View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7807_high_14 (Length: 291)

Name: NF7807_high_14
Description: NF7807
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7807_high_14
NF7807_high_14
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-285)||(31201529-31201813)
chr6 (1-285)||(31145664-31145948)
chr6 (1-285)||(31171977-31172261)
chr6 (1-285)||(31189722-31190006)
chr6 (1-285)||(31224143-31224427)
chr6 (5-285)||(30944633-30944913)
chr6 (5-285)||(30960638-30960918)
chr6 (5-221)||(30954957-30955173)
chr6 (5-285)||(30985956-30986236)
chr6 (5-285)||(30992120-30992400)
chr6 (41-207)||(31131490-31131656)
chr6 (5-216)||(31229493-31229703)
chr6 (59-234)||(31213925-31214100)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (162-219)||(33304864-33304921)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (149-209)||(49215163-49215223)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 31201529 - 31201813
Alignment:
Q  1 ttttgcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31201529 ttttgcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattca 31201628  T
Q  101 tatatgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaatt 200  Q
    |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31201629 tatatgagtgctttttttgtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaatt 31201728  T
Q  201 cttcaccatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31201729 cttcaccatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 31201813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 31145664 - 31145948
Alignment:
Q  1 ttttgcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattca 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31145664 ttttgcaatttgatacaaattctcccaactcaaagatgcaattgtttcaggtcccttattgtaaataaatttgtcaagtgaaccattggacataaattca 31145763  T
Q  101 tatatgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaatt 200  Q
    |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  31145764 tatatgagtgctttttttgtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacgttaacatgtgaggttctagtaatactggaaacctcattaataaatt 31145863  T
Q  201 cttcaccatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 285  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31145864 cttcaccgtttcctttggatgaattcaatatctttatagcgacatgacaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 31145948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 31171977 - 31172261
Alignment:
Q  1 ttttgcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattca 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||     
T  31171977 ttttgcaatttgatacaaattctcccaactcaaagatgcaattgtttcaggtcccttattgtaaataaatttgtcaagagaaccatttgacataaattcg 31172076  T
Q  101 tatatgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaatt 200  Q
    |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  31172077 tatatgagtgctttttttgtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacgttaacatgtgaggttctagaaatactagaaacctcattaataaatt 31172176  T
Q  201 cttcaccatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 285  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31172177 cttcaccgtttcctttggatggattcaatatctttatagcaacgtgacaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 31172261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 31189722 - 31190006
Alignment:
Q  1 ttttgcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31189722 ttttgcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgtaattctctctggtcccttgttgtagataaatttgtcaagagaaccatttgacataaattca 31189821  T
Q  101 tatatgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaatt 200  Q
    ||||| |||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  31189822 tatataagtgctttttttttgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagaaacttcattaataaatt 31189921  T
Q  201 cttcaccatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 285  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31189922 cttcaccgtttcctttggatgaattcaatatctttatagcaacatcacaaccattgagtaactttcctttgtacacaacaccaaa 31190006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 31224427 - 31224143
Alignment:
Q  1 ttttgcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattca 100  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31224427 ttttgcaattttatacaatttatcccaactcaaagatgcaattgtttcaagttccttattgtagataaatttgtcaagagaaccatttgacataaattca 31224328  T
Q  101 tatatgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaatt 200  Q
    |||| ||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31224327 tatacgagagcttttttgttgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgagaggttctagaaatactagcaacctcattaataaatt 31224228  T
Q  201 cttcaccatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 285  Q
    | |||||||||||||| |||  |||||||||||| |  ||  |  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31224227 cctcaccatttccttttgatacattcaatatcttcactgccacaagacaaccattaaataactttcctttgtacacaacaccaaa 31224143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 5 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 30944913 - 30944633
Alignment:
Q  5 gcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattcatata 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  30944913 gcaatttgatacaaattatcccaacttaaagatgcaatggtttcaggtcccttattgtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatata 30944814  T
Q  105 tgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttc 204  Q
     ||| ||          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  30944813 cgagagctttattacaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagtaacctcattaataaagtcttc 30944714  T
Q  205 accatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 285  Q
    |||| ||||||| |||| |||||| ||||| |  ||  |  |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30944713 accaattcctttcgatgcattcaaaatcttcactgctacaagagaaccattgaataactttcctttgtacacagcaccaaa 30944633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 5 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 30960918 - 30960638
Alignment:
Q  5 gcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattcatata 104  Q
    |||||||||| || || ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30960918 gcaatttgatgcatatcatcccaacttaaagatacaatggtttcaggtcccttattgtaaatatatttgtcaagagaaccattggacataaattcatata 30960819  T
Q  105 tgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttc 204  Q
      || ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30960818 caagagcttttttacggccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcgttaataaattcttc 30960719  T
Q  205 accatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 285  Q
    ||| |||||||| |||| |||||| ||||| |  ||  | || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30960718 accgtttccttttgatgcattcaaaatcttcactgccacatgacaaccattcaataactttcctttgtagacaacaccaaa 30960638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 5 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 30955173 - 30954957
Alignment:
Q  5 gcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattcatata 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  30955173 gcaatttgatagaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttcaggtcccttattgtaaataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatata 30955074  T
Q  105 tgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttc 204  Q
    |||| ||          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30955073 tgagagctttattgcaaccttcaaaacaaaatccaagaagggtaacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagtaacctcattaataaattcttc 30954974  T
Q  205 accatttcctttggatg 221  Q
    |||||||||||| ||||    
T  30954973 accatttccttttgatg 30954957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 30986236 - 30985956
Alignment:
Q  5 gcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattcatata 104  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  30986236 gcaatttgatgcatattatcccaacttaaagatgcaatcgtttcaggttccttattgtatataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatata 30986137  T
Q  105 tgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttc 204  Q
    |||| ||          |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30986136 tgagagctttattacaaccttcaaaacaaaatccaagaaggttaacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaagtcttc 30986037  T
Q  205 accatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 285  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||| |  ||  |  |  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30986036 accatttccttttgatgcatttaatatcttcactgctacaagagaaccattgaataactttcctttgtacaccgcaccaaa 30985956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 30992400 - 30992120
Alignment:
Q  5 gcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattcatata 104  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  30992400 gcaatttgatgcatattatcccaacttaaagatgcaatcgtttcaggttccttattgtatataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatata 30992301  T
Q  105 tgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttc 204  Q
    |||| ||          |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30992300 tgagagctttattacaaccttcaaaacaaaatccaagaaggttaacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaagtcttc 30992201  T
Q  205 accatttcctttggatgaattcaatatctttatcgcagcgtggcaaccattgaataactttcctttgtacacaacaccaaa 285  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||| |  ||  |  |  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30992200 accatttccttttgatgcatttaatatcttcactgctacaagagaaccattgaataactttcctttgtacaccgcaccaaa 30992120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 41 - 207
Target Start/End: Original strand, 31131490 - 31131656
Alignment:
Q  41 atggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattcatatatgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaa 140  Q
    |||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||       ||||||||  ||||||||||||    
T  31131490 atggattcaggtcccttattgtagataaatttgtcaagagaaccattagacataaattcatatacaagagcttttttggtgccttcgtaacaaaatccaa 31131589  T
Q  141 gaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 207  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31131590 gaagggtgacaatattaacatgcgaggttctagaaatactagcaacctcattaataaattcttcacc 31131656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 31229703 - 31229493
Alignment:
Q  5 gcaatttgatacaaattatcccaactcaaagatgcaatggtttctggtcccttattgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattcatata 104  Q
    ||||||||||| | | | |||||||||| ||||| |||| | || |||||||| ||||| || | ||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |    
T  31229703 gcaatttgataaagaatgtcccaactcagagatggaatg-tctcaggtccctttttgtagatgaatttttcaagggaaccattcgacattaattcataaa 31229605  T
Q  105 tgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttc 204  Q
    |||| ||          ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||    
T  31229604 tgagagcttttttccgtccttcaaaacaaaatccaagaagggcgaaaacattaacgtgagaggttttagtaatgctagaaacctcattcataaattcatc 31229505  T
Q  205 accatttccttt 216  Q
    ||||||||||||    
T  31229504 accatttccttt 31229493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 59 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 31214100 - 31213925
Alignment:
Q  59 ttgtaaataagtttgtcaagagaaccattggacataaattcatatatgagtgcnnnnnnngtgccttcaaaacaaaatccaagaagggtgacaacattaa 158  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || || ||          || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  31214100 ttgtaaataaatttgtcaagcgaaccattagacatgaattcatagatcagggcttttttgcgaccgtcaaaacaaaatccaagaagggcaacaacattaa 31214001  T
Q  159 catgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcaccatttcctttggatgaattcaatatctt 234  Q
    | || |||||| | || || |||| |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||    
T  31214000 cgtgagaggtttttgttatgctagaaacctcgttcataaattcttcaccttttcctttggatgcgtttaatatctt 31213925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 162 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 33304921 - 33304864
Alignment:
Q  162 gtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcaccatttcctttgga 219  Q
    |||| |||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  33304921 gtgacgttctactaatgctagcaacttcatttataaattcttctccatttcccttgga 33304864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 49215223 - 49215163
Alignment:
Q  149 acaacattaacatgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaattcttcaccat 209  Q
    ||||| || |||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  49215223 acaacgttgacatgtgaagttctactaatactcgcaacttcattaataaaatcttcgccat 49215163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University