View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7829A_low_385 (Length: 240)

Name: NF7829A_low_385
Description: NF7829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7829A_low_385
NF7829A_low_385
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (11-226)||(19357997-19358211)
chr8 (11-226)||(19339974-19340188)
chr8 (11-226)||(19499826-19500041)
chr8 (13-218)||(19536745-19536950)
chr8 (11-218)||(19348959-19349163)
chr8 (11-218)||(19399718-19399925)
chr8 (11-219)||(19407998-19408203)
chr8 (11-219)||(19455018-19455223)
chr8 (11-219)||(19525854-19526059)
chr8 (11-218)||(19380024-19380231)
chr8 (11-226)||(19486153-19486365)
chr8 (11-226)||(19416078-19416290)
chr8 (11-174)||(19479940-19480103)
chr8 (11-174)||(19550864-19551027)
chr8 (11-213)||(19169815-19170017)
chr8 (11-174)||(19581661-19581824)
chr8 (13-185)||(19258190-19258362)
chr8 (11-144)||(19290205-19290338)
chr8 (27-218)||(19274086-19274277)
chr8 (14-66)||(19148607-19148659)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-99)||(36310790-36310878)
chr1 (156-226)||(36310721-36310791)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 11 - 226
Target Start/End: Original strand, 19357997 - 19358211
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  19357997 aatatgctaatgatcgacctacaatgtccgatgttatatcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaactttaccaagaagaccagcattctatattag 19358096  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    ||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||  ||||||    
T  19358097 aagagagatctatgacggggaaacaacttctaaagggccagacaccgacacctattctacgacagcaatttctacctcatgtgaagtagaag-gaaaata 19358195  T
Q  211 taaataatccatatat 226  Q
    ||| ||||| ||||||    
T  19358196 taagtaatcaatatat 19358211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 226
Target Start/End: Original strand, 19339974 - 19340188
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| | ||||||||| || ||||||||||||||    
T  19339974 aatatgctaatgatcgacctacaatgtccgatgttatatcaatgttaacaaacaaatataaactcacaactttaccaagaagaccggcattctatattag 19340073  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    ||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||  ||||||    
T  19340074 aagagagatctatgacggggaaacaacttctaaagggccagacaccgacacctattctacgacagcaatttctacctcatgtgaagtagaag-gaaaata 19340172  T
Q  211 taaataatccatatat 226  Q
    ||| ||||| ||||||    
T  19340173 taagtaatcaatatat 19340188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 19500041 - 19499826
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||| ||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  19500041 aatatgcaaataatcgacctacaatgtctgaagttatatcagtgttgacaaacaaatatgaactcacaaacttgccaagaaggccagcattttatgttag 19499942  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||  ||||||    
T  19499941 aagagagatctttgagggggaaacaacttctaaagggcaagacaccgacacctattctacgacagcaatttctacctcatgtgaagtagaagggaaaata 19499842  T
Q  211 taaataatccatatat 226  Q
    ||||| ||| ||||||    
T  19499841 taaattatcaatatat 19499826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19536950 - 19536745
Alignment:
Q  13 tatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattagaa 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  19536950 tatgcaaatgatcgacctacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaaccttaccaagaagaccagcattctatgttagaa 19536851  T
Q  113 gagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaatata 212  Q
    || | ||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||| | ||||  ||||||||    
T  19536850 gaaatatctttgagggggaaacaacttccaaagggaaagacaccgacacctattctacgacaacaatttcttcctcatgtgaagtagaagggaaaatata 19536751  T
Q  213 aataat 218  Q
    | ||||    
T  19536750 agtaat 19536745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Original strand, 19348959 - 19349163
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |  ||||| ||| || ||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  19348959 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatctgtgttaacaaacaaataccaactcacaaacttaccaagaagaccagcattttatgttag 19349058  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   ||||  ||||||    
T  19349059 aagagagatctttgagggggaaacaatttccaaagggcaagacaccgacacctattctacgacagcaatttctacttcatgtgaa---gaagggaaaata 19349155  T
Q  211 taaataat 218  Q
    ||||||||    
T  19349156 taaataat 19349163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Original strand, 19399718 - 19399925
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  19399718 aatatgcaaatgatcgacctacaatgtcggatgtgatatcaatgttagcaaacaaatatgaactcacaaccttaccaagaagaccagcattttatattag 19399817  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    | |||||||||||||  | ||||||||||| ||||||  |||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| | ||||  ||||||    
T  19399818 acgagagatctttgaaggggaaacaacttccaaaggggaagacgccatcacctattctacgacaacaatttctacctcatgtgaagtagaagggaaaata 19399917  T
Q  211 taaataat 218  Q
    ||| ||||    
T  19399918 taagtaat 19399925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 219
Target Start/End: Original strand, 19407998 - 19408203
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||| |||||||| ||| ||||    
T  19407998 aatatgcaaatgatcgacctacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaacaatacctagaagaccagcattttatgttag 19408097  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    |||||| ||  |||| || |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| || |||||| | ||||  ||||||    
T  19408098 aagagacattcttgatagagaaacaacttctaaagtgccagacaccgacacctattctacaa---caatttctacctcgtgtgaagtagaagggaaaata 19408194  T
Q  211 taaataatc 219  Q
    |||||||||    
T  19408195 taaataatc 19408203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 219
Target Start/End: Original strand, 19455018 - 19455223
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||| |||||||| ||| ||||    
T  19455018 aatatgcaaatgatcgacctacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaacaatacccagaagaccagcattttatgttag 19455117  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    |||||| ||  |||| || |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| || |||||| | ||||  ||||||    
T  19455118 aagagacattcttgatagagaaacaacttctaaagtgccagacaccgacacctattctacaa---caatttctacctcgtgtgaagtagaagggaaaata 19455214  T
Q  211 taaataatc 219  Q
    |||||||||    
T  19455215 taaataatc 19455223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 19526059 - 19525854
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||| |||||||| ||| ||||    
T  19526059 aatatgcaaatgatcgacctacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaacaatacccagaagaccagcattttatgttag 19525960  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    |||||| ||  |||| || |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| || |||||| | ||||  ||||||    
T  19525959 aagagacattcttgatagagaaacaacttctaaagtgccagacaccgacacctattctacaa---caatttctacctcgtgtgaagtagaagggaaaata 19525863  T
Q  211 taaataatc 219  Q
    |||||||||    
T  19525862 taaataatc 19525854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Original strand, 19380024 - 19380231
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||| |||| ||| ||  |||||||  |||||||||||| ||||    
T  19380024 aatatgctaatgatcgacctacaatgtctgaagttatatcagtgttgacaaacaaatatgtactcacaaacttgccaagaaaaccagcattctatgttag 19380123  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||| | ||||  ||||||    
T  19380124 aagagagatctttgagggggaaacaacttctaaagggcaagacaccgacacctattctacgacaacaatttctacctcatttgaagtagaagggaaaata 19380223  T
Q  211 taaataat 218  Q
    ||| ||||    
T  19380224 taagtaat 19380231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 11 - 226
Target Start/End: Original strand, 19486153 - 19486365
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||| |||||||| ||| ||||    
T  19486153 aatatgcaaatgatcgacctacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaacaatacccagaagaccagcattttatgttag 19486252  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    ||| || ||  ||||  | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| || |||||| | ||||  ||||||    
T  19486253 aagggacattcttgatggagaaacaacttctaaagtgccagacaccgacacctattctacaa---caatttctacctcgtgtgaagtggaagggaaaata 19486349  T
Q  211 taaataatccatatat 226  Q
    ||||||||| ||||||    
T  19486350 taaataatcaatatat 19486365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 226
Target Start/End: Original strand, 19416078 - 19416290
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||| |||||||| ||| ||||    
T  19416078 aatatgcaaatgatcgacctacaatgtctgatgttatagcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaacaatacccagaagaccagcattttatgttag 19416177  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
    |||||| ||  ||||  | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| || |||||| | ||||  ||| ||    
T  19416178 aagagacattcttgatggagaaacaacttctaaagtgccagacaccgacacctattctacaa---caatttctacctcgtgtgaagtagaagggaaagta 19416274  T
Q  211 taaataatccatatat 226  Q
    ||||||||| ||||||    
T  19416275 taaataatcaatatat 19416290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 11 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 19480103 - 19479940
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||| |||||||| ||| ||||    
T  19480103 aatatgcaaatgatcgacctacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaacaatacccagaagaccagcattttatgttag 19480004  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaaca 174  Q
    |||||| ||  ||||  | |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  19480003 aagagacattcttgatggagaaacaacttctaaagtgccagacatctacacctattctacaaca 19479940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 11 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 19551027 - 19550864
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||| |||||||| ||| ||||    
T  19551027 aatatgcaaatgatcgacctacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaacaatacccagaagaccagcattttatgttag 19550928  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaaca 174  Q
    |||||| ||  ||||  | |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  19550927 aagagacattcttgatggagaaacaacttctaaagtgccagacatctacacctattctacaaca 19550864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 11 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 19170017 - 19169815
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||   |||||| ||||||||| |||||||| ||| |||     
T  19170017 aatatgcaaataatcgacctacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaatacgcaccgacaaccttaccaagaagaccagcattttatgttac 19169918  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaata 210  Q
     ||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||    
T  19169917 cagagagatcttcgaaggggaaacaacttctaaagggctagatactgacacctattctatgactgcaatttctacatcatgtgaagtagaagggaaaata 19169818  T
Q  211 taa 213  Q
    |||    
T  19169817 taa 19169815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 174
Target Start/End: Original strand, 19581661 - 19581824
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| ||||| |||||||| ||| ||||    
T  19581661 aatatgcaaatgatcgacctacaatgtccgatgttatatcaatgttaacaaacaaatatgaactcacaacaatacccagaagaccagcattttatgttag 19581760  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaaca 174  Q
    |||||| ||  ||||  | |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  19581761 aagagacattcttgatggagaaacaacttctaaagtgccagacatctacacctattctacaaca 19581824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 13 - 185
Target Start/End: Original strand, 19258190 - 19258362
Alignment:
Q  13 tatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattagaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||   |||||||| |||||||||||| ||| ||    
T  19258190 tatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcagtgttaacaaacaaatatgaactcacaaccatgccaagaagaccagcattctattttacaa 19258289  T
Q  113 gagagatctttgagagcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctac 185  Q
    |||||||| ||||  | ||||||||||  |||| | | |||    ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  19258290 gagagatccttgaaggggaaacaactttgaaagtgtcggactgtgacacctattctacgacaacaatttctac 19258362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 11 - 144
Target Start/End: Original strand, 19290205 - 19290338
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattag 110  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||| || ||||| ||| ||||    
T  19290205 aatatgcaaatgatcgtcctacaatgtcggatgtgatatcaatgttagcaaacaaatatgaactcacaaccttaccaagaagaccggcattttatgttag 19290304  T
Q  111 aagagagatctttgagagcgaaacaacttctaaa 144  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  19290305 aagagagatctttgaaggggaaacaacttctaaa 19290338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 27 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19274277 - 19274086
Alignment:
Q  27 accaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagcattctatattagaagagagatctttgag 126  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||  | ||  |||||| |||||||||| ||||||||     
T  19274277 accaacaatgtctgatgttatgtcattgttaacaaacaaatatgaactcacaaccttaccaagaaaacaagggttctatgttagaagagaaatctttgac 19274178  T
Q  127 agcgaaacaacttctaaagggccagacaccaacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaatataaataat 218  Q
     | |||||||||||  ||| | | |||||  |||| |||||||  ||||  |||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||    
T  19274177 ggggaaacaacttcgtaagtgtccgacactgacacatattctatgacagtgatttctacctcatgtgaagtagaagagaaaatataaataat 19274086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 19148659 - 19148607
Alignment:
Q  14 atgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaa 66  Q
    ||||| ||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  19148659 atgcagatgatcgtccgacaatgtccaatgttatatcaatgttaactaacaaa 19148607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 36310878 - 36310790
Alignment:
Q  11 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccaagaaggccagca 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36310878 aatatgcaaatgatcgaccaacaatgtctgatgttatatcaatgttaacaaacaaacatgaactcccaacctcaccgagaaggccagca 36310790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 156 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 36310791 - 36310721
Alignment:
Q  156 caacacctattctacaacagcaatttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaatataaataatccatatat 226  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36310791 caacacctattctacaacagcagtttctacatcatgtgaaattgaagcaaaaatataagtaatccatatat 36310721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University