View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7829A_low_150 (Length: 318)

Name: NF7829A_low_150
Description: NF7829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7829A_low_150
NF7829A_low_150
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (8-314)||(35939149-35939459)
chr7 (110-312)||(35977268-35977470)
chr7 (110-312)||(35998680-35998882)
chr7 (110-312)||(35946605-35946807)
chr7 (110-312)||(35957813-35958015)
chr7 (103-312)||(32727396-32727605)
chr7 (111-312)||(35981834-35982035)
chr7 (111-312)||(36003246-36003447)
chr7 (161-289)||(36217707-36217835)
chr7 (161-236)||(36221698-36221773)
chr7 (165-218)||(35954965-35955018)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (108-312)||(18125533-18125737)
chr1 (108-292)||(18117900-18118084)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (100-312)||(26328679-26328891)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 35939459 - 35939149
Alignment:
Q  8 caatgagatggacatcaggcagataattattaaaataatcaactcgggcttcgcttccacatttacttctagtccaactccaacggttagtttttctcag 107  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939459 caatgagtttgatatcaggcagataattattaaaataatcaactcgggcttcgcttccacatttacttctagtccaactccaacggttagtttttctcag 35939360  T
Q  108 caagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatgga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939359 caagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatgga 35939260  T
Q  208 at----gatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattg 303  Q
    ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939259 atgatggatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttgataaaagttggcacagtagaatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattg 35939160  T
Q  304 cttcaatgacg 314  Q
    |||||||||||    
T  35939159 cttcaatgacg 35939149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 110 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 35977470 - 35977268
Alignment:
Q  110 agaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaat 209  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  35977470 agaaaacatcaacaacttagatattgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaat 35977371  T
Q  210 gatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaa 309  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  35977370 gatgatcgtgcaaagtggcttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcga 35977271  T
Q  310 tga 312  Q
    |||    
T  35977270 tga 35977268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 110 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 35998882 - 35998680
Alignment:
Q  110 agaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaat 209  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  35998882 agaaaacatcaacaacttagatattgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaat 35998783  T
Q  210 gatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaa 309  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  35998782 gatgatcgtgcaaagtggcttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcga 35998683  T
Q  310 tga 312  Q
    |||    
T  35998682 tga 35998680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 110 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 35946807 - 35946605
Alignment:
Q  110 agaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaat 209  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  35946807 agaaaacaccaacaacttagatattgtgcaactagtaagtcgtctaagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaat 35946708  T
Q  210 gatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaa 309  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||  | |||||||| |    
T  35946707 gatgatcgtgcaaagtggcttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatggtgacaacacgcagtaacgcaattgcttcga 35946608  T
Q  310 tga 312  Q
    |||    
T  35946607 tga 35946605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 110 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 35958015 - 35957813
Alignment:
Q  110 agaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaat 209  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |   |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||    
T  35958015 agaaaacatcaacaacttagatattgtgcagctagtaagtcgtctcaaacaaaaactttctggtcaaaagtttttagttgtgttagatgacgtatggaat 35957916  T
Q  210 gatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaa 309  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| ||||  || ||| ||||||||||  ||  |||| ||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  35957915 gatgatcgtgcaaagtggcttgaattgatcgaattgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgcagtaactcaattgcttcaa 35957816  T
Q  310 tga 312  Q
    |||    
T  35957815 tga 35957813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 103 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 32727605 - 32727396
Alignment:
Q  103 ctcagcaagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacat 202  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||   |||||||   |||  ||||||| ||||||| |||||||| || ||  |||| || ||    
T  32727605 ctcaccaagaaaacatcaacaactttgatattgagcagctacaaagtcgttaaagacataaacttgctggtcagaagtttttgcttgtcctagacgatat 32727506  T
Q  203 atggaatgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgatt 302  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||  ||| |||| |||||||||| ||||| ||||| || || ||  ||    
T  32727505 atggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgatagatttgataaaagtcggtgcagcaggaagcaaaatcatagtgacgacacgtagcaactcattt 32727406  T
Q  303 gcttcaatga 312  Q
    ||||||||||    
T  32727405 gcttcaatga 32727396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 111 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 35982035 - 35981834
Alignment:
Q  111 gaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatg 210  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| ||   || |||| | |||  |||||||||  | |||||||||||||| ||||| |||||  |  ||||||    
T  35982035 gaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatg 35981936  T
Q  211 atgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaat 310  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||| |||||||  | ||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||    
T  35981935 atgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgat 35981836  T
Q  311 ga 312  Q
    ||    
T  35981835 ga 35981834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 111 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 36003447 - 36003246
Alignment:
Q  111 gaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatg 210  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| ||   || |||| | |||  |||||||||  | |||||||||||||| ||||| |||||  |  ||||||    
T  36003447 gaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatg 36003348  T
Q  211 atgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaat 310  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||| |||||||  | ||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||    
T  36003347 atgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgat 36003248  T
Q  311 ga 312  Q
    ||    
T  36003247 ga 36003246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 289
Target Start/End: Original strand, 36217707 - 36217835
Alignment:
Q  161 taaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcaca 260  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | |||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||  ||    
T  36217707 taaactatctggccaaaagtttatcctcgtgctagatgatgtatggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttggaagatttgatcaaagttggtgca 36217806  T
Q  261 gtaggatgcaaaatcattgtgacaacacg 289  Q
    |||||| | ||||| || ||||| |||||    
T  36217807 gtaggaagtaaaattatagtgaccacacg 36217835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 161 - 236
Target Start/End: Original strand, 36221698 - 36221773
Alignment:
Q  161 taaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatgatgatcgttcaaaatggattgagttg 236  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| |  ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  36221698 taaactttctggtcaaaagtttatcctcatcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttg 36221773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 35955018 - 35954965
Alignment:
Q  165 ctttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatgatgatcgt 218  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  35955018 ctttctggtcaaaactttttactcgtgttagatgatgtatggaatgataatcgt 35954965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 108 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 18125737 - 18125533
Alignment:
Q  108 caagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatgga 207  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||| | ||| |   | ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  18125737 caagaaaacatcatcaacttagatattgtgcaactagtaagtcttctgaaacaaacactttcaagtcaaaagtttttacttgtgttagatgatgtatgga 18125638  T
Q  208 atgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttc 307  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||| | ||| || ||||||||    
T  18125637 atgatgatcgtgcaaagtggatcgagttgaaagatttgataaaagttggcacaagaggaagcaaaattatggtgacaacacgtaataactcaattgcttc 18125538  T
Q  308 aatga 312  Q
     ||||    
T  18125537 gatga 18125533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 108 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 18118084 - 18117900
Alignment:
Q  108 caagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatgga 207  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||   ||||||| |||||  |||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  18118084 caagaaaacataaaccattttgatattgagcagctacaaagtcgtctgagacgtaaactttatggtaaaaggtttttacttgtgttagatgatatatgga 18117985  T
Q  208 atgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcag 292  Q
    |||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||    
T  18117984 atgatgattgtgtaaaatggatcgagttgaaagatttgattaaagttggcacagtaggaagcaaagtcatggcgacaacacgcag 18117900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 100 - 312
Target Start/End: Original strand, 26328679 - 26328891
Alignment:
Q  100 tttctcagcaagaaaacattaacaacttagatattgtgcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| |  |||| ||||||| |||  | || |||||| | |||  ||| ||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  26328679 tttctcaccaagaaaacattgaacactttgatattgagcaattagtgagtcgtcttagacataagctttcaggtaaaaagtttgtactcgtcttagatga 26328778  T
Q  200 catatggaatgatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttggtaaaagttggcacagtaggatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcg 299  Q
     |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||| | |||||||| | ||||||||||| ||||| | |    
T  26328779 tatatgggatgataaccgttcaaaatggattgagttgaaagatctgataaaagttggtgcagtagaaagcaaaatcttagtgacaacacgtagtaacttg 26328878  T
Q  300 attgcttcaatga 312  Q
    |||||||| ||||    
T  26328879 attgcttcgatga 26328891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University