttatgcatgt 18736994  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     ||||||||| |||||| ||| | || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||     | |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18736995 aaaactcaaagcgcatgaggtagccaaactaacctttaggttcaattcgcccccaccaataactatatattagatgcaataaagaatgaccggcgaatcc 18737094  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
     |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  18737095 ccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 18737126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 30020318 - 30020088
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||| |||  |||||||||||| |||||| |||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  30020318 gatgaagtgtgcatataaattcaaaatattgttgtctatcttgattgttgagaagatgctgttgcacttgaaacctgaaaagttcaatggttatgcatgt 30020219  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     ||||||||| |||||||||||  || | |||| ||| ||||||||||||||||||||||     | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020218 aaaactcaaagcgcatggggttaccatattaaccttt-ggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 30020120  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
     |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  30020119 ccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 30020088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 244
Target Start/End: Original strand, 18670577 - 18670802
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||  |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18670577 gatgaagtgtgcacataaatttcaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagttgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgt 18670676  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgc-ccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatc 217  Q
     ||| ||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||     | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18670677 aaaattcaaagcgcatggagttgccacactaacctttaggttcgattcacaccccaccaataactatatattgaatgcaataaggaatgaccggcgaatc 18670776  T
Q  218 ctcttcaggatactatgaattccttca 244  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||    
T  18670777 c-cttcaggatactatgagttccttca 18670802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 35095786 - 35095994
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  35095786 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 35095885  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  35095886 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 35095984  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  35095985 ttgacgtgta 35095994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 24 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 3415620 - 3415405
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||    
T  3415620 gatgaagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgttgttgcacttgaaacctgaaaagtttaattatcatgcatgt 3415521  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     ||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||     | ||||||||| ||| ||||||||||  ||||||     
T  3415520 aaaactcaaagcgcatgggattgccacactaacctttaggttcaattcgcccccaccaataactgtatattggatgtaat-aggaatgaccaacgaatct 3415422  T
Q  219 tcttcaggatactatga 235  Q
     ||||||||||||||||    
T  3415421 ccttcaggatactatga 3415405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 83 - 250
Target Start/End: Original strand, 35090710 - 35090881
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||| | |||  | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35090710 tgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaatttaaagtgtatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaa 35090809  T
Q  183 t-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  35090810 taaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 35090881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 28 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 3425164 - 3424953
Alignment:
Q  28 aagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaa 127  Q
    ||||||||||||| |||  ||| | ||||||||||||| |||||||  ||||   || ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||  |||    
T  3425164 aagtgtgcacataaattccaaagaatgttgtatatcttgattgttgggaagattgtgttgcacttgaaacctgaaaagtttaattattatgcatgcaaaa 3425065  T
Q  128 ctcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctctt 222  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||| |||||||| | |||||||  |||    
T  3425064 ctcaaagcgcatgggattgtcacactaacctttaggttcgattctcccccaccaataactgaatattggatgcaat-aggaatgaacagcgaatctcctt 3424966  T
Q  223 caggatactatga 235  Q
     ||||||||||||    
T  3424965 taggatactatga 3424953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 53 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 14646707 - 14646514
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| |||||||| ||||||   | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | |||||||||  |||||    
T  14646707 tgttatatatcttgattgttaggatgaagctgctgcacttgaaatctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaacttaaagctcatggggtttccacac 14646608  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
    | || ||||||||||||| |||||||| |||     | ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  14646607 tgacctttaggttcgatttgcccccactaataactgtatattggatgcaat-aggaatgacccgcgaatcccctttaggatactatgagttcctt 14646514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 84 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 34279900 - 34279729
Alignment:
Q  84 gctgcacttgaaacctgaaaagttt-aatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa 182  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  34279900 gctgcacttgaaacctgaaacgttttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatgggattgtcacactaacctttagcttcgattcgcccccaccaa 34279801  T
Q  183 t-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |     | ||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||  ||||||||| || ||| |||||||    
T  34279800 taactgtatattgaatgcaat-aggaatgaccgacgattccccttcaaaatactatgagtttcttgacgtgta 34279729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 58 - 242
Target Start/End: Original strand, 47071178 - 47071366
Alignment:
Q  58 tatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcactt-gaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaac 156  Q
    |||| ||| ||||||  ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  47071178 tataacttgattgttagaaagatgttgttgcactttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacactaac 47071277  T
Q  157 atttaggttcgattcgcccc--caccaat--tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
     |||||||||||||| ||||  ||  |||  | |||| |||||||| | |||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  47071278 ctttaggttcgattcaccccatcaataattgtatatttgatgcaat-atgaatgaccagcgaatccccttcatgatactatgagttcctt 47071366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 53 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 34128655 - 34128560
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtc 148  Q
    |||| |||||||| |||||||  ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||| ||||||||    
T  34128655 tgttatatatcttgattgttgggaagagactgctgcacttgaaaccttaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagtgcatagggttgtc 34128560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Original strand, 2022695 - 2022930
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatct----taattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgt 119  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    | ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2022695 gatgaaatgtgcacataaatttcaaagattgttgtatatctatcttgattgttgtaaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgc 2022794  T
Q  120 atgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcga 214  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||     | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2022795 atgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccatactaacctttaggttccattcgcccccaccaataactgtatatttgatgcaataaggaatgaccggcga 2022894  T
Q  215 atcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  2022895 atccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 2022930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 183
Target Start/End: Original strand, 43378173 - 43378332
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  43378173 gatgaagtgtgcacataaatttcaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagaagttgctgcacttgaaacttgaaaagtttaatggttatgcatgt 43378272  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat 183  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  43378273 aaaactcaaagcgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgatttacccccaccaat 43378332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 39908716 - 39908924
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  39908716 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 39908815  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  39908816 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 39908914  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  39908915 ttgacgtgta 39908924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Original strand, 39903610 - 39903811
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  |||||| ||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  39903610 tgttatatatcttgtttgttggaaagaggctgctgcacttgaaacccgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 39903709  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  39903710 taacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 39903808  T
Q  248 gta 250  Q
    |||    
T  39903809 gta 39903811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9872870 - 9872662
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| |||||||||  | ||||||||    
T  9872870 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagtgtatggggtt 9872771  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  9872770 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 9872672  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  9872671 ttgacgtgta 9872662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9877979 - 9877777
Alignment:
Q  52 ttgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcaca 151  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| |||||||||  | ||||||||| ||||    
T  9877979 ttgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagtgtatggggttgccaca 9877880  T
Q  152 ctaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacg 246  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  9877879 ctaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacg 9877781  T
Q  247 tgta 250  Q
    ||||    
T  9877780 tgta 9877777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13556744 - 13556543
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  13556744 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggttactgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 13556645  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| ||| || |||||||||||||||||||     | ||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  13556644 taaccttttggctcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgatcgacgaatcccctttaggatactatgagttccttgacgt 13556546  T
Q  248 gta 250  Q
    |||    
T  13556545 gta 13556543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 35369375 - 35369211
Alignment:
Q  19 atgaagatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatg 118  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||||||   ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35369375 atgaagatgaaatatgcacataaattcgaaagattgttgtatatcttgattgtt---aagagactgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatg 35369279  T
Q  119 tatgttaaactcaaaacgcat---ggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat 183  Q
     |||| ||||||||| |||||   ||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  35369278 catgtaaaactcaaagcgcatatgggggttgccacactaatctttaggttcgattcgcacccaccaat 35369211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 85 - 247
Target Start/End: Original strand, 25183891 - 25184061
Alignment:
Q  85 ctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatg----gggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccacc 180  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||| ||||| ||| ||||||    |||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  25183891 ctgcacttgaaacctgaaatctttaatgattatgcatgtaaaactgaaagcgcatgggccgggttgccacactatcctttaggttcgattctcccccacc 25183990  T
Q  181 aat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||     | ||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  25183991 aataactgtatattggatgcaat-aggagttaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 25184061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 152
Target Start/End: Original strand, 4553658 - 4553727
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||||||||| | || ||| ||||| || |||||||||||||||    
T  4553658 tgctacacttgaaatctaaaaagtttaatggttatgcacgtaaaattcaaagcgtatggggttgtcacac 4553727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 35369192 - 35369137
Alignment:
Q  186 tattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  35369192 tattggatgcaata-ggaatgaccagcgaatccccctcaggatactatgagttcctt 35369137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 25953627 - 25953397
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||   | |||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||    
T  25953627 gatgaagtgtgcacataaatttcaaagattgttgtatatcttaattgttgggaagagactactgcacttgaaacctgaaaagtttgatggttaagcatgt 25953528  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     |||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||     | || |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25953527 aaaactcaaagtgcatggggttgccacactaacctttaagtacgattcgcccccaccaataactgtataatggatgcaat-aggaatgaccggcgaatcc 25953429  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
     ||||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  25953428 ccttcagggtactatgagttccttgacgtgta 25953397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 26982322 - 26982114
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  26982322 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 26982223  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  26982222 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 26982124  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  26982123 ttgacgtgta 26982114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 52 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14319055 - 14318853
Alignment:
Q  52 ttgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcaca 151  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  14319055 ttgttatatattttatttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccaca 14318956  T
Q  152 ctaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacg 246  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  14318955 ctaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacg 14318857  T
Q  247 tgta 250  Q
    ||||    
T  14318856 tgta 14318853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14315357 - 14315149
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||| ||  ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  14315357 taaagattgttatatattttgtttgttgggaagaagctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 14315258  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  14315257 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-agaaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 14315159  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  14315158 ttgacgtgta 14315149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 34107987 - 34108195
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||| ||||| || ||||||||    
T  34107987 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaaatcaaagcgtatggggtt 34108086  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  34108087 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 34108185  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  34108186 ttgacgtgta 34108195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 83 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 26987398 - 26987227
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||| ||| || ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26987398 tgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaacttaaagcgtatgtggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaa 26987299  T
Q  183 t-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  26987298 taaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 26987227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 83 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 43957258 - 43957087
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43957258 tgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaattcaaagcgtatggggttgtcacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaa 43957159  T
Q  183 t-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| || |||||||    
T  43957158 taaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggattctatgagttctttgacgtgta 43957087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 58 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 18609062 - 18608874
Alignment:
Q  58 tatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaaca 157  Q
    |||| ||| |||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||     
T  18609062 tataacttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttgatggttatgcatgtaaaactcaaagcacatggggttgccacactaacc 18608963  T
Q  158 tttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||     | ||||||||| ||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  18608962 tttaggttcaattcgcccccaccaataattgtatattggatgaaat-aggaatgaccagtaaatccccttcaggataatatgagttcctt 18608874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 52 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10341396 - 10341195
Alignment:
Q  52 ttgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcaca 151  Q
    |||||| ||||||| |||||||  |||| | | ||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||| || |    
T  10341396 ttgttggatatcttgattgttgggaagatgctactgcatttgaaacttgaaaagttcaatgattatgcatgtaaaactcaaagcgcatgggattgccata 10341297  T
Q  152 ctaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacg 246  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||    
T  10341296 ctaacctt-aggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggagtgatcggcgaatccccttcatgatactatgagttccttgacg 10341199  T
Q  247 tgta 250  Q
    ||||    
T  10341198 tgta 10341195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 53 - 184
Target Start/End: Original strand, 18884829 - 18884960
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| |||||||| ||||||  ||| | | || |||||||| || ||||||||||||| ||||||| |  | |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  18884829 tgttatatatcttgattgtttgaaaaaggatgttgcacttggaatctgaaaagtttaacggttatgcacataaaactcaaaacgtatggggttgccacac 18884928  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaatt 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18884929 taacatttaggttcgattcgcccccaccaatt 18884960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 55 - 250
Target Start/End: Original strand, 42779950 - 42780150
Alignment:
Q  55 ttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacacta 154  Q
    |||||||||||  ||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |  ||||||||  |||||||    
T  42779950 ttgtatatcttgtttgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatgattatgcatgtaaaactcaaagcatatggggttaccacacta 42780049  T
Q  155 acatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgt 249  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  42780050 acctttaggttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaataacgaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgt 42780149  T
Q  250 a 250  Q
    |    
T  42780150 a 42780150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 63 - 250
Target Start/End: Original strand, 16284211 - 16284403
Alignment:
Q  63 cttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttag 162  Q
    |||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| | |||||    
T  16284211 cttaattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatgattatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacactaccttttag 16284310  T
Q  163 gttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctc-ttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  16284311 gttcgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggaatgaccagcgaatcccctttcaggatactatgagttccttgacgtgta 16284403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 17720966 - 17720764
Alignment:
Q  52 ttgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcaca 151  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  17720966 ttgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccaca 17720867  T
Q  152 ctaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacg 246  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  17720866 ttaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacg 17720768  T
Q  247 tgta 250  Q
    ||||    
T  17720767 tgta 17720764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 50 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 39196314 - 39196125
Alignment:
Q  50 tattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtca 149  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||    
T  39196314 tattgttatatatcttgtttgttgggaagaggatgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgcca 39196215  T
Q  150 cactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatga 235  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39196214 cactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatga 39196125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 83 - 250
Target Start/End: Original strand, 45120181 - 45120352
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  45120181 tgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacctttaggttcgactcgcccccaccaa 45120280  T
Q  183 t-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  45120281 taaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 45120352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14917821 - 14917620
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  14917821 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 14917722  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||     | ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  14917721 taacctttaggttcgattcgcctccaccaataaatgtatattggatgcaat-agaaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 14917623  T
Q  248 gta 250  Q
    |||    
T  14917622 gta 14917620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Original strand, 716097 - 716229
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||| || |||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  716097 gatgaagcgtacacataaattctaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgttgttgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgt 716196  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaac 156  Q
     ||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  716197 aaaactcaaagcgcatggggttgccacactaac 716229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 125 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 30283808 - 30283679
Alignment:
Q  125 aaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcct 219  Q
    ||||||||| || ||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     | |||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  30283808 aaactcaaagcgtatgtggttgccacactaacctttaagttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaata-ggaatgaccggcgaatccc 30283710  T
Q  220 cttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  30283709 cttcaggatactatgagttccttgacgtgta 30283679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 48366519 - 48366289
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||| || ||||  |||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||     
T  48366519 gatgaagtgtgcaaataaattcgaaagattgttgtatatcttgatcgttgggaagatgttgttgcacttgaaacctgaaaaatctaatggttatgcatg- 48366421  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
    |||||||||| |||||||||||| || || ||| ||||||||||||| ||||||||||||     | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48366420 taaactcaaagcgcatggggttgccataccaacctttaggttcgatttgcccccaccaataattgtatattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 48366321  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
     ||| ||||||||||||  ||||| |||||||    
T  48366320 ccttgaggatactatgaggtccttgacgtgta 48366289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 28598067 - 28598275
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  28598067 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 28598166  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  28598167 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 28598265  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  28598266 ttgacgtgta 28598275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 44524486 - 44524265
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    |||||||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||     
T  44524486 gatgaagtatgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaagtgtaatggttatgcatgc 44524387  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||     | ||||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  44524386 aaaactcaaagcgcatggggttgtcacactaacattta-gttcgattcgcccccatcaataactgtatattggatgcaat-aggaatgatcgacgaatcc 44524289  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
     |||| | ||||||||| ||||||    
T  44524288 ccttcggaatactatgagttcctt 44524265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 26 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 21432131 - 21431918
Alignment:
Q  26 tgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgtta 125  Q
    ||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||  |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  21432131 tgaagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttgggaagt-gttactgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtaa 21432033  T
Q  126 aactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctc 220  Q
    |||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||     | |||||  ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  21432032 aactcaaatcgcatgaggttgccacactaacttttagattcgattcacccccaccaataactatatattgtttgcaataaggaatgaccggtgaatcccc 21431933  T
Q  221 ttcaggatactatga 235  Q
    ||| |||||||||||    
T  21431932 ttctggatactatga 21431918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 242
Target Start/End: Original strand, 35624756 - 35624975
Alignment:
Q  27 gaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaa 126  Q
    |||||||||||||| |||  ||| |||||||||||| || ||||||   |||| | | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||    
T  35624756 gaagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatattttgattgttcggaagatgctactgcacttgaaacatgaaaaatttaatggttatgcatgtaaa 35624855  T
Q  127 actcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa-----ttttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctct 221  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||      | ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||    
T  35624856 actcaaagcgcgtggggttgtcatactaacctttaggttcgattcgcccccaccaacaactgtatattggatgcaat-aggagtgaccggcgaatcccct 35624954  T
Q  222 tcaggatactatgaattcctt 242  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  35624955 tcaggatactatgagttcctt 35624975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 51 - 233
Target Start/End: Original strand, 43358514 - 43358700
Alignment:
Q  51 attgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcac 150  Q
    ||||||||||||||| |||||||  |||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||| ||||| |||    
T  43358514 attgttgtatatcttgattgttgggaagatgctgttgcacttgaaacctgaaaagtttaatgattatgcatgtaaaactcaaagcgcatgaggttgccac 43358613  T
Q  151 actaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactat 233  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||     | ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  43358614 actaacatttaggttcgatttgcccccaccaataactgtatattggatgcaat-aggagtgaccggcgaatccccttcagaatactat 43358700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Original strand, 28574062 - 28574263
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||| ||| || ||||||||| |||||    
T  28574062 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaacttaaagcgtatggggttgccacac 28574161  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  28574162 taacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 28574260  T
Q  248 gta 250  Q
    |||    
T  28574261 gta 28574263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 87 - 250
Target Start/End: Original strand, 3465272 - 3465439
Alignment:
Q  87 gcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat--- 183  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||       
T  3465272 gcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgtccccaccaataaa 3465371  T
Q  184 --tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  3465372 tgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 3465439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 83 - 250
Target Start/End: Original strand, 13654130 - 13654301
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13654130 tgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgcttacgcatgtaaaattcaaagcgcatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaa 13654229  T
Q  183 t-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |     | ||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  13654230 taactgtatattggatgcaat-aggagttaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 13654301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 24 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 10187044 - 10186885
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||| ||||||||| |||  ||| ||| ||||||||||| ||| |||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  10187044 gatgaagcgtgcacataaattacaaagattattgtatatcttgatttttgagaagatgctgttgcacttgaaacctgaaaagtttaatgattatacatgt 10186945  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat 183  Q
     ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10186944 aaaactcaaagcgcatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaat 10186885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Original strand, 29681327 - 29681556
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||| || ||||  |||| | || ||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||     
T  29681327 gatgaagtgtgcaaataaattccaaagattgttgtatatcttgatcgttgggaagatgctgttgcacttgaaacctgaaaaatctaatggttatgcatg- 29681425  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
    |||||||||| |||||||||||| || || ||| ||||||||||||| | ||||||||||     | ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29681426 taaactcaaagcgcatggggttgccataccaacctttaggttcgatttg-ccccaccaataactgtatattggatgcaataaggaatgaccggcaaatcc 29681524  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
      || ||||||||||||  ||||| |||||||    
T  29681525 ctttgaggatactatgaggtccttgacgtgta 29681556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 89 - 250
Target Start/End: Original strand, 19310626 - 19310790
Alignment:
Q  89 acttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat----- 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||||||         
T  19310626 acttgaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgtgaaactcaaagcgcatggggttgcaacactaacctttaggttcgattcacccccaccaataactc 19310725  T
Q  184 tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    | ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || ||| ||||| |||||| |||||||    
T  19310726 tatattggatgcaat-aggaatgaccagcgaatcccctt-agtatattatgagttccttgacgtgta 19310790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 58 - 183
Target Start/End: Original strand, 16050976 - 16051101
Alignment:
Q  58 tatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaaca 157  Q
    |||| ||| |||||||  |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| | |||| ||||||| |||||||||     
T  16050976 tataacttgattgttgggaagatgctgctgcacttgaaacctgaaaaatttaatggttatgcatgtaaaactcagagcgcacggggttgccacactaacc 16051075  T
Q  158 tttaggttcgattcgcccccaccaat 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  16051076 tttaggttcgattcgcccccaccaat 16051101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 83 - 242
Target Start/End: Original strand, 1187622 - 1187786
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacct-gaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccacca 181  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  1187622 tgctgcacttgaaacctagaaaaatttaatagttatgcatgtaaaactcaaagtgcatggggttgccacactaacctttaggtttgattcgcccccacca 1187721  T
Q  182 at-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
    ||     | ||||||||||||| ||||| |||| |||||||  ||||| |||||||||| ||||||    
T  1187722 ataactgtatattggatgcaat-aggaaagaccagcgaatctccttcatgatactatgagttcctt 1187786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 67 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 17415610 - 17415440
Alignment:
Q  67 attgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttc 166  Q
    |||||||| |||| |||| ||| |||| ||  | |||||||||||||||||| | || ||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17415610 attgttgagaagaggttgttgcgcttgcaatgtaaaaagtttaatggttatgcacgtaaaaatcaaagtgtatggggttgtcacactaacatttaggttc 17415511  T
Q  167 gattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactat 233  Q
    |||| ||||||||||||     | ||||||||| ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  17415510 gatttgcccccaccaataattgtatattggatgaaat-aggaatgaccatcaaatcctcttcaggatactat 17415440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 49053996 - 49053893
Alignment:
Q  149 acactaacatttaggttcgattcgcccccaccaatttt----attggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttca 244  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| || |    | ||||||||| | ||    |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |    
T  49053996 acactaacctttaggttcgattcgcccccaccagttataccaactggatgcaaaagggttataccggcgaatccccttcaggatacaatgaaatccttga 49053897  T
Q  245 cgtg 248  Q
    ||||    
T  49053896 cgtg 49053893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 49 - 250
Target Start/End: Original strand, 8458072 - 8458277
Alignment:
Q  49 atattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtc 148  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |    
T  8458072 atattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgcc 8458171  T
Q  149 acactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttc 243  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||     
T  8458172 acactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttg 8458270  T
Q  244 acgtgta 250  Q
    |||||||    
T  8458271 acgtgta 8458277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 5458458 - 5458250
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  5458458 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 5458359  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  5458358 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 5458260  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  5458259 ttgacgtgta 5458250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 5481927 - 5481726
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  5481927 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 5481828  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5481827 taacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 5481729  T
Q  248 gta 250  Q
    |||    
T  5481728 gta 5481726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 8464508 - 8464716
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  8464508 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 8464607  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  8464608 gccacactaacctttaggttcgattcgccccaaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 8464706  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  8464707 ttgacgtgta 8464716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10586628 - 10586420
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||| ||||    
T  10586628 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatgaggtt 10586529  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  10586528 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 10586430  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  10586429 ttgacgtgta 10586420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10673384 - 10673176
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||| ||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  10673384 taaagattgttatatattttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 10673285  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  10673284 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 10673186  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  10673185 ttgacgtgta 10673176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31076848 - 31076640
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  31076848 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 31076749  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  31076748 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccgacgaatccccttcaggatactatgagttcc 31076650  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  31076649 ttgacgtgta 31076640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 83 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6853361 - 6853190
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6853361 tgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaa 6853262  T
Q  183 t-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  6853261 taaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 6853190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 51 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10591736 - 10591533
Alignment:
Q  51 attgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcac 150  Q
    |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||    
T  10591736 attgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccac 10591637  T
Q  151 actaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcac 245  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||    
T  10591636 actaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcattgac 10591538  T
Q  246 gtgta 250  Q
    |||||    
T  10591537 gtgta 10591533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 83 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10678462 - 10678291
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10678462 tgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaa 10678363  T
Q  183 t-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  10678362 taaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 10678291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Original strand, 29827164 - 29827395
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    |||||||| || ||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29827164 gatgaagtttgaacataaattccaaagattgttgtatatcttgattgttggaaagatactgctgcacttaaaacctgaaaagtttaatggttatgcatgt 29827263  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacact-aacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatc 217  Q
     ||||||||| |||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||     | ||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  29827264 aaaactcaaagcgcatggggttaccacactaaacctttaggttcgattcgcctccaccaataattgtatattggatgcaat-aggagcgaccggcgaatc 29827362  T
Q  218 ctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    | ||||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  29827363 cccttcaagatactatgagttccttgacgtgta 29827395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 1302685 - 1302483
Alignment:
Q  52 ttgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcaca 151  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  1302685 ttgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccaca 1302586  T
Q  152 ctaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacg 246  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  1302585 ctaacctttaggttcgatacgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacg 1302487  T
Q  247 tgta 250  Q
    ||||    
T  1302486 tgta 1302483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31081947 - 31081745
Alignment:
Q  52 ttgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcaca 151  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  31081947 ttgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctaaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccaca 31081848  T
Q  152 ctaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacg 246  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  31081847 ctaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacg 31081749  T
Q  247 tgta 250  Q
    ||||    
T  31081748 tgta 31081745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Original strand, 4049572 - 4049773
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| | |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  4049572 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatatttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 4049671  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  4049672 taacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 4049770  T
Q  248 gta 250  Q
    |||    
T  4049771 gta 4049773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 49 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6858498 - 6858293
Alignment:
Q  49 atattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtc 148  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |    
T  6858498 atattgttatatatcttgtttgttgggaagaggatgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgcc 6858399  T
Q  149 acactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttc 243  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||     
T  6858398 acactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcaaatccccttcaagatactatgagttccttg 6858300  T
Q  244 acgtgta 250  Q
    |||||||    
T  6858299 acgtgta 6858293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 4054699 - 4054907
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | |||||||||||||||||| || |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  4054699 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctggaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 4054798  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  4054799 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccgacgaatccccttcaggatactatgagttcc 4054897  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  4054898 ttaacgtgta 4054907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 33703046 - 33702838
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  33703046 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 33702947  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||     | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  33702946 gccacactaacctttaggttcgattcgctcccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgactggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 33702848  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  33702847 ttgacgtgta 33702838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 58 - 250
Target Start/End: Original strand, 33703070 - 33703265
Alignment:
Q  58 tatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaaca 157  Q
    ||||||||  |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||||||     
T  33703070 tatatcttgtttgttggaaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacc 33703169  T
Q  158 tttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  33703170 tttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatcc-gttcaggatactatgagttccttgacgtgta 33703265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 28 - 230
Target Start/End: Original strand, 49784233 - 49784440
Alignment:
Q  28 aagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaa 127  Q
    ||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||      ||||||||| ||||| ||||  ||    
T  49784233 aagtgtgcacataaattccaaagattgttgtatatcttgatttttgacaagaggttgctgcacttgaaact-----agtttaatgattatgcatgt--aa 49784325  T
Q  128 ctcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcg-------cccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaa 215  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||     | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49784326 ctcaaagcgcatggggttgtcaaactaacatttaggttcgattcgccccccccccccaccaataactgtatattggatgcaataaggaatgactggcgaa 49784425  T
Q  216 tcctcttcaggatac 230  Q
    ||| ||||| |||||    
T  49784426 tccccttcaagatac 49784440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 173
Target Start/End: Original strand, 20890856 - 20890946
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgc 173  Q
    |||||||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||    
T  20890856 tgctgcactttaaatctaaaaagtttaatggttatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacactaacctttaagtttgattcgc 20890946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 12856547 - 12856755
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  12856547 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 12856646  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  12856647 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 12856745  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  12856746 ttgacgtgta 12856755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 52 - 250
Target Start/End: Original strand, 26050785 - 26050987
Alignment:
Q  52 ttgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcaca 151  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  26050785 ttgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccaca 26050884  T
Q  152 ctaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacg 246  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  26050885 ctaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacg 26050983  T
Q  247 tgta 250  Q
    ||||    
T  26050984 tgta 26050987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 52 - 250
Target Start/End: Original strand, 26060144 - 26060346
Alignment:
Q  52 ttgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcaca 151  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  26060144 ttgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccaca 26060243  T
Q  152 ctaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacg 246  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  26060244 ctaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacg 26060342  T
Q  247 tgta 250  Q
    ||||    
T  26060343 tgta 26060346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 26055892 - 26056100
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||| ||||    
T  26055892 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatgaggtt 26055991  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  26055992 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 26056090  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  26056091 ttgacgtgta 26056100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 26065251 - 26065459
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||| ||||    
T  26065251 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatgaggtt 26065350  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  26065351 gccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttcc 26065449  T
Q  241 ttcacgtgta 250  Q
    || |||||||    
T  26065450 ttgacgtgta 26065459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 5436998 - 5436768
Alignment:
Q  24 gatgaagtgtgcacatatattttaaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||| || ||||  |||| | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||     
T  5436998 gatgaagtgtgcaaataaattccaaagattgttgtatatcttgatcgttgggaagatgctgctgcacttgaaacttgaaaaatctaatggttatgcatg- 5436900  T
Q  124 taaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
    |||||||||| |||||||||||| || || ||| ||||||||||||| ||||||||||||     | ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5436899 taaactcaaagcgcatggggttgccataccaacctttaggttcgatttgcccccaccaataactgtatattggatgcaataaggaatgaccggcgaattc 5436800  T
Q  219 tcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
     ||| ||||||||||||  ||||| |||||||    
T  5436799 ccttgaggatactatgaggtccttgacgtgta 5436768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Original strand, 14610129 - 14610330
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  14610129 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 14610228  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||    
T  14610229 taacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccagcgaatccccttcaggatactatgagtttcttgacgt 14610327  T
Q  248 gta 250  Q
    |||    
T  14610328 gta 14610330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 53 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4181820 - 4181627
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| |||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||    
T  4181820 tgttatataacttgattgttagaaagaggttgctgcacttgaaacttgaaaagtttaatggttatgtatgtaaaattcaaagcgtatggggttgtcacac 4181721  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||     | |||||||||||||  ||||||||| | |||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  4181720 taacctttaggttcgattcttccccaccaataactctatattggatgcaat-tggaatgaccagagaatccccttcatgatactatgagttcctt 4181627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 53 - 249
Target Start/End: Original strand, 11056390 - 11056590
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  11056390 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggttgctgcacttgaaacatgaaatgtttaatgattatgcatgtaaaactcaaagcgcatggggttgccacac 11056489  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| |||| ||  |||||||||||||||||     | ||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  11056490 taacctttatgtgtgattcgcccccaccaataactgtatattggatgcaat-atgaatgaccgacgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 11056588  T
Q  248 gt 249  Q
    ||    
T  11056589 gt 11056590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 76 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 35352707 - 35352539
Alignment:
Q  76 aagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgccc 175  Q
    |||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  35352707 aagaggttcctgcacttgaaacatggaaagtttaatggttaagcatgtaaaactcaaagcgcatggggttaccacactaacctttaggttcaattcgccc 35352608  T
Q  176 ccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcc 240  Q
    ||||||||     | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35352607 ccaccaataattgtatattggatgcaat-aggaatgaccagcgaatcctcttcaggatactatgagttcc 35352539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Original strand, 14615188 - 14615370
Alignment:
Q  46 taaatattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggtt 145  Q
    |||| |||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  14615188 taaagattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggtt 14615287  T
Q  146 gtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttca 224  Q
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  14615288 tccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttca 14615370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Original strand, 12851439 - 12851640
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| | |||||||||||||| |||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  12851439 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaaactgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 12851538  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgt 247  Q
    |||| |||||||||||||||  | |||||||     | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  12851539 taacctttaggttcgattcgaacacaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccgacgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgt 12851637  T
Q  248 gta 250  Q
    |||    
T  12851638 gta 12851640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 89 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 37460243 - 37460087
Alignment:
Q  89 acttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat----- 183  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||||| |||| ||||| ||| |||| ||| ||  || |||||| | ||| ||| |||| |||||||||||         
T  37460243 acttgaaacctgaaatttttaatgattatgcatgtaaaacttaaagcgcacggg-ttcccatactaacctatagcttcaattcacccccaccaataactg 37460145  T
Q  184 tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  37460144 tatattggatgcaataa-gaatgaccgatgaatccacttcatgatactatgagttcctt 37460087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 2)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 50 - 247
Target Start/End: Original strand, 16369 - 16570
Alignment:
Q  50 tattgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtca 149  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| ||    
T  16369 tattgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgcca 16468  T
Q  150 cactaacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttca 244  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |    
T  16469 cactaacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttga 16567  T
Q  245 cgt 247  Q
    |||    
T  16568 cgt 16570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 52 - 142
Target Start/End: Original strand, 16276 - 16366
Alignment:
Q  52 ttgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggg 142  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || |||||    
T  16276 ttgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggg 16366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 83 - 250
Target Start/End: Original strand, 143891 - 144062
Alignment:
Q  83 tgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacactaacatttaggttcgattcgcccccaccaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  143891 tgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgcttacgcatgtaaaattcaaagcgcatggggttgccacactaacctttaggttcgattcgcccccaccaa 143990  T
Q  183 t-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |     | ||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  143991 taactgtatattggatgcaat-aggagttaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 144062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 53 - 242
Target Start/End: Original strand, 170583 - 170776
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| |||||||| ||||||   | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | |||||||||  |||||    
T  170583 tgttatatatcttgattgttaggatgaagctgctgcacttgaaatctgaaaagtttaatggttatgcatgtaaaacttaaagctcatggggtttccacac 170682  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattcctt 242  Q
    | || ||||||||||||| |||||||| |||     | ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  170683 tgacctttaggttcgatttgcccccactaataactgtatattggatgcaat-aggaatgacccgcgaatcccctttaggatactatgagttcctt 170776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 2)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 53 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 7416 - 7247
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||| | |||||||||||||| ||  ||  ||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  7416 tgttatatatcttgtttgttgggaagaggctgctgcacttgaaatctttaatttttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 7317  T
Q  153 taacatttaggttcgattcgcccccaccaat-----tttattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcc 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7316 taacctttaggttcgattcgcccccaccaataaatgtatattggatgcaat-aggaatgaccggcgaatcc 7247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 186 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 2320 - 2257
Alignment:
Q  186 tattggatgcaataaggaatgaccggcgaatcctcttcaggatactatgaattccttcacgtgta 250  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  2320 tattggatgcaata-ggaatgaccggcgaatccccttcaggatactatgagttccttgacgtgta 2257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0756 (Bit Score: 46; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0756
Description:

Target: scaffold0756; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 53 - 154
Target Start/End: Original strand, 3910 - 4011
Alignment:
Q  53 tgttgtatatcttaattgttgaaaagaagttgctgcacttgaaacctgaaaagtttaatggttatgtatgttaaactcaaaacgcatggggttgtcacac 152  Q
    |||| ||||||||  ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||| || ||||||||| |||||    
T  3910 tgttatatatcttgtttgttgagaagaggctgctgcacttgaaacctgaaatgtttaatgatcatgcatgtaaaactcaaagcgtatggggttgccacac 4009  T
Q  153 ta 154  Q
    ||    
T  4010 ta 4011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University