View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7829A_high_1 (Length: 971)

Name: NF7829A_high_1
Description: NF7829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7829A_high_1
NF7829A_high_1
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (11-933)||(43010593-43011512)
chr2 (11-933)||(43012890-43013809)
chr2 (11-957)||(25202979-25203934)
chr2 (155-527)||(35075039-35075411)
chr2 (718-957)||(35074796-35075035)
chr2 (11-83)||(35075408-35075480)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-933)||(25675856-25676775)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-957)||(15090163-15091117)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 43011512 - 43010593
Alignment:
Q  11 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011512 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 43011413  T
Q  111 cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 210  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011412 cttgatagtcgaaacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 43011313  T
Q  211 ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011312 ctcaaaaagcataacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 43011213  T
Q  311 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011212 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 43011113  T
Q  411 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011112 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 43011013  T
Q  511 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011012 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 43010913  T
Q  608 acactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaag 707  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  43010912 acactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaag 43010813  T
Q  708 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | ||   ||    
T  43010812 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtg---cacgattg---tt 43010719  T
Q  808 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43010718 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 43010619  T
Q  908 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 933  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  43010618 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 43010593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 807; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 43013809 - 43012890
Alignment:
Q  11 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013809 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 43013710  T
Q  111 cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 210  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013709 cttgatagtcgaaacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 43013610  T
Q  211 ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013609 ctcaaaaagcataacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 43013510  T
Q  311 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013509 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 43013410  T
Q  411 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013409 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 43013310  T
Q  511 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013309 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 43013210  T
Q  608 acactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaag 707  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  43013209 acactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaag 43013110  T
Q  708 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| | ||   ||    
T  43013109 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacatttcacgtg---cacgattg---tt 43013016  T
Q  808 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013015 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 43012916  T
Q  908 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 933  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  43012915 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 43012890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 957
Target Start/End: Original strand, 25202979 - 25203934
Alignment:
Q  11 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 110  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |    
T  25202979 tggacatcacaatgcaactaaccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaatacctatgatctcaatccattcac 25203078  T
Q  111 cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 210  Q
    | ||||||||||||| ||       |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  25203079 cctgatagtcgaaacacatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagtcatgccatccccaatactagatcataaccgcccta 25203178  T
Q  211 ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| |||   ||||| ||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||    
T  25203179 ctcaaaaagcataacatctatctcccatttaaccacttgaagagaaataataacattgtggcactctcccatagtcggagctacatgttcgtcacccaat 25203278  T
Q  311 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 410  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25203279 ctgatatgtctagcaggagtctcggtaatgcgcaaacctaaagccaaacctatacaccttggcatgaaatttttgtttgctccactatcaaccaacatca 25203378  T
Q  411 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 510  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||| ||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  25203379 gcaccggtatctcccccactgtcctttgcaacttgatgcattgaggcatatcttgataatactcggtttgtctatcaaaagtcaacaaattttcaaaagt 25203478  T
Q  511 cagcacattcaattgcaactctt------ctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagc 601  Q
     | || |||||||||||||||||      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25203479 taacaaattcaattgcaactcttctgcacctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcggaatcatcctcaagc 25203578  T
Q  602 accataacactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcct 701  Q
    |||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25203579 accataacacgcaaatttttatccgtacattgataacgaggatgatacgggcctccacatttaaaacagagtccttttttacgacggtcagcaatctcct 25203678  T
Q  702 gtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagt 801  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||  |    
T  25203679 gtgaagacagattcctcacattcttgtcacgccaatttccaatgttggtagtgtgtgttttgttttgtctaacattaaacattccacgcaaaccacctat 25203778  T
Q  802 ggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgaca 901  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||    
T  25203779 ggatcttcctccactgtttcctccaggaaaatgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgccctttctaccttcattttgtgtaaca 25203878  T
Q  902 actttgttaccaaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 957  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  25203879 accttgttaccaaaaacaggtcgagatagtgaaccatgtgaccttctcgatgtcca 25203934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 155 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 35075411 - 35075039
Alignment:
Q  155 gtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacag 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  35075411 gtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcccaactcaaaaagcttaagatctatctcccattcaaccccttgaacaa 35075312  T
Q  255 aaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagc 354  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35075311 aattaataacaccatggcattctcccaaagttggagccacatgttcgtcacccaatctgatacgtctagcaggagtctcgataattcgcaaacccaaagc 35075212  T
Q  355 caaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattga 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  35075211 caaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcaacaccgatatctccctcactgtcctttgaaacctgatgcattga 35075112  T
Q  455 agcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgca 527  Q
    ||| |||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35075111 agcatatcttgataatactcagtgtgtctatcaaaagtaaacgcattttcaaaagtcaacacattcaattgca 35075039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 718 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 35075035 - 35074796
Alignment:
Q  718 cacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactg 817  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  35075035 cacattcttgtcacgccaatttccagtgttggcagtgtgtgttttgttttgtcgaacattaaacattccacgtgcaccacctgtgaattttcctcaactg 35074936  T
Q  818 tttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaa 917  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35074935 tttcctccaagaaaacgatcatgattgtctttgttattatgaaccataacccgatcgccatttctaccttcattctgtgtgacaaccttgttaccaaaaa 35074836  T
Q  918 cgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 957  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  35074835 tgggtcgagatagtgaaccatgtgaccttcgcgatgtcca 35074796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 11 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 35075480 - 35075408
Alignment:
Q  11 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtac 83  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35075480 tggacatcacaatgcaactgaccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtac 35075408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 933
Target Start/End: Original strand, 25675856 - 25676775
Alignment:
Q  11 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25675856 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 25675955  T
Q  111 cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 210  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25675956 cttgatagtcgaaacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa 25676055  T
Q  211 ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676056 ctcaaaaagcataacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat 25676155  T
Q  311 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676156 ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca 25676255  T
Q  411 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676256 gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt 25676355  T
Q  511 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676356 cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata 25676455  T
Q  608 acactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaag 707  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  25676456 acactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaag 25676555  T
Q  708 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | ||   ||    
T  25676556 acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtg---cacgattg---tt 25676649  T
Q  808 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676650 tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg 25676749  T
Q  908 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 933  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  25676750 ttaccaaaaacgggtcgagatagtga 25676775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 957
Target Start/End: Original strand, 15090163 - 15091117
Alignment:
Q  11 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  15090163 tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggattgcactct--agtacgaattcctctgatctcaatccattcac 15090260  T
Q  111 cttgatagtcgaaacgcannnnnnn-------ctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataac 203  Q
    | ||||||||||||| |               |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090261 cctgatagtcgaaacactttttttttttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataac 15090360  T
Q  204 cgcgcaactcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtc 303  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||    
T  15090361 cgcccaactcaaaaagcataatatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataataacaccatggcattctcccaaagtcggagccacgtgactgtc 15090460  T
Q  304 acccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaacc 403  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090461 acccaatctgatacgtctagcaggagtctcgataattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaacc 15090560  T
Q  404 aacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcatttt 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15090561 aacatcagcaccggtatctccctcactgtcccttgaaacctgatgtattgaagcatatcttgataatactcggtttgtctatcaaaagtcaacgcatttt 15090660  T
Q  504 caaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaag 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090661 caaaagtcagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaag 15090760  T
Q  601 caccataacactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcc 700  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15090761 caccataacacgcaaatttttatccggacattgatgacgaggatgatacgggcctccacatttaaaacagagtcctttttaacgacggtcagcaatctcc 15090860  T
Q  701 tgtgaagacagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccag 800  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15090861 tgtgaagacagactcctcacattcttgtcacgccaatttccagtgttggcagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccacctg 15090960  T
Q  801 tggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgac 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15090961 tggattttcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgccatttctaccttcattctgtgtgac 15091060  T
Q  901 aactttgttaccaaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 957  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  15091061 aaccttgtaaccaaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgaccttcgcgatgtcca 15091117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University