View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7829A_low_75 (Length: 386)

Name: NF7829A_low_75
Description: NF7829A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7829A_low_75
NF7829A_low_75
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-361)||(367661-368002)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (70-361)||(63494-63786)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-361)||(5987576-5987917)
chr2 (20-361)||(45494240-45494577)
chr2 (20-361)||(45501982-45502319)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (20-361)||(16837542-16837883)
chr4 (20-361)||(56561397-56561728)
chr4 (60-107)||(11354076-11354123)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (87-361)||(9506105-9506371)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 20 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 368002 - 367661
Alignment:
Q  20 tcacctctatctatttgattcagagacagaagaagttaagactgaagaacaagaagaaattgttgaggatacaaatgaaggaggtgcatgagttactaat 119  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||| | |||  ||||    
T  368002 tcacctctatctatctgatttagaaacagaagatgttgagactgaagaacaagaagaaatagttggtgatataaatgaaggaggtgcaggtgttgttaat 367903  T
Q  120 aggccagcaaggaatactcaaccaccatgcatgttgagagattatgagaggtttcctgatcaagcagtcacaaatgaaggtgattttgtgcagctggcaa 219  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  367902 aggccaacaaggaatactcaaccaccaagtaggttgagagactatgagaggtttcctgatcaagcagtcacaagtgaaggtgattttgtgcagctggcaa 367803  T
Q  220 tgcttgctgaagttgaactagtgtcttttgaggaaactctcaagcaaaatcattggaagaaagcaatgatcgaagaactagactctatagagaagaatga 319  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  367802 tgcttgctgaagctgaactagtgtcttttgaggaagctctcaaacaaaatcattggaagaaagcaatgattgaagaattagactctatagagaagaatga 367703  T
Q  320 tacttggagattagttcaactacctactaataagaaatgtat 361  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  367702 tacttggagattagtttaactacctactgataaaaaatgtat 367661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 70 - 361
Target Start/End: Original strand, 63494 - 63786
Alignment:
Q  70 aagaagaaattgttgaggatacaaatgaaggaggtgcatgagttactaataggccagcaaggaatactcaaccaccatgcatgttgagagattatgagag 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  63494 aagaagaaattgttgaggatacaaatgaaggaggtgcaggagtttctaataggccaacaaggaagactcaaccaccaagcaggttgagagattatgagag 63593  T
Q  170 gtttcctgatcaagcagtcacaaatgaaggtgattttgtgcagctggcaatgcttgctgaagttgaactagt-gtcttttgaggaaactctcaagcaaaa 268  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||   |||||| |||||    
T  63594 gtttcctgatcaagcagtcacgaatgaaggtgattttgtgcatctagcaatgcttgctgaagctgaaccagtggtcttttgaggatgttctcaaacaaaa 63693  T
Q  269 tcattggaagaaagcaatgatcgaagaactagactctatagagaagaatgatacttggagattagttcaactacctactaataagaaatgtat 361  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  63694 tcattggaagaaagcaatcattgaagaactagactccacagagaagaatgatacttggagattagttcaactaccgactgataagaaatgtat 63786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 361
Target Start/End: Original strand, 5987576 - 5987917
Alignment:
Q  20 tcacctctatctatttgattcagagacagaagaagttaagactgaagaacaagaagaaattgttgaggatacaaatgaaggaggtgcatgagttactaat 119  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| |||||||| | |  ||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||| |||| | |||  ||||    
T  5987576 tcacttctatctatctgattcagaaacagaagatgctgggactgaagaacaagaagaaatagttggtgatacagatgaaggagatgcaggtgttgttaat 5987675  T
Q  120 aggccagcaaggaatactcaaccaccatgcatgttgagagattatgagaggtttcctgatcaagcagtcacaaatgaaggtgattttgtgcagctggcaa 219  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||    ||||    
T  5987676 aggccaataaggaatactcaaccaccagtcaggttgagagattttgagagatttcctggtcaagcagtcacagatgaaggtgaaattgtgcaatcagcaa 5987775  T
Q  220 tgcttgctgaagttgaactagtgtcttttgaggaaactctcaagcaaaatcattggaagaaagcaatgatcgaagaactagactctatagagaagaatga 319  Q
    |||||||||||| ||||| | | |||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5987776 tgcttgctgaagctgaaccaatatcttttgaggaagctcttaaacaaaatcactggaagaaagcaatgattgaagaactagactctatagagaagaatga 5987875  T
Q  320 tacttggagattagttcaactacctactaataagaaatgtat 361  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  5987876 aacttggagattagttcaactacctactgataagaagtgtat 5987917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 20 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 45494577 - 45494240
Alignment:
Q  20 tcacctctatctatttgattcagagacagaagaagttaagactgaagaacaagaagaaattgttgaggatacaaatgaaggaggtgcatgagttactaat 119  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| |||||||| | |  ||||||||||||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||| ||   |  |    
T  45494577 tcacttctatctatctgattcagaaacagaagatgctgggactgaagaacaagaagaattagttggtgatacagatgaaggaggtgcatgtgt---tgtt 45494481  T
Q  120 aggccagcaaggaatactcaaccaccatgcatgttgagagattatgagaggtttcctgatcaagcagtcacaaatgaaggtgattttgtgcagctggcaa 219  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||    ||||    
T  45494480 aggccaacaaggaatactcaaccaccagtcaggttgagagattatgagagatttcctgatcaagcagtcacagatgaaggtgaaattgtgcaatcagcaa 45494381  T
Q  220 tgcttgctgaagttgaactagtgtcttttgaggaaactctcaagcaaaatcattggaagaaagcaatgatcgaagaactagactctatagagaagaatga 319  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45494380 tgcttgctgaagttgaaccagtatattttgaggaagctcttaaacaaaatcactggaagaaagcaatgattgaagaactagactatatagagaagaatga 45494281  T
Q  320 tacttggagattagttcaactacctactaataagaaatgtat 361  Q
     |||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||    
T  45494280 aacttagagattagttaaacta-ctacttataagaagtgtat 45494240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 20 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 45502319 - 45501982
Alignment:
Q  20 tcacctctatctatttgattcagagacagaagaagttaagactgaagaacaagaagaaattgttgaggatacaaatgaaggaggtgcatgagttactaat 119  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| |||||||| | |  ||||||||||||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||| ||   |  |    
T  45502319 tcacttctatctatctgattcagaaacagaagatgctgggactgaagaacaagaagaattagttggtgatacagatgaaggaggtgcatgtgt---tgtt 45502223  T
Q  120 aggccagcaaggaatactcaaccaccatgcatgttgagagattatgagaggtttcctgatcaagcagtcacaaatgaaggtgattttgtgcagctggcaa 219  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||    ||||    
T  45502222 aggccaacaaggaatactcaaccaccagtcaggttgagagattatgagagatttcctgatcaagcagtcacagatgaaggtgaaattgtgcaatcagcaa 45502123  T
Q  220 tgcttgctgaagttgaactagtgtcttttgaggaaactctcaagcaaaatcattggaagaaagcaatgatcgaagaactagactctatagagaagaatga 319  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45502122 tgcttgctgaagttgaaccagtatattttgaggaagctcttaaacaaaatcactggaagaaagcaatgattgaagaactagactatatagagaagaatga 45502023  T
Q  320 tacttggagattagttcaactacctactaataagaaatgtat 361  Q
     |||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||    
T  45502022 aacttagagattagttaaacta-ctacttataagaagtgtat 45501982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 166; Significance: 9e-89; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 16837883 - 16837542
Alignment:
Q  20 tcacctctatctatttgattcagagacagaagaagttaagactgaagaacaagaagaaattgttgaggatacaaatgaaggaggtgcatgagttactaat 119  Q
    |||| ||||||||| ||||||| | |||||||| | |  ||||||||||||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||| | |||  ||||    
T  16837883 tcacttctatctatctgattcataaacagaagatgctgggactgaagaacaagaagaagtagttggtgatacagatgaaggaggtgcaggtgttgttaat 16837784  T
Q  120 aggccagcaaggaatactcaaccaccatgcatgttgagagattatgagaggtttcctgatcaagcagtcacaaatgaaggtgattttgtgcagctggcaa 219  Q
    || ||| |||| |||||||||||||||  || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||    ||||    
T  16837783 agaccaacaagaaatactcaaccaccagtcaggttgagagattttgagagatttcctgatcaagcagtcacagatgaaggtgaaattgtgcaatcagcaa 16837684  T
Q  220 tgcttgctgaagttgaactagtgtcttttgaggaaactctcaagcaaaatcattggaagaaagcaatgatcgaagaactagactctatagagaagaatga 319  Q
    |||||||||||| |||||  || |||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16837683 tgcttgctgaagctgaacctgtatcttttgaggaagctcttaaacaaaatcactggaagaaagcaatgattgaagaactagactctatagagaagaatga 16837584  T
Q  320 tacttggagattagttcaactacctactaataagaaatgtat 361  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  16837583 aacttggagattagttcaactacctactgataagaagtgtat 16837542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 361
Target Start/End: Original strand, 56561397 - 56561728
Alignment:
Q  20 tcacctctatctatttgattcagagacagaagaagttaagactgaagaacaagaagaaattgttgaggatacaaatgaaggaggtgcatgagttactaat 119  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| |||||||| | |  ||||||||||||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||| | |||  ||||    
T  56561397 tcacttctatctatctgattcagaaacagaagatgctgggactgaagaacaagaagaagtagttggtgatacagatgaaggaggtgcaggtgttgttaat 56561496  T
Q  120 aggccagcaaggaatactcaaccaccatgcatgttgagagattatgagaggtttcctgatcaagcagtcacaaatgaaggtgattttgtgcagctggcaa 219  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||          ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||     |||    
T  56561497 aggccaacaaggaatactcaaccaccagtcaggttgagagatt----------tcctgatcaagcagtcacatatgaaggtgaaattgtgcaatcaacaa 56561586  T
Q  220 tgcttgctgaagttgaactagtgtcttttgaggaaactctcaagcaaaatcattggaagaaagcaatgatcgaagaactagactctatagagaagaatga 319  Q
    |||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  56561587 tgcttgctaaagctgaaccagtatcttttgaggaagctcttaaacaaaatcactggaagaaagcaatgattgaagaactagactctatagagaagaatga 56561686  T
Q  320 tacttggagattagttcaactacctactaataagaaatgtat 361  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  56561687 aacttggagattagttcaactacctactgataagaagtgtat 56561728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 60 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 11354123 - 11354076
Alignment:
Q  60 actgaagaacaagaagaaattgttgaggatacaaatgaaggaggtgca 107  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  11354123 actgaagatcaagaagaaaatgttgaggttgcaaatgaaggaggtgca 11354076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 87 - 361
Target Start/End: Original strand, 9506105 - 9506371
Alignment:
Q  87 gatacaaatgaaggaggtgcatgagttactaataggccagcaaggaatactcaaccaccatgcatgttgagagattatgagaggtttcctgatcaagcag 186  Q
    |||||| |||||||||||||| | |||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||          ||||||||||||||    
T  9506105 gatacagatgaaggaggtgcaggtgttgttaatatgccaacaaggaatactcaaccaccagtcagattgagagatt----------tcctgatcaagcag 9506194  T
Q  187 tcacaaatgaaggtgattttgtgcagctggcaatgcttgctgaagttgaactagtgtcttttgaggaaactct--caagcaaaatcattggaagaaagca 284  Q
    ||||||||||||||||| |||||||    || ||||||||||||| | ||| | | |||||||||||| ||||   ||  ||||||| ||||||||||||    
T  9506195 tcacaaatgaaggtgatattgtgcaatcagctatgcttgctgaagctaaaccaatatcttttgaggaagctcttaaaaaaaaaatcactggaagaaagca 9506294  T
Q  285 atgatcgaagaactagactctatagagaagaatgatacttggagattagttcaactacctactaataagaaatgtat 361  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  9506295 atgattgaagaactagactctatagagaagaatgaaacttggagattagttcaactacctactgataagaagtgtat 9506371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University