View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7841_low_1 (Length: 722)

Name: NF7841_low_1
Description: NF7841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7841_low_1
NF7841_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-674)||(44574812-44575470)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 655; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 44575470 - 44574812
Alignment:
Q  16 atcaatgacatcactttcattttggatatgcatttatgagtgtatctaccttcctataatgaggataatcaataaaagggctacaagaagaatgagcatg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575470 atcaatgacatcactttcattttggatatgcatttatgagtgtatctaccttcctataatgaggataatcaataaaagggctacaagaagaatgagcatg 44575371  T
Q  116 ggatgcagaatcagaattgggatattattatctatcctatgcatgttggtagctgcagttattgagaaaaagcgtcgtgactcggctttgaaacacaatt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575370 ggatgcagaatcagaattgggatattattatctatcctatgcatgttggtagctgcagttgttgagaaaaagcgtcgtgactcggctttgaaacacaatt 44575271  T
Q  216 cgtttatttcgcctgtgagctttggtttgctcttgccgcagtttgcgctgtccggtttaaatgaagcctttgctgctgttgctataatggaattctttac 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575270 cgtttatttcgcctgtgagctttggtttgctcttgccgcagtttgcgctgtccggtttaaatgaagcctttgctgctgttgctataatggaattctttac 44575171  T
Q  316 ccttcaagtgccggagtctatgaggactgtttctggtgccatcttctttttgagcctgtccattgcaaactacactggttccttaattgtcaacattgtt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575170 ccttcaagtgccggagtctatgaggactgtttctggtgccatcttctttttgagcctgtccattgcaaactacactggttccttaattgtcaacattgtt 44575071  T
Q  416 cataaagcaacatcacataaagggaaaacaccttggttaggtggtcaagatttaaatcatactaggcttgattactattattatttaattgcttccattg 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575070 cataaagcaacatcacataaagggaaaacaccttggttaggtggtcaagatttaaatcatactaggcttgattactattattatttaattgcttccattg 44574971  T
Q  516 gagttttgaattttatctatttcaacttctttgcttgccattatttgataagtggcaaggaaattgagaaagctgaggtgcaaccaattgctagtgtgaa 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44574970 gagttttgaattttatctatttcaacttctttgcttgccattatttgataagtggcaaggaaattgagaaagctgaggtgcaaccaattgctagtgtgaa 44574871  T
Q  616 gggagaatcagatgaacaagatgatgaggaaaaggttttggatagagtaggcactagat 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44574870 gggagaatcagatgaacaagatgatgaggaaaaggttttggatagagtaggcactagat 44574812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University