View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7829A_low_184 (Length: 295)

Name: NF7829A_low_184
Description: NF7829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7829A_low_184
NF7829A_low_184
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-277)||(40761448-40761724)
chr4 (1-277)||(38989755-38990031)
chr4 (2-277)||(52918545-52918820)
chr4 (1-277)||(45658617-45658893)
chr4 (11-273)||(40692079-40692341)
chr4 (1-279)||(55611477-55611755)
chr4 (1-206)||(44108787-44108992)
chr4 (78-273)||(47984851-47985046)
chr4 (78-275)||(53512297-53512494)
chr4 (1-232)||(47604573-47604804)
chr4 (115-277)||(53270151-53270313)
chr4 (123-277)||(11648461-11648615)
chr4 (121-196)||(4352637-4352712)
chr4 (115-192)||(34952976-34953053)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-273)||(35584154-35584426)
chr7 (1-277)||(109456-109732)
chr7 (1-277)||(43748294-43748570)
chr7 (1-273)||(15031694-15031966)
chr7 (1-273)||(7254485-7254756)
chr7 (1-241)||(29331393-29331633)
chr7 (1-273)||(26792764-26793027)
chr7 (51-277)||(45490858-45491084)
chr7 (96-277)||(38256655-38256836)
chr7 (96-277)||(38264230-38264411)
chr7 (1-165)||(33850940-33851104)
chr7 (96-274)||(37999439-37999617)
chr7 (162-277)||(33849542-33849657)
chr7 (124-248)||(19647778-19647901)
chr7 (5-62)||(38256605-38256663)
chr7 (5-62)||(38264180-38264238)
chr7 (118-272)||(1378213-1378366)
chr7 (115-184)||(1852860-1852929)
chr7 (115-192)||(38000287-38000364)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-277)||(5342960-5343236)
chr5 (1-277)||(32747613-32747889)
chr5 (1-277)||(24855015-24855292)
chr5 (1-277)||(6431503-6431779)
chr5 (1-237)||(31471144-31471365)
chr5 (117-274)||(41615497-41615654)
chr5 (1-41)||(41615381-41615421)
chr5 (115-270)||(23248236-23248389)
chr5 (123-192)||(27949443-27949512)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (1-277)||(49326407-49326683)
chr3 (1-273)||(48062956-48063228)
chr3 (7-277)||(41973668-41973938)
chr3 (4-277)||(47373861-47374134)
chr3 (1-277)||(44206848-44207124)
chr3 (51-277)||(30389685-30389911)
chr3 (4-275)||(8485519-8485794)
chr3 (1-279)||(16483621-16483899)
chr3 (4-195)||(21449752-21449943)
chr3 (1-277)||(21978979-21979255)
chr3 (1-277)||(22001410-22001686)
chr3 (4-147)||(49439920-49440063)
chr3 (113-279)||(10493849-10494014)
chr3 (171-277)||(18876893-18876999)
chr3 (117-248)||(23334081-23334210)
chr3 (115-186)||(9127873-9127944)
chr3 (115-186)||(9135980-9136051)
chr3 (2-54)||(18877019-18877071)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (1-274)||(18277285-18277557)
chr1 (1-275)||(39598980-39599254)
chr1 (4-277)||(5749004-5749277)
chr1 (1-277)||(3474357-3474633)
chr1 (1-277)||(4852108-4852383)
chr1 (51-277)||(14271096-14271322)
chr1 (1-173)||(10222335-10222507)
chr1 (106-277)||(10311794-10311965)
chr1 (1-277)||(30517477-30517753)
chr1 (115-277)||(12524116-12524278)
chr1 (117-277)||(7563764-7563924)
chr1 (115-267)||(6604955-6605106)
chr1 (203-279)||(10222512-10222588)
chr1 (1-62)||(22334549-22334610)
chr1 (117-192)||(41367700-41367775)
chr1 (138-192)||(30516756-30516810)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-277)||(24831520-24831796)
chr8 (1-277)||(10825-11094)
chr8 (123-277)||(41835450-41835604)
chr8 (115-192)||(11457716-11457793)
chr8 (115-192)||(38621008-38621085)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-277)||(13037653-13037929)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-277)||(5463474-5463750)
chr2 (4-273)||(15112439-15112708)
chr2 (115-277)||(41962433-41962595)
chr2 (115-277)||(34949234-34949395)
chr2 (117-277)||(45536335-45536495)
chr2 (127-279)||(5937605-5937756)
chr2 (117-273)||(21484401-21484555)
chr2 (121-192)||(31717149-31717220)
chr2 (111-192)||(18964201-18964282)
chr2 (198-270)||(24169102-24169174)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (22-277)||(16352-16607)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (111-277)||(18172-18337)
[»] scaffold0064 (1 HSPs)
scaffold0064 (115-176)||(62293-62354)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (121-270)||(426514-426661)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (117-192)||(37210-37285)
[»] scaffold0210 (1 HSPs)
scaffold0210 (115-270)||(7373-7526)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 40761448 - 40761724
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40761448 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgattttcgaattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttctggaaaacgaa 40761547  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40761548 atccggaatacctcagcataggattcttttgtacggaccacattgcaccaggagtttatgcgttccacaacatccaaggacctctataaatacatcttct 40761647  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40761648 ctggttttcagcttcaacatcatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccatgcaattttttgtcattaagctga 40761724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 38989755 - 38990031
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  38989755 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccagattttcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacaaa 38989854  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||    
T  38989855 atccggaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaatatccaaggacctctataaatacatcatct 38989954  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  38989955 ccggttttcaggttcaacaccatcgaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttttgtcattaagctga 38990031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 277
Target Start/End: Original strand, 52918545 - 52918820
Alignment:
Q  2 tcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  52918545 tcaaatatgttcatttatttgataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatctggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaatgaaa 52918644  T
Q  102 tatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctc 201  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  52918645 tccggaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctatataaatacatcctctc 52918744  T
Q  202 tggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  52918745 cggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttttgtcattaagctga 52918820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 45658617 - 45658893
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||  ||||  ||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  45658617 gtcaaaaatgttcatttaattgataaaataaccaaagatatgcttttcggattatgaaatctggattgacctagggcgtaagtgtgttccggaaaacgaa 45658716  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    || |||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  45658717 atctggaatacctcaacataggattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtcgacaacatccaaggacctctataaatacatcctct 45658816  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | | |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  45658817 ccgattttcagcatcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 45658893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 11 - 273
Target Start/End: Original strand, 40692079 - 40692341
Alignment:
Q  11 ttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaata 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||  ||||||||||||  ||||||    
T  40692079 ttcatttaatcgataaaataaccaaagatatacttttcggattacgaaatccggattgacctagggcgtaagtgtgttccggaaaacgaaattcggaata 40692178  T
Q  111 ccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttca 210  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  40692179 cctcagcataggattcttttgtatggaccaaattgcaccaggagtttatgcggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttttca 40692278  T
Q  211 gcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 273  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||   || ||||||||||||||    
T  40692279 gcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatttaaatttttgtcattaag 40692341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Original strand, 55611477 - 55611755
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||||||| || |||||   |||| | |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||   |||||||||    
T  55611477 gtcaaaaatgttcgtttaatcgataaaataatcaaagataacctttttggattacgaaatccggattgacctagggcgtaagtgtgttccagaaaacgaa 55611576  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||   |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  55611577 atccagaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcaccatgagtttatgttgtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctct 55611676  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctgatg 279  Q
    |  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  55611677 ccagttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctgatg 55611755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 44108992 - 44108787
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||    
T  44108992 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgcttttcggattatgaaatccgaatttgcctagggcgtatgtgggttccggaaaacgaa 44108893  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  44108892 atcaggaataccttagcatatgattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatct 44108793  T
Q  201 ctggtt 206  Q
    | ||||    
T  44108792 ccggtt 44108787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 78 - 273
Target Start/End: Original strand, 47984851 - 47985046
Alignment:
Q  78 gtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaa 177  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47984851 gtatgtgtgttccggaaaacgaaatctggaatacctcagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaa 47984950  T
Q  178 agacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 273  Q
     |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  47984951 ggacctctataaatacagcatctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 47985046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 78 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 53512494 - 53512297
Alignment:
Q  78 gtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaa 177  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53512494 gtatgtgtgttccggaaaacgaaattcgaaatacctcagcataggattcttttgtatgaaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaa 53512395  T
Q  178 agacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagct 275  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||    
T  53512394 ggacctctataaatacatcctctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagct 53512297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 47604804 - 47604573
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  || ||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  47604804 gtcaaatatgttcatttaatcgataaaataaccaaatatatatttctcggattacgaaatccggattgacctagggcgtaagtgtgttctggaaaacaaa 47604705  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  47604704 attcggaataccttagcataggattcttttgtatggactaaattgcaccaggagtttatgtggtccacaacttccaaggacctctataaatacatcctct 47604605  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacaca 232  Q
    |  ||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  47604604 ccagttttgagcttcaataccattaaaacaca 47604573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 115 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 53270313 - 53270151
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  53270313 agcataggatccttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtgatccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccggttttcagctt 53270214  T
Q  215 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  53270213 caataccaccaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 53270151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 123 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 11648615 - 11648461
Alignment:
Q  123 attcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacca 222  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||| ||||    
T  11648615 attcttttgtatggaccacattgcaccaaaagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccgattttcagcttcaatacca 11648516  T
Q  223 tcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
     ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  11648515 gcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaattttttgtcattaagctga 11648461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 121 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 4352712 - 4352637
Alignment:
Q  121 ggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatc 196  Q
    |||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4352712 ggattcttttatatgtcccacattgcaccaagagtttatatggtccacaacatccaaggacctctataaatacatc 4352637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 115 - 192
Target Start/End: Original strand, 34952976 - 34953053
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||   | ||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||    
T  34952976 agcataagattcttttgtatggtccacattgcaccgataatttatgtggtccacaacgtccagatacttctataaata 34953053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 35584154 - 35584426
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  35584154 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaatatatgcttttcggattatgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaa 35584253  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    || |||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  35584254 atctggaatacctcagcatatgattcttttgtatcgaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatct 35584353  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 273  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  35584354 ccggttttcagcttgaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaatatcatgcaaatttttgtcattaag 35584426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 109732 - 109456
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  109732 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaatatatgcttttcggattacgaaatccgaatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaa 109633  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  109632 atccggaatacctcagaataggattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaacacatcctct 109533  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||    
T  109532 ccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacgaacacaacaaagaaaatcatgcaaatttttgtcattaagctga 109456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 43748294 - 43748570
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  43748294 gtcaaatatgtttatttattcgataaaataaccaaagatatgatttttggattacgaaattcggatttgcctagggcgtatgtgtgttccgaaaaacgaa 43748393  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||   |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  43748394 atcccgaatacctcagcataagattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtgatccacaacatccaaggacctctataaatacatcctct 43748493  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  43748494 ccggtttttagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttttgtcattaagctga 43748570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 15031694 - 15031966
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  15031694 gtcaaatatgttcattaattcgataaaataaccaaagatatgactttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaa 15031793  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  15031794 atccggaatacctcagcatatgattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctct 15031893  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 273  Q
    | | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||    
T  15031894 ccgattttcagcttcaacgccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttctcattaag 15031966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 7254485 - 7254756
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  7254485 gtcaaatatgttcatttatttgataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggattcgcctaggg-gtatgtgtgttttggaaaacgaa 7254583  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  7254584 atccggaatacctcaacatatgattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctct 7254683  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 273  Q
    |  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  7254684 ccagttttcagcttcaaaaccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 7254756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 29331393 - 29331633
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  29331393 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgatttttggattacgaaatccggatttgcttagggcgtatgtgtgtttcggaaaacgaa 29331492  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  29331493 atccggaatacctcaacataggattcttttgtatagaccacattgcaccaggagtttttgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctct 29331592  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaa 241  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29331593 ccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaa 29331633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 26793027 - 26792764
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  26793027 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgattttcggattgcgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttctgaaaaacgaa 26792928  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||||||||||         ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  26792927 atccggaatacctcagcatatgattcttttgt---------attgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctct 26792837  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 273  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  26792836 ccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 26792764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 45491084 - 45490858
Alignment:
Q  51 attacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcacca 150  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45491084 attacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatccggaatacctcaacataggattcttttgtatggaccacattgcacca 45490985  T
Q  151 ggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaata 250  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||| |    
T  45490984 agagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctctccggttctcagcttcaataccattaaaacacacaaacacaccaaagaaaa 45490885  T
Q  251 ccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
     || |||| ||||||||||||||||||    
T  45490884 tcatgcaaatttttgtcattaagctga 45490858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 96 - 277
Target Start/End: Original strand, 38256655 - 38256836
Alignment:
Q  96 acgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacat 195  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38256655 acgaaatccggaatacctcagcatagaattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacat 38256754  T
Q  196 cttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||    
T  38256755 cctcaccagttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttaagtcattaagctga 38256836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 96 - 277
Target Start/End: Original strand, 38264230 - 38264411
Alignment:
Q  96 acgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacat 195  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38264230 acgaaatccggaatacctcagcatagaattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacat 38264329  T
Q  196 cttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||    
T  38264330 cctcaccagttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataccatgcaaatttaagtcattaagctga 38264411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 33851104 - 33850940
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  33851104 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataatcaaagatatgattttcggattacgaaatccgaatttgcctagggcgtatgtgtgttctggaaaacaaa 33851005  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtc 165  Q
    || |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33851004 atctggaatacctcagcataagattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtc 33850940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 96 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 37999617 - 37999439
Alignment:
Q  96 acgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacat 195  Q
    |||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  37999617 acgaaatccggaatacctcagcatatgattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacattccaagacctccataaatacat 37999518  T
Q  196 cttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagc 274  Q
    | | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | || |||| |||||||||||||||    
T  37999517 cattttcggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaatcatgcaaatttttgtcattaagc 37999439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 162 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 33849657 - 33849542
Alignment:
Q  162 ggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattt 261  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||    
T  33849657 ggtctacaacatccaaggatctctataaatacatcatctccgattttcagcttcaacaccataaaaacacacaaacacaaaaaagaataccatgcaaatt 33849558  T
Q  262 tttgtcattaagctga 277  Q
    ||||||||||||||||    
T  33849557 tttgtcattaagctga 33849542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 124 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 19647901 - 19647778
Alignment:
Q  124 ttcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccat 223  Q
    |||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||| || || ||||||||||||||||    |||     
T  19647901 ttcttttgtatggaccacattgcaccgacagtttatgtggtccacaacgtccagaaacctttataaataaatgtt-tctggttttcagcttcttttccag 19647803  T
Q  224 caaaacacacaaatacaacaaagaa 248  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||    
T  19647802 caaaacacacaaacacaccaaagaa 19647778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 62
Target Start/End: Original strand, 38256605 - 38256663
Alignment:
Q  5 aatatgttcatttattcgataaaataacc-atagatatgattttcgaattacgaaatcc 62  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||    
T  38256605 aatatgttcatttattcgataaaataaccaaaatatatgattttcggattacgaaatcc 38256663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 62
Target Start/End: Original strand, 38264180 - 38264238
Alignment:
Q  5 aatatgttcatttattcgataaaataacc-atagatatgattttcgaattacgaaatcc 62  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||    
T  38264180 aatatgttcatttattcgataaaataaccaaaatatatgattttcggattacgaaatcc 38264238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 1378366 - 1378213
Alignment:
Q  118 ataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaa 217  Q
    |||||||||||||||||| | |||| ||||||   ||||| | ||||||| ||  |||| |||||| ||||||||  | || || |||||||| |||||     
T  1378366 ataggattcttttgtatgaatcacaatgcaccgacagtttctatggtccaaaatgtccagagacctgtataaataagtatt-tccggttttcatcttcat 1378268  T
Q  218 caccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaa 272  Q
      ||| | ||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  1378267 ttccaaccaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaa 1378213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 1852929 - 1852860
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctc 184  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||   | ||||||||||||||||| || | |||||||    
T  1852929 agcataggattcttttatatggaccacaatgcaccgacaatttatgtggtccacaacgtctagagacctc 1852860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 38000364 - 38000287
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    ||||| |||||||||||| ||  |||||||||||| | | ||| ||||||||| ||| |||| | |||||||||||||    
T  38000364 agcattggattcttttgtgtgtcccacattgcaccggcaatttttgtggtccataacgtccacatacctctataaata 38000287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 5342960 - 5343236
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  5342960 gtcaaatatgttcgtttattcgataaaataaccaaagaaatgattttcgaattaagaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccgaaaaacgaa 5343059  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  5343060 atccggaatacctcagcatatgattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctct 5343159  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5343160 ccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 5343236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 32747889 - 32747613
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||| | |||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||    
T  32747889 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaatatatgcttttcggattacgaaattcggatttgcctacgacgtatgtgtgttctggaaatcgaa 32747790  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  32747789 atccggaatacctcagcatatgattcttttgtatggaccacattacaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatct 32747690  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  32747689 ccggttttctgcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 32747613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 24855015 - 24855292
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  24855015 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaaattcggattttcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaa 24855114  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||  |||    
T  24855115 atacggaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccgcaacattcaaggacatctataaatacatactct 24855214  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaag-aataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  24855215 ccggttttcagcttcaacaccatcaaagcacacaaacataacaaagaaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 24855292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 6431503 - 6431779
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||    
T  6431503 gtcagatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgcgtttcggattacgaaatctggatttgcctagggcgtatgtgtgtttcggaaatcgaa 6431602  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||    
T  6431603 atctggaatacctcagcataggattctttcgtatggaccacattgcaccaggagttcatgtggtccacaacatccaagaacctctataaatacatcatct 6431702  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||| ||||||| | || |||| ||||||||||||||||||    
T  6431703 ccggttttcagcttcaatgccatcaaaatacacaaacacaccaaagaaaatcatgcaaatttttgtcattaagctga 6431779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 31471144 - 31471365
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||| ||  |||||||||     
T  31471144 gtcaaatatgttcatttaatcgataaaataaccaaagatatgcctttcggattacgaaatccggattcacctagggcgtaagtgtattccggaaaacgac 31471243  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| | ||||||||||||||||||               | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||    
T  31471244 atccggaatacctcaacataggattcttttgtat---------------aagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaataccccctct 31471328  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaat 237  Q
    |||||||| |||||||| || | ||||||||||||||    
T  31471329 ctggttttgagcttcaatactagcaaaacacacaaat 31471365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 117 - 274
Target Start/End: Original strand, 41615497 - 41615654
Alignment:
Q  117 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 216  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||||| |||||    
T  41615497 catatgatccttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctatcaatacaccctctccggttttcaacttca 41615596  T
Q  217 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagc 274  Q
    | |||||||||||| ||||| |||  |||||| ||||  ||| |||||||||||||||    
T  41615597 ataccatcaaaacagacaaacacacgaaagaaaaccacacaaatttttgtcattaagc 41615654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Original strand, 41615381 - 41615421
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatat 41  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  41615381 gtcaaatatgttcatttaatcgataaaataaccaaagatat 41615421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 115 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 23248389 - 23248236
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 214  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||||||  ||||| | |  | | |||||||||||  | || ||||||||||| |||    
T  23248389 agcataggattcttttgtatggaccacattgcaccgacagtttctgtggtatacaacgtgcgtatatctctataaataagtgtt-tctggttttcatctt 23248291  T
Q  215 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 270  Q
    |    ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||| | || |||||||||||    
T  23248290 cttttccaccaaaacccacaaacacaacaaagaa-accatggaaatttttgtcatt 23248236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 123 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 27949512 - 27949443
Alignment:
Q  123 attcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||   | ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27949512 attcttttgtgggaaccacattgcaccgataatttttgtggtccacaacatccataaacctctataaata 27949443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 49326407 - 49326683
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49326407 gtcaaatatattcatttattcgataaaataaccaaagatatgcttttcggattaccaaatccggacttgcctagggcgtatgtgtgttctggaaaacgaa 49326506  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    || | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  49326507 atctagaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccgcaacatccaaggacctctataaatacatcctct 49326606  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  49326607 ccggttttcaacttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 49326683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 48063228 - 48062956
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  48063228 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccagaaaacgaa 48063129  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||   |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  48063128 atccagaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacgacatccaaggacctctataaatacattctct 48063029  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 273  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  48063028 ccggttttcagcttcaacaccattaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 48062956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 7 - 277
Target Start/End: Original strand, 41973668 - 41973938
Alignment:
Q  7 tatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatgg 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||     
T  41973668 tatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatctga 41973767  T
Q  107 aataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggtt 206  Q
    ||||||| | |||| |||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  41973768 aatacctcaacataagattcttttgtatggaccacactgcaccataagtttatgtggtccacaacatccaaggacctttataaatacatcttctccggtt 41973867  T
Q  207 ttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||    
T  41973868 ttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaataacatgcaaatttttatcattaagctga 41973938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 4 - 277
Target Start/End: Original strand, 47373861 - 47374134
Alignment:
Q  4 aaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaata 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||     
T  47373861 aaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaatcgaaatc 47373960  T
Q  104 tggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctg 203  Q
     ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| |    
T  47373961 cggaatacgtcagcataggattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttacgtgatccacaaaatccaaggacctctataaatacatcctctccg 47374060  T
Q  204 gttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  47374061 attttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 47374134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 44206848 - 44207124
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  44206848 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagaaatgattttcggattacaaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccgaaaaacgaa 44206947  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||   |||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| |||    
T  44206948 atccagaatacctcatcataggattcttttttatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtcctcaacatccaaggacctctataaatatatcctct 44207047  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
      ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  44207048 tcggtttccagcttcaataccatcacaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 44207124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 30389911 - 30389685
Alignment:
Q  51 attacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcacca 150  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30389911 attacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccgaaaaacgaaatccggaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcacca 30389812  T
Q  151 ggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaata 250  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |    
T  30389811 agagtttatgtggtccacaacatccaatgacctctataaatacatcatctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaa 30389712  T
Q  251 ccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  30389711 ccatgcaaatttttgtcattaagctga 30389685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 4 - 275
Target Start/End: Original strand, 8485519 - 8485794
Alignment:
Q  4 aaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaata 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||     
T  8485519 aaatatgttcatttattagataaaataacgaaagatatgcttttcggattacgaaatccggaattgtctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatc 8485618  T
Q  104 tggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagt----ttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttc 199  Q
     ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||  ||    
T  8485619 cggaataccttagcatataattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttaattatgtggtccacaacatccaaggacatatataaatacattctc 8485718  T
Q  200 tctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagct 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||    
T  8485719 tctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacaaaacaaagaaaaccatgcacatttttgtcattaagct 8485794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 16483899 - 16483621
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||||||| || |||||   |||| | |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||   |||||||||    
T  16483899 gtcaaaaatgttcgtttaatcgataaaataatcaaagataacctttttggattacgaaatccggattgacctagggcgtaagtgtgttccagaaaacgaa 16483800  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||   |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  16483799 atccagaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcaccatgagtttatgttgtccacaacatccaaggacctctataaatacatcctct 16483700  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctgatg 279  Q
    |  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  16483699 ccagttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctgatg 16483621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 195
Target Start/End: Original strand, 21449752 - 21449943
Alignment:
Q  4 aaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaata 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  21449752 aaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaaattcgaatttgcctagggcgtatgtgtgttctggaaaacgaaatc 21449851  T
Q  104 tggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacat 195  Q
     ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21449852 cggaatacctcagcatatgattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtctatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacat 21449943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 21978979 - 21979255
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||||| || ||||||| |||||| |||| | ||| | ||||  |||| |||||| |||||||  ||||||| ||    
T  21978979 gtcaaaaatgttcatctaatcgataaaataaacaaagatatgcttttcggattatggaattcggattcacctaaggcgtaagtgtgttccggaaaacaaa 21979078  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||    
T  21979079 atccggaatacctcagcatatgattcttttgtatggaccatattgcaccaagattttatgtggtccacaacagccaatgacctctataaatacaccctct 21979178  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  21979179 ctggttttcagcttcaataccagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 21979255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 22001410 - 22001686
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||||| || ||||||| |||||| |||| | ||| | ||||  |||| |||||| |||||||  ||||||| ||    
T  22001410 gtcaaaaatgttcatctaatcgataaaataaacaaagatatgcttttcggattatggaattcggattcacctaaggcgtaagtgtgttccggaaaacaaa 22001509  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||    
T  22001510 atccggaatacctcagcatatgattcttttgtatggaccatattgcaccaagattttatgtggtccacaacagccaatgacctctataaatacaccctct 22001609  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  22001610 ctggttttcagcttcaataccagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 22001686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 147
Target Start/End: Original strand, 49439920 - 49440063
Alignment:
Q  4 aaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaata 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     
T  49439920 aaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatgtgatttccagattaggaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatc 49440019  T
Q  104 tggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgca 147  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  49440020 tggaatacctcagcataggattcttttatatggaccacattgca 49440063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 113 - 279
Target Start/End: Original strand, 10493849 - 10494014
Alignment:
Q  113 ttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagc 212  Q
    |||||||| ||||||||| |||| | |||| ||||||   ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  | || || | |||||| |    
T  10493849 ttagcatatgattcttttatatggatcacaatgcaccgacagtttatgtggtccacaacgtccatagacctctataaataagtatt-tccgattttcatc 10493947  T
Q  213 ttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctgatg 279  Q
    ||||   ||| ||||||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  10493948 ttcatttccaacaaaacacacaaacacaaaaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctgatg 10494014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 171 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 18876999 - 18876893
Alignment:
Q  171 catccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 270  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||| | | ||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  18876999 catccaatgacctctataaatacaccctctctggttttcagctacaataccagcaaaatacacaaacataccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcatt 18876900  T
Q  271 aagctga 277  Q
    |||||||    
T  18876899 aagctga 18876893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 117 - 248
Target Start/End: Original strand, 23334081 - 23334210
Alignment:
Q  117 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||  |  || ||||||||||| |||||    
T  23334081 cataggattcttttgtatggaccacattgcaccgatagtttatgtggtccacaacgtccagatacctctgtaaat--aagttttctggttttcatcttca 23334178  T
Q  217 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaa 248  Q
       ||| ||||||||| ||| ||| |||||||    
T  23334179 tttccagcaaaacacataaacacaccaaagaa 23334210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 9127944 - 9127873
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctcta 186  Q
    |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  9127944 agcataggatccttttgtgtggaccatattgcaccaagagtttatgtgatccacaacattcaaggacctcta 9127873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 9136051 - 9135980
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctcta 186  Q
    |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  9136051 agcataggatccttttgtgtggaccatattgcaccaagagtttatgtgatccacaacattcaaggacctcta 9135980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 18877071 - 18877019
Alignment:
Q  2 tcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaatta 54  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  18877071 tcaaaaatgttcatctaatcgataaaataaccaaagatatgcttttcggatta 18877019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 178; Significance: 5e-96; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 18277557 - 18277285
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  18277557 gtcaaatatgtttatttattcgataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaactccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaa 18277458  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    || |||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||    
T  18277457 atctggaatacctcatcataggattcttttgtatggac-acattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatccatcctct 18277359  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagc 274  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  18277358 cctgttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagc 18277285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 39599254 - 39598980
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||  |||  |||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  39599254 gtcaaatatgttcatttaatcgataaaataaccaaagatatacttttcgaattacgaaatccgaattgacctatggcgtaagtgtgttctggaaaacgaa 39599155  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  39599154 atccggaatacctcagcatatgattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggcccacaacatccaatgacctctataaatacatcctct 39599055  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagct 275  Q
    | | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  39599054 ccgattttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaattttttgtcattaagct 39598980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 4 - 277
Target Start/End: Original strand, 5749004 - 5749277
Alignment:
Q  4 aaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaata 103  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||     
T  5749004 aaatatgttcatttaatcgataaaataaccaaagatatggttttcggattacgaaatccggatttacctagggcgtatgtgtgttccggaaaatgaaatc 5749103  T
Q  104 tggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctg 203  Q
     ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |    
T  5749104 cggaatacctcagcataagattcttttgtacgtaccacattgcaccaagaatttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatatatcctcttcg 5749203  T
Q  204 gttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5749204 gttttcagcttcaacaccataaaaacacacaaatacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 5749277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 3474357 - 3474633
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||   |||| ||||    
T  3474357 gtcaaatatgttcatttattcaataaaataaccaaagatatttttttcggatcacgaaatctggatttgcctagggcgtatgtgtgttccagaaatcgaa 3474456  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| | ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |    
T  3474457 atccggaatacctcaacatataattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaatgacctttataaatacatccttt 3474556  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  3474557 ccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 3474633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 4852383 - 4852108
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4852383 gtcaaatatgttcatttat-cgataaaataatcaaagatatgcttttcggattacgaaatccggatttgtctagggcgtatgtgtgtttcggaaaacgaa 4852285  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  4852284 atccggaatacctcagcataggattcttttgtatagaccacattgtcccaagagtttatgtggtccataacatccaatgacctctataaatacattctct 4852185  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    |  ||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||    
T  4852184 ccagtttttagcttcaacaccatcaaaatgcacaaacacaacaaagaaaagcatgcaaatttttgtcattaagctga 4852108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 14271322 - 14271096
Alignment:
Q  51 attacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcacca 150  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  14271322 attacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaaatccggaatacctcaacataggattcttttgtatggaccagattgcacca 14271223  T
Q  151 ggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaata 250  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||| |    
T  14271222 agagtttatgtggtctacaacatccaaggacctctataaatacattttctccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacacaaaagaaaa 14271123  T
Q  251 ccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  14271122 ccatgcaaatttttgtcattaagctga 14271096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 10222335 - 10222507
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  10222335 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggatttgcctagggcgtatgtgtgttccggaaaacgaa 10222434  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacat 173  Q
    ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10222435 atccggaatacctcagcataggattcttttgtatgggccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacat 10222507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 106 - 277
Target Start/End: Original strand, 10311794 - 10311965
Alignment:
Q  106 gaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggt 205  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || | |||    
T  10311794 gaatacctcagcataggattcttttgtatagaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaatgatctctataaatacatcatccccggt 10311893  T
Q  206 tttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  10311894 tttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 10311965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 30517477 - 30517753
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  || |  |||| ||||||| ||||  | ||||||||| |||||||   ||  || ||    
T  30517477 gtcaaaaatgttcatttaatcgataaaataaccaaagatatgcattccagattatgaaatccggattcacatagggcgtaagtgtgttcctgattactaa 30517576  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  |||    
T  30517577 atccggaatacttcagcatatgattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatatggtccacaacatccaaggacctctataaataagtgctct 30517676  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||| ||||||||||||| || | ||||||||||||| ||| ||||||| | || |||| ||||||||||||||||||    
T  30517677 ctgtttttcagcttcaatactagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaatcatgcaaatttttgtcattaagctga 30517753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 115 - 277
Target Start/End: Original strand, 12524116 - 12524278
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 214  Q
    ||||| |||||||||||| |   ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  12524116 agcattggattcttttgtgtttcccacattgcaccgagagtttatatggtccacaacatccaaggacctttataaatacatcctctccggttttcagctt 12524215  T
Q  215 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  12524216 caacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 12524278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 117 - 277
Target Start/End: Original strand, 7563764 - 7563924
Alignment:
Q  117 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 216  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  7563764 cataggatccttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctctgattttcagcttca 7563863  T
Q  217 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | ||||  |||||||||||| ||  ||||||| |||| |||| || |||||||||||||||    
T  7563864 ataccagaaaaacacacaaacaccccaaagaaaaccatgcaaattcttgtcattaagctga 7563924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 115 - 267
Target Start/End: Original strand, 6604955 - 6605106
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 214  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | || ||||||||||||    
T  6604955 agcatagaattcttttgtatggacaacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacactatgtccggttttcagctt 6605054  T
Q  215 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtc 267  Q
    ||| |||| ||||||||||||| | | ||||||| |||| |||| ||||||||    
T  6605055 caataccagcaaaacacacaaacaaatcaaagaa-accatgcaaatttttgtc 6605106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 203 - 279
Target Start/End: Original strand, 10222512 - 10222588
Alignment:
Q  203 ggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctgatg 279  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  10222512 ggttttcagtttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaatatcatgcaaatttttgtcattaagctgatg 10222588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Original strand, 22334549 - 22334610
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatcc 62  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  22334549 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgcttttcggattacgaaatcc 22334610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 117 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 41367775 - 41367700
Alignment:
Q  117 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  41367775 catatgattcttttgtatggaccacaatgcaccaacagtttatatgctccacaacgtccagagacctctataaata 41367700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 192
Target Start/End: Original strand, 30516756 - 30516810
Alignment:
Q  138 ccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||    
T  30516756 ccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacgcccaaataactctataaata 30516810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 173; Significance: 5e-93; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 24831796 - 24831520
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||  ||||||||||    
T  24831796 gtcaaatatgttcatatattcaataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatccggatatgcctagggcttatctgtgttccggaaaacgaa 24831697  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24831696 atccggaatacctcagcataagattcttttgtatggaccacattgcactaggagtttatgcggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcctct 24831597  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | |||||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  24831596 ccggtttttagcttcaacaccattagaacacacaaacacaacaaagaatatcatgaaattttttgtcattaagctga 24831520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 10825 - 11094
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||       |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  10825 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaatatatgattttcggattacg-------gatttgcctatggcgtatgtgtgttccggaaaacgaa 10917  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |    
T  10918 atccggaatacctcagcattggattcttttgtatggaccgcattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatcgaagaacctctataaatacatcttat 11017  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  11018 ccggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaacacaacaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 11094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 123 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 41835604 - 41835450
Alignment:
Q  123 attcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacca 222  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||| ||||    
T  41835604 attcttttgtatggaccacattgcaccaaaagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccgattttcagcttcaatacca 41835505  T
Q  223 tcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
     ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  41835504 gcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaattttttgtcattaagctga 41835450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 11457793 - 11457716
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||   | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  11457793 agcataggattcttttgtatggaccacaatgcaccgacaatttatgtggtccacaacgtccagagacctctataaata 11457716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 192
Target Start/End: Original strand, 38621008 - 38621085
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    |||||| ||||||||||| ||  ||||||||| ||   | ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  38621008 agcatatgattcttttgtgtgatccacattgcgccgataatttttgtggtccacaacatccaaatgcctctataaata 38621085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 13037929 - 13037653
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||    
T  13037929 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaacaaagataggattttcggattacgaaatccgaatttgcctagggcgtgtgtgtgttccggaaaatgaa 13037830  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||   |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| | |||    
T  13037829 atccagaatacctcagcataggattcttttgtatggaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctttaaaaatacaccctct 13037730  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  13037729 ccggttttcaacttcaataccatcaaaacacacaaacacaaaaaagaataccatgcaaatttatgtcattaagctga 13037653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 161; Significance: 7e-86; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 5463474 - 5463750
Alignment:
Q  1 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  5463474 gtcaaatatgttcatttattcgataaaataaccaaagatatgattttcggattacgaaatctggatttgcctaggacgtatgtgtgttctggaaaacgaa 5463573  T
Q  101 atatggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttct 200  Q
    ||  ||||||||| | |||| |||||||||||||| |||||| | || || ||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||    
T  5463574 attcggaatacctcaacatatgattcttttgtatggaccacactacaacaagagttcatgtggtccacaacatccaagcacatctataaatacatcctct 5463673  T
Q  201 ctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||    
T  5463674 ccggttttcagcttcaataccatcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcatatttttgtcattaagctga 5463750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Original strand, 15112439 - 15112708
Alignment:
Q  4 aaatatgttcatttattcgataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaata 103  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| |||| |||||||  || | ||||||||||| ||||| |  | ||||||||||     
T  15112439 aaatatgttcatttaatcgataaaataaccgaagatatgcttttcggattatgaaatccgaatatacctagggcgtacgtgtgatccgaaaaacgaaatt 15112538  T
Q  104 tggaataccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctg 203  Q
     ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |    
T  15112539 cggaatacctcaacataggattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacacccaaggacctctataaatacatcatctccg 15112638  T
Q  204 gttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 273  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  15112639 gttttcagcttcaataccatcaaaacacgcaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaag 15112708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 115 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 41962595 - 41962433
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 214  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  41962595 agcattggattcttttgtatggaccacattgcacgaggagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacatcatctccggttttcagctt 41962496  T
Q  215 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||| |  ||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||    
T  41962495 caataaaatcaaaacatacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaacttttgtcattaagctga 41962433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 115 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 34949395 - 34949234
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 214  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| | |||||||| |    
T  34949395 agcataggatccttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaatgacctctataaatacaccctctccgattttcagc-t 34949297  T
Q  215 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  34949296 caataccagcaaaacacacaaacacaccaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 34949234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 117 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 45536495 - 45536335
Alignment:
Q  117 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 216  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||| |||||| |||||||    
T  45536495 cataggattattttgtatggaccacattgcaccaagagttaatgtggtccacaacatccaaggacctctacaaatacaccctctccggtttttagcttca 45536396  T
Q  217 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    | |||| ||||||||||||| ||   |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  45536395 ataccagcaaaacacacaaacacgctaaagaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 45536335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 127 - 279
Target Start/End: Original strand, 5937605 - 5937756
Alignment:
Q  127 ttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacaccatcaa 226  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| | ||||||| ||||| |||| |||    
T  5937605 ttttgtatggaccacattgtaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataaatacaccctctccgattttcagtttcaataccaacaa 5937704  T
Q  227 aacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctgatg 279  Q
    ||||||| || ||| ||||| | |||| |||| ||||| |||||||| |||||    
T  5937705 aacacacgaacacatcaaag-agaccatgcaaatttttatcattaagttgatg 5937756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 117 - 273
Target Start/End: Original strand, 21484401 - 21484555
Alignment:
Q  117 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttca 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||   | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||    
T  21484401 cataggattcttttgtatggaccacaatgcaccgacattttatgtggtccacaacgtccagagacctctataaataagtatt-tctggttttcatcttca 21484499  T
Q  217 acaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaag 273  Q
        || ||||||||||||| ||| || |||| |||| ||||  |||||||||||||    
T  21484500 ttttcagcaaaacacacaaacacaccacagaaaaccatgcaa-attttgtcattaag 21484555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 121 - 192
Target Start/End: Original strand, 31717149 - 31717220
Alignment:
Q  121 ggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||    
T  31717149 ggattcttttgtgtgatccacattgcaccgacagtttatgtggtccacaacgtccatataactctataaata 31717220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 18964282 - 18964201
Alignment:
Q  111 ccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    |||||||||| |||||||||||  |  ||||||||||||   ||||| ||| |||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  18964282 ccttagcatatgattcttttgtgaggtccacattgcaccgacagtttttgttgtccacaacaaccataaacctctataaata 18964201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 198 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 24169174 - 24169102
Alignment:
Q  198 tctctggttttcagcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 270  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| ||| || |||| |||| | ||||||||||||||    
T  24169174 tctccggtttccagcttcaataccagcaaaatacacaaacacaccatagaaaaccatgaaattttttgtcatt 24169102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 22 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 16607 - 16352
Alignment:
Q  22 gataaaataaccatagatatgattttcgaattacgaaatccagatttgcctagggcgtatgtgtgttatggaaaacgaaatatggaataccttagcatag 121  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  16607 gataaaataaccgaagatatgcttttcggattacgaaattcgaatttgcctagggcgtatgtgtgtttcggaaaacgaaatccggaatacctcagcatag 16508  T
Q  122 gattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacacc 221  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || |||||| ||||||||||||    
T  16507 gattcttttgtatggaccacattgcaccaagagtttatgtggtccacaacatccaaggacctctataagtacatcctttccggtttttagcttcaacacc 16408  T
Q  222 atcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
    ||||||||  ||||| ||| ||||||| |||| || |  |||||||||||||||||    
T  16407 atcaaaacctacaaacacaccaaagaaaaccatgctaacttttgtcattaagctga 16352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 111 - 277
Target Start/End: Original strand, 18172 - 18337
Alignment:
Q  111 ccttagcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||   | ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||  | || || || |||||    
T  18172 ccttagcataggattcttttgtatggaccacaatgcaccgatattttctgtggtccacaacatccagagacttctataaataagtattttc-ggatttca 18270  T
Q  211 gcttcaacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcattaagctga 277  Q
     |||||   ||| ||||||||||||| ||| | | ||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  18271 tcttcatttccagcaaaacacacaaacacaccgaggaaaaccatgcaaatttttgtcattaagctga 18337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0064 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0064
Description:

Target: scaffold0064; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 176
Target Start/End: Original strand, 62293 - 62354
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatcca 176  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  62293 agcataggattcttttgtatgaaccacattgcaccaaggatttatgtggtccacaacatcca 62354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 121 - 270
Target Start/End: Original strand, 426514 - 426661
Alignment:
Q  121 ggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagcttcaacac 220  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||  | || ||||||||||| |||||        
T  426514 ggattcttttgtatggtccacattgcaccaatagtttttgtggtccacaacgtccagatacctctataaataagtgtt-tctggttttcatcttcatttt 426612  T
Q  221 catcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 270  Q
    || ||||||||||||| |||  |||||| |||||| ||  ||||||||||    
T  426613 cagcaaaacacacaaacacacgaaagaa-accaggaaaacttttgtcatt 426661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 192
Target Start/End: Original strand, 37210 - 37285
Alignment:
Q  117 cataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaata 192  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| || |||||||  |||| |||||||||||||||    
T  37210 catatgattcttttgtatggaccacaatgcaccaacagtttatatgctccacaatgtccagagacctctataaata 37285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0210 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0210
Description:

Target: scaffold0210; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 115 - 270
Target Start/End: Original strand, 7373 - 7526
Alignment:
Q  115 agcataggattcttttgtatgcaccacattgcaccaggagtttatgtggtccacaacatccaaagacctctataaatacatcttctctggttttcagctt 214  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||   |||| ||| ||||||||| |||| | |||| ||||||||  | || ||||||||| | |||    
T  7373 agcataggattcttttgtatggaccacactacaccaactgtttttgtcgtccacaacgtccagatacctatataaataagtgtt-tctggtttttatctt 7471  T
Q  215 caacaccatcaaaacacacaaatacaacaaagaataccaggcaattttttgtcatt 270  Q
    ||   ||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||| || | ||||||||||||||    
T  7472 catttccaacaaaagacacaaacacaccaaag-atatcatggaattttttgtcatt 7526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University