View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7816_low_1 (Length: 764)

Name: NF7816_low_1
Description: NF7816
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7816_low_1
NF7816_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-751)||(49726591-49727325)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 751
Target Start/End: Original strand, 49726591 - 49727325
Alignment:
Q  17 aattgaattcccttttacaagcacacaacatccagattgtggcatgttagtaatacatggttgtgaagactatgaaccacaatccnnnnnnnnnnnnnnn 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
T  49726591 aattgaattcccttttacaagcacacaacatccagattgtggcatgttagtaatacatggttgtgaagactatgaaccacaatccaaaaaaacaatacaa 49726690  T
Q  117 nnnnnnnnnngatggttcgatattctgaaaatcgaaccattcacaatcacaatcaaagacgaccaactccacgatattttgctacaaaaaagctgtgata 216  Q
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49726691 aacaacaaaagatggttcgatattctgaaaatcgaaccattcacaatcacaatcaaagacgaccaactccacgatcttttgctacaaaaaagctgtgata 49726790  T
Q  217 ttctaacatatgattccatgttcacggtcaatacacctttggtttcatctcgtttggaatattacgtaactgttttcggatgcaacagcaacaactcact 316  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49726791 ttctaacatatgattcaatgttcatggtcaacacacctttggtttcatctcgtttggaatattacgtaactgttttcggatgcaacagcaacaactcact 49726890  T
Q  317 cgatcttcaacaatactattctgtttctaattctagctccatttgtagagaagatactactactttgtatggtgtttcggattcggatataaagagtaat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49726891 cgatcttcaacaatactattctgtttctaattctagctccatttgtagagaagatactactactttgtatggtgtttcggattcggatataaagagtaat 49726990  T
Q  417 aaaactattgtggttgtaactgattctgtttccaattctaatcatcttaaaggttgttcaaatgttgagcttccaacgtattcaaaggttaaccgtcttg 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49726991 aaaactattgtggttgtaactgattctgtttccaattctaatcatcttaaaggttgttcaaatgttgagcttccaacgtattcaaaggttgaccgtcttg 49727090  T
Q  517 aacctgctgatctttttaaggtgttaagcggtgaaatttccatcaaattacaagtttctcagaattgttctagctgccatgatctttatggtggtcaatg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49727091 aacctgctgatctttttaaggtgttaagcggtgaaatttccatcaaattacaagtttctcagaattgttctagctgccatgatctttatggtggtcaatg 49727190  T
Q  617 tctacttgataacaatggccagttttattgtaaacaaggtaaggtaccatctcaaattactcaaattattatactctattcttgccacaaattcaatcca 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49727191 tctacttgataacaatggccagttttattgtaaacaaggtaaggtaccatctcaaattactcaaattattatactctattcttgccacaaattcaatcca 49727290  T
Q  717 gattaatgttgttgggaatttttgtttcgtttcat 751  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49727291 gattaatgttgttgggaatttttgtttcgtttcat 49727325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University