View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7832_high_4 (Length: 769)

Name: NF7832_high_4
Description: NF7832
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7832_high_4
NF7832_high_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-713)||(35445017-35445728)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 35445728 - 35445017
Alignment:
Q  1 aaattataataaatgtatcgagtaattttggaatgaagtttatatttaaggttaannnnnnnnnctacaaacttatgtttagggatataggtagtatata 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35445728 aaattataataaatgtatcgagtaattttggaatgaagtttatatttaaggttaatttttttttctacaaacttatgtttagggatataggtagtatata 35445629  T
Q  101 tataacacattttgaagtgaagagcacttgtttggtgttaaggttttggtttttgttgatctgcctgcatgatgatgattatgtgtttttgttgattcct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35445628 tataacacattttgaagtgaagagcacttgtttggtgttaaggttttggtttttgttgatttgcctgcatgatgatgattatgtgtttttgttgattcct 35445529  T
Q  201 tatgataatcatggtttttgttggctggaagtgaagaactgcaaaatccttagttgttggatttattttattgatgttgttggtattaactattatctat 300  Q
     |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35445528 catgataatcatggtttttattggatggaagtgaagaactgcaaaatccttagttgttggatttattttattgatgttgttggtattaactattatctat 35445429  T
Q  301 gatttttgtatgttgcagacttgaatccaaaggattctcacttatttaacatttcatcatcaactgaagctcctgtgcgtaggactggtgctgctgatga 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35445428 gatttttgtatgttgcagatttgaatccaaaggattctcacttatttaacatttcatcatcaactgaagctcctgtgcgtaggactggtgctgctgatga 35445329  T
Q  401 ttttctcaattctgaaactgataagaatgactatgaatggtatgtgttgctggtaccattctgtttgcttttcccatattatttttggggataatttttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35445328 ttttctcaattctgaaactgataagaatgactatgaatggtatgtgttgctggtaccattctgtttgcttttcccacattatttttggggataatttttg 35445229  T
Q  501 gtgataacggcattctgttttggtaattagtgtaaaaatggagtttgagggattttgtgttaatgattcctccnnnnnnnattagataaaagatttgtag 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||    
T  35445228 gtgataacggcattctgttttggtaattagtgtaaaaatggagtttgagggattttgtgttaatgattcctcctttttttattagataaaaga-ttgtag 35445130  T
Q  601 aattggtttcgataattagagcaagttaagtttttgcagtttaatactagctttggtaactaaacatctgtggtctgagtatatttcaacttttagcctg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35445129 aattggtttcgataattagagcaagttaagtttttgcagtttaatactagctttgataactaaacatctgtggtctgagtatatttcaacttttagcctg 35445030  T
Q  701 atctctcacaatg 713  Q
    |||||||||||||    
T  35445029 atctctcacaatg 35445017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University