View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7826_low_1 (Length: 807)

Name: NF7826_low_1
Description: NF7826
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7826_low_1
NF7826_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-708)||(54736463-54737152)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 682; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 682; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 708
Target Start/End: Original strand, 54736463 - 54737152
Alignment:
Q  19 cttgttcaatcaccggacctacaaattcaccctaaatccgtcaccggcgacgaaaccctctccgatctaaaacactctatcttccccaattcacaatcat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54736463 cttgttcaatcaccggacctacaaattcaccctaaatccgtcaccggcgacgaaaccctctccgatctaaaacactctatcttccccaattcacaatcat 54736562  T
Q  119 ccttctacttcaccctcaacggaaaacctctctccgatgacaccaatttctccacctcccgaatcgcacctctttcaaccctagtccttcaatcacgcct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54736563 ccttctacttcaccctcaacggaaaacctctctccgatgacaccaatttctccacctcccgaatcgcacctctttcaaccctagtccttcaatcacgcct 54736662  T
Q  219 ccgtggtggcggtggagatggaggctctacatgtgccgagtcacgtgactgttacctcaagatgtacgcggagaagaaacccgataaggttgatccaaac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54736663 ccgtggtggcggtggagatggaggctctacatgtgccgagtcacgtgactgttacctcaagatgtacgcggagaagaaacccgataaggttgatccaaac 54736762  T
Q  319 gagcagaggctatcgaaatggcagaactgcgcgttatcgaatgagcctttacgtgaaccgtgtgtgattgataagcttgggaatattttcaataaggaat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54736763 gagcagaggctatcgaaatggcagaactgtgcgttatcgaatgagcctttacgtgaaccgtgtgtgattgataagcttgggaatattttcaataaggaat 54736862  T
Q  419 cattggtggaagcgttgttggggaagaagctgccgaaagagtttgggtatattaagggtttgaaggatatgattaaaattaagcttgaatctgttcctgg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54736863 cattggtggaagcgttgttggggaagaagctgccgaaagagtttgggtatattaagggtttgaaggatatgattaaaattaagcttgaatctgttcctgg 54736962  T
Q  519 tgaggatgatggtgctaagtttcggtgtcccgttgcggggcttgagtttaatggaaagtataagtttttcgcgcttaggaattgtgggcatgttttgagt 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54736963 tgaggatgatggtgctaagtttcggtgtcccgttgcggggcttgagtttaatggaaagtataagtttttcgctcttaggaattgtgggcatgttttgagt 54737062  T
Q  619 gctaaggctttgaaagaagttaaatcttcggcgtgtttggtttgtcatgaggaatttggtgagggggataagattgtgattaatgggaat 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54737063 gctaaggctttgaaagaagttaaatcttcggcgtgtttggtttgtcatgaggaatttggtgagggggataagattgtgattaatgggaat 54737152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University