View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7829A_low_21 (Length: 466)

Name: NF7829A_low_21
Description: NF7829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7829A_low_21
NF7829A_low_21
[»] chr6 (28 HSPs)
chr6 (8-460)||(6589108-6589560)
chr6 (2-397)||(6415891-6416286)
chr6 (64-458)||(7994023-7994417)
chr6 (17-397)||(7119082-7119462)
chr6 (17-397)||(7131560-7131940)
chr6 (19-450)||(6394736-6395167)
chr6 (19-397)||(6432086-6432464)
chr6 (19-315)||(10579532-10579828)
chr6 (19-397)||(6426436-6426814)
chr6 (4-315)||(6410013-6410324)
chr6 (19-397)||(14820618-14820993)
chr6 (19-447)||(19632314-19632739)
chr6 (19-442)||(6423097-6423520)
chr6 (19-293)||(6596724-6596998)
chr6 (21-271)||(8913783-8914033)
chr6 (64-397)||(6594447-6594780)
chr6 (136-456)||(6402723-6403046)
chr6 (217-397)||(14818307-14818487)
chr6 (136-397)||(6585150-6585411)
chr6 (219-315)||(14802343-14802439)
chr6 (19-89)||(6603001-6603071)
chr6 (345-394)||(6603324-6603373)
chr6 (210-273)||(9410751-9410814)
chr6 (365-411)||(10579879-10579925)
chr6 (208-273)||(12102315-12102380)
chr6 (19-47)||(6585078-6585106)
chr6 (225-293)||(6586112-6586180)
chr6 (55-119)||(9411558-9411622)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (2-397)||(13470511-13470906)
chr3 (19-397)||(51764236-51764614)
chr3 (22-396)||(51113580-51113954)
chr3 (19-198)||(514521-514703)
chr3 (222-397)||(51120892-51121067)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (4-394)||(10614521-10614911)
chr7 (4-447)||(15091932-15092375)
chr7 (19-198)||(10169926-10170105)
chr7 (19-198)||(10177451-10177630)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (19-308)||(19468295-19468584)
chr1 (19-192)||(9581198-9581374)
chr1 (19-307)||(9586654-9586942)
chr1 (212-308)||(52082595-52082691)
chr1 (80-119)||(29691334-29691373)
chr1 (80-119)||(29718846-29718885)
chr1 (73-119)||(29658812-29658858)
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (136-397)||(53761685-53761943)
chr4 (19-396)||(546839-547219)
chr4 (19-267)||(21834174-21834422)
chr4 (25-314)||(640923-641212)
chr4 (73-315)||(55908575-55908820)
chr4 (53-273)||(570400-570617)
chr4 (19-275)||(532236-532489)
chr4 (166-306)||(1524429-1524569)
chr4 (165-315)||(1552706-1552859)
chr4 (143-293)||(8187011-8187161)
chr4 (165-393)||(1548365-1548594)
chr4 (213-293)||(1537757-1537837)
chr4 (17-97)||(371148-371228)
chr4 (19-104)||(570752-570840)
chr4 (143-193)||(1519063-1519113)
chr4 (212-397)||(644756-644940)
chr4 (166-295)||(659736-659865)
chr4 (149-274)||(7225809-7225934)
chr4 (224-293)||(12121458-12121527)
chr4 (49-104)||(53761591-53761646)
chr4 (223-281)||(1489361-1489419)
chr4 (223-293)||(1513407-1513477)
chr4 (224-308)||(1519143-1519227)
chr4 (153-197)||(3438496-3438540)
chr4 (353-397)||(55505235-55505279)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (5-191)||(28525142-28525328)
chr5 (5-307)||(20477864-20478166)
chr5 (230-392)||(41901542-41901704)
chr5 (210-386)||(41889541-41889717)
chr5 (225-395)||(32267402-32267572)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (225-395)||(27922435-27922605)
chr8 (212-308)||(18315262-18315358)
chr8 (19-104)||(17627852-17627937)
chr8 (142-267)||(17636316-17636445)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (73-315)||(1037511-1037756)
chr2 (365-402)||(45245227-45245264)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (147-315)||(1388-1559)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (143-315)||(544-716)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (250-329)||(39177-39256)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 28)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 460
Target Start/End: Original strand, 6589108 - 6589560
Alignment:
Q  8 ttggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6589108 ttggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttaga 6589207  T
Q  108 ggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6589208 ggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaag 6589307  T
Q  208 aaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6589308 aaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaa 6589407  T
Q  308 aaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttcaaga 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6589408 aaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttcaaga 6589507  T
Q  408 gattcatctgggggatattcatttaagtgacaaaactagggaaatcttctccc 460  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6589508 gatttatctgggggatattcatttaagtgacaaaactagggaaatcttctccc 6589560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 6416286 - 6415891
Alignment:
Q  2 tcgagtttggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaa 101  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||| |  ||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  6416286 tcgagtttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaataaatggttaagcgatgaaggtatcataatgttttcttccaacttccccaa 6416187  T
Q  102 tttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttc 201  Q
    |||  || |||||||||| |||  |||||||  | ||||| |||||||||||||||| || |  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  6416186 tttgcagctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttt 6416087  T
Q  202 tgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctga 301  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||    
T  6416086 tgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtga 6415987  T
Q  302 tctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    ||||||| |||||||  |||||| ||||| ||| |||| || ||||| || ||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6415986 tctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattacttgaattttgtgataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtggtagagaactgcacac 6415891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 64 - 458
Target Start/End: Original strand, 7994023 - 7994417
Alignment:
Q  64 gatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattga 163  Q
    |||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||  || |||| ||||| |||||||| |||   |||||| ||||||||||| | || || |    
T  7994023 gatgcaaacatcatattgtttgctaccattttcccaaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaa 7994122  T
Q  164 gaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaactt 263  Q
    | | |||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||| | | | |||||||||||| |    
T  7994123 ggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacat 7994222  T
Q  264 gtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggag 363  Q
    |||||||||||  ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||   || ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||| || |||    
T  7994223 gtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttaccgag 7994322  T
Q  364 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttcaagagattcatctgggggatattcatttaagtgacaaaactagggaaatcttctc 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||||| || | |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  7994323 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcatataagtgacaaaaatagggaactcttctc 7994417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 7119462 - 7119082
Alignment:
Q  17 atcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttga 116  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||| ||||| ||| ||  |||| || |||||| |||||||||||||| |  | |||||    
T  7119462 atcctcagttaaagtctctctatttaggtagaaatttacggttaactgatgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttga 7119363  T
Q  117 tttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaag 216  Q
    ||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||  |||||||||||||||  ||||   | |||||||    
T  7119362 tttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaag 7119263  T
Q  217 ctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgta 316  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |  | |||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||| |||||||  || ||||||| || ||||||     
T  7119262 ctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgtt 7119163  T
Q  317 tagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
      |||||| || || ||| |||  ||  |||| ||||||||||  |  | | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7119162 gcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaaaaaagaagtgaaacatgtggaagaaaactgcacac 7119082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 7131940 - 7131560
Alignment:
Q  17 atcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttga 116  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||| ||||| ||| ||  |||| || |||||| |||||||||||||| |  | |||||    
T  7131940 atcctcagttaaagtctctctatttaggtagaaatttacggttaactgatgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttga 7131841  T
Q  117 tttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaag 216  Q
    ||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||  |||||||||||||||  ||||   | |||||||    
T  7131840 tttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaag 7131741  T
Q  217 ctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgta 316  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |  | |||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||| |||||||  || ||||||| || ||||||     
T  7131740 ctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgtt 7131641  T
Q  317 tagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
      |||||| || || ||| |||  ||  |||| ||||||||||  |  | | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7131640 gcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaacaaagcagtgaaacatgtggaagaaaactgcacac 7131560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 6395167 - 6394736
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||  |||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  6395167 cctcagttaaactctctctatttgggtacaaattactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttccccaatttacagctacttgatt 6395068  T
Q  119 tcaattcttg-taataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagc 217  Q
    | |    ||| | | || |||||| |||||||||||||||| || |  | |||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||   |||||||| |    
T  6395067 tgacacgttgctcacaa-atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaac 6394969  T
Q  218 tacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtat 317  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||| || | | |||||||||| ||||||      
T  6394968 tacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttg 6394869  T
Q  318 agggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttcaagagattcatctg 417  Q
     |||||| ||||||||  |||| |   ||||||  ||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| | |   ||||||| || ||    
T  6394868 tgggcttttgcaattacaacttgataattgtaaaaatgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagagattaatttg 6394769  T
Q  418 ggggatattcatttaagtgacaaaactagggaa 450  Q
    ||||||||| || |||||||| ||| |||||||    
T  6394768 ggggatattgatgtaagtgacgaaaatagggaa 6394736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 6432464 - 6432086
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  |    |||||||    
T  6432464 cctcagttaaagtctctctatttgggtcacaattcatggttaaggaatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgatt 6432365  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    |   ||  ||| ||   |||  | |||||||||||||||| || || |||||||||||  |||  ||||||||||||||||  ||||  |||||||||||    
T  6432364 tgcgttggtgtcatcgtataaatgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagct 6432265  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtata 318  Q
    || |||||||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||||| ||| |||||| ||| ||||||       
T  6432264 acatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgt 6432165  T
Q  319 gggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    |||||| ||||| |||  ||  |   |||| || |||||||  || |||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  6432164 gggcttctgcaactattcctgtacaattgtgataatgtcacacagaagggagtgaaacttgtggtagaaaaatgcacac 6432086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 315
Target Start/End: Original strand, 10579532 - 10579828
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||  || |||||||| |||||| |||||||||||||  || |||||||||    
T  10579532 cctcaattaaaatctctctatttgggtagaaattcattgttacgtgatgaaatgattataatgttagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatt 10579631  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    | ||| ||||  |  |||||||| ||||||||| |||||| |   |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   |||   | ||||||||     
T  10579632 tgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcg 10579731  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 315  Q
    |||| |||| ||  ||||| |||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||    
T  10579732 acttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgt 10579828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 6426814 - 6426436
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  6426814 cctcaattgaagtctctctatctgggtagaaattcatggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgatt 6426715  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    | ||   |||   | | |||||| ||||||||||| |||| || || | |||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||   || ||||| ||    
T  6426714 tgaaggtttgccgtgaaatatctgaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaact 6426615  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtata 318  Q
    || |||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||| |||||||| ||||   || ||||| ||||  | |||  ||||||||| ||||||       
T  6426614 acatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgt 6426515  T
Q  319 gggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
     || || ||||||||| |||| ||  ||||||   ||||||   | |||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  6426514 cggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaatgaagggtgtgaaacaagtggtagaaaactgcacac 6426436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 6410324 - 6410013
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatt 103  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||||||||||| ||  |||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  6410324 gagtttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggattacaatacatcgttaagtgatgaaataatcattttgtttgcttccatttttcccaatt 6410225  T
Q  104 tagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattg-agaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttct 202  Q
    || |  | |||||||| |    |||  |  | |||||| |||||||||||||||| ||  |||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||  |    
T  6410224 tacaactacttgatttgacgggttgccagcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttacagaa-atgttgtaagcttaagcatttggacttagcctatt 6410126  T
Q  203 gtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgat 302  Q
    | || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||| |||||||||||  ||| ||||| |||| || ||| ||||    
T  6410125 gcaaaaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgat 6410026  T
Q  303 ctcaaaaaattgt 315  Q
    |||||| ||||||    
T  6410025 ctcaaagaattgt 6410013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 14820993 - 14820618
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||  |||||  ||| ||||||||||||||| |||||| || | |||||||    
T  14820993 cctcaattgaagtctctctatttgggtcacaattcatggttaaatgatgaaataatcattttgtatgcttccattttcccaaatttaaagctacttgatt 14820894  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    |  |   || |  ||   ||||| |||||||||||||||  || || | |||||||||| |||  |||||||||||||  || |||     |||||| ||    
T  14820893 tacaagattctccta---tatctgaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaact 14820797  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtata 318  Q
    || |||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| || || ||||||| ||| ||||||| || ||||||       
T  14820796 acatggaattaactttgcagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgt 14820697  T
Q  319 gggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    |||||| ||| ||||| |||| ||   |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14820696 gggcttttgcgattattacttgaaaaatgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacac 14820618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 19632739 - 19632314
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||| ||| || | |||||| |||||  |||| ||||||||  ||  ||||||||    
T  19632739 cctcaattaaagtctctctatttgggtcgaaatttacggttaagtgatgaaaagattacaatgttcgcttcgttttttcccaatttgtagcggcttgatt 19632640  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    | |||  |||  || |||||||||| | |||||||||||| ||   ||||||||||||||| | ||||||||||||| |    |||   | ||| || ||    
T  19632639 tgaatcgttgctattacatatctaatgctatttgtcaagtttt---aagatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacct 19632543  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtata 318  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| | | ||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||| |   ||| | | |||||||||| ||||||       
T  19632542 acttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgt 19632443  T
Q  319 gggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttcaagagattcatctgg 418  Q
    |||||| ||||| | | |||  ||  ||||  | || |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||  | |||||| || |||    
T  19632442 gggcttttgcaactcttactgaaaaattgtgctaatatcacagagaagggagtgaaacacgtggtagaaaactgcaaacaactgaaggagatttatttgg 19632343  T
Q  419 gggatattcatttaagtgacaaaactagg 447  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19632342 gggatattcattcaagtgacaaaactagg 19632314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 6423520 - 6423097
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||    
T  6423520 cctcaattaaagtctctctatttgggttacacttcgtggttaagtgatgaaatcatcataatgtttgcttccattttccctaatttaaaactacttgatt 6423421  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    | ||   |||  || | |||| | | ||||||||||| || ||  | | |||| || || |||  ||||||||||||||||  ||| |  ||||||||||    
T  6423420 tgaagggttgccatcaaatatttgatggtatttgtcatgttttacggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagtgaagct 6423321  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtata 318  Q
    || || ||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||| |||  ||||||||| | ||||       
T  6423320 acgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgt 6423221  T
Q  319 gggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttcaagagattcatctgg 418  Q
    ||| || ||||| ||| |||| ||  |||| ||||||| ||  |  | ||| |||||| |||||||  ||||||||||| | |   ||||||| || |||    
T  6423220 gggattttgcaactattacttgaagattgtgattatgtaacaaacaaaggactgaaacgtgtggtattaaactgcacacaattgagagagatttatttgg 6423121  T
Q  419 gggatattcatttaagtgacaaaa 442  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||    
T  6423120 gagattttcatgtaagtgacaaaa 6423097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 293
Target Start/End: Original strand, 6596724 - 6596998
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||| |||||| ||||  || |||||| |||| || |||||  || ||||||| |    
T  6596724 cctcaattaaagtctctctatttgggtagaaatttttggttaagtaatgaaaatattataagattagcttccttttttcctaatttgcagctgcttgact 6596823  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    |  |||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||| || || ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||   |||   |  |||||||     
T  6596824 tatattctaataataacatttctgaaggtatttgtcaagttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcg 6596923  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacact 293  Q
    ||||| ||| ||||||| | |||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  6596924 acttgaaataaactttgaaattccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacact 6596998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 21 - 271
Target Start/End: Original strand, 8913783 - 8914033
Alignment:
Q  21 tcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttc 120  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||  |||||||  |||| ||  |||||||||||||||||||||||  |||||||  |  ||||||||||     
T  8913783 tcaattaaagtctctttatttgggtgacaatttgtggttaacggatgaaatcatcataatgtttgcttccattttttccaatttgcatatgcttgattt- 8913881  T
Q  121 aattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctac 220  Q
    |||| |||  || | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||| |     ||    | |||||||||||    
T  8913882 aattattgagattatatatctaaaggtatttgtcaagttttaagaagatgttgtaagattaaacatttgaacttcgttggatgatcaagagtgaagctac 8913981  T
Q  221 ttggaatgaactttgtagttcccatgttgga-ggtgttgaacttgtcaaata 271  Q
    ||| ||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||    
T  8913982 ttgcaataaactttgtagttcccaagttggattgtgttgaatttgtcaaata 8914033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 64 - 397
Target Start/End: Original strand, 6594447 - 6594780
Alignment:
Q  64 gatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattga 163  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||| |  | ||   || | |||||| |||||||||||||||| || |    
T  6594447 gatgaaaacatcatattgtttgcttctattttccccactttggagctgcttgatttgaggttttccgatcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaa 6594546  T
Q  164 gaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaactt 263  Q
    | ||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||   |||   | ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||   ||||||||||| ||||    
T  6594547 ggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgttgtactt 6594646  T
Q  264 gtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggag 363  Q
    |||||||||| | ||| ||||| | ||||||  | |||||||||| ||||||   |||||| | ||| ||  |||  ||  |||| || || |||| |||    
T  6594647 gtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactaaaactagaaaattgtgatcatctcacagag 6594746  T
Q  364 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  6594747 gagggagccaaacatgtggtagaaaactgcacac 6594780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 136 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 6403046 - 6402723
Alignment:
Q  136 atatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttg 235  Q
    |||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||| |    |||   | |||||||||||||||||| |||||||    
T  6403046 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttg 6402947  T
Q  236 tagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatc 335  Q
     |||||||    | || ||||||||||||||| |||| || ||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||  |||||| || || |||     
T  6402946 cagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttgaaactatt 6402847  T
Q  336 acttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttcaagagattcatctggggg---atattcattta 432  Q
    | |   |  |||| || ||||||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||   ||||||| || || |||    | ||||||||    
T  6402846 attgagagattgttataatgtcacagaaaagggagcgaaacatgtgatagaaaactgtacacaactgagagagatttatttgagggtttgttttcattta 6402747  T
Q  433 agtgacaaaactagggaaatcttc 456  Q
    | |||||||||||||||| |||||    
T  6402746 actgacaaaactagggaactcttc 6402723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 217 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 14818487 - 14818307
Alignment:
Q  217 ctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgta 316  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| || || ||||||| ||| ||||||| || ||||||     
T  14818487 ctacatggaattaactttgcagttctcaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgtt 14818388  T
Q  317 tagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
      |||||| ||| ||||| |||| ||  ||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14818387 ctgggcttttgcgattattacttgaaaattgtaataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacac 14818307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 136 - 397
Target Start/End: Original strand, 6585150 - 6585411
Alignment:
Q  136 atatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttg 235  Q
    |||||| ||||||||||||| || || || ||||||| ||| |||||||||||||||||  |    |||   | |||||||||||||||||| ||||||     
T  6585150 atatctgaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttt 6585249  T
Q  236 tagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatc 335  Q
    ||||| ||  ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| | ||||   | |||| || || |||     
T  6585250 tagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactatt 6585349  T
Q  336 acttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    |||  ||  |||| |  ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  6585350 actgaaaggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaaacatgtggtagaaatttgcacac 6585411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 219 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 14802439 - 14802343
Alignment:
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 315  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||    
T  14802439 acttggaactaactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgt 14802343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 89
Target Start/End: Original strand, 6603001 - 6603071
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttc 89  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||    
T  6603001 cctcaattaaagtctctctatttaggtgacaatttatggttaagtgttcaaaaaatcataatgtttgcttc 6603071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 345 - 394
Target Start/End: Original strand, 6603324 - 6603373
Alignment:
Q  345 ttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 394  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6603324 ttgttattatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 6603373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9410814 - 9410751
Alignment:
Q  210 agtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaataca 273  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||    
T  9410814 agtgaagttaattggattgaactttgaagctcccaagttggaggtgttgaatttgtcacataca 9410751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 365 - 411
Target Start/End: Original strand, 10579879 - 10579925
Alignment:
Q  365 agggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttcaagagatt 411  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  10579879 agggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatt 10579925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 12102380 - 12102315
Alignment:
Q  208 aaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaataca 273  Q
    |||||||| || | |||| ||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||| |||||    
T  12102380 aaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 12102315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 47
Target Start/End: Original strand, 6585078 - 6585106
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaa 47  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6585078 cctcaattaaagtctctctatttgggtaa 6585106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 225 - 293
Target Start/End: Original strand, 6586112 - 6586180
Alignment:
Q  225 aatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacact 293  Q
    ||||||||||||| |||||| | | ||||||||| | |||||||| ||| ||||| ||||| |||||||    
T  6586112 aatgaactttgtacttcccaagctagaggtgttggatttgtcaaaaacagatgttcatgatgaaacact 6586180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 55 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 9411622 - 9411558
Alignment:
Q  55 tggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgattt 119  Q
    |||||||| |||  ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||    
T  9411622 tggttaagagataaaaacatcaaaaggtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattt 9411558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 397
Target Start/End: Original strand, 13470511 - 13470906
Alignment:
Q  2 tcgagtttggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaa 101  Q
    ||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |   ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13470511 tcgaggttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcaatggttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaa 13470610  T
Q  102 tttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttc 201  Q
    |||  || |||||||||| |||| ||| |||  | |||| ||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  13470611 tttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctat 13470710  T
Q  202 tgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctga 301  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  13470711 tgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatga 13470810  T
Q  302 tctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    ||||||| ||||||   |||||| ||||| ||| |||| |||||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13470811 tctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagagggagtgaaacatgtggtagagaactgcacac 13470906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 397
Target Start/End: Original strand, 51764236 - 51764614
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  51764236 cctcaattaaagtctctctatctgggtgaaaatacatggttaagtgatgaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatt 51764335  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    | |||||||| |||  ||||||||||||| | ||| |||| || || ||||||| ||||||||||||||||||| || ||   |||   | |||||||||    
T  51764336 ttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagct 51764435  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtata 318  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||  ||||||||  |||||| ||| ||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||       
T  51764436 acttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgc 51764535  T
Q  319 gggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    |||||| ||||| ||| |||  ||| |||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51764536 gggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggagaagggagtgaaacatgtggttgaaaactgcacac 51764614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 22 - 396
Target Start/End: Original strand, 51113580 - 51113954
Alignment:
Q  22 caattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttca 121  Q
    ||||||||||||||| | |||| | | ||| |||||||||| ||||  |  ||||||||| |||||||||||||||||||| |  || | |||||||| |    
T  51113580 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagatgagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 51113679  T
Q  122 attcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctact 221  Q
     |  |||  || | |||||  |||||||||||||||| || |  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||   ||| ||||||||||    
T  51113680 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 51113779  T
Q  222 tggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtataggg 321  Q
    |||||||||||||| || |||||   ||||||||||  |||||||||||||||  ||| ||||| ||||||| ||| ||||||| || | ||||   |||    
T  51113780 tggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 51113879  T
Q  322 cttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaca 396  Q
    ||| ||||| | | |||  ||  |||| |  ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  51113880 cttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcaca 51113954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 198
Target Start/End: Original strand, 514521 - 514703
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| ||||| |||| |||  | |||||||||||||| |||||||| |||||  || |  ||||||    
T  514521 cctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatgcttaagagatgaaaaccttataatgtttgcttcaattttcccgaatttgcagctaattgatt 514620  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatct---aaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagcc 198  Q
    | |  | |||| |||||||||||   ||| |||| |||||||| || |  ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  514621 tgagctattgtgataacatatctgacaaaagtatctgtcaagttttaaagagatggtctaagattaggcatttgaacttagcc 514703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 397
Target Start/End: Original strand, 51120892 - 51121067
Alignment:
Q  222 tggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtataggg 321  Q
    |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||| ||| ||||||| | |||||||| | ||||   |||    
T  51120892 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 51120991  T
Q  322 cttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    ||| ||||||| || ||  ||   |||   ||||||||  |  | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51120992 cttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 51121067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 4 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 10614911 - 10614521
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatt 103  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||| |   || |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  10614911 gagtttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcagtggttaagcgatgaaggcattataaagtttgcttccaatttccccaatt 10614812  T
Q  104 tagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctg 203  Q
    |  |  |||||||||| |||  ||| |||  | ||| | |||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  10614811 tgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttatatgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattg 10614712  T
Q  204 taagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatc 303  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  10614711 taaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacactctatgtgatc 10614612  T
Q  304 tcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 394  Q
    || || || ||||  |||||| ||||| ||| |||| |||||| | || ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10614611 tcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattacttgaactttctcataatgtcacagaagaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 10614521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 4 - 447
Target Start/End: Original strand, 15091932 - 15092375
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatt 103  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| | | ||||   |||||||||||| ||  |||| |||  ||||||||||||||||||| |    
T  15091932 gagtttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggctcacaattaccggttaagtgatgaaatcatcagaatacttgcttccattttccccaact 15092031  T
Q  104 tagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctg 203  Q
    ||||| | ||||||||   |  |||  ||||||||||| ||||||||| |||||| || || | ||||| |||| |||  |||||||||||| |    ||    
T  15092032 tagagctacttgatttgggtcattgctataacatatctcaaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatg 15092131  T
Q  204 taagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatc 303  Q
    |   |  ||||| |||| |||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||  ||||    
T  15092132 tttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatc 15092231  T
Q  304 tcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttc 403  Q
    ||||| ||||||   |||||| ||||| ||| |||| || ||||| || ||||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |      
T  15092232 tcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaattttgttataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacacaattga 15092331  T
Q  404 aagagattcatctgggggatattcatttaagtgacaaaactagg 447  Q
     ||||||| || || || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  15092332 gagagattaatttgcggtatatccatgtaagtgacaaaactagg 15092375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 198
Target Start/End: Original strand, 10169926 - 10170105
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | | ||| ||||| |||| |||| | | |||||||||||| |||||||||| || |||||  || || ||||||    
T  10169926 cctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataatgttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatt 10170025  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagcc 198  Q
    | || ||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||| || || || |||| ||| ||||||||||| || ||||||    
T  10170026 tgaactcttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaatttagcc 10170105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 198
Target Start/End: Original strand, 10177451 - 10177630
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | | ||| ||||| |||| |||| | | |||||||||||| |||||||||| || |||||  || || ||||||    
T  10177451 cctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataatgttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatt 10177550  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagcc 198  Q
    | || ||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||| || || || |||| ||| ||||||||||| || ||||||    
T  10177551 tgaactcttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaatttagcc 10177630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 308
Target Start/End: Original strand, 19468295 - 19468584
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | | |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||    
T  19468295 cctcaattaaagtatctctacttggctgagaattcatggttaagcgatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatt 19468394  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    | || || || ||  |||||||  |||| ||||||||||| || || || |||| ||| ||||||||||| |||||||||  ||||   | |||||| ||    
T  19468395 tgaactcatgcaaccacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatct 19468494  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 308  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  19468495 acttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaa 19468584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 9581374 - 9581198
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| | |||  ||| ||||| |||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||     
T  9581374 cctcaattaaagtctcttgatttgggtcacaatcaatgtttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatc 9581275  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaa---aggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaac 192  Q
    |      |||   ||||||||||||   ||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  9581274 tgcgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaaaaagatgttgtcagattagacatttgaac 9581198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 9586942 - 9586654
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||   |||  ||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||     
T  9586942 cctcaattgaagtctcttgatttgggtcgcaatcaatggttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatc 9586843  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaa---ggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaa 215  Q
    |      |||   |||||||||||||   |||||||||||||| ||   |||||||||| ||||||| ||||||||| || | |  | |      || ||    
T  9586842 tgtgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttacaaagatgttgtcagattagacatttgaacatatcttgttctcct---gtaaa 9586746  T
Q  216 gctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaa 307  Q
     ||||||| ||| || |||| ||| |||| | | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||    
T  9586745 cctacttgaaattaattttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaa 9586654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 212 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 52082691 - 52082595
Alignment:
Q  212 tgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 308  Q
    |||| ||||||  ||||||||||  |||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||| ||||| | ||| ||||||||||    
T  52082691 tgaatctactttcaatgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaa 52082595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 119
Target Start/End: Original strand, 29691334 - 29691373
Alignment:
Q  80 tgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgattt 119  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  29691334 tgtttgcttccattttccccaacttggaggtgcttgattt 29691373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 119
Target Start/End: Original strand, 29718846 - 29718885
Alignment:
Q  80 tgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgattt 119  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  29718846 tgtttgcttccattttccccaacttggaggtgcttgattt 29718885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 119
Target Start/End: Original strand, 29658812 - 29658858
Alignment:
Q  73 atcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgattt 119  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  29658812 atcatattgtttgcttccattttccccaacttggaagtgcttgattt 29658858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 136 - 397
Target Start/End: Original strand, 53761685 - 53761943
Alignment:
Q  136 atatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttg 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||   | |||||||||| |||||||||||||||    
T  53761685 atatctaaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttg 53761784  T
Q  236 tagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatc 335  Q
    ||||||||| | | |||| |||||||||||||  ||| || ||||| ||||||||||| | |  |||||| || ||||||   |||||| |||||| ||     
T  53761785 tagttcccaagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactctgt--gatctcgaagaattgtcgtgggcttttgcaat-att 53761881  T
Q  336 acttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    |||  ||| |||| || ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53761882 actgaaacattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaactgcacac 53761943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 547219 - 546839
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||| |||| ||  |||| ||||||| ||||||| |||||||||||  |  |||||||||    
T  547219 cctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatt 547120  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaag---gtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaa 215  Q
    | | || ||||  |||||||||| |||   |||||||| | || || || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||   |||     ||||||    
T  547119 taagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaa 547020  T
Q  216 gctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 315  Q
     ||| ||||||||||||||| |||||| |  ||||||||| |||||||||||  ||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||||||| | ||||    
T  547019 cctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgt 546920  T
Q  316 atagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaca 396  Q
       |||||| || |||| | |||  ||   |||  | ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  546919 tgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 546839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 267
Target Start/End: Original strand, 21834174 - 21834422
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||    
T  21834174 cctcaattaaagtctctctttttgggccgcaattcatggttaaatgatgaaagaatcataatgtttgcttcaattttccccaatttacagctgcttgatt 21834273  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagct 218  Q
    | | |||||  |   | |||||  ||||||||||  |||| || || | |||||||||||||| ||||||||||||| |    ||| | |||||||||||    
T  21834274 tgacttcttccacacagatatcagaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagct 21834373  T
Q  219 acttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtca 267  Q
    || | | || |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  21834374 acatagtatcaactttgtagttcccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 641212 - 640923
Alignment:
Q  25 ttaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaatt 124  Q
    ||||||| |||| |||||| | | ||||  ||| |||| |||| ||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||  | |||||||||| | |     
T  641212 ttaaagtgtctccatttggctcataatttttggctaagagatgaaaacataataatgtttgcttccatgttcccaaatttacggttgcttgatttgagtg 641113  T
Q  125 cttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttgg 224  Q
     |||| || || ||||| |||| |||| |||||| || || | |||||||||  |||| |||||||||||||||   ||| |   ||| || ||||||||    
T  641112 attgtgatcacgtatctgaaggaatttttcaagttttaaggatatgttgtaatgttagacatttgaacttagccggttgtgatggagtaaacctacttgg 641013  T
Q  225 aatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattg 314  Q
    |||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||| ||  ||| |||||| |||||    
T  641012 aatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattg 640923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 73 - 315
Target Start/End: Original strand, 55908575 - 55908820
Alignment:
Q  73 atcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaag---gtatttgtcaagtattgagaagat 169  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||  |  | |||||||| |  || ||  ||||||||||| |||   |||||||| ||||  | || ||||    
T  55908575 atcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagat 55908674  T
Q  170 gttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaa 269  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||   | |||||| |||||| |||| ||||||  ||||||    || |||||||| ||||||||| |    
T  55908675 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 55908774  T
Q  270 tacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 315  Q
    ||||  |||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  55908775 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgt 55908820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 53 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 570617 - 570400
Alignment:
Q  53 catggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttg 152  Q
    ||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||  || | |||||||| | || ||| ||| | |||||  |  |||||||    
T  570617 catggttaagtgatgaaaacattttaatgtttgcttctattttccccaatttgcagatacttgatttaagttattgcaatcagatatccgatagtatttg 570518  T
Q  153 tcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggag 252  Q
    |||||| ||   ||||||||||||  |||||||||||||||||||   |||    |||||||| || | |||| ||||||||| ||||| ||   | |||    
T  570517 tcaagtttt---aagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaactcgag 570421  T
Q  253 gtgttgaacttgtcaaataca 273  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  570420 gtgttgaacttgtcatataca 570400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 532489 - 532236
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 118  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||  | |  |||||| || |||| ||  || ||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||| || |    
T  532489 cctcagttaaagtctctaaatttgggtatgagtcaatggttgagagatgaaagcattataatgtttgcatccattttccccaatttacatatgctggact 532390  T
Q  119 tcaattcttgtaataacatatctaaag---gtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaa 215  Q
    | |  | |||| |||||||||||||||   |||||| |||||| ||||  ||||||   ||||| ||  ||||||||||| ||| ||  ||||  |||||    
T  532389 tgagctattgttataacatatctaaagaaggtatttatcaagttttgaagagatgt---aagatcagagatttgaacttaacct-cttcaaga--gtgaa 532296  T
Q  216 gctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaa 275  Q
     ||||||||||||||||||| ||| |||| | | |||||||||||||||||| |||||||    
T  532295 tctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaa 532236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 166 - 306
Target Start/End: Original strand, 1524429 - 1524569
Alignment:
Q  166 agatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgt 265  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||   ||| |  | || | |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  1524429 agatgttgtaaacttaggcatttgaacttagccaactgttctaaaatagaacttcatggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgt 1524528  T
Q  266 caaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctca 306  Q
    ||  ||||| |||| ||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  1524529 cacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctca 1524569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 165 - 315
Target Start/End: Original strand, 1552706 - 1552859
Alignment:
Q  165 aagatgttgtaagattaggcatttgaacttagcc--ttctgtaaga-aagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaac 261  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |  | | | | ||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||   |||| ||||||||     
T  1552706 aagatgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaat 1552805  T
Q  262 ttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 315  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||  || |||| ||||| ||||||    
T  1552806 ttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgt 1552859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 293
Target Start/End: Original strand, 8187011 - 8187161
Alignment:
Q  143 aaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcc 242  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||   | |||   |||    ||||||||||||| | || |    
T  8187011 aaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttgaacttagcctactgtccaagagttgggctctccggaatgaactttgaaatttc 8187110  T
Q  243 catgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacact 293  Q
    ||   |||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||    
T  8187111 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacact 8187161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 393
Target Start/End: Original strand, 1548365 - 1548594
Alignment:
Q  165 aagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctactt-ggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaactt 263  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||     ||   ||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||   ||||||||||||||||    
T  1548365 aagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaactt 1548464  T
Q  264 gtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggag 363  Q
    |||| |||||| | || ||||| |||||||  || |||||||||| | ||||   |||||| |||| || | ||   ||| ||||||  || |||| |||    
T  1548465 gtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgcacttgttacaaaaacgttgtaaaaatatcacagag 1548564  T
Q  364 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgc 393  Q
     |||||||||||||| | | ||||||||||    
T  1548565 aagggagtgaaacatatagaagaaaactgc 1548594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 213 - 293
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537837
Alignment:
Q  213 gaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacact 293  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacact 1537837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 371228 - 371148
Alignment:
Q  17 atcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttcc 97  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||| |||| | |  | |||||||||||||| |||||||    
T  371228 atcctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatggttaagagatgaataccttataatgtttgcttcaattttcc 371148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 570840 - 570752
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaa---tatcataatgtttgcttccattttccccaattt 104  Q
    |||||||| |||||||| |  |||| | | ||| ||||||||||||||| |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  570840 cctcaattgaagtctctatccttggctcacaatacatggttaagtgatgaaaacattattataatgtttgcttccattttccccaattt 570752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 193
Target Start/End: Original strand, 1519063 - 1519113
Alignment:
Q  143 aaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaact 193  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  1519063 aaggtatttgtcaagttttaagaagatgttgaaggattaggcatttgaact 1519113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 212 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 644940 - 644756
Alignment:
Q  212 tgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaa 311  Q
    |||||||||||  | ||||||||| ||||||||   ||||||||||  ||||||||  |||||  ||| | |||||| || | ||| |||||||||| |     
T  644940 tgaagctacttacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttagacttgtcatttacaagagtttacgataaatcatt-tatttgatctcaaagag 644842  T
Q  312 ttgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    ||| |  |||||| ||||| | |||||| || ||||| |   |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  644841 ttgcagcgggcttgtgcaactgtcacttaaattttgtgaaggtgtcacggagaaaggagtgaaacatgtggttgaaaaatgcacac 644756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 166 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 659865 - 659736
Alignment:
Q  166 agatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgt 265  Q
    ||||||||||| |||||  |||| |||||||||| ||||   | || ||||||||  | ||| || |||| ||||||||   | ||||||||||||||||    
T  659865 agatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgt 659766  T
Q  266 caaatacaaatgttaatgataaaacactat 295  Q
    || |||||| ||||||| || |||||||||    
T  659765 cacatacaagtgttaataatgaaacactat 659736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 149 - 274
Target Start/End: Original strand, 7225809 - 7225934
Alignment:
Q  149 tttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgtt 248  Q
    |||||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||   | |||||||||||     |||||||||| ||||| |   ||    
T  7225809 tttgtcaagttttacggagatgttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaatt 7225908  T
Q  249 ggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 274  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||    
T  7225909 ggaggtcttgaacttgtcacatacaa 7225934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 224 - 293
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121527
Alignment:
Q  224 gaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacact 293  Q
    |||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacact 12121527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 104
Target Start/End: Original strand, 53761591 - 53761646
Alignment:
Q  49 aattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaattt 104  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||    
T  53761591 aattcttggttaagtgatgaaaacatcataacgtttgcatcaattttccccaattt 53761646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 223 - 281
Target Start/End: Original strand, 1489361 - 1489419
Alignment:
Q  223 ggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaa 281  Q
    ||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1489361 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaa 1489419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 223 - 293
Target Start/End: Original strand, 1513407 - 1513477
Alignment:
Q  223 ggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacact 293  Q
    ||||||||||||| ||||||||   | || |||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||    
T  1513407 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacact 1513477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 224 - 308
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519227
Alignment:
Q  224 gaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 308  Q
    |||||||||||| ||||||||   | |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||  || |||| ||| ||||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 153 - 197
Target Start/End: Original strand, 3438496 - 3438540
Alignment:
Q  153 tcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagc 197  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3438496 tcaagttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaacttagc 3438540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 353 - 397
Target Start/End: Original strand, 55505235 - 55505279
Alignment:
Q  353 atgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacac 397  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  55505235 atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacac 55505279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 83; Significance: 4e-39; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 5 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 28525328 - 28525142
Alignment:
Q  5 agtttggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaattt 104  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  28525328 agtttggtctacatcctcaattaaagtctctcaatttgtgtgacaattcatggttaagggacgaaaatatcataaggtttgcttccattttccacaattt 28525229  T
Q  105 agaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaa 191  Q
     ||||||||| ||||  |   ||||||  ||||||||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||| |||||||    
T  28525228 ggaggtgcttaatttggaccattgtaagcacatatctaaatgtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaagatgagggatttgaa 28525142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 307
Target Start/End: Original strand, 20477864 - 20478166
Alignment:
Q  5 agtttggtgttcatcctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaattt 104  Q
    ||||||||||  |||||| ||| ||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||| ||  || ||||| |||||||| || |||||||||||    
T  20477864 agtttggtgtatatcctcgattgaagtctctctacttgggtcataatccatggttaagtgatgaaataataataatatttgcttctatgttccccaattt 20477963  T
Q  105 agaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgt 204  Q
      |    ||||||||   ||  || |||   |||||| ||| |||||||||| | || |  |||||||||||| | |||||||||||||||||    |||    
T  20477964 gcaacatcttgattttccttggtgcaatcgtatatctgaagatatttgtcaattcttaacgagatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgt 20478063  T
Q  205 aagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatct 304  Q
       | || ||||||||||||||| ||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||| | ||||||    
T  20478064 cgaagagcgaagctacttggaataaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatct 20478163  T
Q  305 caa 307  Q
    |||    
T  20478164 caa 20478166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 230 - 392
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901704
Alignment:
Q  230 actttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgca 329  Q
    |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || |||| ||| |||||||||| | ||||   || ||| || |    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaa 41901641  T
Q  330 attatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactg 392  Q
    ||| |||||||||  ||||||| |||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  41901642 attgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactg 41901704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 210 - 386
Target Start/End: Original strand, 41889541 - 41889717
Alignment:
Q  210 agtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaa 309  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||| |||  |||||||||     
T  41889541 agtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaag 41889640  T
Q  310 aattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtaga 386  Q
    | ||||   ||||||  | |||| | |||| ||  |||| || |||||||  || |||||||||| |||||||||||    
T  41889641 agttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgttatgatgtcacaaagaagggagtgaatcatgtggtaga 41889717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 225 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 32267572 - 32267402
Alignment:
Q  225 aatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggctt 324  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| | ||||  ||| ||||| || |||| ||| |||||||||| | ||||   ||||||    
T  32267572 aatgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctt 32267473  T
Q  325 atgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 395  Q
     || |||| |||||| ||  ||||||| || ||||  || |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  32267472 ttgaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaactgcac 32267402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 225 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 27922605 - 27922435
Alignment:
Q  225 aatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggctt 324  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||| ||| |||||||||| | ||||   ||||||    
T  27922605 aatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctt 27922506  T
Q  325 atgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 395  Q
     || |||| |||||| ||  ||||||| || ||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27922505 ttgaaattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcac 27922435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 212 - 308
Target Start/End: Original strand, 18315262 - 18315358
Alignment:
Q  212 tgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 308  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||||||||    
T  18315262 tgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaa 18315358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 104
Target Start/End: Original strand, 17627852 - 17627937
Alignment:
Q  19 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaattt 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |   ||||||| | || | |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17627852 cctcaattaaaatctctctatttggctttcaattcattgctatgcgatgaaaacatcaaaatgtttgcttccattttccccaattt 17627937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 142 - 267
Target Start/End: Original strand, 17636316 - 17636445
Alignment:
Q  142 aaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttgga----atgaactttgta 237  Q
    ||||||||||||||||| || ||  |||||| ||| ||||||||||||||||||| |   |||   | |||||| |||| | ||    |||||||||| |    
T  17636316 aaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatttgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaa 17636415  T
Q  238 gttcccatgttggaggtgttgaacttgtca 267  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  17636416 gttcccaaattggaggtgttgaacttgtca 17636445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 73 - 315
Target Start/End: Original strand, 1037511 - 1037756
Alignment:
Q  73 atcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaag---gtatttgtcaagtattgagaagat 169  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||  |  | |||||||| |  || ||  ||||||||||| |||   |||||||| |||| || || ||||    
T  1037511 atcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttttaaggagat 1037610  T
Q  170 gttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgttggaggtgttgaacttgtcaaa 269  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||||| || |   | |||||| |||||| |||| ||||||  ||||||    || |||||||| ||||||||| |    
T  1037611 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 1037710  T
Q  270 tacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 315  Q
    ||||  |||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  1037711 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgt 1037756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 365 - 402
Target Start/End: Original strand, 45245227 - 45245264
Alignment:
Q  365 agggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgactt 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  45245227 agggagtgaaacatgtggtagaaaattgcacacaactt 45245264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 147 - 315
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1559
Alignment:
Q  147 tatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatg 246  Q
    |||||||||||| || || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||      ||| | ||| ||| |||||||||||||||||| | |    
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  247 ttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgt---taatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 315  Q
     | ||||||||| |||||||||||||||||||   | ||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgt 1559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 315
Target Start/End: Original strand, 544 - 716
Alignment:
Q  143 aaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcc 242  Q
    ||||||||||| ||||  | || ||||||||||||  ||| |||||||| ||||||| ||||   | |||||| |||||| |||| ||||||  ||||||    
T  544 aaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcc 643  T
Q  243 catgttggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 315  Q
        || |||||||| ||||||||| |||||| |||  ||||| ||||||| ||| ||||||| || ||||||    
T  644 tgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgt 716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 250 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 39256 - 39177
Alignment:
Q  250 gaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgca 329  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||| | |||||  |||||| ||||    
T  39256 gaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 39177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University