View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7814_low_1 (Length: 855)

Name: NF7814_low_1
Description: NF7814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7814_low_1
NF7814_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (13-839)||(8912113-8912931)
chr3 (734-770)||(16217-16253)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 8912931 - 8912113
Alignment:
Q  13 aatatctactacggcacagcagcaagtgcagcaaactacggcggctacggcggtaactccaataagaaagactcagcagaatacatttacgacgttccag 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8912931 aatatctactacggcacagcagcaagtgcagcaaactacggcggctacggcggtaactccaacaagaaagactcagcagaatacatctacgacgttccag 8912832  T
Q  113 aaggatggaaggaacgtttaatatcaaaagttgaaaaaggtacaaatggaacagacagtgaattctacaatccaaagaagagaacagagaaagaatatct 212  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8912831 aaggttggaaggaacgtttaatatcaaaagtagaaaaaggtacaaatggaacagacagtgaattctacaatccaaagaagagaacagagaaagaatatct 8912732  T
Q  213 aactttcctttctgggtttcgtcagttagcaccaaaagatgctgttttgaacaacttagcactttctgatgtgaatttgcaagatataatcagtggtgct 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  8912731 aactttcctttctgggtttcgtcagttagcaccaaaagatgctgttttgaacaacttagcactttctgatgtgaatttgcaagatattattagtggtgct 8912632  T
Q  313 gataatgtgagttctgaagaagtgaaagatgaaaatggtcaagtttattatgtttatgagattgatggtgttgcttatcatagcttgatttctgttactt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8912631 gataatgtgagttctgaagaagtgaaagatgaaaatggtcaagtttattatgtttatgagattgatggtgttgcttatcatagcttgatttctgttactt 8912532  T
Q  413 gtgctaataataaactttatgctcattttgttaatgctcctactcctgagtggaataaagataaggatcttctcactcatgttcataagtcttttaagac 512  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8912531 gtgctaataataagctttatgctcattttgttaatgctcctactcctgagtggaataaagataaggatcttctcactcatgttcataagtcttttaagac 8912432  T
Q  513 tattgtataattttactttttgctatgtgtttttgatatataaataatatggttttgttcaacaatggatgttctatgataatgagaatggtgtcttgtg 612  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8912431 tattgtataatttta--gtttgctatgtgtttttgatatataaataatatggttttgttcaacaatggatgttctatgataatgagaatggtgtcttgtg 8912334  T
Q  613 atggatttgaatttgatattgaaattgaaattgaagcttcctttacttgtaaatttgcttgcatctttggtataatttagggttaaatttaatttttgtt 712  Q
    |||||||||||||||||      ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8912333 atggatttgaatttgat------attgaaattgaagctccctttacctggaaatttgcttgcatctttggtataatttagggttaaatttaatttgtgtt 8912240  T
Q  713 atcnnnnnnnaggtagaaaagtgttggtggttatgttagtttccagggatcaaaccctagacctcccgcttaaaacacattcggcattcttaacttacta 812  Q
    ||        ||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8912239 atgtttttttaggtagacaagtgttagtggttatgttagttttcacggatcaaaccctagacctcccgcttaaaacacattcggcattcttaacttacta 8912140  T
Q  813 accgatctacttacttgtgttctagtt 839  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  8912139 accgatctacttatttgtgttctagtt 8912113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 734 - 770
Target Start/End: Original strand, 16217 - 16253
Alignment:
Q  734 tgttggtggttatgttagtttccagggatcaaaccct 770  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16217 tgttggtggttattttagtttccagggatcaaaccct 16253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University