View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7829A_low_491 (Length: 224)

Name: NF7829A_low_491
Description: NF7829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7829A_low_491
NF7829A_low_491
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-207)||(9226590-9226796)
chr4 (1-207)||(18858268-18858474)
chr4 (1-207)||(16626182-16626388)
chr4 (1-207)||(5145600-5145806)
chr4 (39-189)||(4567590-4567740)
chr4 (87-187)||(16634744-16634844)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-207)||(16498-16704)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (1-207)||(10686453-10686659)
chr8 (1-207)||(18867859-18868065)
chr8 (1-214)||(26299065-26299278)
chr8 (5-207)||(35743085-35743287)
chr8 (39-207)||(28892997-28893165)
chr8 (39-189)||(25682563-25682713)
chr8 (39-189)||(16755040-16755190)
chr8 (39-207)||(4815006-4815174)
chr8 (39-207)||(28330128-28330296)
chr8 (21-189)||(21039682-21039849)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-207)||(24263512-24263718)
chr7 (5-207)||(16882623-16882825)
chr7 (1-207)||(18411349-18411555)
chr7 (1-207)||(21986612-21986818)
chr7 (1-207)||(9187334-9187540)
chr7 (66-207)||(21643794-21643935)
chr7 (1-115)||(24272181-24272295)
chr7 (1-71)||(21642379-21642449)
chr7 (39-207)||(3322568-3322736)
chr7 (39-207)||(7072284-7072452)
chr7 (21-207)||(44012293-44012478)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-207)||(14739761-14739967)
chr6 (5-207)||(33333265-33333467)
chr6 (1-199)||(24433517-24433715)
chr6 (39-207)||(35203843-35204011)
chr6 (39-189)||(13880990-13881140)
chr6 (39-189)||(25943920-25944070)
chr6 (21-187)||(17692617-17692783)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-207)||(27447515-27447721)
chr5 (1-207)||(43594813-43595019)
chr5 (1-207)||(43627607-43627813)
chr5 (5-207)||(31399181-31399383)
chr5 (1-207)||(37558791-37558997)
chr5 (5-207)||(33789052-33789254)
chr5 (1-207)||(24557773-24557979)
chr5 (1-207)||(24598805-24599011)
chr5 (1-207)||(28835994-28836199)
chr5 (1-48)||(28805070-28805117)
chr5 (21-192)||(29103928-29104098)
chr5 (39-207)||(25447720-25447889)
chr5 (155-192)||(29267741-29267778)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (1-207)||(1308563-1308769)
chr3 (5-207)||(8514790-8514992)
chr3 (5-207)||(32478036-32478238)
chr3 (5-206)||(2674410-2674611)
chr3 (1-207)||(3325727-3325933)
chr3 (1-175)||(22170529-22170703)
chr3 (1-72)||(18144988-18145059)
chr3 (39-207)||(6305544-6305712)
chr3 (39-189)||(10096586-10096736)
chr3 (39-189)||(10203472-10203622)
chr3 (39-207)||(16459697-16459865)
chr3 (39-189)||(10610553-10610703)
chr3 (39-207)||(10899242-10899410)
chr3 (39-207)||(54190741-54190909)
chr3 (39-206)||(22623759-22623926)
chr3 (39-189)||(47880668-47880818)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (5-207)||(19346974-19347176)
chr2 (1-207)||(25393578-25393784)
chr2 (1-149)||(39485468-39485616)
chr2 (10-197)||(31133776-31133963)
chr2 (3-51)||(31058652-31058700)
chr2 (39-189)||(45569641-45569791)
chr2 (43-207)||(2738438-2738602)
chr2 (39-207)||(20052541-20052708)
chr2 (39-207)||(39684480-39684648)
chr2 (1-40)||(39485429-39485468)
chr2 (39-189)||(17934335-17934485)
chr2 (39-207)||(22715014-22715182)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (1-207)||(200-406)
scaffold0006 (1-207)||(8356-8562)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-207)||(41395943-41396137)
chr1 (1-80)||(19369001-19369080)
chr1 (39-207)||(9523961-9524129)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (4-207)||(34705-34908)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (39-207)||(924-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (39-207)||(18559-18727)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 9226796 - 9226590
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9226796 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 9226697  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226696 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 9226597  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  9226596 gttgatg 9226590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 18858268 - 18858474
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18858268 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 18858367  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858368 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 18858467  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  18858468 gttgatg 18858474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 16626388 - 16626182
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16626388 atcctccactagattccaatttccacaactcgtaacccttcagaccttccggataaccaatgaagatacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 16626289  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16626288 cttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 16626189  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  16626188 gttgatg 16626182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 5145600 - 5145806
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||     
T  5145600 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttctggataacgaataaagacacatttcaaagctctagtctcaagcttgtcttt 5145699  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |    
T  5145700 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccggtttcccattccatacttccataggtgtcttgaagtctattgtc 5145799  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  5145800 gttgatg 5145806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4567740 - 4567590
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | || |||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||    
T  4567740 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 4567641  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    ||   ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4567640 aattagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4567590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 16634844 - 16634744
Alignment:
Q  87 tcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtct 186  Q
    ||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||   ||||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  16634844 tcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 16634745  T
Q  187 t 187  Q
    |    
T  16634744 t 16634744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 16704 - 16498
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16704 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 16605  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16604 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 16505  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  16504 gttgatg 16498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 10686659 - 10686453
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10686659 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 10686560  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10686559 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 10686460  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  10686459 gttgatg 10686453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 18868065 - 18867859
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18868065 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 18867966  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867965 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacattcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 18867866  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  18867865 gttgatg 18867859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 26299065 - 26299278
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26299065 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 26299164  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26299165 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 26299264  T
Q  201 gttgatgtccatct 214  Q
    ||||||| ||||||    
T  26299265 gttgatggccatct 26299278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 207
Target Start/End: Original strand, 35743085 - 35743287
Alignment:
Q  5 tccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35743085 tccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 35743184  T
Q  105 atatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743185 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 35743284  T
Q  205 atg 207  Q
    |||    
T  35743285 atg 35743287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 28893165 - 28892997
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| ||||||| ||||    
T  28893165 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 28893066  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28893065 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28892997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 25682713 - 25682563
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  25682713 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 25682614  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25682613 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25682563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Original strand, 16755040 - 16755190
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  16755040 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 16755139  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16755140 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 16755190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Original strand, 4815006 - 4815174
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||  ||| || ||||    
T  4815006 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagactttca 4815105  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4815106 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 4815174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 28330296 - 28330128
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  28330296 ttcacacctttaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 28330197  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28330196 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28330128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 21039849 - 21039682
Alignment:
Q  21 ttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 120  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| |    
T  21039849 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgcta 21039751  T
Q  121 aagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |||||  |||||| |||||    ||||| ||  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  21039750 aagctctgaaaacattcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacctccataggtgtcttga 21039682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 24263718 - 24263512
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24263718 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 24263619  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24263618 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 24263519  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  24263518 gttgatg 24263512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 207
Target Start/End: Original strand, 16882623 - 16882825
Alignment:
Q  5 tccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16882623 tccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 16882722  T
Q  105 atatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882723 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 16882822  T
Q  205 atg 207  Q
    |||    
T  16882823 atg 16882825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 18411349 - 18411555
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18411349 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataacaaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 18411448  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  18411449 cttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccca 18411548  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  18411549 gttgatg 18411555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 21986612 - 21986818
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21986612 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 21986711  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  21986712 cttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccgatttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattgcc 21986811  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  21986812 gttgatg 21986818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 9187540 - 9187334
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9187540 atcctccactagattccaatttccacagcttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 9187441  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9187440 cttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaaagatgagtagtttgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 9187341  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  9187340 gttgatg 9187334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 66 - 207
Target Start/End: Original strand, 21643794 - 21643935
Alignment:
Q  66 acacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccac 165  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21643794 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccac 21643893  T
Q  166 tccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21643894 tccatacctccataggtgtcttgaagtctatacccgttgatg 21643935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 24272295 - 24272181
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  24272295 atcctcaactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaatcttgtcttg 24272196  T
Q  101 cttgatatgcgcata 115  Q
    |||||||||||||||    
T  24272195 cttgatatgcgcata 24272181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 71
Target Start/End: Original strand, 21642379 - 21642449
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 71  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642379 atcctccaatagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 21642449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Original strand, 3322568 - 3322736
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||  ||| |||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  3322568 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcaccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 3322667  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  3322668 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 3322736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 7072452 - 7072284
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | || |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||| |||||| |||| || ||||    
T  7072452 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttca 7072353  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  7072352 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 7072284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 207
Target Start/End: Original strand, 44012293 - 44012478
Alignment:
Q  21 ttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 120  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | || |||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |    
T  44012293 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgcta 44012392  T
Q  121 aagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |||| || ||||| ||||||   ||||| || |||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||| || |||||||    
T  44012393 aagc-tccaaaactttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctctataagtgtcttcaaatctatccctgttgatg 44012478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 14739967 - 14739761
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14739967 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 14739868  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14739867 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 14739768  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  14739767 gttgatg 14739761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 5 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 33333467 - 33333265
Alignment:
Q  5 tccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33333467 tccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttcctgataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 33333368  T
Q  105 atatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33333367 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtatcttgaagtctattcccgttg 33333268  T
Q  205 atg 207  Q
    |||    
T  33333267 atg 33333265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 24433715 - 24433517
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  24433715 atcctccactagattcaaatttacacaacttgtaacccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtattg 24433616  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcc 199  Q
     |||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||   || |||||||| ||||||   || ||||| |||||||||||||||||    
T  24433615 attgatatgcgcatatgtcaaaactccgaaaaccttcaaagatgagtaaattgctggtttcccgctccatttttcaataggcgtcttgaagtctattcc 24433517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Original strand, 35203843 - 35204011
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  35203843 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 35203942  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  35203943 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 35204011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 13881140 - 13880990
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  13881140 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 13881041  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13881040 agttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 13880990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 25944070 - 25943920
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| |||| |||  ||||| |||||| |  | | ||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||    
T  25944070 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacatttcacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 25943971  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25943970 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25943920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 187
Target Start/End: Original strand, 17692617 - 17692783
Alignment:
Q  21 ttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 120  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| ||   ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |    
T  17692617 ttccacaacctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgcta 17692716  T
Q  121 aagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctt 187  Q
    ||||  ||||||| |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17692717 aagccccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccatatgtgtctt 17692783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 27447515 - 27447721
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27447515 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 27447614  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27447615 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 27447714  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  27447715 gttgatg 27447721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 43594813 - 43595019
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43594813 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 43594912  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43594913 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 43595012  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  43595013 gttgatg 43595019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 43627607 - 43627813
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43627607 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 43627706  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43627707 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 43627806  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  43627807 gttgatg 43627813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31399383 - 31399181
Alignment:
Q  5 tccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31399383 tccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 31399284  T
Q  105 atatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399283 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaattcgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 31399184  T
Q  205 atg 207  Q
    |||    
T  31399183 atg 31399181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 37558997 - 37558791
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37558997 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 37558898  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  37558897 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataagtgtcttgaagtctatcccc 37558798  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  37558797 gttgatg 37558791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 5 - 207
Target Start/End: Original strand, 33789052 - 33789254
Alignment:
Q  5 tccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33789052 tccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 33789151  T
Q  105 atatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789152 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 33789251  T
Q  205 atg 207  Q
    |||    
T  33789252 atg 33789254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 24557979 - 24557773
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24557979 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 24557880  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  24557879 cttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattccc 24557780  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  24557779 gttgatg 24557773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 24599011 - 24598805
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24599011 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 24598912  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  24598911 cttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattccc 24598812  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  24598811 gttgatg 24598805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 28835994 - 28836199
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28835994 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttctcaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 28836093  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      
T  28836094 cttgatatacgcatatg-caaagctccgaaaaccatcaaagatgagtaatctaccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcat 28836192  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  28836193 gttgatg 28836199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 28805117 - 28805070
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 48  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805117 atcctccactagatttcaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 28805070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29104098 - 29103928
Alignment:
Q  21 ttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 120  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||| |||  ||||| |||| ||| |||||||| |  ||||   ||||||||| ||| ||||||||| | | || |||    
T  29104098 ttccacaatatgtaacccttcacaccctccaaataactaatggagaaacatttcatatgtttaacatcaagcttgcctttcttgatatgtgaa-attcca 29104000  T
Q  121 aagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 192  Q
    |||||| ||||||||| |||   || ||||    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29103999 aagctttgaaaacctttaaattagaataattaatcggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29103928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25447889 - 25447720
Alignment:
Q  39 ttcacaccttcc-ggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttc 137  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||| ||||||| |||    
T  25447889 ttcacacctttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttc 25447790  T
Q  138 aaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    ||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25447789 aagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25447720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 155 - 192
Target Start/End: Original strand, 29267741 - 29267778
Alignment:
Q  155 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29267741 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29267778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 1308563 - 1308769
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1308563 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 1308662  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1308663 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 1308762  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  1308763 gttgatg 1308769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 207
Target Start/End: Original strand, 8514790 - 8514992
Alignment:
Q  5 tccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8514790 tccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 8514889  T
Q  105 atatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514890 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 8514989  T
Q  205 atg 207  Q
    |||    
T  8514990 atg 8514992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 207
Target Start/End: Original strand, 32478036 - 32478238
Alignment:
Q  5 tccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32478036 tccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 32478135  T
Q  105 atatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478136 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 32478235  T
Q  205 atg 207  Q
    |||    
T  32478236 atg 32478238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 2674611 - 2674410
Alignment:
Q  5 tccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2674611 tccactagattccaatttccacaactcttatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 2674512  T
Q  105 atatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  2674511 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctagaagtttattctcgttg 2674412  T
Q  205 at 206  Q
    ||    
T  2674411 at 2674410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 3325933 - 3325727
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  3325933 atcctccactagattccaattttcacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcatgtcttg 3325834  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3325833 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatcttctagtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattccc 3325734  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  3325733 gttgatg 3325727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 22170703 - 22170529
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22170703 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 22170604  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctc 175  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22170603 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 72
Target Start/End: Original strand, 18144988 - 18145059
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 72  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18144988 atcctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 18145059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6305712 - 6305544
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  6305712 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 6305613  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  6305612 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 6305544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Original strand, 10096586 - 10096736
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  10096586 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 10096685  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10096686 agttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 10096736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Original strand, 10203472 - 10203622
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  10203472 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 10203571  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10203572 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10203622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 16459865 - 16459697
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||||||| | || |||||| ||||||| ||||    
T  16459865 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaactttca 16459766  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  16459765 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 16459697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Original strand, 10610553 - 10610703
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||| ||||||| ||||    
T  10610553 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 10610652  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610653 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10610703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 10899410 - 10899242
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||  |||||| || |    
T  10899410 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaactttta 10899311  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  10899310 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 10899242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 54190909 - 54190741
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||| ||||||| || |    
T  54190909 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttta 54190810  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  54190809 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 54190741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 206
Target Start/End: Original strand, 22623759 - 22623926
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| ||||||| ||||    
T  22623759 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcatagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 22623858  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgat 206  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||  ||||| || ||||||    
T  22623859 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaaactccataggtgttttgagatctatccctgttgat 22623926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Original strand, 47880668 - 47880818
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||| | ||||| ||||    
T  47880668 ttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacacttcacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttca 47880767  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    ||   ||||| || |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47880768 aattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctacataggtgtcttga 47880818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 5 - 207
Target Start/End: Original strand, 19346974 - 19347176
Alignment:
Q  5 tccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttg 104  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19346974 tccactagattccaattttcacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 19347073  T
Q  105 atatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347074 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 19347173  T
Q  205 atg 207  Q
    |||    
T  19347174 atg 19347176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 25393578 - 25393784
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25393578 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 25393677  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25393678 cttgatatgtgcatatgccaaagctccgtaaaccttcaaagatgagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 25393777  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  25393778 gttgatg 25393784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 39485616 - 39485468
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39485616 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 39485517  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaa 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  39485516 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaa 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 31133963 - 31133776
Alignment:
Q  10 tagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  || |||||||||||||||| |||||||| | ||  ||  ||||||||||||| |||||||||    
T  31133963 tagattccaatttccacaacttgtaactgtgcacacgctctggataaccaatgaagaaacatttcacaactccagcatcaagcttgtcttacttgatatg 31133864  T
Q  110 cgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatt 197  Q
    |  ||| || ||||| ||||||| ||||||||  ||||| ||  |||  ||||||||| || |||  || |||||||| |||||||||    
T  31133863 cagatacgctaaagcctcgaaaatcttcaaagttgagtagtcttccgacttcccactctatgcctttattggtgtcttaaagtctatt 31133776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 3 - 51
Target Start/End: Original strand, 31058652 - 31058700
Alignment:
Q  3 cctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccg 51  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31058652 cctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccg 31058700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 45569791 - 45569641
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  45569791 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 45569692  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  45569691 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 45569641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 43 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 2738602 - 2738438
Alignment:
Q  43 caccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaaga 142  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || |||||       
T  2738602 caccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagtt 2738503  T
Q  143 ggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
     ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  2738502 agagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 2738438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Original strand, 20052541 - 20052708
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||| ||||||| ||||    
T  20052541 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagct-cgaaaactttca 20052639  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  20052640 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 20052708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 39684648 - 39684480
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  39684648 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 39684549  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| ||  ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  39684548 agttagagtagtcttccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 39684480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 40
Target Start/End: Original strand, 39485429 - 39485468
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtacccctt 40  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39485429 atccttcactagattccaatttccacaacttgtaaccctt 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 17934485 - 17934335
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |  | |||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| |||||| |||| || ||||    
T  17934485 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttca 17934386  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 189  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17934385 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 17934335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Original strand, 22715014 - 22715182
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||  ||| ||| | | | || |||||| ||||||| ||||    
T  22715014 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttca 22715113  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  22715114 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 22715182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 175; Significance: 2e-94; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 200 - 406
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  200 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 299  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  300 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcct 399  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  400 gttgatg 406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 8356 - 8562
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8356 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttg 8455  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8456 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcct 8555  T
Q  201 gttgatg 207  Q
    |||||||    
T  8556 gttgatg 8562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 41395943 - 41396137
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttg 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |             |||||||||||    
T  41395943 atcctcaactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttccac------------agcttgtcttg 41396030  T
Q  101 cttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41396031 cttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcgggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccc 41396130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 19369080 - 19369001
Alignment:
Q  1 atcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 80  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369080 atcctccactagattctaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 19369001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 9524129 - 9523961
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  9524129 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 9524030  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  9524029 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 9523961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 4 - 207
Target Start/End: Original strand, 34705 - 34908
Alignment:
Q  4 ctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgctt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||    
T  34705 ctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgctt 34804  T
Q  104 gatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgtt 203  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||| |||||   |    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  34805 gatatgcgcatatgccaaatcttagagaaccttcatagatgagtagaacattagtttcccactccatacttccataggtatcctgaagtttattcccgtt 34904  T
Q  204 gatg 207  Q
    ||||    
T  34905 gatg 34908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Original strand, 924 - 1092
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| | |||| |||  ||||| ||||||||| | | ||| ||| | || |||||| ||||||| ||||    
T  924 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattttacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 1023  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  1024 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 1092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 18727 - 18559
Alignment:
Q  39 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctttaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 138  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||| ||  | | ||| ||| | || |||||| ||||||| ||||    
T  18727 ttcacagcttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 18628  T
Q  139 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 207  Q
    ||   ||||| |  |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  18627 aattagagtagtttgccggcctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 18559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University