View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7807_low_26 (Length: 233)

Name: NF7807_low_26
Description: NF7807
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7807_low_26
NF7807_low_26
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-233)||(1492406-1492638)
chr5 (7-230)||(1478240-1478463)
chr5 (7-230)||(1482434-1482657)
chr5 (4-230)||(1505218-1505444)
chr5 (1-233)||(1509362-1509594)
chr5 (4-227)||(1499484-1499707)
chr5 (5-134)||(1487007-1487136)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (4-233)||(5315349-5315578)
chr7 (4-233)||(5310635-5310864)
chr7 (4-233)||(5289352-5289581)
chr7 (4-227)||(5302740-5302963)
chr7 (4-233)||(5284546-5284775)
chr7 (4-233)||(46706643-46706872)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (4-233)||(44141439-44141668)
chr1 (4-233)||(44128812-44129041)
chr1 (4-233)||(44133017-44133246)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (4-230)||(24163445-24163671)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (4-233)||(37863045-37863274)
chr3 (100-230)||(37859115-37859245)
chr3 (106-227)||(40421675-40421796)
chr3 (201-233)||(39030309-39030341)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (106-233)||(35251049-35251176)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1492638 - 1492406
Alignment:
Q  1 gcaccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492638 gcaccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcag 1492539  T
Q  101 ctgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1492538 ctgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactaa 1492439  T
Q  201 cacacgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492438 cacacgagcacctttgttgttctcagccaaatc 1492406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1478463 - 1478240
Alignment:
Q  7 tcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctgctc 106  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||| |||||||| || |    
T  1478463 tcactgtctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagcac 1478364  T
Q  107 catctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  1478363 catctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacg 1478264  T
Q  207 agcacctttgttgttctcagccaa 230  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  1478263 agcacctttattgttctcagccaa 1478240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1482657 - 1482434
Alignment:
Q  7 tcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctgctc 106  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  1482657 tcactgtctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagctc 1482558  T
Q  107 catctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacg 206  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  1482557 catctccaaagagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacg 1482458  T
Q  207 agcacctttgttgttctcagccaa 230  Q
    ||||||||| || |||||||||||    
T  1482457 agcacctttattattctcagccaa 1482434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1505444 - 1505218
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||||| |    
T  1505444 ccttcgctatcaggcgcgattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataggtttctcaatttctggtattggatctgaaccaacaattagtgcagcag 1505345  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||    
T  1505344 ctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacac 1505245  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaa 230  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||    
T  1505244 acgggcacctttgttgttctcagccaa 1505218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1509594 - 1509362
Alignment:
Q  1 gcaccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcag 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||    
T  1509594 gcaccttcactatttggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatatagatttctcaatttctggtacagggtcagtaccaacaatgagtgcag 1509495  T
Q  101 ctgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactag 200  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||  || |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |     
T  1509494 cagctccatctccaaataatgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcaccagggccacaaaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaa 1509395  T
Q  201 cacacgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    |||||||||| ||| ||| || |||||||||||    
T  1509394 cacacgagcatcttggttattttcagccaaatc 1509362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 1499707 - 1499484
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  | |||||||| |||||| |||||||| |||||  | ||||| |||||||| | ||| || |    
T  1499707 ccttcactatcagaagcaattgtttgtgcagtccaaactaactcaaataaaggtttctcaatttcaggtactaggtcagagccaacaatgactgccgcag 1499608  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  | ||| |||| ||| || |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||| | |||    
T  1499607 ctccatctccaaatattgcttgtccaacaagtttgtgtaggtgagtattactaggtccacaaaatgagattgcagtgatttcagaacaaacaaccaacac 1499508  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagc 227  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  1499507 acgagcacctttgttattctcagc 1499484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 5 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 1487136 - 1487007
Alignment:
Q  5 cttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctgc 104  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||  | |||||| | |||||| ||||||| || || |||||| || |||||||| | | || | ||    
T  1487136 cttcactatctagagctattgtttgtgcagtccaaacaagctcaaagagaggtttctcaatttttgatatcggatcggagccaacaatgactacaacagc 1487037  T
Q  105 tccatctccaaatagtgcttgtccaacaag 134  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  1487036 tccatcaccaaataatgcttgtccaacaag 1487007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5315578 - 5315349
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |    
T  5315578 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccg 5315479  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||    
T  5315478 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacac 5315379  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315378 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 5315349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5310864 - 5310635
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |    
T  5310864 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcag 5310765  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    ||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||    
T  5310764 ctccatctccaaacaatgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacac 5310665  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310664 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 5310635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Original strand, 5289352 - 5289581
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |    
T  5289352 ccttcactatccggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcag 5289451  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| | |||    
T  5289452 ctccatctccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacac 5289551  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289552 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 5289581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 4 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 5302963 - 5302740
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |    
T  5302963 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtacggggtcagagccaacaataagagcagcag 5302864  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| | |||    
T  5302863 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgagtatcactagggccacgaaatgtgacagcggtgacctctgaacatacaaccaacac 5302764  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagc 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  5302763 acgagcacctttgttgttctcagc 5302740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5284775 - 5284546
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||  || ||||| ||||||||||| ||||| |    
T  5284775 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtctctcaatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcag 5284676  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||    
T  5284675 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacac 5284576  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5284575 acgagcacctttgttgttctcagctaaatc 5284546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Original strand, 46706643 - 46706872
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  46706643 ccttcactatctggagcaattgtttgtgaagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactggatcagaaccaacaataagtgcagcag 46706742  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    |||   ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||    
T  46706743 ctctgactccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaatac 46706842  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46706843 acgggcacctttgttgttctcagccaaatc 46706872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 44141668 - 44141439
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |    
T  44141668 ccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcag 44141569  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  44141568 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacac 44141469  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  44141468 acgagcacctttgttgttttcagctaaatc 44141439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 44129041 - 44128812
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |    
T  44129041 ccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcag 44128942  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  44128941 ctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacac 44128842  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  44128841 acgagcacctttgttgttttcagctaaatc 44128812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 44133246 - 44133017
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |    
T  44133246 ccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcag 44133147  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  44133146 ctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacac 44133047  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  44133046 acgagcacctttgttgttttcagctaaatc 44133017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 230
Target Start/End: Original strand, 24163445 - 24163671
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||  | |||||||| |||||| ||||||||  |||  || ||||| |||||||| | |||||| |    
T  24163445 ccttcactatttggagcgattgtttgtgctgtccaaactaactcaaatagaggtttctcaatttcctgtattgggtcagagccaacaatgactgcagcag 24163544  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| || || |||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||| | |||    
T  24163545 ctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggttgtctaagtgagtatcgcttggtccacaaaatgtgattgcggtaacttcagaacaaacaaccaacac 24163644  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaa 230  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  24163645 acgagaacctttgttgttctcagccaa 24163671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Original strand, 37863045 - 37863274
Alignment:
Q  4 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 103  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||| ||  ||||| | ||| || |||| |||||| | |||||| || |||||||| |  || ||||    
T  37863045 ccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctg 37863144  T
Q  104 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcac 203  Q
    | ||||||||||| | ||| || || |||||||| || |  || |||||||| || ||||| || || ||||||||||  || |||||||| || |  ||    
T  37863145 caccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaac 37863244  T
Q  204 acgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  37863245 acgagcgcctttgttgttttcagccaaatc 37863274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 100 - 230
Target Start/End: Original strand, 37859115 - 37859245
Alignment:
Q  100 gctgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaacta 199  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| || ||||| || || |  || || |||||||| ||||| || || |||||||| |  || |||||||| || |    
T  37859115 gctgcaccatctccaaacaatgcttgccccacaaggctatcaagatgagtgtcactgggtccacggaaagtaactgcagttatctctgaacaaactacca 37859214  T
Q  200 gcacacgagcacctttgttgttctcagccaa 230  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37859215 acacacgagcacctttgttgttttcagccaa 37859245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 106 - 227
Target Start/End: Original strand, 40421675 - 40421796
Alignment:
Q  106 ccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacac 205  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| | |   ||||||||||| ||| |||| |||||||| || ||  |||| | ||||||||| ||||| || ||||    
T  40421675 ccatcaccaaaaagtgcttgtccaactaaagaatccaagtgtgtttcattgggcccacgaaaagtaacaacagttatttcagaacacacaacgaggacac 40421774  T
Q  206 gagcacctttgttgttctcagc 227  Q
    | |||||  |||| ||||||||    
T  40421775 gtgcaccaatgttattctcagc 40421796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 201 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 39030341 - 39030309
Alignment:
Q  201 cacacgagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39030341 cacacgggcacctttgttgttctcagccaaatc 39030309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 106 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 35251176 - 35251049
Alignment:
Q  106 ccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacac 205  Q
    ||||||||||| | ||||||||| || ||||| || |  || || ||||| || |||||||| || ||||||||||  || |||||||| || || ||||    
T  35251176 ccatctccaaacaatgcttgtcccacgagactatcaagatgggtgtcactagggccacgaaaagtcactgcagtgatctctgaacaaaccacaagaacac 35251077  T
Q  206 gagcacctttgttgttctcagccaaatc 233  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  35251076 gagcacctttattgttctcagccaaatc 35251049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University