View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7831_low_1 (Length: 648)

Name: NF7831_low_1
Description: NF7831
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7831_low_1
NF7831_low_1
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (1-632)||(14947865-14948493)
chr8 (14-318)||(5288655-5288959)
chr8 (14-318)||(5280642-5280946)
chr8 (15-318)||(15127169-15127472)
chr8 (14-318)||(5315380-5315684)
chr8 (1-318)||(5308403-5308723)
chr8 (431-604)||(5281039-5281212)
chr8 (431-610)||(5289053-5289232)
chr8 (419-610)||(5308127-5308318)
chr8 (431-604)||(15126925-15127098)
chr8 (419-604)||(5315112-5315297)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (105-610)||(113504-114025)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-318)||(31524751-31525053)
chr6 (431-604)||(31525138-31525311)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 545; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 632
Target Start/End: Original strand, 14947865 - 14948493
Alignment:
Q  1 taaacctatattatattacctggcgatacatatccccgaggaagtagaataatcagcaaagctgcagtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaaccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14947865 taaacctatattatattacctggcgatacatatccccgaggaagtagaataatcagcaaagctgcagtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaaccc 14947964  T
Q  101 ttacaactacccattccattgccacattagaatgaaagaacaacgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagttttcgaaaaatctgtctaccatgcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14947965 ttacaactacccattccattgccacattagaatgaaagaacaatgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagtttttgaaaaatctgtctaccatgcc 14948064  T
Q  201 aaatgctcttacagtaactactccaagcgatgtctcagctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcccttgaagaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14948065 aaatgctcttacagtaactactccaagcgatgtctcagctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcccttgaagaa 14948164  T
Q  301 gcttgataatattgctttcaggnnnnnnnnnnnnnnncaaataaagataatataagaacttaaagctcaatgattcaacgatggaaagaaaatgagatta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14948165 gcttgataatattgctttcagg---aagaaaaaaaaacaaataaagataatataagaacttaaagctcaatgattcaacgatggaaagaaaatgagatta 14948261  T
Q  401 tgaaatcnnnnnnnttgtaaagtggataacaaacctgaatatttattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaataagaacttgccatgtgactgaaac 500  Q
    |||||||       |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14948262 tgaaatcaaaaaaattgtaaagtggataacaaacctgaatatatattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaataagaacttgccatgtgactgaaac 14948361  T
Q  501 cattatacaaattatcaccaaaatttcaattactacagatgctacaaaggtgatggaaaaaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgacgcc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14948362 cattatacaaattatcaccaaaatttcaattactacagatgctacaaaggtgatggaaaaaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgacgcc 14948461  T
Q  601 tgcacaagagtgaagaaaatattggccaaaag 632  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14948462 tgcacaagagcgaagaaaatattggccaaaag 14948493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 14 - 318
Target Start/End: Original strand, 5288655 - 5288959
Alignment:
Q  14 tattacctggcgatacatatccccgaggaagtagaataatcagcaaagctgcagtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaacccttacaactaccca 113  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  5288655 tattacctggggatacatatccctgaggaagtagaataagcaaaagagctgcagtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaatccttaaaaccaccca 5288754  T
Q  114 ttccattgccacattagaatgaaagaacaacgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagttttcgaaaaatctgtctaccatgccaaatgctcttaca 213  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||   |||| ||||||     
T  5288755 ttccatggccccatttgaatgaaagaacaatgaagcatctgtgtccacaagtttcaagtagtttttgaaaaatctgtctaccatgttgaatgatcttact 5288854  T
Q  214 gtaactactccaagcgatgtctcagctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcccttgaagaagcttgataatatt 313  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||    
T  5288855 gtaactactccaagtgatgtctcagctgcaaaattcatgactggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcacttgcagtggcttgataatatt 5288954  T
Q  314 gcttt 318  Q
    |||||    
T  5288955 gcttt 5288959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 14 - 318
Target Start/End: Original strand, 5280642 - 5280946
Alignment:
Q  14 tattacctggcgatacatatccccgaggaagtagaataatcagcaaagctgcagtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaacccttacaactaccca 113  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||    
T  5280642 tattacctggtgatacatatccctgaggatgtagaataagcaacaaagctgctgtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaatccttaaaaccatcca 5280741  T
Q  114 ttccattgccacattagaatgaaagaacaacgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagttttcgaaaaatctgtctaccatgccaaatgctcttaca 213  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  5280742 ttgcatcgccacattagaatgaaagaacaatgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagtttttgaaaaatctgtctaccatgttgaatgctcttaca 5280841  T
Q  214 gtaactactccaagcgatgtctcagctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcccttgaagaagcttgataatatt 313  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||    
T  5280842 gtaaccactccaagtgatgtctcagctgcaaaattcataactggtgctttggtggttccattgatccgtattagttcccttgcagcggcttgatagtatt 5280941  T
Q  314 gcttt 318  Q
    |||||    
T  5280942 gcttt 5280946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 15127472 - 15127169
Alignment:
Q  15 attacctggcgatacatatccccgaggaagtagaataatcagcaaagctgcagtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaacccttacaactacccat 114  Q
    ||||||||| |||| |||||   ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  15127472 attacctggggatagatatctttgaggaagtagaatgagtagcaaagctgcagtgatgacagtcaaatttagaagtgcttcaatccttaaaactaaccat 15127373  T
Q  115 tccattgccacattagaatgaaagaacaacgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagttttcgaaaaatctgtctaccatgccaaatgctcttacag 214  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||| ||| |    
T  15127372 tccattgccacattggaatgaaagaacaatgaagcatctgtatccacaagttttaagtagtttttgaaaaatctgtctaccatgttgaatgctcgtacgg 15127273  T
Q  215 taactactccaagcgatgtctcagctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcccttgaagaagcttgataatattg 314  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||     
T  15127272 taaccactccaagtgatgtctcggctgcaaaattcatgactggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcccttgcagtggcttgataatattt 15127173  T
Q  315 cttt 318  Q
    ||||    
T  15127172 cttt 15127169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 14 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 5315684 - 5315380
Alignment:
Q  14 tattacctggcgatacatatccccgaggaagtagaataatcagcaaagctgcagtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaacccttacaactaccca 113  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||||  ||||| | || ||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||| ||| | |||    
T  5315684 tattacctggcgacacgtatccacgaggaacaagaattagcaacaaagctgcggtgatgatagttaaattttgaagtgcttcaatccttataaccatcca 5315585  T
Q  114 ttccattgccacattagaatgaaagaacaacgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagttttcgaaaaatctgtctaccatgccaaatgctcttaca 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||   ||||||||||||    
T  5315584 ttccattcccacattagaatgaaagaacaatgaagcatctttgtccacaagttttaagtagtttttgtaaaatccatctaccatgttgaatgctcttaca 5315485  T
Q  214 gtaactactccaagcgatgtctcagctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcccttgaagaagcttgataatatt 313  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  5315484 gtaaccactccaagtgatgtctctgctgcaaaattcatgactggagctttggtggttccattgattcgcattagttcccttgcagttgtttgataatatt 5315385  T
Q  314 gcttt 318  Q
    |||||    
T  5315384 gcttt 5315380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 5308723 - 5308403
Alignment:
Q  1 taaacctatattatattac---ctggcgatacatatccccgaggaagtagaataatcagcaaagctgcagtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaa 97  Q
    ||||||||||||| |||||   |||| || |||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||    
T  5308723 taaacctatattaaattactacctggggacacatatccacaaggaagtagaataagcaacaaagctgcagtgatgacagttatattttgaattgcttcaa 5308624  T
Q  98 cccttacaactacccattccattgccacattagaatgaaagaacaacgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagttttcgaaaaatctgtctaccat 197  Q
     ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||    
T  5308623 tccttaaaaccacccattccatggccacattagaatgaaagaacaatgaagcatctgagtccacaagttttaagtaatttttgtaaaatctatctaccat 5308524  T
Q  198 gccaaatgctcttacagtaactactccaagcgatgtctcagctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcccttgaa 297  Q
    |   |||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  5308523 gttgaatgctcttatagtaaccactccatgtgatgtctcagctgcaaaattcattattggagctttggtggttccattgatccgaattagttcccttgca 5308424  T
Q  298 gaagcttgataatattgcttt 318  Q
    |  |||||||| ||| |||||    
T  5308423 gtggcttgatagtatcgcttt 5308403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 431 - 604
Target Start/End: Original strand, 5281039 - 5281212
Alignment:
Q  431 aaacctgaatatttattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaataagaacttgccatgtgactgaaaccattatacaaattatcaccaaaatttcaat 530  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5281039 aaacctgaacgtatattgatgcaaccattacaggaacagcaacaatgagaacttgccatgtgactgaaaccattatacaaattaccaccaaaatttcaat 5281138  T
Q  531 tactacagatgctacaaaggtgatggaaaaaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgacgcctgca 604  Q
    | ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5281139 tgctgttgatgctacaaaggtgatggaataaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgaagcctgca 5281212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 431 - 610
Target Start/End: Original strand, 5289053 - 5289232
Alignment:
Q  431 aaacctgaatatttattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaataagaacttgccatgtgactgaaaccattatacaaattatcaccaaaatttcaat 530  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||| ||||||    
T  5289053 aaacctgaacgtatattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaatgagaacttgccatgtgactgaagccactacacaaattatgaccaaaacttcaat 5289152  T
Q  531 tactacagatgctacaaaggtgatggaaaaaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgacgcctgcacaagag 610  Q
    | |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  5289153 tgctattgatgctacaaaggtgatggaataaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgaagcctgcataagag 5289232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 419 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 5308318 - 5308127
Alignment:
Q  419 aaagtggataacaaacctgaatatttattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaataagaacttgccatgtgactgaaaccattatacaaattatcac 518  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5308318 aaagtggataataaacctgaacgaatattgatgcaaccgttgcaggaacagcagcaatgagaacttgccatgtgactgaaaccattatacaaattaccac 5308219  T
Q  519 caaaatttcaattactacagatgctacaaaggtgatggaaaaaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgacgcctgcacaagag 610  Q
    ||||||||||| |  || |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  5308218 caaaatttcaagtgatatagatgctacaaaagtgatggaataaggtatatcaaagtctaaaatactcaaatctgatgaagccggaacaagag 5308127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 431 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 15127098 - 15126925
Alignment:
Q  431 aaacctgaatatttattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaataagaacttgccatgtgactgaaaccattatacaaattatcaccaaaatttcaat 530  Q
    ||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || | | |||| |||||||||| ||||||    
T  15127098 aaacctgaatgaatattaatgcaaccattgcaggaacagcaacaatgagaacttgccatgtgactgaagcaatcacaaaaatcatcaccaaaacttcaat 15126999  T
Q  531 tactacagatgctacaaaggtgatggaaaaaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgacgcctgca 604  Q
    | | |||  ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15126998 tgccacaattgctacacaggtgagggaataaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgaagcctgca 15126925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 419 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 5315297 - 5315112
Alignment:
Q  419 aaagtggataacaaacctgaatatttattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaataagaacttgccatgtgactgaaaccattatacaaattatcac 518  Q
    ||||||||||| ||||||||||   ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  5315297 aaagtggataataaacctgaatgaatattgatgccaccattacaggaacggcaacaatgagaacttgccatgtgactgaaaccattatgcaaattattac 5315198  T
Q  519 caaaatttcaattactacagatgctacaaaggtgatggaaaaaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgacgcctgca 604  Q
    || |||||||||| | ||||||  | |||||  |||||||  ||| || || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  5315197 cagaatttcaattgccacagataatgcaaagaggatggaatgaggcatgtccaagtccaaaatacttaaatctgatgaagcctgca 5315112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 105 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 114025 - 113504
Alignment:
Q  105 aactacccattccattgccacattagaatgaaagaacaacgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagttttc----gaaaaatctg--tctaccatg 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||||   |  || ||||||    
T  114025 aactacccattccattgccacattagaatgaaagaacaatgaagcatctgtgtccacaagttttaagtagttttaagcagtaaaagaagcttcaaccatg 113926  T
Q  199 ccaaatgctcttacagtaactactccaagcgatgtctcagctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgt-------------att 285  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||    
T  113925 ccaaatgctcttatagtgactactccaagcgatgtcttggctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgttccgttgatccgcatt 113826  T
Q  286 agttcccttgaagaagcttgataatattgctttcaggnnnnnnnnnnnnnnncaaataaagataatataagaacttaaagctcaatgattcaacgatgga 385  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||                | |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  113825 agttcccttgaagaagtttgataatattgtttttaggaagaaaaaaaat----atataaagaagatataagaacttaaagctcaataattcaacgatgga 113730  T
Q  386 aagaaaatgagattatgaaatcnnnnnnn-ttgtaaagtggataacaaacctgaatatttattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaataagaactt 484  Q
    |||||||| |||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  113729 aagaaaatcagattatgaaatcaagaaaaattgtaaagtggataacaaacctgaatatatattgatgcaaccattgcaggaacagaaacaataagaactt 113630  T
Q  485 gccatgtgactgaaaccattatacaaattatcaccaaaatttcaattactacagatgctacaaaggtgatggaaaaaggtatatcaaagtccaaaatact 584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  113629 gccatgtgactgaaaccattatacaaattatcaccaaaatttcaattaccacagatgctacaaaggtgatggaaaaagatatatcaaagtccaaaatact 113530  T
Q  585 caaatctgatgacgcctgcacaagag 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  113529 caaatctgatgacgcctgcacaagag 113504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 5e-70; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 318
Target Start/End: Original strand, 31524751 - 31525053
Alignment:
Q  17 tacctggcgatacatatccccgaggaagtagaataatcagcaaagctgcagtgatgacagtcaagttttgaagtgcttcaacccttacaactacccattc 116  Q
    ||||||| || ||||||||  ||||||||||||||| || ||| ||||||||||| || |||||  |||||||||| |||| ||||| ||| | ||| ||    
T  31524751 tacctggagacacatatccatgaggaagtagaataagcaacaatgctgcagtgataactgtcaaagtttgaagtgcctcaatccttataaccatccactc 31524850  T
Q  117 cattgccacattagaatgaaagaacaacgaagcatctgtgtccacaagttttaa-gtagttttcgaaaaatctgtctaccatgccaaatgctcttacagt 215  Q
    ||| || ||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  | || |||||||||||||   |||||||||| |||    
T  31524851 catggcaacattagaatgaaagaacagcgtagcatctgtgtcgacaagttttaaagtagtatttcataagtctgtctaccatgttgaatgctcttatagt 31524950  T
Q  216 aactactccaagcgatgtctcagctgcaaaattcatgacaggagctttggtggttccgttgatccgtattagttcccttgaagaagcttgataatattgc 315  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||||| |||    
T  31524951 aaccactccaagtgatgtctcagctgcaaaattcatgactggtgctttggtggttccgttgatccgcattagttcccttgcagttgcttgataataatgc 31525050  T
Q  316 ttt 318  Q
    |||    
T  31525051 ttt 31525053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 431 - 604
Target Start/End: Original strand, 31525138 - 31525311
Alignment:
Q  431 aaacctgaatatttattgatgcaaccattgcaggaacagcaacaataagaacttgccatgtgactgaaaccattatacaaattatcaccaaaatttcaat 530  Q
    ||||||||||   ||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| || ||||||    
T  31525138 aaacctgaatgaatatcgatgccaccattgccggaacagcaacaattagaacttgccatgtgactgaagccattatgcaaattattaccagaacttcaat 31525237  T
Q  531 tactacagatgctacaaaggtgatggaaaaaggtatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgacgcctgca 604  Q
    | |||| |||    |||||  || || |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31525238 tgctactgataaggcaaagtggacggcatgaggcatatcaaagtccaaaatactcaaatctgatgaagcctgca 31525311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University