View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7828_low_3 (Length: 476)

Name: NF7828_low_3
Description: NF7828
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7828_low_3
NF7828_low_3
[»] chr6 (27 HSPs)
chr6 (18-467)||(5257116-5257565)
chr6 (18-467)||(5284174-5284620)
chr6 (18-439)||(5157444-5157859)
chr6 (18-362)||(5128304-5128648)
chr6 (18-439)||(5425760-5426175)
chr6 (40-362)||(5176611-5176933)
chr6 (40-362)||(5278438-5278760)
chr6 (20-362)||(5433887-5434229)
chr6 (85-439)||(5066510-5066858)
chr6 (18-265)||(5447437-5447684)
chr6 (73-362)||(5073795-5074084)
chr6 (18-362)||(5102501-5102845)
chr6 (40-286)||(5690122-5690368)
chr6 (18-291)||(5096558-5096831)
chr6 (18-323)||(5350244-5350549)
chr6 (43-362)||(5344736-5345055)
chr6 (18-442)||(5354427-5354845)
chr6 (79-273)||(5181903-5182097)
chr6 (40-361)||(5383198-5383519)
chr6 (18-291)||(5370421-5370694)
chr6 (75-431)||(5396857-5397207)
chr6 (18-252)||(5447007-5447241)
chr6 (43-205)||(5243911-5244073)
chr6 (156-256)||(5179529-5179629)
chr6 (156-256)||(5281288-5281388)
chr6 (21-146)||(5146999-5147124)
chr6 (248-362)||(5243800-5243914)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (73-362)||(8877514-8877803)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (18-362)||(4344496-4344840)
chr4 (18-362)||(4360927-4361271)
chr4 (19-362)||(4320506-4320849)
chr4 (73-319)||(4335250-4335496)
chr4 (73-360)||(4123828-4124115)
chr4 (18-286)||(4133388-4133654)
chr4 (113-291)||(6498484-6498662)
chr4 (114-276)||(6815416-6815578)
chr4 (114-276)||(6651013-6651175)
chr4 (114-276)||(6728352-6728514)
chr4 (105-214)||(6621542-6621651)
chr4 (114-276)||(6796733-6796895)
chr4 (114-323)||(6752906-6753115)
chr4 (122-323)||(6545374-6545575)
chr4 (138-323)||(6675673-6675858)
chr4 (114-215)||(6837220-6837321)
chr4 (117-214)||(6588231-6588328)
chr4 (177-286)||(7885354-7885463)
chr4 (114-214)||(6758670-6758770)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (85-361)||(8788-9064)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (73-362)||(36213716-36214005)
chr7 (114-293)||(34724542-34724721)
chr7 (177-293)||(18935395-18935511)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (18-268)||(47986833-47987083)
chr3 (18-268)||(47996120-47996370)
chr3 (18-268)||(48005407-48005657)
chr3 (18-268)||(48014692-48014942)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (73-266)||(22584197-22584390)
[»] scaffold0552 (1 HSPs)
scaffold0552 (114-276)||(8258-8420)
[»] scaffold0813 (1 HSPs)
scaffold0813 (114-276)||(4799-4961)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (114-214)||(6605-6705)
[»] scaffold0373 (1 HSPs)
scaffold0373 (114-215)||(9636-9737)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 27)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 18 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 5257565 - 5257116
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||       || || |||| ||||||||||||||||||||| |  |    || |    
T  5257565 aaagattgtccaatgctatctagggtttcttcaagcattggaaatctcaagaaaattgttttgataaatttggaagattgtattagcttatgcgaactcc 5257466  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||    
T  5257465 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaactttcattctttctgggtgttcaatgattgacaagttggaagaggacttagaacagatgacatcttt 5257366  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  5257365 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattatcagttttaagatcaaaaagcatcgaatttgtctctttgcacggttatgaagga 5257266  T
Q  318 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtcaacaggaactaatcatctcccatttccatttcaaattacatcttctgtcttgtcat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5257265 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtcaacaggaactaatgatctcccatttccatttcaaattacatcttctgtcttgtcat 5257166  T
Q  418 ctcttgtttctttagatgtaccgagtaatagaatacatgaactttcatct 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5257165 ctcttgtttctttagatgtaccgagtaatagaatacatgaactttcatct 5257116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 5284620 - 5284174
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||       ||  | |||| ||||| |||| |||||||||| |  ||||||| |    
T  5284620 aaagattgtccaaggctatctgaggtttcacctagcattggaaatctcaataaaattgctttgataaattttgaaggttgtattagcttatgtagcctcc 5284521  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||    
T  5284520 cacgaagcatctataagttgaaatctctaaaaactttcattctttttgggtgttcaatgattgacaagttggaagaggacttagaacagatgacatcttt 5284421  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |||| |||| | |  ||||| |||||||||| |||    
T  5284420 aaccactctgatagctaataacaccgcaataacaagagtgcccttttcagtagtaaggtcgaaaagcattggatatattgctttgtgcggttatgaggga 5284321  T
Q  318 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtcaacaggaactaatcatctcccatttccatttcaaattacatcttctgtcttgtcat 417  Q
     ||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||   ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||   ||||||    
T  5284320 ctttcaagcgatgtgtttccattaataattttgtcatggatgt---cagcaacaaataatctcccatttccatttcaaatttcttcttctgaaatgtcat 5284224  T
Q  418 ctcttgtttctttagatgtaccgagtaatagaatacatgaactttcatct 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284223 ctcttgtttctttagatgtaccgagtaatagaatacatgaactttcatct 5284174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 5157859 - 5157444
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||       ||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  5157859 aaagattgtccaatgttgtctgaggtttctcctagcattggaaatctcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgaagccttc 5157760  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  5157759 caagaagcatctataagttgaaatctctgaaaattttaattctttcagggtgtataatgattgacaagttggaagaggacatagaacagatggaatcttt 5157660  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    |||||||||  ||||| |  |||||||||||| |||||| || |||||||| ||||| |||||| |||| ||||   |||||||| |||| |||||||||    
T  5157659 aaccactctgcttgcacacgacactgcaataaaaagagtacccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttgggcggctatgaagga 5157560  T
Q  318 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtcaacaggaactaatcatctcccatttccatttcaaattacatcttctgtcttgtcat 417  Q
    |||||  |   |||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |   ||| ||| ||||||||| ||||||||||   |||||| ||| | ||||||    
T  5157559 ttttctcgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcacc---aacaaataatctcccatctccatttcaa---acatctgctgccatgtcat 5157466  T
Q  418 ctcttgtttctttagatgtacc 439  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  5157465 ctcttgttcctttagatgtacc 5157444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 5128648 - 5128304
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||| |||||||||       |||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||| |    
T  5128648 aaagattgttcaatgttgtctgaggtttctactagcatcggacatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgcattagcctatgtagcctcc 5128549  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  5128548 caagaagcatctataagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggttgtataatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatcatt 5128449  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    ||| |||||  ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||| |||||| |||| |||| | ||||| || ||||  ||||||||    
T  5128448 aacaactctgcttgcaaataacactgcaataaaaagagtacccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatctctctgtgcggccatgaagga 5128349  T
Q  318 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtca 362  Q
    ||||||||   |||||||||||  ||||| | |||||||||||||    
T  5128348 ttttcaagtgatgtgtttccatctatcatctggtcttggatgtca 5128304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 439
Target Start/End: Original strand, 5425760 - 5426175
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||| |||||       ||||||| || ||||| ||||||||| || ||||||  |||||||    
T  5425760 aaagattgtccaatgttgtctgagatttctcctagcattggaaatctcagagaaattcttctaataaatttagaagattgtgttcgccttcaaagccttc 5425859  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  5425860 caagaaacatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctgggtgtgtaatgattgacaagttggaagaggacatagaacaaatggaatcttt 5425959  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    ||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| || |||||||| ||||  ||| || |||| ||||   |||||||| |||| |||||||||    
T  5425960 aaccactctgattgcacataaaactgcaataaaaagagtacccttttcagtggtaatgtcacaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaagga 5426059  T
Q  318 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtcaacaggaactaatcatctcccatttccatttcaaattacatcttctgtcttgtcat 417  Q
    |||||| |   ||||||||||   ||||||| ||||||||||||| |   ||| ||| |||||||||  |||||||||   ||||||  | || ||||||    
T  5426060 ttttcacgtgatgtgtttccagcgatcatttggtcttggatgtcacc---aacaaataatctcccatccccatttcaa---acatctgatatcatgtcat 5426153  T
Q  418 ctcttgtttctttagatgtacc 439  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  5426154 ctcttgttcctttagatgtacc 5426175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 40 - 362
Target Start/End: Original strand, 5176611 - 5176933
Alignment:
Q  40 aggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaa 139  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||       |||||||||| || ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  5176611 aggtttcccatagcattggacatctcgataaaattcttctgataaacttggaagattgtattagccttcagagtcttccaagaagtatctataagttgaa 5176710  T
Q  140 atctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataac 239  Q
    |||| | ||||   |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  5176711 atctttgaaaacactcattctttctgggtgttcgatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaactactctgcttgcaaataac 5176810  T
Q  240 actgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccat 339  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| | ||||| |||||| |||| ||||   |||||||| |||| ||||||||||| ||| |   | | |||||||    
T  5176811 actgcaataacaagagtgcccttgtcaatagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaaggattctcacgtgatatatttccat 5176910  T
Q  340 taatcattttgtcttggatgtca 362  Q
     |||||||| |||||||||||||    
T  5176911 caatcatttggtcttggatgtca 5176933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 40 - 362
Target Start/End: Original strand, 5278438 - 5278760
Alignment:
Q  40 aggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaa 139  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||       |||||||||| || ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  5278438 aggtttctcatagcattggatatctcgataaaattcttctgataaacttggaagattgtattagccttcagagtcttccaagaagtatctataagttgaa 5278537  T
Q  140 atctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataac 239  Q
    |||| | ||||   |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  5278538 atctttgaaaacactcattctttctgggtgttcgatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaactactctgcttgcaaataac 5278637  T
Q  240 actgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccat 339  Q
    |||||||||||||||||||| || ||  | ||||| |||||| |||| ||||   |||||||| |||| ||||||||||| ||| |   | | |||||||    
T  5278638 actgcaataacaagagtgcccttgtctatagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaaggattctcacgtgatatatttccat 5278737  T
Q  340 taatcattttgtcttggatgtca 362  Q
     |||||||| |||||||||||||    
T  5278738 caatcatttggtcttggatgtca 5278760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 362
Target Start/End: Original strand, 5433887 - 5434229
Alignment:
Q  20 agattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttcca 119  Q
    |||||||||||  || ||| || |||||||||||||||| ||||||       |||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||| ||| |||    
T  5433887 agattgtccaagtctttctgagatttctcctagcattggccatctcaatgaaattcttctgataaatttggaagattgtattggcctatgtaacctccca 5433986  T
Q  120 agaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaa 219  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |||| | |||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5433987 agaagcatatataagttgaaatctttgaaaactctcatccttactggctgtttaaagattgacaatttggaagatgacttggaacatatggaatctttaa 5434086  T
Q  220 ccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggatt 319  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||  | ||||||||| |||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  5434087 ccactctgcttgcaaataacactgcaataaaaagagtgcctctttcagtactgagatcaaaaagcattggatatatctctttgtgcggttatgaaggatt 5434186  T
Q  320 ttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtca 362  Q
     |||  |  | | |||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  5434187 ctcacacgatttatttccatttatcattcagtcttggatgtca 5434229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 85 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 5066858 - 5066510
Alignment:
Q  85 atttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaa 184  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  5066858 atttggaagattgtgttagccttcgtaaccttccaagaagcatctataagttgaaatctcttaaaactctcattctttctgggtgtataatgattgacaa 5066759  T
Q  185 gttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggc 284  Q
    ||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||| |||| | || |||||||| ||||| |||||| ||    
T  5066758 gttagaagaggacatagaacaaatggaatctttaaccactctgcttgcacataaaactgcaataaaaagaatacccttttcagtagtaaggtcaaaaagc 5066659  T
Q  285 atcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtcaacaggaactaatcatctcccat 384  Q
    || ||||   |||||||| |||| ||||||||||| ||  |   |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |   ||| ||| |||||||||    
T  5066658 attggatacatctctttgtgcggctatgaaggattctcgcgtgatgtgtttccatctatcattttgtcttggatgtcacc---aacaaataatctcccat 5066562  T
Q  385 ttccatttcaaattacatcttctgtcttgtcatctcttgtttctttagatgtacc 439  Q
      | |||||||   |||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||    
T  5066561 ccctatttcaa---acatctactatcatgccatctcttgttcctttagatgtacc 5066510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 265
Target Start/End: Original strand, 5447437 - 5447684
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||| ||| |    
T  5447437 aaagattgtccaatgttgtctgaggtttctcctagcattggacatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgtattggcctaggtaacctcc 5447536  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5447537 caagaagcatctataagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggttgtttaaagattgacaagctggaagaggacttggaacagatggaatcttt 5447636  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttc 265  Q
    |||||||||  |||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||    
T  5447637 aaccactctgcttgcaaataatacttcaataacaacagtgcccttttc 5447684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 73 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 5074084 - 5073795
Alignment:
Q  73 ttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgttt 172  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||     
T  5074084 ttcttctgataaatttggaagattgtattggtcttcagagccttccaagaagtatctataagttgaaatctctaaaaactctcattctttccgggtgttc 5073985  T
Q  173 gaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgta 272  Q
     | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  5073984 aatgattgacaagttggaagaggacttagaacagatgacatctttaaccactctgatagcaaataacaccgcaataacaagagtgcccttttcagtagta 5073885  T
Q  273 agatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtca 362  Q
    || || ||| |||| |||| | | |||||| |||| ||||||||||| ||| |   |||||| ||||  ||||||| |||||||||||||    
T  5073884 aggtcgaaaagcattggatatatttctttgtgcggctatgaaggattctcacgtgatgtgttcccatcgatcatttggtcttggatgtca 5073795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 5102845 - 5102501
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||| |||||       | ||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5102845 aaagattgtccaatgttgtctgaggtttgtcctaccattggagatctcactgaaatacttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgtagccttc 5102746  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||   ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  5102745 caagaagcatctataagttgaaatctttgaaaatactcattctttctgggtgtttaatgattgacaagttggaagacgacttggaacaaatggaatcatt 5102646  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    |||||||||  | ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||| |||| |||| | ||||| |  | || |||||||||    
T  5102645 aaccactcttctagcaaacaacactgcaataacaacagtgcccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatctctctatgtggctatgaagga 5102546  T
Q  318 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtca 362  Q
     |||||     |||||||||||  ||||| | |||||||||||||    
T  5102545 ctttcacatgatgtgtttccatctatcatctggtcttggatgtca 5102501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 40 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 5690368 - 5690122
Alignment:
Q  40 aggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaa 139  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  5690368 aggtttcccatagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagattgtattagcctttctaaccttccaagaagcatctataagttgaa 5690269  T
Q  140 atctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataac 239  Q
    |||||| |||| | |||||||||| |||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||    
T  5690268 atctctgaaaactctcattctttccgggtgttcaatgattaacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgcttgcaaatgac 5690169  T
Q  240 actgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcat 286  Q
    |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||| ||||    
T  5690168 actggaataacaagtgtgcccttttcaattgtaaggtcaaaaagcat 5690122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 291
Target Start/End: Original strand, 5096558 - 5096831
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||       ||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5096558 aaagattgtccaatgttgtctgaggtttctcctagcattggaaatctcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgtagccttc 5096657  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||| ||    
T  5096658 caggaagcatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctgggtgtataatgattgacgagttggaagaggacatagaacaaatggaatcatt 5096757  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggat 291  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||| ||||| |||||| |||| ||||    
T  5096758 aaccattctgcttgcaaataacactggaataaaaagagtacccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggat 5096831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 323
Target Start/End: Original strand, 5350244 - 5350549
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||| |||||       ||||||| ||  ||||||| |||||| |||||||||  |||||||    
T  5350244 aaagattgtccaatgttgtccgaggtttctcctagcattggagatctcagtgaaattcttctaatagatttggaggattgtgttagccttcaaagccttc 5350343  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  5350344 caagaagcatctttaagttgaaatctctcaaaactctcattctttcagggtgtataatgattgacaagttggaagaggacatagaacaaatggaatcttt 5350443  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    |||||||||  ||||| |||| |||||||||| |||| | || |||||||| ||||| |||||| |||| ||||   |||||||| |||| |||||||||    
T  5350444 aaccactctgcttgcacataaaactgcaataaaaagaatacccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaagga 5350543  T
Q  318 ttttca 323  Q
    ||||||    
T  5350544 ttttca 5350549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 43 - 362
Target Start/End: Original strand, 5344736 - 5345055
Alignment:
Q  43 tttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatc 142  Q
    |||||| |||||||||| |||||       ||||||| || ||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  5344736 tttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattc 5344835  T
Q  143 tctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacact 242  Q
    |||||||| | |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  5344836 tctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacact 5344935  T
Q  243 gcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccattaa 342  Q
    |||||||||| ||| || |||| ||| ||||| |||||| |||| |||| | | ||| || | || ||||||||||| ||| ||  ||| |||||||  |    
T  5344936 gcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatcta 5345035  T
Q  343 tcattttgtcttggatgtca 362  Q
    |||| | |||||||||||||    
T  5345036 tcatctggtcttggatgtca 5345055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 5354845 - 5354427
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||       |||||||||| |||||  |||| || |||| ||||  |||||| |    
T  5354845 aaagattgtccaatgttatctgaagtttctccaagcattggacatctcaataaaattcttctgataaatttcaaagactgcattaacctttctagcctcc 5354746  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | |||| | ||||||||||||| |||   ||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  5354745 caagaagcatctacaagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggttgtaaaaagttagacaagttggaagaggacttggaacaattggaatcttt 5354646  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    |||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||| || || ||| | || || || ||| |||| |||| | | |||||  | || |||||||||    
T  5354645 aaccaccctgcttgcaaatgacactgcaataacaagagtacccttctcaatagttagttccaaaagcattggatatatttctttatgtggctatgaagga 5354546  T
Q  318 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtcaacaggaactaatcatctcccatttccatttcaaattacatcttctgtcttgtcat 417  Q
    || ||| |   |||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |   ||| ||| |||||| || ||||||||||   |||||| ||| | ||||||    
T  5354545 ttctcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcacc---aacaaataatctccgatctccatttcaa---acatctgctgccatgtcat 5354452  T
Q  418 ctcttgtttctttagatgtaccgag 442  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  5354451 ctcttgtttcttttgatgtaccgag 5354427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 79 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 5182097 - 5181903
Alignment:
Q  79 tgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagat 178  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| | | ||||||||||||||||||| | |||    
T  5182097 tgataaatttggaagattgcattagccttcaaagccttccaagaagcatctataatttgaaatcattaaacactctcattctttctgggtgtttaatgat 5181998  T
Q  179 tgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaa 273  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5181997 tgacaagttggaagaggatttggaacaaatgaaatctttaaccacattgattgcaaataacactgcaataacaagagtgccgttttcagtagtaa 5181903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 361
Target Start/End: Original strand, 5383198 - 5383519
Alignment:
Q  40 aggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaa 139  Q
    |||||||||||||||||||| |||||       |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  5383198 aggtttctcctagcattggagatctcaagaaaattcttctgattaatttggaagactgtgttagcctatgtagcctcccaagaagcatttataagttgaa 5383297  T
Q  140 atctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataac 239  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||| |  ||||| |||||    
T  5383298 atctctgaaaactctcattctttctggttgtttaaagattaccaagttggaagaggacatagaacaaatggaatctttaactactttgcttgcagataac 5383397  T
Q  240 actgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccat 339  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||| || |||| |||||| | || | || | | |||||| ||||  |||||||||| ||| |   |||||||||||    
T  5383398 actgcaataacaagagttcccctttcaattttaaggtcaaaaagtattgtatatatttctttgtgcggccatgaaggattctcacgtgatgtgtttccat 5383497  T
Q  340 taatcattttgtcttggatgtc 361  Q
      ||||||  ||||||||||||    
T  5383498 ccatcattaagtcttggatgtc 5383519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 291
Target Start/End: Original strand, 5370421 - 5370694
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||       ||||||| ||  |||| ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5370421 aaagattgttcaatgctgtctgaggtttctcctagcattgggaatctcggcgaaattcttctaatagattttgaagattgtgttagccttcgtaaccttc 5370520  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| | | | |||||||| |||||| | | |||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||| ||    
T  5370521 caagaagcatttataagttgaaatctctaaagactcttattctttcagggtgtgtaatgattgagaagttggaagaggatatagaacagatggaatcatt 5370620  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggat 291  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||| ||| | |||||| |||| ||||    
T  5370621 aaccactctgcttgcaaataacactgcaataaaaagggtacccttttcagtagtacggtcaaaaagcattggat 5370694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 75 - 431
Target Start/End: Original strand, 5396857 - 5397207
Alignment:
Q  75 cttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttga 174  Q
    ||||| || ||||||||  |||||||||  ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||| | |  ||||||||||||||||      
T  5396857 cttctaataaatttggagaattgtattaagcttcaaagccttccaagaagtatttataagttgaaatcactacaaactcttcttctttctgggtgtttac 5396956  T
Q  175 agattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaag 274  Q
     ||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||    
T  5396957 tgattgacaaattggaagaagatttggaacagatggaatctttaaccaccttggttgcaaataacactgcaataaaaagagtgccgttttcaattttaag 5397056  T
Q  275 atcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtcaacaggaactaat 374  Q
     | |||| |||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |    |||||||||   ||||||| ||||||||||||| |   ||| | |    
T  5397057 gttaaaaagcattggatttatctctttgtgcggatatgaaggattttcatgtgaagtgtttccagctatcatttcgtcttggatgtcacc---aacaatt 5397153  T
Q  375 catctcccatttccatttcaaattacatcttctgtcttgtcatctcttgtttcttta 431  Q
     | ||||||||||||||||||   |||||| ||| | ||||||||||| ||||||||    
T  5397154 aacctcccatttccatttcaa---acatctgctgccatgtcatctcttatttcttta 5397207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 252
Target Start/End: Original strand, 5447007 - 5447241
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    |||||||| ||| || | ||| ||||||| ||||||||  ||||||||       |||||||||| || |||||||| || ||||||||  ||||||| |    
T  5447007 aaagattgcccactgttgtctgaggtttcacctagcatcagacatctcaataaaattcttctgataaacttggaagactgcattagcctatgtagcctcc 5447106  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| | |||| | || |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  5447107 caaaaagcatctataagttgaaatctttgaaaactctcgttctttctggttgtttaaagattgacaaggtggaagaggacttcgagaaaatggaatcttt 5447206  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaa 252  Q
    |||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  5447207 aaccactcttcttgcaaataacacttcaataacaa 5447241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 43 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 5244073 - 5243911
Alignment:
Q  43 tttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatc 142  Q
    ||||||||||||||||  |||||       ||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5244073 tttctcctagcattgggaatctcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgaagccttccaagaagcatctataagttgaaatc 5243974  T
Q  143 tctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaaca 205  Q
    ||| |||| ||||||||| || |||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5243973 tctgaaaactttcattctctcagggtgtataatgattgagaagttggaagaggacttggaaca 5243911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 156 - 256
Target Start/End: Original strand, 5179529 - 5179629
Alignment:
Q  156 attctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagag 255  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || || ||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  5179529 attctttctgggtgttcaaagattaacaagttggaagaggacttggaagaaatggaatccttaacgaccctgattgctaatgacactgcaataactagag 5179628  T
Q  256 t 256  Q
    |    
T  5179629 t 5179629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 156 - 256
Target Start/End: Original strand, 5281288 - 5281388
Alignment:
Q  156 attctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagag 255  Q
    ||||||||||||||||  | |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  5281288 attctttctgggtgttcaatgattaacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatccttaacgaccctgattgctaatgacactgcaataacaagag 5281387  T
Q  256 t 256  Q
    |    
T  5281388 t 5281388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 21 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 5147124 - 5146999
Alignment:
Q  21 gattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaa 120  Q
    |||||||||||| | ||| | ||||||| ||| |||||| |||||       |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  5147124 gattgtccaatgttgtctgaagtttctcatagtattggatatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgtactagccttcgaagtcttccaa 5147025  T
Q  121 gaagcatctataagttgaaatctcta 146  Q
    |||| || |||| |||||||| ||||    
T  5147024 gaagtatatataggttgaaatgtcta 5146999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 248 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 5243914 - 5243800
Alignment:
Q  248 aacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccattaatcatt 347  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||| | | |||||| | || ||||||||||||||| ||  ||| |||||||  |||||     
T  5243914 aacaagagtgcccttttcagtagtaaggtcaaaaagcatcggatatatttctttgtgtggctatgaaggattttcacgcgatgtatttccatctatcatc 5243815  T
Q  348 ttgtcttggatgtca 362  Q
    | |||||||||||||    
T  5243814 tggtcttggatgtca 5243800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 73 - 362
Target Start/End: Original strand, 8877514 - 8877803
Alignment:
Q  73 ttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgttt 172  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||     
T  8877514 ttcttttgataaatttggaagattgtattagccttcggagccttccaagaagtatatacaagttgaaatctctaaaatctctcattctttctgggtgttc 8877613  T
Q  173 gaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgta 272  Q
     | ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||    
T  8877614 aatgattgacaagttggaggaggacttagaacagatgaaatctttaaccactctgcttgcaaataacactgcaataaaaagagtaccattttcattagta 8877713  T
Q  273 agatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtca 362  Q
    || |||||| |||| |||| | | |||||| |||| ||||||||||||||  |   |||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  8877714 aggtcaaaaagcattggatatatttctttgtgcggctatgaaggattttcgcgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtca 8877803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Original strand, 4344496 - 4344840
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||| ||| ||| || |||| |  || ||||||||||||       ||||| |||| |||||| || |||||||||||||| ||| |||||    
T  4344496 aaagattgtccaaggctgtctgagatttcccaaagtattggacatctcaacaaaattcttttgataaatttgaaaaattgtattagcctttgtaaccttc 4344595  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| |||| | ||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4344596 caagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatcttt 4344695  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||| |||| |||||| | |||||| | || |||||||||    
T  4344696 aaccactctgattgcaaataacactgctataacaaaagtacccttttcagtagtaaggtcaaaacgcattggatttatttctttgtgtggatatgaagga 4344795  T
Q  318 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtca 362  Q
    || ||| |   ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||    
T  4344796 ttctcacgtgatgtgtttccttctatcatttggtcttggatgtca 4344840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Original strand, 4360927 - 4361271
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||| ||| ||| || |||| |  || ||||||||||||       ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  4360927 aaagattgtccaaggctgtctgagatttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgcattagcctttgtaaccttc 4361026  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| |||| | ||||||| ||||| ||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4361027 caagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgttcaatgattgacacgttggaagaggacttggaacaaatggaatcttt 4361126  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaagga 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||| || |||||| |||||||||||||| |||| |||||| | |||||| | || |||||||||    
T  4361127 aaccactctgattgcaaataacactggtataacaaaagtacccttttcaattgtaagatcaaaacgcattggatttatttctttgtgtggatatgaagga 4361226  T
Q  318 ttttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtca 362  Q
    || ||| |   ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||    
T  4361227 ttctcacgtgatgtgtttccttctatcatttcgtcttggatgtca 4361271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 4320849 - 4320506
Alignment:
Q  19 aagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttcc 118  Q
    ||||||| |||| ||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||       || || |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4320849 aagattgcccaaggctgtctcaggtttcccatagcattggacatctcaaaaaagttgttttgataaatttgaaagattgtattagcctttgtagccttcc 4320750  T
Q  119 aagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttta 218  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||| || | | ||||||| || || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4320749 aagaaacatctatacgttgaaaactctgaatactctcattctatcgggatgtttaatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatcttta 4320650  T
Q  219 accactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggat 318  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||  ||||||| ||| || |||||| | ||||| |||||| |||| |||||| | ||| || | || ||||||||||    
T  4320649 accaccctgattgcaaataatactggtataacaaaagttcccttttcattagtaaggtcaaaaagcattggatttatttctctgtgtggatatgaaggat 4320550  T
Q  319 tttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtca 362  Q
    | ||| |   ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||    
T  4320549 tctcacgtgatgtgtttccttctatcatttggtcttggatgtca 4320506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 73 - 319
Target Start/End: Original strand, 4335250 - 4335496
Alignment:
Q  73 ttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgttt 172  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||| || || |||||    
T  4335250 ttcttttgataaatttgaaagattgcattagcctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaagtctctgaaaactctcattctatcaggatgttt 4335349  T
Q  173 gaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgta 272  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||  ||||||| |||||| |||||||| |||    
T  4335350 aaagattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctcatggcagataacactggtataacaaaagtgcccttttcagtagta 4335449  T
Q  273 agatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggatt 319  Q
    |  |||||| |||| || | | |||||||| | || |||||||||||    
T  4335450 aagtcaaaaagcattggctatatctctttgtgtgggtatgaaggatt 4335496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 73 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 4124115 - 4123828
Alignment:
Q  73 ttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgttt 172  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||  |||||||||||| |||| | ||||||| || || |||||    
T  4124115 ttcttttgataaatttgaaagattgtactagcctttctaaccttccaagaaacatttattcgttgaaatctctgaaaactctcattctatcgggatgttt 4124016  T
Q  173 gaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgta 272  Q
     | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| || |||    
T  4124015 aatgattgacaagttggaagaggagttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaataatactgctataacaaaagtgcccttttcggtagta 4123916  T
Q  273 agatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgt 360  Q
    || |||||| |||| |||||| | ||| || | || ||||||||||| ||  |   ||||||||| |  ||||||| |||||||||||    
T  4123915 aggtcaaaaagcattggatttatttctctgtgtggatatgaaggattctctcgtgatgtgtttccttctatcatttcgtcttggatgt 4123828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 4133654 - 4133388
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || |||||| ||||||       ||||  | || |||||| |||| |||| ||||||||||| |||||    
T  4133654 aaagattgtccaaggctgtctgaggtttcccataccattggtcatctccataaagttctcattataaatttgaaagactgtactagccttcgtaaccttc 4133555  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||| |||| | | ||||||||||| ||||| |  |||||||| |||||||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  4133554 caagaaccatctattcgttgaaatctctgaaaactcttattctttctggctgtttaattattgacaaattggaag--gacttggaacaaatggagtcttt 4133457  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcat 286  Q
    ||||||||| ||||   |||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||| |||||| ||||    
T  4133456 aaccactctgattgtggataacactgcaataacaaaagtgcccttttcagtcgcaaggtcaaaaagcat 4133388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 113 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 6498662 - 6498484
Alignment:
Q  113 ccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaa 212  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  6498662 ccttccgagaagcatctataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacgtggaacagatggaa 6498563  T
Q  213 tctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggat 291  Q
    || || || ||  | |||||  |||| ||||| ||||||| ||| || |||||| | |||||||||||| |||| ||||    
T  6498562 tcattgacaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagttcccttttcaatagtaagatcaaaaagcattggat 6498484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 114 - 276
Target Start/End: Original strand, 6815416 - 6815578
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  | |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6815416 cttccaagaagcaactataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccatgattgaaaaattggaggaggacttggaacagatggaat 6815515  T
Q  214 ctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagat 276  Q
    |||| |  ||  | |||||  |||| ||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  6815516 ctttgattaccttgattgctgataagactgctataaaaaaagtgccattttcagtggtaagat 6815578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 114 - 276
Target Start/End: Original strand, 6651013 - 6651175
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6651013 cttcctagaagcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaat 6651112  T
Q  214 ctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagat 276  Q
    | || |  ||  | |||||  |||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | |||||||    
T  6651113 cattgaaaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagtgccgttttcaatagtaagat 6651175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 114 - 276
Target Start/End: Original strand, 6728352 - 6728514
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||| || ||||  | ||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  6728352 cttccaagaaacatctacaagttaaaatctctagaaactttgattctttcaggatgttccatgattgacaaattggaggaggacgtggaacagatggaat 6728451  T
Q  214 ctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagat 276  Q
    | || || ||  | |||||  |||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  6728452 cattgacaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagtgccattttcaatagtaagat 6728514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 6621651 - 6621542
Alignment:
Q  105 cttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaac 204  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||| |||||||| || ||||  | ||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  6621651 cttcgtaaacttccaagaagcatctataaattaaaatctctagaaactttaattctttcaggatgttccatgattgacaaattggaggaggacttggaac 6621552  T
Q  205 atatggaatc 214  Q
    | ||||||||    
T  6621551 agatggaatc 6621542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 276
Target Start/End: Original strand, 6796733 - 6796895
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||   | |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6796733 cttccaagaagcatctatacattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgtaccatgattgaaaaattggaggaggacttggaacagatggaat 6796832  T
Q  214 ctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagat 276  Q
    | || |  ||| | |||||| |||| ||| | || |||| ||||||||||||| | |||||||    
T  6796833 cattgattactttgattgcagataagacttctatcacaaaagtgccattttcaatagtaagat 6796895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 323
Target Start/End: Original strand, 6752906 - 6753115
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    ||||| ||| |||| ||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  | ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6752906 cttcctagatgcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccatgattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaat 6753005  T
Q  214 ctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatga 313  Q
    | || |  ||  | |||||  |||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | |||||||  ||| |||| |||| | | ||||| || || | |||    
T  6753006 cattgattaccttgattgcggataagactgctataacaaaagtgcccttttcaatagtaagattgaaaagcattggatatatttcttttcgtggctttga 6753105  T
Q  314 aggattttca 323  Q
    ||||||||||    
T  6753106 aggattttca 6753115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 6545575 - 6545374
Alignment:
Q  122 aagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaacc 221  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||| ||| |||||||| || ||||  |||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || |      
T  6545575 aagcatctataaattaaaatctctagaaactttgattctttcgggatgttccaagattaacaaattggaggaggacttggaacagatggaatcgttgaaa 6545476  T
Q  222 actctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggatttt 321  Q
    ||  | |||||  |||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | || ||||  ||| |||| |||| | | ||||| || || | |||||||||||    
T  6545475 accttgattgcggataagactgctataacaaaagtgcccttttcaatagttagattgaaaagcattggatatatttcttttcgtggctttgaaggatttt 6545376  T
Q  322 ca 323  Q
    ||    
T  6545375 ca 6545374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 138 - 323
Target Start/End: Original strand, 6675673 - 6675858
Alignment:
Q  138 aaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaata 237  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||  | || ||  | |||||| |||    
T  6675673 aaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacgtggaacagatggaatcaatgacaaccttgattgcagata 6675772  T
Q  238 acactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttca 323  Q
    | || || |||| || ||| || |||||| | |||||||||||  |||| |||||  |||||||  | || | |||||||||||||    
T  6675773 aaacagctataataaaagttcccttttcaatagtaagatcaaagagcattggattcatctctttatgtggctttgaaggattttca 6675858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 215
Target Start/End: Original strand, 6837220 - 6837321
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    ||||| |||||||||||||  || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  | ||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||    
T  6837220 cttccgagaagcatctatacattaaaatctctacaaactttgattctttctggatgttccatgattgacaaattggaggaggatttggtacagatggaat 6837319  T
Q  214 ct 215  Q
    ||    
T  6837320 ct 6837321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 117 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 6588328 - 6588231
Alignment:
Q  117 ccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatc 214  Q
    ||||||||||||||||| || |||||  || ||| ||| ||||||||||| ||||  | |||||| ||  |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  6588328 ccaagaagcatctataaattaaaatcgttagaaactttgattctttctggatgttctatgattgaaaaactggaggaggacttggaacagatggaatc 6588231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 177 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 7885463 - 7885354
Alignment:
Q  177 attgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagat 276  Q
    ||||||||||| ||||||||  | ||||| ||| |||||||||||||  |  ||||  || ||||||| || ||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  7885463 attgacaagttagaagaggatatagaacaaatgaaatctttaaccaccttggttgcggatgacactgctatcacaagagtgccctttgcagtagtaagat 7885364  T
Q  277 caaaaggcat 286  Q
    ||||| ||||    
T  7885363 caaaaagcat 7885354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 214
Target Start/End: Original strand, 6758670 - 6758770
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    ||||| ||||||||||| |  || ||||||||| ||| ||| ||||| || || ||  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6758670 cttccgagaagcatctaaacattaaaatctctagaaactttgattctctcaggatgcatcaagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaat 6758769  T
Q  214 c 214  Q
    |    
T  6758770 c 6758770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 85 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 9064 - 8788
Alignment:
Q  85 atttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaa 184  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  9064 atttggaagattgtgttagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctgggtgtataatgattgacaa 8965  T
Q  185 gttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggc 284  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| |||||| |     
T  8964 gttggaagaggacatagaacagatggaatctttaaccactctgcttgcagataacactgcattaacaagagtgcccttttcaatagtaaggtcaaaaagt 8865  T
Q  285 atcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtc 361  Q
    || | || | | |||||| ||||  |||||||||| ||| |   |||||||||||  ||||||  ||||||||||||    
T  8864 attgtatatatttctttgtgcggccatgaaggattctcacgtgatgtgtttccatctatcattaagtcttggatgtc 8788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 73 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 36214005 - 36213716
Alignment:
Q  73 ttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgttt 172  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||| | | | ||||||||||| ||||  || |||| | ||||||||||||| ||||     
T  36214005 ttcttctaataaatttggaagattgtattagccttcaaagccttcctaaaggtatctataagttaaaattacttaaaactctcattctttctggatgttc 36213906  T
Q  173 gaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgta 272  Q
     ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  36213905 aaagattgacaaattggaagaggacatggaacagatggaatctttaaccaccttgattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagtagta 36213806  T
Q  273 agatcaaaaggcatcggatttgtctctttgcgcggttatgaaggattttcaagcattgtgtttccattaatcattttgtcttggatgtca 362  Q
    ||||| ||| ||||||  | | | |||||| |||| ||||||||||| |||     |||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  36213805 agatctaaaagcatcgcttatatatctttgtgcggctatgaaggattctcacatgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtca 36213716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 34724721 - 34724542
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||| | ||||| | ||||| |||   || ||||||||||||||||||||| | ||||| |||   |    
T  34724721 cttccaagaagcatctataaattgaagtcagtaaaaactctcattgtgtctggatgtacaaaaattgacaagttggaagaggacatagaacaaatgactt 34724622  T
Q  214 ctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagatcaaaaggcatcggattt 293  Q
    |||| |||| |||| ||||  |||| ||| |  ||||||| || |||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  34724621 ctttgaccattctagttgcggataagacttctgtaacaagggttccatttgcagtagtaagatcaaaaagcattggattt 34724542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 177 - 293
Target Start/End: Original strand, 18935395 - 18935511
Alignment:
Q  177 attgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagat 276  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||| |||  |||||| ||||| ||  ||||  |||| |||||  ||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  18935395 attgacaagttggaagaggacatagaacagatgacatctttgaccaccctggttgcggataagactgctgtaacaagagtgccctttgcagtagtaagat 18935494  T
Q  277 caaaaggcatcggattt 293  Q
    ||||| |||| ||||||    
T  18935495 caaaaagcattggattt 18935511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 47987083 - 47986833
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    |||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||| |    
T  47987083 aaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcctatgtagcctcc 47986984  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||  || || || ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||    
T  47986983 caagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataaatgaaatcttt 47986884  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagt 268  Q
    ||| ||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  47986883 aactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtgcctttatcagt 47986833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 47996370 - 47996120
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    |||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||| |    
T  47996370 aaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcctatgtagcctcc 47996271  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||  || || || ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||    
T  47996270 caagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataaatgaaatcttt 47996171  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagt 268  Q
    ||| ||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  47996170 aactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtgcctttatcagt 47996120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 48005657 - 48005407
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    |||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||| |    
T  48005657 aaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcctatgtagcctcc 48005558  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||  || || || ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||    
T  48005557 caagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataaatgaaatcttt 48005458  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagt 268  Q
    ||| ||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  48005457 aactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtgcctttatcagt 48005407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 48014942 - 48014692
Alignment:
Q  18 aaagattgtccaatgctatctaaggtttctcctagcattggacatctcnnnnnnnttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttc 117  Q
    |||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||| |    
T  48014942 aaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcctatgtagcctcc 48014843  T
Q  118 caagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatcttt 217  Q
    |||||||||  || || || ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||    
T  48014842 caagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataaatgaaatcttt 48014743  T
Q  218 aaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagt 268  Q
    ||| ||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  48014742 aactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtgcctttatcagt 48014692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 73 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 22584390 - 22584197
Alignment:
Q  73 ttcttctgatcaatttggaagattgtattagccttcgtagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgttt 172  Q
    ||||||| || |||||| |||| ||| | |||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| | |||| | ||||||||||||| ||||     
T  22584390 ttcttctaataaatttgcaagactgtttaagcctttgtagcctcccaagaaacatctacaagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggctgtta 22584291  T
Q  173 gaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttca 266  Q
     ||  || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||||| || |||||||||||||    
T  22584290 aaaactttataagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgcttgcaaatgaaactgcaataaaaaaagtgccattttca 22584197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0552 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0552
Description:

Target: scaffold0552; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 114 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8420 - 8258
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  | |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  8420 cttccaagaagcaactataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccatgattgaaaaattggaggaggacttggaacagatggaat 8321  T
Q  214 ctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagat 276  Q
    |||| |  ||  | |||||  |||| ||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  8320 ctttgattaccttgattgctgataagactgctataaaaaaagtgccattttcagtggtaagat 8258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0813 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0813
Description:

Target: scaffold0813; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 114 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 4961 - 4799
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  4961 cttcctagaagcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaat 4862  T
Q  214 ctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagttgtaagat 276  Q
    | || |  ||  | |||||  |||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | |||||||    
T  4861 cattgaaaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagtgccgttttcaatagtaagat 4799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 214
Target Start/End: Original strand, 6605 - 6705
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6605 cttcctagaagcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaat 6704  T
Q  214 c 214  Q
    |    
T  6705 c 6705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0373 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0373
Description:

Target: scaffold0373; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 215
Target Start/End: Original strand, 9636 - 9737
Alignment:
Q  114 cttccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaaatttcattctttctgggtgtttgaagattgacaagttggaagaggacttggaacatatggaat 213  Q
    ||||| |||||||||||||  || ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||  | ||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||    
T  9636 cttccgagaagcatctatacattaaaatctctacaaactttgattctttctggatgttccatgattgacaaattggaggaggatttggtacagatggaat 9735  T
Q  214 ct 215  Q
    ||    
T  9736 ct 9737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University