View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7819_low_2 (Length: 958)

Name: NF7819_low_2
Description: NF7819
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7819_low_2
NF7819_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-941)||(6525033-6525965)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 877; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 877; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 941
Target Start/End: Original strand, 6525033 - 6525965
Alignment:
Q  9 agtagcagagaggaggatggagcttccagcctttatatttttcatgctgttctagaacggttcnnnnnnnnnnnnggcaaagtctagaaagattatttga 108  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||| ||||||||    
T  6525033 agtatcagagaggaggatggagcttccagcctttatatttttcatgctgttctagaacggttcttttttatttttggcaaagtctagaaaggttatttga 6525132  T
Q  109 tgaagtttccaacaatagccagctattttttggtttaggcatctttcactttcaagtttgaaaatttactcaaaaagctttagcaatctgagaaaatgcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6525133 tgaagtttccaacaatagccagctattttttggtttaggcatctttcactttcaagtttgaaaatttactcaaaaagctttagcaatctgagaaaatgca 6525232  T
Q  209 ttacttatgtgatcataaatggttttgtagacaaatatagaaaaaatgcaggtgaatgattacaacactatttgttaaatgtgattgaaagttacaactc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6525233 ttacttatgtgatcataaatggttttgtagacaaatatagaaaaaatgcaggtgaatgattacaacactatttgttaaatgtgattgaaagttacaactc 6525332  T
Q  309 aataagtaaagtatgtttgacatgtaataaaactacaaactggtggaaaagaaatgtgtgtattcttactgttaaaaattgacatgtattcttaaatcac 408  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6525333 aaaaagtaaagtatgtttgacatgtaataaaactacaaactggtggaaaagaaatgtgtgtattcttactgttaaaaattgacatgtattcttaaatcac 6525432  T
Q  409 atttttattatttaacctaccgccaatttgtcatctggacaaaacgatgcaatccagatccaactacgctccaaacatttgaactgctatcatgaaaaat 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6525433 atttttattatttaacctaccgccaatttgtcatctggacaaaacgatgcaatccagatccaactacgctccaaacatttgaactgctatcatgaaaaat 6525532  T
Q  509 ctcaaaatcactgattgatgcacttcgttgcttctgtaccgcatgagctatatgattcatgtctaccatatctcgtccatctgaaacaggtaagattagt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6525533 ctcaaaatcactgattgatgcacttcgttgcttctgtaccgcatgagctatatgattcatgtctaccatatctcgtccatctgaaacaggttagattagt 6525632  T
Q  609 ccaaatgcaaagaagtttttacagaaaaagaataatctggtaatatgacaatgatatatagaatacgcataaaacaacttataaccttcatattcctccc 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6525633 ccaaatgcaaagaagtttttacagaaaaagaataatctggtaatatgacaatgatatatagaatacgcataaaacaacttataaccttcatattcctccc 6525732  T
Q  709 tgtcttctttatttttacgccaaagctcataagcagcacatataacttcatgagtaccttcccttttgacagcactcatacaaaaaggtgtgatcccatg 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6525733 tgtcttctttatttttacgccaaagctcataagcagcacatataacttcatgagtaccttcccttttgacagcactcatacaaaaaggtgtgatcccatg 6525832  T
Q  809 agattgcaacttttccttgaaggattcccagttttcgtatgcttctggaagatccattttgttataagcaactataaaaggcttctcagcaagttcagga 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6525833 agattgcaacttttccttgaaggattcccagttttcgtatgcttctggaagatccattttgttataagcaactataaaaggcttctcagcaagttcagga 6525932  T
Q  909 ttaaatagcttcagttctagacgaactgcatca 941  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6525933 ttaaatagcttcagttctagacgaactgcatca 6525965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University