View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7829A_low_25 (Length: 456)

Name: NF7829A_low_25
Description: NF7829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7829A_low_25
NF7829A_low_25
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (2-455)||(841739-842192)
chr7 (2-455)||(848915-849368)
chr7 (2-455)||(1206919-1207372)
chr7 (1-337)||(16290694-16291030)
chr7 (2-208)||(23883312-23883518)
chr7 (1-337)||(801827-802163)
chr7 (2-208)||(42634783-42634989)
chr7 (2-208)||(8813990-8814196)
chr7 (12-214)||(9466020-9466222)
chr7 (12-214)||(16396975-16397177)
chr7 (12-214)||(30373472-30373674)
chr7 (252-337)||(30373349-30373434)
chr7 (261-337)||(9466269-9466345)
chr7 (252-337)||(16396852-16396937)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (2-408)||(29896672-29897078)
chr5 (1-337)||(34465109-34465445)
chr5 (2-237)||(22955460-22955695)
chr5 (2-208)||(12391950-12392156)
chr5 (2-208)||(1801672-1801878)
chr5 (2-208)||(7258459-7258665)
chr5 (2-208)||(7790368-7790574)
chr5 (3-214)||(36379496-36379707)
chr5 (3-214)||(37004168-37004379)
chr5 (12-337)||(5443607-5443932)
chr5 (12-337)||(31516745-31517070)
chr5 (12-214)||(15788247-15788449)
chr5 (12-214)||(17953537-17953739)
chr5 (12-337)||(11947806-11948131)
chr5 (252-337)||(15788124-15788209)
chr5 (252-337)||(36379373-36379458)
chr5 (252-337)||(37004045-37004130)
chr5 (261-337)||(17953786-17953862)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (2-408)||(2339796-2340202)
chr1 (2-208)||(6201487-6201693)
chr1 (6-337)||(5632524-5632855)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (2-380)||(2411947-2412325)
chr6 (3-237)||(20054609-20054843)
chr6 (2-380)||(2410265-2410640)
chr6 (2-208)||(27513499-27513705)
chr6 (2-208)||(16821526-16821732)
chr6 (2-208)||(20044396-20044602)
chr6 (2-208)||(24147211-24147417)
chr6 (2-208)||(619668-619874)
chr6 (12-214)||(9139923-9140125)
chr6 (261-337)||(9139800-9139876)
chr6 (292-385)||(20054515-20054608)
[»] scaffold0387 (1 HSPs)
scaffold0387 (2-323)||(5723-6044)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-337)||(41436727-41437063)
chr3 (1-337)||(20439562-20439898)
chr3 (2-208)||(6197953-6198159)
chr3 (2-208)||(21611299-21611505)
chr3 (2-208)||(8807869-8808075)
chr3 (2-208)||(15533637-15533843)
chr3 (2-208)||(46397011-46397217)
chr3 (2-336)||(15596422-15596756)
chr3 (2-375)||(15914965-15915338)
chr3 (2-208)||(8619993-8620200)
chr3 (12-337)||(46376711-46377036)
chr3 (12-337)||(5954354-5954679)
[»] scaffold0019 (2 HSPs)
scaffold0019 (2-237)||(17294-17529)
scaffold0019 (295-385)||(17200-17290)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-280)||(21763993-21764272)
chr2 (12-337)||(22945831-22946156)
chr2 (12-337)||(12380096-12380421)
[»] scaffold0183 (2 HSPs)
scaffold0183 (2-237)||(31782-32017)
scaffold0183 (292-404)||(32018-32130)
[»] scaffold0435 (1 HSPs)
scaffold0435 (2-208)||(12431-12637)
[»] scaffold0551 (2 HSPs)
scaffold0551 (3-208)||(9879-10084)
scaffold0551 (3-151)||(3822-3970)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (3-217)||(16724575-16724789)
chr4 (2-208)||(18039813-18040019)
chr4 (2-208)||(22707503-22707709)
chr4 (3-208)||(14920903-14921108)
chr4 (6-208)||(15899271-15899472)
chr4 (3-208)||(15571510-15571715)
chr4 (48-208)||(15575638-15575798)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (2-208)||(21479703-21479909)
[»] scaffold1197 (1 HSPs)
scaffold1197 (3-211)||(2079-2287)
[»] scaffold0094 (1 HSPs)
scaffold0094 (2-336)||(38771-39105)
[»] scaffold0104 (1 HSPs)
scaffold0104 (2-237)||(28843-29078)
[»] scaffold0441 (1 HSPs)
scaffold0441 (3-208)||(10590-10795)
[»] scaffold0029 (2 HSPs)
scaffold0029 (67-217)||(74786-74936)
scaffold0029 (12-337)||(25599-25924)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (12-337)||(302342-302667)
[»] scaffold0595 (2 HSPs)
scaffold0595 (6-214)||(9410-9619)
scaffold0595 (270-337)||(9675-9742)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Original strand, 841739 - 842192
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  841739 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatggagagataccgctgcccaagtcagcccacgtatagaggagaaagagatgaccaagatcttcttaaaa 841838  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  841839 actctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggagtccgag 841938  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||       |||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  841939 aaggacgattagttaaagatggagcttccgacagtggagccaagaaatttgggaataacttcccaagaaagaaagcaccagaggtcggtatggtggccca 842038  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaaccaggttatcagccgcagttccaa 401  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  842039 tgggaggcctcagcaaaattatacagcctatcaacatgttgctaccattacacccgctaccaatgctattgaacaaccgggttatcagccgcagttccaa 842138  T
Q  402 cagtatcttgagcagccatatcagcagcaaccgtatcagcaacaccaaactcga 455  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  842139 cagtatcctcagcagccatatcagcagcaaccgtatcagcaacaacaacctcga 842192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Original strand, 848915 - 849368
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  848915 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatggagagataccgctgcccaagtcagcccacgtatagaggagaaagagatgaccaagatcttcttaaaa 849014  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  849015 actctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggagtccgag 849114  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||       |||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  849115 aaggacgattagttaaagatggagcttccgacagtggagccaagaaatttgggaataacttcccaagaaagaaagcaccagaggtcggtatggtggccca 849214  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaaccaggttatcagccgcagttccaa 401  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  849215 tgggaggcctcagcaaaattatacagcctatcaacatgttgctaccattacacccgctaccaatgctattgaacaaccgggttatcagccgcagttccaa 849314  T
Q  402 cagtatcttgagcagccatatcagcagcaaccgtatcagcaacaccaaactcga 455  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  849315 cagtatcctcagcagccatatcagcagcaaccgtatcagcaacaacaacctcga 849368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Original strand, 1206919 - 1207372
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1206919 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatggagagataccgctgcccaagtcagcccacgtatagaggagaaagagatgaccaagatcttcttaaaa 1207018  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  1207019 actctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggagtccgag 1207118  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||       |||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  1207119 aaggacgattagttaaagatggagcttccgacagtggagccaagaaatttgggaataacttcccaagaaagaaagcaccagaggtcggtatggtggccca 1207218  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaaccaggttatcagccgcagttccaa 401  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1207219 tgggaggcctcagcaaaattatacagcctatcaacatgttgctaccattacacccgctaccaatgctattgaacaaccgggttatcagccgcagttccaa 1207318  T
Q  402 cagtatcttgagcagccatatcagcagcaaccgtatcagcaacaccaaactcga 455  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1207319 cagtatcctcagcagccatatcagcagcaaccgtatcagcaacaacaacctcga 1207372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 16291030 - 16290694
Alignment:
Q  1 tcaaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || || || || |||   || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||    
T  16291030 tcaaagaaacattcaaagagtatgctcagcggtggagggatgttgctgcccaagtcagcccacgtatagaagagaaggaaatgaccaaacttttcttaaa 16290931  T
Q  101 aactctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacga 200  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  || ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  16290930 aactctcagtcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaacttcgctgaaatggtcggcatgggtgtgcagttggaagaaggagtccga 16290831  T
Q  201 gaaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccc 300  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||| |       | ||| ||| || |||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||    
T  16290830 gaaggacgtttagtaaaagatggagcttctaccagtggaaccaagaaatatggcaaccacatcccgagaaagaaagaacatgaggttagtatggtggccc 16290731  T
Q  301 atgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    | || |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  16290730 aaggaaggcctcagcaaacttatccaacctatcaaca 16290694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 23883518 - 23883312
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  23883518 caaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaa 23883419  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||    
T  23883418 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagtacgcccaagaattttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggggtccgag 23883319  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  23883318 aaggacg 23883312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 802163 - 801827
Alignment:
Q  1 tcaaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || || || || |||   || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  802163 tcaaagaaacattcaaagagtatgctcagcggtggagggatgttgctgcccaagtcagcccacgtatagaagagaaggaaatgaccaaactcttcttaaa 802064  T
Q  101 aactctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacga 200  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||    
T  802063 aactctcagtcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgaaatggttggcatgggtgtgcaattggaagaaggagtccga 801964  T
Q  201 gaaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccc 300  Q
    |||||| | ||||| ||| ||||||||||| | ||| || |       | ||| ||| || |||| ||||||||||||||  ||||   |||||||||||    
T  801963 gaaggatgtttagtaaaaaatggagcttctaccagttgaaccaagaaatatggcaaccacatcccgagaaagaaagaacatgaggttattatggtggccc 801864  T
Q  301 atgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    | || ||| |||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  801863 aaggaaggtctcagcaaacttatccaacctatcaaca 801827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 42634989 - 42634783
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  42634989 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 42634890  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  42634889 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 42634790  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  42634789 aaggacg 42634783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 8813990 - 8814196
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  8813990 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgacggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 8814089  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  8814090 actctcaatcagttctgctacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 8814189  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  8814190 aaggacg 8814196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 214
Target Start/End: Original strand, 9466020 - 9466222
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  9466020 ttcaaagagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactctgaatc 9466119  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  9466120 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 9466219  T
Q  212 agt 214  Q
    |||    
T  9466220 agt 9466222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 16397177 - 16396975
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  16397177 ttcaaagagtatgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 16397078  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  16397077 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 16396978  T
Q  212 agt 214  Q
    |||    
T  16396977 agt 16396975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 30373674 - 30373472
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    |||||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  30373674 ttcaaagaatatgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacggattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 30373575  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||||||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  30373574 atttttattacaaaaagatggtcggaagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 30373475  T
Q  212 agt 214  Q
    |||    
T  30373474 agt 30373472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 30373434 - 30373349
Alignment:
Q  252 gggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  30373434 gggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcctcaacaaacttatccagcctatcaaca 30373349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 337
Target Start/End: Original strand, 9466269 - 9466345
Alignment:
Q  261 ttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    ||||| || |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9466269 ttcccgaggaagaaagagcaagaagtcggtatggtgactcatggaaggcctcaacaaacttatccagcctatcaaca 9466345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 252 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 16396937 - 16396852
Alignment:
Q  252 gggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||| | ||| |||||||| | |||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  16396937 gggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcagtatggtgactcatggagggcctcaacaaacttatccagcctatcaaca 16396852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 2 - 408
Target Start/End: Original strand, 29896672 - 29897078
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29896672 caaggaaacattcaaagagtatgcccagcgatggagagataccgctgcccaagtcagcccacgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 29896771  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  29896772 actctcaatcatttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgag 29896871  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  29896872 aaggacgattagttaaagatggagcttccgacagtggagccaagaaatttgggaacaacttcccaagaaagaaagcaccagaggtcggtatggtggccca 29896971  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaaccaggttatcagccgcagttccaa 401  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29896972 tgggaggcctcagcaaaattatccagcctatcagcatgttgctgccattacacccgctaccaatgctattcaacaaccgggttatcagccgcagttccaa 29897071  T
Q  402 cagtatc 408  Q
    |||||||    
T  29897072 cagtatc 29897078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Original strand, 34465109 - 34465445
Alignment:
Q  1 tcaaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || || || ||||||   || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||    
T  34465109 tcaaagaaacattcaaagagtatgctcagcggtggagagatgttgctgcccaagtcagcccacgtatagaagagaaggaaatgaccaaacttttcttaaa 34465208  T
Q  101 aactctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacga 200  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  34465209 aactctcagtcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaaaaactttgctgaaatggttggcatgggtgtgcagttggaagaaggagtccga 34465308  T
Q  201 gaaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccc 300  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| |||| | |||||| |       | ||| ||| || |||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||    
T  34465309 gaaggacgtttagtaaaagatggagtttctaccagtggaaccaagaaatatggcaaccacatcccgagaaagaaagaacatgaggttagtatggtggccc 34465408  T
Q  301 atgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    | || |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  34465409 aaggaaggcctcagcaaacttatccaacctatcaaca 34465445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 22955695 - 22955460
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||||  || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  22955695 caaggaaacattcaaagtgtttgcccaacgatggagagatattgctgcccaagtcagcccgcgtatagaagagaaggagatgaccaaattcttcttaaaa 22955596  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  22955595 actcttagtcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgcagaaatggtcggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 22955496  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtg 237  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| ||||    
T  22955495 aaggacgtttagtcaaaaatggaacttctgccagtg 22955460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 12392156 - 12391950
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  12392156 caaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaa 12392057  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||    
T  12392056 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagtacgcccaagaattttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggggtccgag 12391957  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  12391956 aaggacg 12391950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 1801672 - 1801878
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  1801672 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 1801771  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  1801772 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 1801871  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  1801872 aaggacg 1801878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 7258665 - 7258459
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  7258665 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 7258566  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  7258565 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 7258466  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  7258465 aaggacg 7258459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 7790368 - 7790574
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  7790368 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 7790467  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  7790468 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 7790567  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  7790568 aaggacg 7790574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 36379707 - 36379496
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  36379707 aaggaaacgttcaaagagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgcattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaa 36379608  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgaga 202  Q
    |||| ||||| || |||||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| | |||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| |||||    
T  36379607 ctctaaatcatttttactacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcagagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgaga 36379508  T
Q  203 aggacggttagt 214  Q
    |||||| |||||    
T  36379507 aggacgcttagt 36379496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 37004379 - 37004168
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  37004379 aaggaaacgttcaaagagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgcattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaa 37004280  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgaga 202  Q
    |||| ||||| || |||||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| | |||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| |||||    
T  37004279 ctctaaatcatttttactacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcagagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgaga 37004180  T
Q  203 aggacggttagt 214  Q
    |||||| |||||    
T  37004179 aggacgcttagt 37004168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 5443932 - 5443607
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  5443932 ttcaaggagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgtattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactctgaatc 5443833  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  5443832 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 5443733  T
Q  212 agttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcct 311  Q
    ||| ||  ||| | || |||| |||||  |          |||||| | ||||| || |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||||    
T  5443732 agtaaagaatgcaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaaccatttcccgaggaagaaagagcaagaagtcggtatggtgactcatggaaggcct 5443633  T
Q  312 catcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    || |||| ||||||||||||||||||    
T  5443632 caacaaacttatccagcctatcaaca 5443607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 337
Target Start/End: Original strand, 31516745 - 31517070
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  31516745 ttcaaagagtatgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 31516844  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  31516845 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 31516944  T
Q  212 agttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcct 311  Q
    ||| ||  ||  | || |||| |||||  |          |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  |||||    
T  31516945 agtaaagaatacaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcct 31517044  T
Q  312 catcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    || |||| ||||||||||||||||||    
T  31517045 caacaaacttatccagcctatcaaca 31517070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 15788449 - 15788247
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  15788449 ttcaaagagtatgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 15788350  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  15788349 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 15788250  T
Q  212 agt 214  Q
    |||    
T  15788249 agt 15788247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 214
Target Start/End: Original strand, 17953537 - 17953739
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  17953537 ttcaaagagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 17953636  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| | |||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  17953637 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcagagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 17953736  T
Q  212 agt 214  Q
    |||    
T  17953737 agt 17953739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 11948131 - 11947806
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  11948131 ttcaaagagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 11948032  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  11948031 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 11947932  T
Q  212 agttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcct 311  Q
    ||| ||  ||  | || |||| |||||  |          |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  |||||    
T  11947931 agtaaagaatacaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgacacatggagggcct 11947832  T
Q  312 catcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    || |||| ||||||||||||||||||    
T  11947831 caacaaacttatccagcctatcaaca 11947806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 15788209 - 15788124
Alignment:
Q  252 gggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  15788209 gggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcctcaacaaacttatccagcctatcaaca 15788124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 252 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 36379458 - 36379373
Alignment:
Q  252 gggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  ||||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  36379458 gggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcctcaacaaacttatccagcctaccaaca 36379373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 252 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 37004130 - 37004045
Alignment:
Q  252 gggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  ||||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  37004130 gggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcctcaacaaacttatccagcctaccaaca 37004045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 337
Target Start/End: Original strand, 17953786 - 17953862
Alignment:
Q  261 ttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    ||||| || |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17953786 ttcccgaggaagaaagagcaagaagtcggtatggtgactcatggaatgcctcaacaaacttatccagcctatcaaca 17953862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 2 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 2340202 - 2339796
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2340202 caaggaaacattcaaagagtatgcccagcgatggagagataccgctgcccaagtcagcccacgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 2340103  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  2340102 actctcaatcatttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgag 2340003  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||    
T  2340002 aaggacgattagttaaagatggagcttccgacagtggagctaagaaatttgggaacaacttcccaagaaagaaagcaccggaggtcggtatggtggccca 2339903  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaaccaggttatcagccgcagttccaa 401  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2339902 tgggaggcctcagcaaaattatccagcttatcaacatgttgctgccattacgcccgctaccaatgctattcaacaaccgggttatcagccgcagttccaa 2339803  T
Q  402 cagtatc 408  Q
    |||||||    
T  2339802 cagtatc 2339796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 6201693 - 6201487
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  6201693 caaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgatcaagctcttcttaaaa 6201594  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| || || ||||| ||||||| |||||| ||||    
T  6201593 acccttaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtataggcgtacaattggaagaaggagtccgag 6201494  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  6201493 aaggacg 6201487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 6 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 5632855 - 5632524
Alignment:
Q  6 gaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactc 105  Q
    ||||| |||||||| || ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  5632855 gaaacgttcaaagaatacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgcattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactc 5632756  T
Q  106 tcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaagg 205  Q
    | ||||| || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  || |||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  5632755 taaatcatttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggaaatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaagg 5632656  T
Q  206 acggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatggg 305  Q
    ||| ||||| ||  ||  | || |||| |||||  |          |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||     
T  5632655 acgcttagtaaagaatacaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatgga 5632556  T
Q  306 aggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
     ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5632555 gggcctcaacaaacttatccagcctatcaaca 5632524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 380
Target Start/End: Original strand, 2411947 - 2412325
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| | |||||||||    
T  2411947 caaggaaacattcaaagagtatgcccagcgatggagagataccgctgcccaagttagtccgcgtatagaagaaaaaaagatgaccaagcttttcttaaaa 2412046  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  2412047 actctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggagtgcgag 2412146  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| ||||| || | |||| ||||| |  ||||| |       | ||||||| | ||||||||||| ||||||||| | ||  ||||||| |||||    
T  2412147 aaggacgtttagtaaagggtggaacttctacctgtggaaccaagaaatatgggaaccatttcccaagaaaaaaagaacaagaagttagtatggtagccca 2412246  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaacca 380  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| | |||||||| ||| || |||| ||||  ||| |||||| |||||||| ||||    
T  2412247 tgggaggcctcatcagacttatccaacttatcaacacgttgctgccatcacacttgctgccaatgttattcaaccacca 2412325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 3 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 20054843 - 20054609
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||| | ||||||||||  ||  || |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  20054843 aaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccactgcccaagtcatcccgtgtgtagaagagaaagagatgaccaaactcttcttaaaaa 20054744  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgaga 202  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  20054743 ctctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggtcggtatgggtgtacagttggaagaaggagtccgaga 20054644  T
Q  203 aggacggttagttaaagatggagcttctgctagtg 237  Q
    |||||| ||||||| ||||| | ||||||| ||||    
T  20054643 aggacgtttagttagagatgaaacttctgccagtg 20054609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2410640 - 2410265
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  2410640 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatggagagatactgctacccaagttagcccgcgtatagaagaaaaagagatgaccaagattttcttaaaa 2410541  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||| | |    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |  ||     
T  2410540 actctcagtta----tactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggaatctgaa 2410445  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaag-aaagaaagaacaataggtcggtatggtggccc 300  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||| | |||||| |       | ||||||| ||||| | || ||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||    
T  2410444 aaggacgtttagtaaaggatggagcttctaccagtggaaccaagaaatatgggaaccacttctcgagaaaaaaaagaacaagaagttagtatggtagccc 2410345  T
Q  301 atgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaacca 380  Q
    ||||||||||| | || | ||||||| | |||||||| ||| || | || ||||| ||| |||| | |||||||| ||||    
T  2410344 atgggaggccttagcagacttatccaacttatcaacacgttgctgctatcacacctgctgccaaagttattcaaccacca 2410265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 27513499 - 27513705
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  27513499 caaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgctcaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaa 27513598  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  27513599 actcttaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacacccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgag 27513698  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  27513699 aaggacg 27513705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 16821732 - 16821526
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||  |||||||||||    
T  16821732 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaacctcttcttaaaa 16821633  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||    
T  16821632 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagtacgcccaagaattttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggggtccgag 16821533  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  16821532 aaggacg 16821526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20044602 - 20044396
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  20044602 caaggaaacgttcaaggagtatgccccgcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 20044503  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  20044502 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 20044403  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  20044402 aaggacg 20044396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 24147417 - 24147211
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || | | |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  24147417 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcatgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 24147318  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  24147317 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 24147218  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  24147217 aaggacg 24147211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 619874 - 619668
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| | ||| | || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  619874 caaggaaacgttcaaggagtatgcctagcgacggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 619775  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  619774 actctcaatcagttctgctacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 619675  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  619674 aaggacg 619668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 9140125 - 9139923
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  9140125 ttcaaagagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 9140026  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  9140025 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 9139926  T
Q  212 agt 214  Q
    |||    
T  9139925 agt 9139923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 9139876 - 9139800
Alignment:
Q  261 ttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    ||||| || |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9139876 ttcccgaggaagaaagagcaagaagtcggtatggtgactcatggaatgcctcaacaaacttatccagcctatcaaca 9139800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 292 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 20054608 - 20054515
Alignment:
Q  292 tggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaaccaggtta 385  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| | ||  ||||||||||| ||||  | ||||||||| ||| ||| |||||||| || |||||    
T  20054608 tggtggcccatggaaggcctcaacaaaaatattcggctcatcaacatgttgctacagtcacacccgctgccagtgccattcaacagccgggtta 20054515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0387 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0387
Description:

Target: scaffold0387; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 6044 - 5723
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  6044 caaggaaacattcaaagagtatgcccaacgatgaagagataccgctgcccaagtcagctcacgtatagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaa 5945  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5944 actctaaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaaaaacttcgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggagtccgag 5845  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| ||||| || |||| | ||||| | |||||| |       || |||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5844 aaggacgtttagtaaaggatgtaacttcttccagtggaaccaagaaattcgggaaccacctcccaagaaagaaagaacaagaggtcagtatggtggccca 5745  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattat 323  Q
    ||| || ||||| |||| ||||    
T  5744 tggaagacctcagcaaacttat 5723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Original strand, 41436727 - 41437063
Alignment:
Q  1 tcaaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || || || ||||||   || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||    
T  41436727 tcaaagaaacattcaaagagtatgctcagcggtggagagatgttgctgcccaagtcagcccacgtatagaagagaaggaaatgaccaaacttttcttaaa 41436826  T
Q  101 aactctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacga 200  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  41436827 aactctcagtcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaaaaactttgctgaaatggttggcatgggtgtgcagttggaagaaggagtccga 41436926  T
Q  201 gaaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccc 300  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| |||| | |||||| |       | ||| ||| || |||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  41436927 gaaggacgtttagtaaaagatggagtttctaccagtggaaccaagaaatatggcaaccacatcccgagaaagaaagaacatgaggtcagtatggtggccc 41437026  T
Q  301 atgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    | || |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  41437027 aaggaaggcctcagcaaacttatccaacctatcaaca 41437063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 337
Target Start/End: Original strand, 20439562 - 20439898
Alignment:
Q  1 tcaaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || || || ||||||   || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||    
T  20439562 tcaaagaaacattcaaagagtatgctcagcggtggagagatgttgctgcccaagtcagcccacgtatagaagagaaggaaatgaccaaacttttcttaaa 20439661  T
Q  101 aactctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacga 200  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  20439662 aactctcagtcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaaaaactttgctgaaatggttggcatgggtgtgcagttggaagaaggagtccga 20439761  T
Q  201 gaaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccc 300  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| |||| | |||||| |       | ||| ||| || |||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||    
T  20439762 gaaggacgtttagtaaaagatggagtttctaccagtggaaccaagaaatatggcaaccacatcccgagaaagaaagaacatgaggttagtatggtggccc 20439861  T
Q  301 atgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    | || |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  20439862 aaggaaggcctcagcaaacttatccaacctatcaaca 20439898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 6197953 - 6198159
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  6197953 caaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 6198052  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  6198053 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 6198152  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  6198153 aaggacg 6198159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 21611299 - 21611505
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  21611299 caaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaa 21611398  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||    
T  21611399 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagtacgcccaagaattttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggggtccgag 21611498  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  21611499 aaggacg 21611505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 8807869 - 8808075
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8807869 caaggaaacaatcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaa 8807968  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||    
T  8807969 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagtacgcccaagaattttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaaggggtccgag 8808068  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  8808069 aaggacg 8808075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 15533843 - 15533637
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  15533843 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 15533744  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  15533743 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 15533644  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  15533643 aaggacg 15533637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 46397217 - 46397011
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  46397217 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 46397118  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  46397117 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 46397018  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  46397017 aaggacg 46397011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 15596756 - 15596422
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||  || |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  15596756 caaggaaacattcaaggagtacgcacagcgatggagagataccgctgcccaagtcaacccgcgtatagaggaaaaggagatgaccaagctcttcttaaaa 15596657  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||    ||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || |||     
T  15596656 actctcaactctttctactacgaaaggatggttggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtgcagttggaagaaggggtccgac 15596557  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| ||||| ||||||| | ||||||| |||||| |       || ||||   || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||    
T  15596556 aaggacgtttagtaaaagatgcaacttctgccagtggaaccaagaaattcgggagtcacctcccaagaaagaaagaacaagaagtcggtatggtggctca 15596457  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaac 336  Q
    ||| ||  |||| |||| |||||||  ||||||||    
T  15596456 tggaagatctcaacaaacttatccaatctatcaac 15596422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 375
Target Start/End: Original strand, 15914965 - 15915338
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||| | ||||||||||  ||  ||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||    
T  15914965 caaggaaacattcaaggagtacgcacagcgatggagagataccactgcccaagtcaacccgtgtatagaggaaaaggagatgaccaaactcttcttaaaa 15915064  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||    ||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || ||||    
T  15915065 actctcaactctttctactacgaaaggatggttggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtgcagttggaagaaggggtccgag 15915164  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| ||||| ||||||| | ||||||| |||||| |       || ||||   || |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||    
T  15915165 aaggacgtttagtaaaagatgcaacttctgccagtggaaccaagaaattcgggagtcacctcccaagaaagaaagaacaagaagtcagtatggtggctca 15915264  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaac 375  Q
    ||| || ||||| |||| |||||||  ||||||||  ||| || | || |||||||| ||| || |||||||||    
T  15915265 tggaagacctcaacaaacttatccaatctatcaacccgttgctgctatcacacccgccacccatactattcaac 15915338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 8619993 - 8620200
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  8619993 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 8620092  T
Q  102 -actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacga 200  Q
     ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||    
T  8620093 aactctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccga 8620192  T
Q  201 gaaggacg 208  Q
    ||||||||    
T  8620193 gaaggacg 8620200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 337
Target Start/End: Original strand, 46376711 - 46377036
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  46376711 ttcaaagagtatgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactctaaatc 46376810  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  46376811 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 46376910  T
Q  212 agttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcct 311  Q
    ||| ||  ||  | || |||| |||||  |          |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  |||||    
T  46376911 agtaaagaatacaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcct 46377010  T
Q  312 catcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    || |||| ||||||||||||||||||    
T  46377011 caacaaacttatccagcctatcaaca 46377036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 5954679 - 5954354
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  5954679 ttcaaagagtatgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 5954580  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| || ||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  5954579 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtccagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 5954480  T
Q  212 agttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcct 311  Q
    ||| ||  ||  | || |||| |||||  |          |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  |||||    
T  5954479 agtaaagaatacaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcct 5954380  T
Q  312 catcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    || |||| ||||||||||||||||||    
T  5954379 caacaaacttatccagcctatcaaca 5954354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 2)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 17529 - 17294
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  17529 caaggaaacattcaaagagtatgcccagcgatggagagatactgctgcccaaatcagcccgcgtatagaagagaaggagatgaccaaactcttcttaaaa 17430  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  17429 actcttgatcagttctactacgagaagatggtcggaaatacgcccaagaactttgcagaaatggtcggtatgggtgtacagttggaagaaggagtccgag 17330  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtg 237  Q
    ||||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||    
T  17329 aaggacgtttagtcagagatggaacttctgccagtg 17294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 295 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 17290 - 17200
Alignment:
Q  295 tggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaaccaggtta 385  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| | || |||||||| ||| || |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17290 tggcgcatgggaggcctcaacaaaaatattcggcttatcaacacgttgctgcagtcacacccgctaccaatgccattcaacaaccaggtta 17200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 21764272 - 21763993
Alignment:
Q  1 tcaaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaa 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| || || || || |||   || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  21764272 tcaaagaaacattcaaggagtatgctcagcggtggagggatgttgctgcccaagtcagcccgcgtatagaagagaaggaaatgaccaaactcttcttaaa 21764173  T
Q  101 aactctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacga 200  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  21764172 aactcttagtcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaacttcgctgagatggttggtatgggtgtgcagttggaagaaggagtccga 21764073  T
Q  201 gaaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaaca 280  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |       ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21764072 gaaggacgtttagtaaaagatggagcttctgctagtggaaccaagaaatttgggaaccacttcccaagaaagaaagaaca 21763993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 337
Target Start/End: Original strand, 22945831 - 22946156
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  22945831 ttcaaagagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgcattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactctgaatc 22945930  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  22945931 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 22946030  T
Q  212 agttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcct 311  Q
    ||| ||  ||| | || |||| |||||  |          |||||| | ||||| || |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||||    
T  22946031 agtaaagaatgcaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaaccatttcccgaggaagaaagagcaagaagtcggtatggtgactcatggaaggcct 22946130  T
Q  312 catcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    || |||| ||||||||||||||||||    
T  22946131 caacaaacttatccagcctatcaaca 22946156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 337
Target Start/End: Original strand, 12380096 - 12380421
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  12380096 ttcaaagagtatgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 12380195  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  12380196 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 12380295  T
Q  212 agttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcct 311  Q
    ||| ||  ||  | || |||| |||||  |          |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  |||||    
T  12380296 agtaaagaatacaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcct 12380395  T
Q  312 catcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    || |||| ||||||||||||||||||    
T  12380396 caacaaacttatccagcctatcaaca 12380421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 2)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Original strand, 31782 - 32017
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  31782 caaggaaacattcaaagagtacgcccaacgatggagagacactgctgcccaagtcagcccgcgtatagaagagaaggagatgaccaaactcttcttaaaa 31881  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||  | ||||| ||||||||||||| |||| | ||||    
T  31882 actcttgatcaattctactacgagaggatggtcggaagtacgcccaagaactttgcagaaatggtcagtatgggcgtacagttggaagaaggaatccgag 31981  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtg 237  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  31982 aaggacgtttagttagagatggaacttctgccagtg 32017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 404
Target Start/End: Original strand, 32018 - 32130
Alignment:
Q  292 tggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaacatgtttctaccattacacccgctaccaatgctattcaacaaccaggttatcagcc 391  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| | ||  ||||||| ||| || | || ||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  32018 tggtggcccatggaaggcctcaacaaaaatattcggctcatcaacacgttgctgcaatcacacccgctgccaatgccattcaacagccgggttatcagcc 32117  T
Q  392 gcagttccaacag 404  Q
     ||  ||||||||    
T  32118 acaactccaacag 32130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0435 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0435
Description:

Target: scaffold0435; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 12637 - 12431
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  12637 caaggaaacattcaaagaatatgcccagcgatggagagatatcgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagatatgaccaagctcttcttaaaa 12538  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  12537 actcttaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 12438  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  12437 aaggacg 12431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0551 (Bit Score: 126; Significance: 8e-65; HSPs: 2)
Name: scaffold0551
Description:

Target: scaffold0551; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 3 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 10084 - 9879
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10084 aaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaaa 9985  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgaga 202  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  9984 ctctcaatcagttctactacgagaagatggtcagaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgaga 9885  T
Q  203 aggacg 208  Q
    ||||||    
T  9884 aggacg 9879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0551; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 3 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 3970 - 3822
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  3970 aaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaaa 3871  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaa 151  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  3870 ctctcaatcagttctactacgagaagatggtcagaagtacgcccaagaa 3822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 3 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 16724789 - 16724575
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  ||  || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16724789 aaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgagtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaaa 16724690  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgaga 202  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||    
T  16724689 ctctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacaattggaagaaggagtccgaga 16724590  T
Q  203 aggacggttagttaa 217  Q
    |||||| || |||||    
T  16724589 aggacgattggttaa 16724575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 18039813 - 18040019
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  18039813 caaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgctcaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaa 18039912  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  18039913 actcttaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacacccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgag 18040012  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  18040013 aaggacg 18040019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Original strand, 22707503 - 22707709
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  22707503 caaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 22707602  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  | ||||    
T  22707603 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagtacgcccaagaattttgctgagatggttggtatgggtgtacagttggaagaagggatccgag 22707702  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  22707703 aaggacg 22707709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 3 - 208
Target Start/End: Original strand, 14920903 - 14921108
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || || || |||| ||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  14920903 aaggaaacattcaaggagtatgcccagcgttggagggatatcgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaaa 14921002  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgaga 202  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  14921003 ctctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtgcacccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgaga 14921102  T
Q  203 aggacg 208  Q
    ||||||    
T  14921103 aggacg 14921108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 6 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 15899472 - 15899271
Alignment:
Q  6 gaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactc 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  15899472 gaaacattcaa-gagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctctttttaaaaactc 15899374  T
Q  106 tcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaagg 205  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  15899373 tcaatcagatctactacgagaagatggtcggaagtacacccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgagaagg 15899274  T
Q  206 acg 208  Q
    |||    
T  15899273 acg 15899271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 15571715 - 15571510
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || || || |||| ||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  15571715 aaggaaacattcaaggagtatgcccagcgttggagggatatcgctgcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaaa 15571616  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgaga 202  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  15571615 ctctcaatcagttctactacgagaagatggtctgaagttctcccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgaga 15571516  T
Q  203 aggacg 208  Q
    ||||||    
T  15571515 aggacg 15571510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 48 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 15575798 - 15575638
Alignment:
Q  48 gcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgccca 147  Q
    ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15575798 gcccaagtcatcccgcgtgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaaactctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgccca 15575699  T
Q  148 agaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacg 208  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  15575698 agaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgagaaggacg 15575638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 21479909 - 21479703
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  21479909 caaggaaacgttcaaggagtatgcccagcgatggagggataccgctgcccaagtcagcccgcgtgtagaagagaaagaaatgaccaagctcttcttaaaa 21479810  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  21479809 actctcaatcagttctactacaagaagatggtcggaagcacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtacaattggaagaaggagtccgag 21479710  T
Q  202 aaggacg 208  Q
    |||||||    
T  21479709 aaggacg 21479703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1197 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold1197
Description:

Target: scaffold1197; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 211
Target Start/End: Original strand, 2079 - 2287
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||| ||| || |||||||  || ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  2079 aaggaaacattcaaggagtatgcccagcgatggagggataacgctgcacaagtcatcccgcgtgtagaagaaaaagagatgaccaagctcttcttaaaaa 2178  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgaga 202  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  2179 ctctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgccctagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtccgaga 2278  T
Q  203 aggacggtt 211  Q
    |||||||||    
T  2279 aggacggtt 2287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0094 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0094
Description:

Target: scaffold0094; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 39105 - 38771
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaa 101  Q
    ||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||| | ||||||||||  || |||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||    
T  39105 caaggaaacattcaaggagtacgcacagcgatggagagataccactgcccaagtcaacccgcgtatagaggaaaaggagatgaccaaactcttcttaaaa 39006  T
Q  102 actctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgag 201  Q
    ||||||||    ||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| || ||||    
T  39005 actctcaactctttctactacgaaaggatggttggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatgggtgtgcagttggaagaaggggtccgag 38906  T
Q  202 aaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggccca 301  Q
    ||||||| ||||| ||||||| | ||||||| |||||| |       || ||||   || |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||    
T  38905 aaggacgtttagtaaaagatgcaacttctgccagtggaaccaagaaattcgggagtcacctcccaagaaagaaagaacaagaagtcagtatggtggctca 38806  T
Q  302 tgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaac 336  Q
    ||| || ||||| |||| |||||||  ||||||||    
T  38805 tggaagacctcaacaaacttatccaatctatcaac 38771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0104 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0104
Description:

Target: scaffold0104; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 29078 - 28843
Alignment:
Q  2 caaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcct-cgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||| |||||||||| |||| |||  | ||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  29078 caaggaaacattcaaagagtatggccagcgatggagggataccgctgcccaagtca-tcctgcgtgcataagagaaagagatgaccaaactcttcttaaa 28980  T
Q  101 aactctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacga 200  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||  ||||||||||||  |||||| |||    
T  28979 aaccctcaatcagttctactacgagaagatggtcggaagtacgcccaagaactttgctgagatggttggtatggacgtacagttggaaaaaggagtccga 28880  T
Q  201 gaaggacggttagttaaagatggagcttctgctagtg 237  Q
    |||||||| ||||||| |||| || ||||||| ||||    
T  28879 gaaggacgtttagttagagatagaacttctgccagtg 28843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0441 (Bit Score: 106; Significance: 7e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0441
Description:

Target: scaffold0441; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 3 - 208
Target Start/End: Original strand, 10590 - 10795
Alignment:
Q  3 aaggaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || || || |||| ||  ||||||||||  || | | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10590 aaggaaacattcaaggagtatgcccagcgttggagggatatcgatgcccaagtcatcccgcatgtagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaaa 10689  T
Q  103 ctctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgaga 202  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10690 ctctcaatcagttctactacgagaagatggacggaagtacacccaagaactttgctgagatggttggtatgggcgtacagttggaagaaggagtacgaga 10789  T
Q  203 aggacg 208  Q
    | ||||    
T  10790 aagacg 10795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 2)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 67 - 217
Target Start/End: Original strand, 74786 - 74936
Alignment:
Q  67 tagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatcaattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggt 166  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  74786 tagaagagaaagagatgaccaagctcttcttaaaaactctcaatcagttctactacgagaagatggtcggcagtacgcccaagaactttgctgagatggt 74885  T
Q  167 tggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggttagttaa 217  Q
    ||| ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| || |||||    
T  74886 tggtatgggcgtacaattggaagaaggagtccgagaaggacgattggttaa 74936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 337
Target Start/End: Original strand, 25599 - 25924
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  25599 ttcaaagagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 25698  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  25699 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 25798  T
Q  212 agttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcct 311  Q
    ||| || |||| | || |||| |||||  |          |||||  | ||||| || |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||||    
T  25799 agtaaaggatgcaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaatcatttcccgaggaagaaagagcaagaagtcggtatggtgactcatggaaggcct 25898  T
Q  312 catcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    || |||| ||||||||||||||||||    
T  25899 caacaaacttatccagcctatcaaca 25924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 337
Target Start/End: Original strand, 302342 - 302667
Alignment:
Q  12 ttcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactctcaatc 111  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||    
T  302342 ttcaaagagtatgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactttgaatc 302441  T
Q  112 aattctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaaggacggtt 211  Q
    | || || ||| | ||||||||||| ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||    
T  302442 atttttattacaaaaagatggtcgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaaggacgctt 302541  T
Q  212 agttaaagatggagcttctgctagtggagcnnnnnnntttgggaacaacttcccaagaaagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcct 311  Q
    ||| ||  ||  | || |||| |||||  |          |||||| | ||||| || |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  |||||    
T  302542 agtaaagaatacaactcctgccagtgggaccaagaagaccgggaaccatttcccgaggaagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcct 302641  T
Q  312 catcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    || |||| ||||||||||||||||||    
T  302642 caacaaacttatccagcctatcaaca 302667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0595 (Bit Score: 54; Significance: 8e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0595
Description:

Target: scaffold0595; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 6 - 214
Target Start/End: Original strand, 9410 - 9619
Alignment:
Q  6 gaaacattcaaagagtatgcccatcgatgaagagataccgcggcccaagtcagtcctcgtatagaagagaaggagatgaccaagatcttcttaaaaactc 105  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||     
T  9410 gaaacgttcaaagagtacgcccaacggtggagagacaccgctgcccaagtcagcccacgaattgaggagaaagagatgaccaagctcttcctaaaaactt 9509  T
Q  106 tcaatca-attctactacgagaagatggtcggaagtatgcccaagaactttggagagatggttggcatgggtgtacagttggaaggaggagtacgagaag 204  Q
    | |||||  || || ||| | |||||||| || ||||  || |||| ||| |  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| |||||||    
T  9510 taaatcattttttattacaaaaagatggttgggagtacaccaaagagcttcgcggagatggttggtatgggagtacagttagaagaaggagtccgagaag 9609  T
Q  205 gacggttagt 214  Q
    |||| |||||    
T  9610 gacgcttagt 9619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0595; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 270 - 337
Target Start/End: Original strand, 9675 - 9742
Alignment:
Q  270 aagaaagaacaataggtcggtatggtggcccatgggaggcctcatcaaaattatccagcctatcaaca 337  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| | |||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9675 aagaaagaacaagaagtcggtatggtgactcatggagggcctcaacaaacttatccagcctatcaaca 9742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University