View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7829A_low_106 (Length: 353)

Name: NF7829A_low_106
Description: NF7829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7829A_low_106
NF7829A_low_106
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (11-353)||(55292364-55292706)
chr3 (11-313)||(54973244-54973547)
chr3 (11-313)||(54975854-54976157)
chr3 (11-313)||(54978464-54978767)
chr3 (11-349)||(10554267-10554596)
chr3 (118-353)||(16799641-16799876)
chr3 (118-308)||(603698-603885)
chr3 (118-308)||(15010208-15010395)
chr3 (118-296)||(54046607-54046782)
chr3 (118-309)||(10989622-10989812)
chr3 (118-349)||(2035036-2035258)
chr3 (118-349)||(2038543-2038765)
chr3 (118-349)||(2042284-2042506)
chr3 (118-349)||(14038022-14038244)
chr3 (118-349)||(14041490-14041712)
chr3 (118-349)||(18958741-18958963)
chr3 (155-311)||(39230602-39230756)
chr3 (248-353)||(6805873-6805981)
chr3 (238-299)||(10834231-10834292)
chr3 (325-353)||(54973231-54973259)
chr3 (325-353)||(54975841-54975869)
chr3 (325-353)||(54978451-54978479)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (11-353)||(8522750-8523093)
chr6 (11-349)||(15686060-15686387)
chr6 (118-353)||(2287966-2288201)
chr6 (118-353)||(15539105-15539340)
chr6 (118-353)||(16829639-16829865)
chr6 (118-349)||(16812623-16812845)
chr6 (118-349)||(16102188-16102410)
chr6 (220-349)||(12595802-12595924)
chr6 (171-349)||(29492600-29492770)
chr6 (238-302)||(23838104-23838168)
chr6 (323-353)||(1590542-1590572)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (11-353)||(29325180-29325523)
chr5 (11-353)||(26495704-26496047)
chr5 (118-349)||(4397554-4397776)
chr5 (118-311)||(22758711-22758903)
chr5 (119-349)||(26361136-26361356)
chr5 (220-348)||(23693304-23693425)
chr5 (225-349)||(16256091-16256208)
chr5 (225-349)||(22589888-22590005)
chr5 (225-349)||(22593443-22593560)
chr5 (225-349)||(22596998-22597115)
chr5 (226-349)||(16259725-16259841)
chr5 (227-349)||(43121022-43121135)
chr5 (227-349)||(43124555-43124668)
chr5 (227-275)||(22880138-22880186)
chr5 (32-81)||(27869341-27869390)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (11-353)||(41791490-41791833)
chr4 (19-349)||(14698540-14698870)
chr4 (19-349)||(4170848-4171178)
chr4 (11-353)||(53387660-53387996)
chr4 (11-349)||(16278050-16278380)
chr4 (118-311)||(56115656-56115848)
chr4 (118-349)||(286935-287157)
chr4 (118-349)||(15280136-15280357)
chr4 (118-349)||(28382669-28382891)
chr4 (118-349)||(47126878-47127100)
chr4 (220-349)||(16359349-16359471)
chr4 (118-349)||(33848753-33848974)
chr4 (227-353)||(31117194-31117311)
chr4 (227-349)||(55502889-55503002)
chr4 (220-349)||(10313560-10313682)
chr4 (40-115)||(21189776-21189851)
chr4 (307-353)||(9388310-9388356)
chr4 (238-299)||(24047427-24047488)
chr4 (286-349)||(15242314-15242377)
chr4 (257-315)||(15448273-15448331)
chr4 (257-299)||(15990201-15990242)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (11-353)||(21239065-21239408)
chr2 (11-353)||(21241615-21241958)
chr2 (11-349)||(24504525-24504864)
chr2 (11-353)||(20591045-20591387)
chr2 (11-313)||(31503458-31503760)
chr2 (11-313)||(31506024-31506326)
chr2 (118-311)||(28348947-28349139)
chr2 (118-308)||(12627942-12628129)
chr2 (118-349)||(41684815-41685037)
chr2 (118-310)||(44620806-44620995)
chr2 (118-349)||(23339220-23339441)
chr2 (227-349)||(31755783-31755896)
chr2 (238-299)||(21073620-21073681)
chr2 (238-302)||(9241856-9241920)
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (11-353)||(16006236-16006579)
chr7 (19-349)||(21743252-21743582)
chr7 (11-353)||(8776181-8776521)
chr7 (11-353)||(17505727-17506063)
chr7 (11-353)||(17547151-17547487)
chr7 (116-349)||(38828070-38828302)
chr7 (118-313)||(35366101-35366293)
chr7 (118-349)||(13395517-13395739)
chr7 (118-349)||(48785158-48785380)
chr7 (213-310)||(21065304-21065400)
chr7 (118-310)||(13733586-13733774)
chr7 (227-349)||(124333-124446)
chr7 (116-275)||(4993397-4993555)
chr7 (248-353)||(709467-709572)
chr7 (257-348)||(12755568-12755659)
chr7 (248-299)||(14421882-14421933)
chr7 (248-299)||(41055564-41055615)
chr7 (248-299)||(47975822-47975873)
chr7 (238-299)||(11661204-11661265)
chr7 (257-314)||(14416355-14416412)
chr7 (257-314)||(39431767-39431824)
chr7 (257-353)||(44190789-44190888)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (11-353)||(8989-9332)
scaffold0525 (118-349)||(10927-11149)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (11-353)||(45134865-45135208)
chr8 (22-349)||(6608224-6608551)
chr8 (11-313)||(7301022-7301322)
chr8 (118-311)||(363828-364020)
chr8 (118-349)||(24707859-24708082)
chr8 (15-119)||(21415190-21415294)
chr8 (118-311)||(44431901-44432093)
chr8 (118-310)||(22145439-22145628)
chr8 (118-311)||(22059443-22059633)
chr8 (227-353)||(17795239-17795356)
chr8 (227-349)||(17614764-17614879)
chr8 (118-275)||(28853862-28854018)
chr8 (118-234)||(10829505-10829619)
chr8 (257-314)||(18024576-18024633)
chr8 (325-353)||(7301307-7301335)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (11-313)||(20579321-20579626)
chr1 (116-349)||(2333021-2333253)
chr1 (118-311)||(294075-294267)
chr1 (118-349)||(20631161-20631383)
chr1 (118-349)||(37358317-37358538)
chr1 (118-349)||(36181420-36181642)
chr1 (118-296)||(24087311-24087485)
chr1 (220-310)||(14432506-14432595)
chr1 (225-349)||(22900409-22900526)
chr1 (118-349)||(45307136-45307357)
chr1 (148-275)||(296431-296558)
chr1 (238-299)||(28312446-28312507)
chr1 (248-299)||(20438131-20438182)
chr1 (257-311)||(16400803-16400857)
chr1 (325-353)||(20579308-20579336)
chr1 (325-353)||(20587001-20587029)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (118-311)||(8548-8740)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (119-311)||(2379-2570)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (118-311)||(137815-138007)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (15-115)||(1911-2011)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (119-279)||(162355-162515)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (124-310)||(134027-134209)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (220-349)||(1545-1667)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (227-349)||(33012-33125)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (227-349)||(81687-81800)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (257-311)||(8193-8247)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (238-284)||(132864-132910)
[»] scaffold0337 (1 HSPs)
scaffold0337 (238-299)||(9847-9908)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Original strand, 55292364 - 55292706
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292364 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 55292463  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  55292464 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 55292563  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55292564 aggttgcaagttgtcgttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttg 55292663  T
Q  311 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292664 tcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 55292706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 54973547 - 54973244
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54973547 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 54973448  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54973447 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 54973348  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  54973347 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgta 54973248  T
Q  310 gttg 313  Q
    ||||    
T  54973247 gttg 54973244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 54976157 - 54975854
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54976157 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 54976058  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54976057 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 54975958  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  54975957 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgta 54975858  T
Q  310 gttg 313  Q
    ||||    
T  54975857 gttg 54975854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 54978767 - 54978464
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54978767 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 54978668  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54978667 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 54978568  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  54978567 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgta 54978468  T
Q  310 gttg 313  Q
    ||||    
T  54978467 gttg 54978464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 11 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 10554596 - 10554267
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554596 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 10554497  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10554496 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatggataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 10554397  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||    
T  10554396 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttg 10554306  T
Q  311 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  10554305 tcgttgcctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatg 10554267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 118 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 16799876 - 16799641
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799876 tgttgttgttgattgaatatgatttgatgttgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 16799777  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799776 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttaaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 16799677  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799676 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 16799641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 308
Target Start/End: Original strand, 603698 - 603885
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| || |||| ||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  603698 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgcaggtttatgcttaactgcattcaattagaatatataaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 603795  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 308  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  603796 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 603885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 308
Target Start/End: Original strand, 15010208 - 15010395
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| |||     
T  15010208 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgatggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttga 15010305  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 308  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  15010306 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 15010395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 54046782 - 54046607
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  54046782 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgttggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 54046685  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 296  Q
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  54046684 gagttgtcgttctaagtaacggagtcatagtttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 54046607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 118 - 309
Target Start/End: Original strand, 10989622 - 10989812
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  10989622 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgttgatttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 10989720  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  10989721 caagttgtcgttctaagtaaaggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgtt 10989812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 2035036 - 2035258
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2035036 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2035133  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2035134 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2035226  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2035227 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 2035258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 2038543 - 2038765
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2038543 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2038640  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2038641 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2038733  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2038734 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 2038765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 2042284 - 2042506
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2042284 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2042381  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2042382 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2042474  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2042475 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 2042506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 14038244 - 14038022
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  14038244 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14038147  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14038146 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14038054  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14038053 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 14038022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 14041712 - 14041490
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  14041712 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14041615  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14041614 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14041522  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14041521 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 14041490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 18958963 - 18958741
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||| | ||| |||| | ||| ||||||||||| || | ||||| |||||| |||  |||||||| | ||    
T  18958963 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgatcgctggattatacttaattgcattcaattagaatgtacaatatgttggttcgagttgtaag-tggc 18958866  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  18958865 gagttgtcgttctaagtaacgtagttataggttgttgatgttgatctagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 18958773  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18958772 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 18958741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 155 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 39230756 - 39230602
Alignment:
Q  155 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttg 254  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39230756 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 39230658  T
Q  255 gtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
     |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  39230657 atgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 39230602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 248 - 353
Target Start/End: Original strand, 6805873 - 6805981
Alignment:
Q  248 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt---tacctatattgtcgttgtcgtagttgagtt 344  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||| ||| ||| |||| |||||   |  ||| ||||||||||  || | ||||||    
T  6805873 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcatagttgttgtcgtcgttgtcgttgtctacattgtcgttgatgttgctgagtt 6805972  T
Q  345 gtatgttga 353  Q
    |||||||||    
T  6805973 gtatgttga 6805981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 299
Target Start/End: Original strand, 10834231 - 10834292
Alignment:
Q  238 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    |||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  10834231 ggagtcttaagttgttgatgtcgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 10834292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 54973259 - 54973231
Alignment:
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973259 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 54973231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 54975869 - 54975841
Alignment:
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54975869 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 54975841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 54978479 - 54978451
Alignment:
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978479 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 54978451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 8523093 - 8522750
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8523093 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 8522994  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8522993 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 8522894  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8522893 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 8522794  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522793 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 8522750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 11 - 349
Target Start/End: Original strand, 15686060 - 15686387
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  15686060 gatgaacaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattgctgttgtctcgctgcttat 15686159  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||    
T  15686160 tattatatgttgctgttgattgaat-----ttgctgctgattgttggtttatgcataaacgcattcaattggattatacaagatgttggtgccggttgta 15686254  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | ||||    
T  15686255 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcctaggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacag------ttgttg 15686348  T
Q  311 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15686349 tagttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 15686387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 118 - 353
Target Start/End: Original strand, 2287966 - 2288201
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2287966 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 2288065  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288066 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 2288165  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288166 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 2288201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 118 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 15539340 - 15539105
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15539340 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttagtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 15539241  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
    | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15539240 aagttgtcgttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgacgaagttggggagtaagtgataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttac 15539141  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15539140 ctatgttgtcgttgtcgtagttgtgttgtatgttga 15539105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 118 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 16829865 - 16829639
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  16829865 tgttgatgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16829768  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||      ||||||||||| |    
T  16829767 tagttgtcgttataagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtgat-agttattgtgcacag------tcgttgttgttgc 16829675  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16829674 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 16829639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 16812845 - 16812623
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| ||||||||||| | ||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  16812845 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgaatgttggtttatacttaactgtattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16812748  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||      |||||||| ||| |    
T  16812747 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcaca------atcgttgtcgttgc 16812655  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  16812654 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttttatg 16812623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 16102410 - 16102188
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  16102410 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 16102313  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  16102312 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 16102220  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16102219 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 16102188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 220 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 12595924 - 12595802
Alignment:
Q  220 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 319  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  12595924 gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 12595832  T
Q  320 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  12595831 atgttgtcgttgtcgtagttgaggtgtatg 12595802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 171 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 29492770 - 29492600
Alignment:
Q  171 gcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttgg 270  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| | ||| ||||||||| |||   | || |||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  29492770 gcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgggttgtaag-ttgtgagatgtcgttataagtaacggagtcataagttgttgacgttgaccaagttgg 29492672  T
Q  271 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||||| |||| | ||| ||| ||||| |||||| ||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29492671 ggagtgagtcgt-agtcattgtgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 29492600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 23838168 - 23838104
Alignment:
Q  238 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 302  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  23838168 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 23838104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 323 - 353
Target Start/End: Original strand, 1590542 - 1590572
Alignment:
Q  323 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1590542 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 1590572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Original strand, 29325180 - 29325523
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29325180 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 29325279  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29325280 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 29325379  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29325380 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 29325479  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325480 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 29325523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 26496047 - 26495704
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26496047 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 26495948  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26495947 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 26495848  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26495847 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 26495748  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495747 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 26495704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4397776 - 4397554
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  4397776 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattcgaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 4397679  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  4397678 gagttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 4397586  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4397585 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 4397554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 22758711 - 22758903
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 216  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  22758711 tgttgctattgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 22758809  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  22758810 caagttgtcgttctaagtaatggagtcaaaggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 22758903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 119 - 349
Target Start/End: Original strand, 26361136 - 26361356
Alignment:
Q  119 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||      
T  26361136 gttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtg 26361232  T
Q  219 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 318  Q
     |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||| |||||| ||||||      ||    
T  26361233 agttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagttat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------cc 26361325  T
Q  319 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  26361326 tatgttgtcgttgccgtagttgagttgtatg 26361356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 220 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 23693425 - 23693304
Alignment:
Q  220 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 319  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  23693425 gttgtcgttctaagtaacaaagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 23693333  T
Q  320 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 348  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23693332 atattgtcgctgtcgtagttgagttgtat 23693304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 225 - 349
Target Start/End: Original strand, 16256091 - 16256208
Alignment:
Q  225 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 324  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  16256091 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 16256183  T
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  16256184 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 16256208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 225 - 349
Target Start/End: Original strand, 22589888 - 22590005
Alignment:
Q  225 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 324  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22589888 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22589980  T
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22589981 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22590005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 225 - 349
Target Start/End: Original strand, 22593443 - 22593560
Alignment:
Q  225 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 324  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22593443 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22593535  T
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22593536 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22593560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 225 - 349
Target Start/End: Original strand, 22596998 - 22597115
Alignment:
Q  225 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 324  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22596998 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22597090  T
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22597091 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22597115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 226 - 349
Target Start/End: Original strand, 16259725 - 16259841
Alignment:
Q  226 gttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattg 325  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| |||    
T  16259725 gttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttg 16259817  T
Q  326 tcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  16259818 tcgttgtcgtagttgagttgtatg 16259841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 227 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 43121135 - 43121022
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  43121135 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 43121045  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  43121044 tgttgtcgtagttgagttgtatg 43121022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 227 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 43124668 - 43124555
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  43124668 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 43124578  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  43124577 tgttgtcgtagttgagttgtatg 43124555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 227 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 22880186 - 22880138
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 275  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22880186 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 22880138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 81
Target Start/End: Original strand, 27869341 - 27869390
Alignment:
Q  32 ttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatg 81  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  27869341 ttatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg 27869390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 41791833 - 41791490
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41791833 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 41791734  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41791733 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 41791634  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41791633 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaggttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 41791534  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791533 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 41791490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 14698870 - 14698540
Alignment:
Q  19 aatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatat 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  14698870 aatgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatat 14698771  T
Q  119 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14698770 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgca 14698671  T
Q  219 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 318  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  14698670 agttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcc 14698571  T
Q  319 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14698570 tatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 14698540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4171178 - 4170848
Alignment:
Q  19 aatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatat 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  4171178 aatgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatat 4171079  T
Q  119 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4171078 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgca 4170979  T
Q  219 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 318  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  4170978 agttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcc 4170879  T
Q  319 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4170878 tatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 4170848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Original strand, 53387660 - 53387996
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  53387660 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 53387759  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53387760 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatgcatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 53387859  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  53387860 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagaggatgttgatgttggccaagttggggagtgagtcataagttattatgcacagtcgatgtcgttg 53387959  T
Q  311 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
          ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387960 ------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 53387996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 11 - 349
Target Start/End: Original strand, 16278050 - 16278380
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  16278050 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 16278149  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16278150 tattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 16278249  T
Q  211 aggttgcacgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    |||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||| ||     ||||||    
T  16278250 aggttgcaagttgtcgtttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgca-ag-----atcgtt 16278340  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    || ||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  16278341 gtcgttgcctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatg 16278380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 56115656 - 56115848
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  56115656 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 56115754  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  56115755 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 56115848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 287157 - 286935
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  287157 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 287060  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  287059 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 286967  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  286966 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 286935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 15280136 - 15280357
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  15280136 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 15280232  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  15280233 gagttgtcgttataagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 15280325  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15280326 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 15280357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 28382891 - 28382669
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  28382891 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 28382794  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  28382793 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 28382701  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28382700 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 28382669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 47126878 - 47127100
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  47126878 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 47126975  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  47126976 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggagagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 47127068  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  47127069 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 47127100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 220 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 16359471 - 16359349
Alignment:
Q  220 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 319  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |||    
T  16359471 gttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------cct 16359379  T
Q  320 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  16359378 atgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 16359349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 33848974 - 33848753
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||    
T  33848974 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggc 33848877  T
Q  218 acgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 316  Q
      |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  33848876 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 33848786  T
Q  317 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  33848785 cctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatg 33848753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 227 - 353
Target Start/End: Original strand, 31117194 - 31117311
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  31117194 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 31117284  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  31117285 tgttgtcgtagttgagttgtatgttga 31117311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 227 - 349
Target Start/End: Original strand, 55502889 - 55503002
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  55502889 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 55502979  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  55502980 tgttgtcgtagttgagttgtatg 55503002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 220 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 10313682 - 10313560
Alignment:
Q  220 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 319  Q
    |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||| |      ||||||||||| |||    
T  10313682 gttgtcgttctaagcaacgaagtcataggttgttgatgttgaccaagttgaggagtgagtcat-agttattatacacgg------tcgttgttgttgcct 10313590  T
Q  320 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    || |||||| |||||||||||| |||||||    
T  10313589 atgttgtcgctgtcgtagttgaattgtatg 10313560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 115
Target Start/End: Original strand, 21189776 - 21189851
Alignment:
Q  40 tatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 115  Q
    |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||||||||||||    
T  21189776 tatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgcttattatta 21189851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 307 - 353
Target Start/End: Original strand, 9388310 - 9388356
Alignment:
Q  307 gttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9388310 gttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 9388356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 299
Target Start/End: Original strand, 24047427 - 24047488
Alignment:
Q  238 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  24047427 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 24047488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 286 - 349
Target Start/End: Original strand, 15242314 - 15242377
Alignment:
Q  286 ttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| ||||| ||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  15242314 ttatgatgcaaagttgttgtcgttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttatatg 15242377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 257 - 315
Target Start/End: Original strand, 15448273 - 15448331
Alignment:
Q  257 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 315  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | |||||||||    
T  15448273 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgttgtt 15448331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 257 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 15990242 - 15990201
Alignment:
Q  257 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15990242 gttgaccaagttgtggagtaagtcataa-ttattatgcacagt 15990201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Original strand, 21239065 - 21239408
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21239065 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 21239164  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21239165 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 21239264  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21239265 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 21239364  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239365 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 21239408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Original strand, 21241615 - 21241958
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21241615 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 21241714  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21241715 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 21241814  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21241815 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 21241914  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241915 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 21241958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 11 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 24504864 - 24504525
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24504864 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 24504765  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24504764 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 24504665  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24504664 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 24504565  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24504564 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 24504525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Original strand, 20591045 - 20591387
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  20591045 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 20591144  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  20591145 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggtttaggttgta 20591244  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20591245 aggctgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttg 20591344  T
Q  311 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
        |    |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591345 aaaatgaaaaagttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 20591387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 31503760 - 31503458
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |    
T  31503760 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgt 31503661  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||    
T  31503660 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgta 31503561  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  31503560 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtag 31503461  T
Q  311 ttg 313  Q
    |||    
T  31503460 ttg 31503458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 31506326 - 31506024
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |    
T  31506326 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgt 31506227  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||    
T  31506226 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgta 31506127  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  31506126 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtag 31506027  T
Q  311 ttg 313  Q
    |||    
T  31506026 ttg 31506024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 28349139 - 28348947
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta-aggttg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||| | ||||    
T  28349139 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtagaagttg 28349041  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  28349040 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 28348947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 308
Target Start/End: Original strand, 12627942 - 12628129
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  12627942 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaactgcattcaattagaacatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 12628039  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 308  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  12628040 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 12628129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 41684815 - 41685037
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| | ||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  41684815 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactacattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 41684912  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  41684913 gagttgtcgttctaggtaacggagtcataggttgttgacgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 41685005  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41685006 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 41685037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 44620995 - 44620806
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  44620995 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 44620898  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  44620897 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 44620806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 23339220 - 23339441
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||    
T  23339220 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggc 23339317  T
Q  218 acgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 316  Q
      |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  23339318 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 23339408  T
Q  317 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  23339409 cctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatg 23339441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 227 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 31755896 - 31755783
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  31755896 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 31755806  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
      |||||||||||||||||||||    
T  31755805 tattgtcgtagttgagttgtatg 31755783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 299
Target Start/End: Original strand, 21073620 - 21073681
Alignment:
Q  238 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  21073620 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 21073681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 9241920 - 9241856
Alignment:
Q  238 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 302  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  9241920 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 9241856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 16006579 - 16006236
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  16006579 gatgaacaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgtagtctcgctgcttat 16006480  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16006479 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 16006380  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16006379 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataagttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 16006280  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006279 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 16006236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Original strand, 21743252 - 21743582
Alignment:
Q  19 aatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatat 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  21743252 aatgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatat 21743351  T
Q  119 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21743352 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgca 21743451  T
Q  219 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 318  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  21743452 agttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcc 21743551  T
Q  319 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21743552 tatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 21743582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 8776521 - 8776181
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8776521 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 8776422  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    |||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||    
T  8776421 tattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggta 8776324  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  8776323 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattattcacagtcgttgtcgttg 8776224  T
Q  311 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776223 ttgttgcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 8776181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Original strand, 17505727 - 17506063
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  17505727 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 17505826  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17505827 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 17505926  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  17505927 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcataagttattctgcacagtcgttgtcgttg 17506026  T
Q  311 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
          ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17506027 ------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 17506063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 17547487 - 17547151
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  17547487 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 17547388  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17547387 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 17547288  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  17547287 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcataagttattctgcacagtcgttgtcgttg 17547188  T
Q  311 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
          ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547187 ------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 17547151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 116 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 38828302 - 38828070
Alignment:
Q  116 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 215  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||| | |||  ||||||| |||    
T  38828302 tatgttgctattgattgaatatgatttgttgctgactgctggtttgtgcatagctgcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgagttgtaaagtt 38828203  T
Q  216 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 315  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||| |||    
T  38828202 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccatcgttgtggttgtcgtt 38828104  T
Q  316 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
     || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  38828103 gcccatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 38828070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 118 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 35366293 - 35366101
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| ||      
T  35366293 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaattgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaagttttg 35366195  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 313  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  35366194 a-gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 35366101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 13395517 - 13395739
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  13395517 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 13395614  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  13395615 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 13395707  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13395708 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 13395739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 48785380 - 48785158
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  48785380 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 48785283  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  48785282 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 48785190  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48785189 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 48785158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 213 - 310
Target Start/End: Original strand, 21065304 - 21065400
Alignment:
Q  213 gttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21065304 gttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttg 21065400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 310
Target Start/End: Original strand, 13733586 - 13733774
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  13733586 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 13733682  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  13733683 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 13733774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 227 - 349
Target Start/End: Original strand, 124333 - 124446
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  124333 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 124423  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  124424 tgttgtcgtagttgagttgtatg 124446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 116 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 4993555 - 4993397
Alignment:
Q  116 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| |     
T  4993555 tatgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgatggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tg 4993458  T
Q  216 gcacgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 275  Q
    ||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4993457 gcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 4993397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 248 - 353
Target Start/End: Original strand, 709467 - 709572
Alignment:
Q  248 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgta 347  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | ||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||    
T  709467 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgta 709566  T
Q  348 tgttga 353  Q
    ||||||    
T  709567 tgttga 709572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 257 - 348
Target Start/End: Original strand, 12755568 - 12755659
Alignment:
Q  257 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 348  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| || |||| |||  |||  |||||||||  || ||||||||||||    
T  12755568 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcattgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgttgagttgtat 12755659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 248 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 14421933 - 14421882
Alignment:
Q  248 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  14421933 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 14421882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 248 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 41055615 - 41055564
Alignment:
Q  248 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  41055615 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 41055564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 248 - 299
Target Start/End: Original strand, 47975822 - 47975873
Alignment:
Q  248 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  47975822 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 47975873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 238 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 11661265 - 11661204
Alignment:
Q  238 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttatt-atgcacagt 299  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  11661265 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcata-gttatttatgcacagt 11661204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 257 - 314
Target Start/End: Original strand, 14416355 - 14416412
Alignment:
Q  257 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 314  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  14416355 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 14416412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 257 - 314
Target Start/End: Original strand, 39431767 - 39431824
Alignment:
Q  257 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 314  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  39431767 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 39431824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 257 - 353
Target Start/End: Original strand, 44190789 - 44190888
Alignment:
Q  257 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca---gtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||   |||||| ||||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  44190789 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgtcgttgtcgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgtatgttga 44190888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 9332 - 8989
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9332 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 9233  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9232 tgttatatgttgttgttgaattgaatatgattcgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 9133  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9132 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaactgagtcataggttgttgatgttgaccatgttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 9033  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9032 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 8989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 10927 - 11149
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  10927 tgttactgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 11024  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||| |      |    
T  11025 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgtcg------c 11117  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11118 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 11149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 11 - 353
Target Start/End: Original strand, 45134865 - 45135208
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45134865 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 45134964  T
Q  111 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 209  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||    
T  45134965 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggt 45135064  T
Q  210 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45135065 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgggaagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 45135164  T
Q  310 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45135165 gttgttgcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 45135208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 22 - 349
Target Start/End: Original strand, 6608224 - 6608551
Alignment:
Q  22 gaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgtt 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6608224 gaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgtt 6608323  T
Q  122 gctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgt 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  6608324 gttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagt 6608423  T
Q  222 tgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctat 321  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  6608424 tgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctat 6608523  T
Q  322 attgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6608524 gttgtcgttgtcgtagttaagttgtatg 6608551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Original strand, 7301022 - 7301322
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |    
T  7301022 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattatggtcgttgtctcgctgcttgt 7301121  T
Q  111 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 210  Q
    |||||||||||| ||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  7301122 tattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgttgattgttggtttatgcataaatgcattcaattagattatacaagatgttagttcaggttgta 7301219  T
Q  211 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  7301220 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttggccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtag 7301319  T
Q  311 ttg 313  Q
    |||    
T  7301320 ttg 7301322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 364020 - 363828
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  364020 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 363922  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  363921 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 363828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Original strand, 24707859 - 24708082
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaat-atgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttg 216  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||    
T  24707859 tgttgctgttgattgaattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttcgggttgtaag-ttg 24707956  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 316  Q
       |||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |      |||||||||||     
T  24707957 tgagttgtcattataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacgg------tcgttgttgttg 24708049  T
Q  317 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24708050 cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 24708082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 15 - 119
Target Start/End: Original strand, 21415190 - 21415294
Alignment:
Q  15 aacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatt 114  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  21415190 aacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatt 21415289  T
Q  115 atatg 119  Q
    |||||    
T  21415290 atatg 21415294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 44432093 - 44431901
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 216  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  44432093 tgttgttgttgattgagtatgatt-gttgctgattgatggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 44431995  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||    
T  44431994 caagttgtcgttctaaataacggagtcatatgttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacaattgttgtcgttgt 44431901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 310
Target Start/End: Original strand, 22145439 - 22145628
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  22145439 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 22145536  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  22145537 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 22145628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 22059443 - 22059633
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||  ||||  |||  |||||||| | ||    
T  22059443 tgttgctgttgattgatcatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagattgtacaatgtgttagttcgagttgtaag-tggc 22059540  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  22059541 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 22059633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 227 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 17795356 - 17795239
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| ||| ||||| ||||    
T  17795356 ttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttgcctatgttgt 17795266  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  17795265 cgctgtcgtagttgagttgtatgttga 17795239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 227 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 17614879 - 17614764
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||||    
T  17614879 ttctaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgt 17614787  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  17614786 cgttgtcgtagtcgagttgtatg 17614764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 118 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 28854018 - 28853862
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| |||||||| || || | |||||  ||||| |||| |||||||| | ||    
T  28854018 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaattgcattcagttagaatgtacaatgtgttggttcaagttgtaag-tggc 28853921  T
Q  218 acgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 275  Q
      |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28853920 gggttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 28853862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 234
Target Start/End: Original strand, 10829505 - 10829619
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||||||| | ||  ||||| || |||||||| ||||| |||  ||||||| |||||    
T  10829505 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcataactacaaacaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgc 10829602  T
Q  218 acgttgacgttctaagt 234  Q
      |||| ||||||||||    
T  10829603 gagttgtcgttctaagt 10829619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 257 - 314
Target Start/End: Original strand, 18024576 - 18024633
Alignment:
Q  257 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 314  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  18024576 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 18024633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 353
Target Start/End: Original strand, 7301307 - 7301335
Alignment:
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7301307 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 7301335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 20579626 - 20579321
Alignment:
Q  11 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  20579626 gatgaacaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgt-gtctcgctacttat 20579528  T
Q  111 tattat---atgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggt 206  Q
    ||||||   |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  20579527 tattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcgggt 20579428  T
Q  207 tgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatc 306  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  20579427 tgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagccataggttgttgatgttggccaagttggggagtaagtcataagttactatgcacagtcgttgtc 20579328  T
Q  307 gttgttg 313  Q
    || ||||    
T  20579327 gtagttg 20579321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 116 - 349
Target Start/End: Original strand, 2333021 - 2333253
Alignment:
Q  116 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 215  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||   |||  ||||||| |||    
T  2333021 tatgttgctattgattgaatatgttttgttgctgactgctggtttgtgcataactgcattcaattagaatatacaaggtgtgagttcgagttgtaaagtt 2333120  T
Q  216 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 315  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| |||    
T  2333121 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccgtcgttgtggttgtcgtt 2333219  T
Q  316 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
     |  || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  2333220 gcacatgttgtcgttgtcgtagttaagttgtatg 2333253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 294267 - 294075
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta-aggttg 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| |||   |||  |||||| | ||||    
T  294267 tgttgctgttaattgaatatgatt-gttgctgattgctagtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaagttcgagttgtagaagttg 294169  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  294168 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 294075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 20631383 - 20631161
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  20631383 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 20631286  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  20631285 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 20631193  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20631192 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 20631161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 37358538 - 37358317
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  37358538 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcagttagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 37358442  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  37358441 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 37358349  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37358348 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 37358317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 36181642 - 36181420
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  36181642 tgttgttgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 36181545  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 317  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  36181544 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 36181452  T
Q  318 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36181451 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 36181420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 24087485 - 24087311
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||| | ||||||| | || |  ||| |||||||||| ||| | ||||||||| || |||||||| ||||| |  || ||||||| ||||    
T  24087485 tgttgctgttgattaattatgatt-gttgatttttgctggtttatgcttaactacattcaattagaatatacaaggtgttggtcgag-ttgtaag-ttgc 24087389  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 296  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  24087388 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 24087311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 220 - 310
Target Start/End: Original strand, 14432506 - 14432595
Alignment:
Q  220 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  14432506 gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 14432595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 225 - 349
Target Start/End: Original strand, 22900409 - 22900526
Alignment:
Q  225 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 324  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22900409 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22900501  T
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22900502 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22900526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 118 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 45307357 - 45307136
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  45307357 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 45307260  T
Q  218 acgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 316  Q
      |||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  45307259 gagttgtcgtttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 45307169  T
Q  317 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  45307168 cctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatg 45307136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 148 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 296558 - 296431
Alignment:
Q  148 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacg-ttctaagtaacggagtcata 246  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||  |||| || ||||||||||||||||||||    
T  296558 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 296460  T
Q  247 ggttgttggtgttgaccaagttggggagt 275  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  296459 ggttgttgatgttgaccaagttggggagt 296431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 28312507 - 28312446
Alignment:
Q  238 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  28312507 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 28312446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 248 - 299
Target Start/End: Original strand, 20438131 - 20438182
Alignment:
Q  248 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  20438131 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 20438182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 257 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 16400857 - 16400803
Alignment:
Q  257 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  16400857 gttgaccaagttgtgaagtaagtcataattatttatgcacagtcgttgtcgttgt 16400803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 20579336 - 20579308
Alignment:
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20579336 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 20579308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 20587029 - 20587001
Alignment:
Q  325 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20587029 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 20587001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Original strand, 8548 - 8740
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 216  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  8548 tgttgttgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 8646  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  8647 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 8740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 119 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 2570 - 2379
Alignment:
Q  119 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttgc 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  |||||    
T  2570 gttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 2472  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  2471 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 2379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 118 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 138007 - 137815
Alignment:
Q  118 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt-aaggttg 216  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  ||||| ||  |||    
T  138007 tgttgctgttgattgagtatga-ttgttgctgattgctggtttatgtttaacttcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaatttg 137909  T
Q  217 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  137908 caagttgtcgttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 137815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 2011 - 1911
Alignment:
Q  15 aacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatt 114  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  2011 aacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatt 1912  T
Q  115 a 115  Q
    |    
T  1911 a 1911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 119 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 162515 - 162355
Alignment:
Q  119 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttgc 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  |||||    
T  162515 gttgctgttgattgattatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 162417  T
Q  218 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagt 279  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  162416 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagt 162355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 59; Significance: 6e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 124 - 310
Target Start/End: Original strand, 134027 - 134209
Alignment:
Q  124 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttg 223  Q
    |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||   ||||    
T  134027 tgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtgagttg 134123  T
Q  224 acgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 310  Q
     |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  134124 tcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 134209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 220 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 1667 - 1545
Alignment:
Q  220 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 319  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| | || |||||| | |||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  1667 gttgtcgttctaagtaacggagtcttaggtgggtgatgttgatcgagtttgggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 1575  T
Q  320 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  1574 atgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 1545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 227 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 33125 - 33012
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  33125 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 33035  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  33034 tgttgtcgtagttgagttgtatg 33012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 227 - 349
Target Start/End: Original strand, 81687 - 81800
Alignment:
Q  227 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 326  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  81687 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 81777  T
Q  327 cgttgtcgtagttgagttgtatg 349  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  81778 tgttgtcgtagttgagttgtatg 81800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 257 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 8247 - 8193
Alignment:
Q  257 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 311  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||||||    
T  8247 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgttgt 8193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 238 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 132910 - 132864
Alignment:
Q  238 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataa 284  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  132910 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataa 132864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0337 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0337
Description:

Target: scaffold0337; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 299
Target Start/End: Original strand, 9847 - 9908
Alignment:
Q  238 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 299  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  |||||||||||    
T  9847 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagt 9908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University